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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
本文提供了一个协议,使用电刺激蜘蛛毒液为了提取1)进行蛋白质鉴定,2)刺激毒腺基因的表达; 3)执行毒液的功能研究。这之后的毒腺microdissections用于基因表达研究的描述。
毒液是化学上复杂的分泌物通常包含大量的蛋白质和肽具有不同的生理活性。蛇毒蛋白的功能特性具有重要的生物医学应用,包括药物引线或探针,用于细胞受体的识别。蜘蛛是有毒的有机物的大部分种类丰富分化体,但只有少数物种的毒液是公知的,这部分是由于与收集微量毒液从小型动物相关联的难度。本文提出了一种协议,用于毒液使用电刺激蜘蛛的采集,显示出对西方的黑寡妇( 黑寡妇蜘蛛 )的程序。收集的毒液是不同的下游分析,包括通过质谱直接鉴定蛋白质,功能分析,并为转录组研究的毒液基因表达的刺激是有用的。该技术具有如下优点:在该协议异迟毒液从整个腺匀浆,它不来自未分泌的毒液的一部分细胞蛋白分离真正毒液组分。代表性的结果表明,从所收集的样品用质谱已知毒液的肽的检测。毒液采集过程之后是一个协议,用于解剖蜘蛛毒液腺体,其结果表明这导致毒液表达的蛋白质和肽在序列水平上表征。
毒液的动物分泌物主要是注入到另一种动物的捕食或防卫的目的,同时也具有重要的生物学应用与生物医学相关1-3。只有某些动物合成的毒液,但它的生产是整个脊椎动物( 如腔肠动物,锥形蜗牛,蝎子和蜘蛛)和脊椎动物( 如蛇,一些鱼类和哺乳动物)分类学的广泛,因为它已经独立进化多次1,4 。毒液的生化特性典型地表明它们是由各种各样的蛋白质和肽,这在很大程度上作用于注射的动物的循环系统和中枢神经系统,以快速提供构成毒素1。有毒动物的一小部分可能对人体无害,与住区(synanthropic)分布的5种特别的威胁。毒液成分和功能活动的研究中发挥了重要作用脊椎动物细胞成分(特别是神经元离子通道)6和阐明的基本细胞过程( 如神经分泌)7功能特性。此外,选择蛇毒肽在生物环境中非常有用的特性,包括其用途作为癌症疼痛治疗8,9和开采的候选药物先导和抗毒血清的发展。毒液在生态和进化研究1,4,10,11也发挥显着的作用,因此这些有害分泌物的收集有许多实用工具。
有>蜘蛛(蜘蛛目顺序)40000中描述的物种,以及所有,但100多户蜘蛛藏有一对毒腺,在12獠牙终止之一。蜘蛛的高物种多样性表明,它们代表有毒生物的最大分支。然而,蜘蛛毒液的生化特性有升argely集中于少数最经常与人类的蛇毒素相关的物种。最近的蛋白质组学和转录组蜘蛛毒液的研究表明,它们通常含有许多独特的蛋白质和多肽2,13,14。在高通量的cDNA测序和质谱肽指纹图谱的进步极大地促进了这些毒液蛋白15的发现。然而,这样的工作开始的足够的毒液和/或从蜘蛛毒液腺体,以及详细的文档集合为这些技术很少16。
本文提出了一种协议,用于从黑寡妇蜘蛛毒液与蛇毒腺的集合,它可以适用于同样大小的蜘蛛。毒液中分离的腺体的集合使得识别被分泌到毒液,而不是执行其它细胞功能的蛋白质的蛋白质。黑寡妇和其它 L.atrodectus种被广泛认为是最危险的蜘蛛之一,由于其高度神经毒素,导致剧烈疼痛的人,有时伴有大量出汗,肌肉收缩,高血压,呼吸困难和斑片状瘫痪5。这里介绍的蜂毒采集协议使用电刺激来提供电流给麻醉蜘蛛引起肌肉收缩和毒液释放。毒液液滴被迅速收集用微毛细管和分装到管中冷冻储存。由于该协议涉及到有害程序,它只能由训练有素的个人表现和谨慎,请致电关键步骤。所收集的毒液具有许多用途,例如表征与构成分子2,对于生理实验或功能测定18的隔离,并刺激毒液基因的表达11。该协议结束了DESCR其表达的毒腺解剖和保存用于毒液特异性基因的克隆有用iption,已经显示出现2-3天之后在不同的蜘蛛毒液10,11耗尽。
1.制备的电刺激的装置
2.制备固定化镊子等材料
在镊子3.固定蜘蛛
4.收集毒液
5.毒液腺解剖
经常进行的毒液和毒腺解剖采集的序列水平10,11,15表征毒液蛋白质和多肽。收集的毒液,也可以使用在生理测定以确定它们的功能活动18。毒液的收集将刺激毒腺基因的表达,从而促进特定毒素的成绩单,通过RT-PCR 10,11克隆。蛇毒蛋白的鉴定也可以通过整合来自毒腺cDNA文库15,21产生的序列数据库标准质谱技术来实现在高通量方式进行。这样的工作,从毒液和使用上面详述的方案收集腺体开始,显示了它的有效性的一个例子,示于图1。
从L.收集毒液蝽成年女性用胰蛋白酶消化,并进行了在溶液中MuDPIT分析,连接性HPLC(高效液相色谱法),以串联质谱(MS / MS)。这里是由亚利桑那州蛋白质组学联盟大学进行的MuDPIT分析。检测肽的群众和他们的分离片段(子离子,推断来自谱)进行了比较,从从L.构建的基因表达文库中获得的cDNA序列翻译理论预测的肽序列金星毒腺(通过解剖协议被收购的腺体如上所述)21。在该实验中,36蛋白从所有收集的光谱检测,在99.9%的概率阈值,并且包含至少一个检测到的肽。由43总频谱( 图1A中所示范例谱)所支持的一个检测到的蛋白质的,对应于三个独家肽,覆盖所述蛋白质序列( 图1B)的35%。所检测的蛋白质(来自collecte翻译 ðcDNA中)具有顶部经BLASTp命中从L.到latrodectin在用在该实验中检测到的蛋白质的氨基酸序列的水平斑寇蛛 (GenBank登录P49125.1),与电子分2e的-46,并共享80%的同一性。 Latrodectin,其也被称为阿尔法- latrotoxin低分子量的蛋白质,是黑寡妇的一个公认的毒液组分蜘蛛22,23,验证所提出的协议的有效性。从毒液确定了一些蛋白质对应于对于没有爆击被发现的序列。目前还不清楚这样的结果是否是由于可用于蜘蛛有限的基因组资源以及其蛋白的有限功能性的信息,或者因为未知的蛋白质代表毒液污染物。然而,基因或蛋白质表达分析研究这种新的蛋白质的毒腺相对于其它组织应该揭示它是否是一个真正的毒液组分的丰度。
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笔者有没有透露,也没有竞争的财务权益。
本文提供了一个协议,使用电刺激蜘蛛毒液为了提取1)进行蛋白质鉴定,2)刺激毒腺基因的表达; 3)执行毒液的功能研究。这之后的毒腺microdissections用于基因表达研究的描述。
我在此协议的发展感谢以下人员的协助:查克·克里斯腾森,葛丽泰·宾福德,亚历克斯·K斯特,康拉德Zinsmaier和梅斯伊马德。由NIEHS资助ES06694到SWEHSC,NIH / NCI资助CA023074到AZCC支持亚利桑那州蛋白质组学协会和亚利桑那大学的BIO5研究所被收购质谱和蛋白质组学数据。资助这项工作是由美国国立卫生研究院(全科医学研究所)赠款1F32GM83661-01和1R15GM097714-01杰西卡E.者套装提供。
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