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Biology
提取毒液和毒腺Microdissections从蜘蛛的蛋白质组学和转录组分析

Research Article

提取毒液和毒腺Microdissections从蜘蛛的蛋白质组学和转录组分析

DOI: 10.3791/51618

November 3, 2014

Jessica E. Garb1

1Department of Biological Sciences,University of Massachusetts Lowell

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

In This Article

Summary Abstract Introduction Protocol Representative Results Discussion Disclosures Acknowledgements Materials References Reprints and Permissions

Erratum Notice

Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice

Retraction Notice

The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice

Summary

本文提供了一个协议,使用电刺激蜘蛛毒液为了提取1)进行蛋白质鉴定,2)刺激毒腺基因的表达; 3)执行毒液的功能研究。这之后的毒腺microdissections用于基因表达研究的描述。

Abstract

毒液是化学上复杂的分泌物通常包含大量的蛋白质和肽具有不同的生理活性。蛇毒蛋白的功能特性具有重要的生物医学应用,包括药物引线或探针,用于细胞受体的识别。蜘蛛是有毒的有机物的大部分种类丰富分化体,但只有少数物种的毒液是公知的,这部分是由于与收集微量毒液从小型动物相关联的难度。本文提出了一种协议,用于毒液使用电刺激蜘蛛的采集,显示出对西方的黑寡妇( 黑寡妇蜘蛛 )的程序。收集的毒液是不同的下游分析,包括通过质谱直接鉴定蛋白质,功能分析,并为转录组研究的毒液基因表达的刺激是有用的。该技术具有如下优点:在该协议异迟毒液从整个腺匀浆,它不来自未分泌的毒液的一部分细胞蛋白分离真正毒液组分。代表性的结果表明,从所收集的样品用质谱已知毒液的肽的检测。毒液采集过程之后是一个协议,用于解剖蜘蛛毒液腺体,其结果表明这导致毒液表达的蛋白质和肽在序列水平上表征。

Introduction

毒液的动物分泌物主要是注入到另一种动物的捕食或防卫的目的,同时也具有重要的生物学应用与生物医学相关1-3。只有某些动物合成的毒液,但它的生产是整个脊椎动物( 如腔肠动物,锥形蜗牛,蝎子和蜘蛛)和脊椎动物( 如蛇,一些鱼类和哺乳动物)分类学的广泛,因为它已经独立进化多次1,4 。毒液的生化特性典型地表明它们是由各种各样的蛋白质和肽,这在很大程度上作用于注射的动物的循环系统和中枢神经系统,以快速提供构成毒素1。有毒动物的一小部分可能对人体无害,与住区(synanthropic)分布的5种特别的威胁。毒液成分和功能活动的研究中发挥了重要作用脊椎动物细胞成分(特别是神经元离子通道)6和阐明的基本细胞过程( 如神经分泌)7功能特性。此外,选择蛇毒肽在生物环境中非常有用的特性,包括其用途作为癌症疼痛治疗8,9和开采的候选药物先导和抗毒血清的发展。毒液在生态和进化研究1,4,10,11也发挥显着的作用,因此这些有害分泌物的收集有许多实用工具。

有>蜘蛛(蜘蛛目顺序)40000中描述的物种,以及所有,但100多户蜘蛛藏有一对毒腺,在12獠牙终止之一。蜘蛛的高物种多样性表明,它们代表有毒生物的最大分支。然而,蜘蛛毒液的生化特性有升argely集中于少数最经常与人类的蛇毒素相关的物种。最近的蛋白质组学和转录组蜘蛛毒液的研究表明,它们通常含有许多独特的蛋白质和多肽2,13,14。在高通量的cDNA测序和质谱肽指纹图谱的进步极大地促进了这些毒液蛋白15的发现。然而,这样的工作开始的足够的毒液和/或从蜘蛛毒液腺体,以及详细的文档集合为这些技术很少16。

本文提出了一种协议,用于从黑寡妇蜘蛛毒液与蛇毒腺的集合,它可以适用于同样大小的蜘蛛。毒液中分离的腺体的集合使得识别被分泌到毒液,而不是执行其它细胞功能的蛋白质的蛋白质。黑寡妇和其它 L.atrodectus种被广泛认为是最危险的蜘蛛之一,由于其高度神经毒素,导致剧烈疼痛的人,有时伴有大量出汗,肌肉收缩,高血压,呼吸困难和斑片状瘫痪5。这里介绍的蜂毒采集协议使用电刺激来提供电流给麻醉蜘蛛引起肌肉收缩和毒液释放。毒液液滴被迅速收集用微毛细管和分装到管中冷冻储存。由于该协议涉及到有害程序,它只能由训练有素的个人表现和谨慎,请致电关键步骤。所收集的毒液具有许多用途,例如表征与构成分子2,对于生理实验或功能测定18的隔离,并刺激毒液基因的表达11。该协议结束了DESCR其表达的毒腺解剖和保存用于毒液特异性基因的克隆有用iption,已经显示出现2-3天之后在不同的蜘蛛毒液10,11耗尽。

Protocol

1.制备的电刺激的装置

  1. 连接电刺激器电源线,插座和连接外部脚踏板的外部信号输入。
    注:电线必须妥善绝缘,裸露的金属提供电流应不被感动。戴乳胶或丁腈手套保护。连接电源线和连接电线时电刺激器的电源开关应处于OFF位置。
  2. 连接正极,以红色输出端上的电刺激器(当极性开关处于正常模式)和负电极连接到黑色的输出端相连。注:每个电极导线应终止于一个鳄鱼夹。
  3. 设置刺激到以下推荐的初始设置:电压= 7 V,频率=每秒1个脉冲,延迟= 0毫秒,持续时间= 200毫秒,双脉冲开关=正规,​​模式切换= OFF。
  4. 电极通过连接鳄鱼夹voltme测试输出器正面和负面的测试线。开启刺激器电源开关,并提供电流脚踏板。

2.制备固定化镊子等材料

  1. 沾羽镊子一个叉成液体的塑料涂层,并等待四小时让涂料干燥。紧紧包住相对叉齿的尖端15毫米与棉缝纫线的单个层,以及固定用线通过捆扎结束于一个结。
    注意:该线程用于吸收施加的盐溶液,以促进导电,而塑料涂层提供绝缘以阻止电流。
  2. 砍钝的皮下注射针头的针尖锋利的剪刀,顺利开通用砂纸。连接针在真空垃圾收集器( 例如 ,真空过滤烧瓶)经由管道。
    注:针会吸走水分和反刍,将成为完成由刺激器电极产生的电路。针口万亩圣足够小,以不伤害蜘蛛,但足够大以真空溶液而不堵塞( 如 ,25的G轨距×1个半,参见材料清单)。
  3. 位置轻量级镊子水平在使用乙烯树脂被覆双叉钳固定到下视解剖显微镜的字段一个磁性底座或固定台装置的密闭位置时,在顶部钳涂塑叉和螺纹涂覆叉上底部。
    注意:双叉钳被维持在通过夹具夹持固定位置到磁性底座(参见材料清单)。一个橡胶圈可以紧密地固定围绕轻量级钳子的齿尖,旁边的夹持器,以增加额外的压力,以保持轻量级钳子在周围一次引入的蜘蛛闭合位置。
  4. 连接正极鳄鱼夹钳"底部叉线的上游和高度负鳄鱼夹钝金属真空针。 测试电路的电流与电压表通过将正极引线上线和鳄鱼夹,并把负极导线上的真空钝针之间钳爪。按脚踏板,以确保检测到足够的电流,并且如果检测到足够的电流,除去引线。
  5. 准备几个微细管毒液集合。拥有一个单独的微毛细管的一端用戴着手套的手,并在用无菌镊子金属的另一端,水平放置钳持月底在本生灯火焰。拉在与金属镊子远离火焰来创建一个细长尖端微细管,同时保持另一​​端在一个固定的位置。
    注意:戴防护眼镜作为微毛细管容易破裂。
  6. 在培养皿中搁置在安装油灰条制备微毛细管。检查在解剖显微镜下微细管端,并创建一个小的,倾斜的开口在拉出端灭菌金属镊子。
  7. 啦贝尔可变数量的无菌0.5毫升管。加无菌去离子水,无菌管中( 例如 ,5微升灭菌的去离子水)。靠近管并置于试管置于冰上。
  8. 制备盐溶液在烧杯中,并填充第二个烧杯用高压灭菌水。

在镊子3.固定蜘蛛

  1. 打开CO 2罐,并从封闭的塑料瓶收集蜘蛛传输使用长金属镊子(见材料清单)成CO 2室。
    注:黑寡妇蜘蛛有危险的毒液;总是这个协议时戴上手套。
  2. 保持蜘蛛在室内5-10分钟或直到麻醉,不再动时,轻轻地打了招呼,长镊子。用移液管以润湿线程上钳子用生理盐水溶液。
    注:有关二氧化碳麻醉参数黑寡妇指南,请参阅西班牙广场和摩尔19。
  3. 从CO 2检索麻醉蜘蛛室通过使用钝解剖钳和手套的手的腿前采摘它。移动麻醉蜘蛛轻量级钳装置。封闭轻量级镊子尖头分开,并把蜘蛛的头胸部的插脚之间,让叉子紧紧地固定住,但没有被压碎,收关,确保蜘蛛。确保蜘蛛放置甲壳背侧面向下(见Foelix 20,用于引导到蜘蛛解剖学),搁在螺纹涂覆叉,和甲壳的腹侧朝向塑料涂层,而正极仍然附着于底叉。蜘蛛处理工作时快。
  4. 调整解剖显微镜的放大倍率,对焦和光源,直到蜘蛛的螯肢和獠牙都清晰可见。

4.收集毒液

  1. 打开真空并利用第二钝尖注射器Ñ喷蜘蛛螯肢溶液与水eedle。吸走水用真空针以除去杂质。
  2. 触摸真空针附着负极蜘蛛主席台和提供脉冲与脚踏板的一个或更多次。如果有必要的真空客场吐出。
    注:蜘蛛是主席台后口里面螯肢的螯肢和endites(见Foelix 20详细解剖蜘蛛)之间的背侧面。注意:对于每一个脉冲,蜘蛛的腿合同,毒液会显示为明显的水滴摆脱獠牙。
  3. 收集毒液水滴与微细管尖和传输毛细管末端浸入0.5毫升管与水或缓冲溶液(溶液将被吸入到毛细管)。
    注意:避免穿刺蜘蛛与毛细管可能导致血淋巴污染而死亡。此外,还要避免毛细血管的污染丝绸和胶水从喷丝头。
  4. 连接传输注射器管适配器微毛细管(在端相对的收集尖)和dispense毒液液回管。把管上的冰。
    注:在附近的锐器容器处置废物的毛细血管。
  5. 将打开塑料瓶收集,伴随着它的上限,接近蜘蛛。小心地抓住蜘蛛的腿在一个手持钝解剖钳小心地打开羽量级镊子尖头用另一只手,滑蜘蛛进入收集瓶钝钳,迅速接近上限。继续在-80℃的冰柜旁边的蜘蛛和储存含毒液管时结束。
    注:继续从钳子移动时,蛛放回瓶中谨慎操作。确保收集瓶和瓶盖就在附近,以蜘蛛为它的快速传递和戴手套。

5.毒液腺解剖

  1. 蜂毒采集后两到三天,麻醉蜘蛛在CO 2室(见步骤3.1)。填写液氮载体和地点旁边的解剖显微镜。
    注:WH恩正与液态氮,用眼保护和低温手套。
  2. 干净的夹层区和解剖钳与解决方案,消除RNA酶和DNA污染。填补小培养皿下解剖显微镜解剖缓冲液( 如柠檬酸1X盐水钠(SSC)缓冲液)放置。
  3. 从CO 2室转让蜘蛛培养皿中使用镊子,迅速 ​​从腹部分开的头胸部。
  4. 握住解剖显微镜下用镊子将头胸部和螯肢定位到视野。使用第二个钳子的两端尖锐削减角质层加入甲壳的螯肢的横向方面。横向抓住用第二个钳子的螯肢,轻轻拉扯来回,直到毒腺被拉出。
  5. 从螯肢单独的腺体(或离开附着螯肢如果需要的话),并转移到cyrosafe0.5毫升管。地方CLOS编管在液氮中。
    注:每个夹层应不超过15分钟。
  6. 直到完成重复清扫额外的蜘蛛。从液氮输送管到-80℃的冰箱中。

Representative Results

经常进行的毒液和毒腺解剖采集的序列水平10,11,15表征毒液蛋白质和多肽。收集的毒液,也可以使用在生理测定以确定它们的功能活动18。毒液的收集将刺激毒腺基因的表达,从而促进特定毒素的成绩单,通过RT-PCR 10,11克隆。蛇毒蛋白的鉴定也可以通过整合来自毒腺cDNA文库15,21产生的序列数据库标准质谱技术来实现在高通量方式进行。这样的工作,从毒液和使用上面详述的方案收集腺体开始,显示了它的有效性的一个例子,示于图1。

从L.收集毒液蝽成年女性用胰蛋白酶消化,并进行了在溶液中MuDPIT分析,连接性HPLC(高效液相色谱法),以串联质谱(MS / MS)。这里是由亚利桑那州蛋白质组学联盟大学进行的MuDPIT分析。检测肽的群众和他们的分离片段(子离子,推断来自谱)进行了比较,从从L.构建的基因表达文库中获得的cDNA序列翻译理论预测的肽序列金星毒腺(通过解剖协议被收购的腺体如上所述)21。在该实验中,36蛋白从所有收集的光谱检测,在99.9%的概率阈值,并且包含至少一个检测到的肽。由43总频谱( 图1A中所示范例谱)所支持的一个检测到的蛋白质的,对应于三个独家肽,覆盖所述蛋白质序列( 图1B)的35%。所检测的蛋白质(来自collecte翻译 ðcDNA中)具有顶部经BLASTp命中从L.到latrodectin在用在该实验中检测到的蛋白质的氨基酸序列的水平斑寇蛛 (GenBank登录P49125.1),与电子分2e的-46,并共享80%的同一性。 Latrodectin,其也被称为阿尔法- latrotoxin低分子量的蛋白质,是黑寡妇的一个公认的毒液组分蜘蛛22,23,验证所提出的协议的有效性。从毒液确定了一些蛋白质对应于对于没​​有爆击被发现的序列。目前还不清楚这样的结果是否是由于可用于蜘蛛有限的基因组资源以及其蛋白的有限功能性的信息,或者因为未知的蛋白质代表毒液污染物。然而,基因或蛋白质表达分析研究这种新的蛋白质的毒腺相对于其它组织应该揭示它是否是一个真正的毒液组分的丰度。

ENT"FO:保together.within页="总是"> 图1
图1:使用质谱法从黑寡妇毒液确定Latrodectin肽(A)代表光谱(43 1)通过L的MuDPIT分析MS / MS检测部分。 蝽其被分配到在B部分光谱中所示的收集cDNA序列预测的翻译毒液表示质荷检测到的子离子的比(m / z)的对由分段母体肽(CGEEDFGEEIVK)产生的水平轴,以在顶端的信表明基于子离子质量的肽序列。(B)蛋白质序列的顺序进行光谱A部分被分配,显示为红色,加粗和下划线的文字从A部分所示的光谱,额外的红色文字(不加粗)对应的序列代表检测与其它收集SP在这种蛋白质另一种肽ectra。蛋白质序列是从解剖毒腺获得的cDNA序列翻译。

Discussion

笔者有没有透露,也没有竞争的财务权益。

Disclosures

本文提供了一个协议,使用电刺激蜘蛛毒液为了提取1)进行蛋白质鉴定,2)刺激毒腺基因的表达; 3)执行毒液的功能研究。这之后的毒腺microdissections用于基因表达研究的描述。

Acknowledgements

我在此协议的发展感谢以下人员的协助:查克·克里斯腾森,葛丽泰·宾福德,亚历克斯·K斯特,康拉德Zinsmaier和梅斯伊马德。由NIEHS资助ES06694到SWEHSC,NIH / NCI资助CA023074到AZCC支持亚利桑那州蛋白质组学协会和亚利桑那大学的BIO5研究所被收购质谱和蛋白质组学数据。资助这项工作是由美国国立卫生研究院(全科医学研究所)赠款1F32GM83661-01和1R15GM097714-01杰西卡E.者套装提供。

Materials

神经和肌肉刺激器(电刺激器) Grass TechnologiesSD9http://www.grasstechnologies.com/products/stimulators/stimsd9.html
电压表RadioShack22-223任何通用的电压表/万用表都可以替代
尖头羽量级镊子Bioquip4748
Plasti DipPerformix可在 Ace Hardware
25 G x 1½ 在 Precision Glide 中获得皮下注射器针头BD 医用305127
真空过滤瓶 1 LNalgeneDS4101-1000较小尺寸的培养瓶也可以使用
Buchner 两件式漏斗,90 mmNalgene4280-0900
5 μl 毛细管孔(微型毛细管)VWR53508-375
安装腻子条 乐泰可在 Ace Hardware Fisherbrand 购买
通用超长镊子 长度:11-13/16 英寸。Fisher10-316C
SSC 缓冲液,20 倍(pH 7.0),分子级PromegaV4261可由储备化学品(150 mM NaCl、15 mM 柠檬酸钠)制成
Eppendorf 安全锁管 0.5 mL 管(低温安全)Eppendorf22363611
Nalgene Dewar,1 L,HDPE,液氮台式培养瓶Thermo Scientific4150-1000
Rnase AwayVWR53225-514
超细镊子(解剖钳)EMS78310-0类似的高质量细尖镊子可替代
脚踏开关/踏板Linemaster Switch Corp.491-S
双叉加长夹,带乙烯基覆盖套管,8.5 英寸VWR21570-007可替代类似型号
可替代夹持器VWR89084-746可替代类似型号,必须容纳延长夹杆的直径
磁性底座(通过夹持器固定延长夹)VWR300042-270可更换能将延长夹牢固固定在固定位置的类似装置
塑料收集瓶 (大/40 dram)Bioquip8940
棉缝纫线Joann 织物及工艺品店7245855可更换类似产品

References

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