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Research Article
Effie E Bastounis1, Fabian E Ortega1, Ricardo Serrano2, Julie A Theriot3
1Department of Biochemistry,Stanford University School of Medicine, 2Department of Mechanical and Aerospace Engineering,University of California San Diego, 3Departments of Biochemistry, Microbiology and Immunology and Howard Hughes Medical Institute,Stanford University School of Medicine
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
我们开发了一种多井格式的聚丙烯酰胺检测方法, 以探讨细胞外基质硬度对黏附细胞细菌感染的影响。该检测与流式细胞术、染色和牵引力显微镜相兼容, 可以定量测量细胞、胞外基质和致病细菌之间的生物力学相互作用。
细胞外基质刚度包括多种环境机械刺激, 众所周知, 影响细胞的行为, 功能, 和命运的一般。虽然越来越多的黏附细胞类型的反应矩阵的刚度已经被描述, 如何黏附的细胞对细菌感染的敏感性取决于基质刚度是很大的未知, 如细菌感染的影响宿主细胞的生物力学。我们推测宿主内皮细胞对细菌感染的敏感性取决于这些细胞所驻留的基质的刚度, 而细菌宿主细胞的感染会改变其生物力学。为了检验这两种假说, 以内皮细胞为模型宿主, 以李斯特菌为模型致病菌。通过建立一种新的多井格式检测方法, 证明了基质刚度对细胞内内皮细胞感染的影响, 可以通过流式细胞术和染色显微镜进行定量评价。此外, 利用牵引力显微技术, 可以研究l-李斯特菌感染对宿主内皮细胞生物力学的影响。该方法可以分析组织相关力学对黏附细胞细菌感染的影响, 这是了解细胞间生物力学相互作用的关键步骤, 它们的细胞外基质和病原菌。这种方法也适用于多种其他类型的细胞生物力学和反应基板刚度的研究, 其中重要的是能够在每个实验并行执行许多复制。
大多数动物组织中的细胞通常附着在相邻细胞和细胞外基质 (ECM) 上。细胞的锚固对他们的 ECM 是关键的许多细胞过程, 从细胞的运动到细胞增殖和生存1,2。细胞锚定对 ecm 取决于 ecm 构成和刚性。细胞对后者的变化作出反应, 动态地重新排列细胞骨架, 电池 ECM 和细胞的粘连, 这反过来批判地改变细胞生物力学和功能3,4,5,6.ECM 刚度可以在空间 (即解剖位置)、时间 (即衰老) 和病理生理学过程 (如动脉硬化、癌症、感染等) 中变化。例如, 人们普遍认为, 与软矩阵相比, 居住在更硬的内皮细胞会增加它们的 ECM 和相互之间的作用力, 并表现出增加的运动和增殖7,8。同样, 居住在较硬矩阵上的成纤维细胞会向 ecm 传递高收缩力, 并显示增加的增殖、运动和 ECM 产量9、10、11。虽然细胞力学和对 ECM 刚度的反应已被广泛研究的各种细胞类型, 黏附宿主细胞之间的关系, 其 ECM 的硬度, 和细菌感染仍然是很大的未知。
为了研究 ECM 刚度在细菌-宿主细胞相互作用中的作用, 本文选择了李斯特菌 (Lm) 作为模型病原体。Lm 是一种无处不在的食物传播细菌, 它能在各种各样的哺乳动物宿主体内引起全身感染。这种兼性的胞内病原体通过遍历不同类型的血管内皮, 可以从肠道上皮转移到远端器官。如果它破坏血脑屏障, Lm 会引起脑膜炎, 当它穿过胎盘时, 它会导致自发性流产12,13。Lm 可以感染不同的宿主细胞类型, 并可以使用不同的致病策略。lm 感染主要是在上皮细胞的背景下进行的, 而对于 lm 如何感染和绕过血管腔内血管内皮细胞14、15、16的研究, 则知之甚少。此外, 在很大程度上还不知道内皮细胞的 ECM 的刚度是如何调节 Lm 入侵这些宿主细胞并传播的能力。Lm 和几个额外的细菌物种(即立克次体 parkeri) 利用它们感染的宿主细胞的肌动蛋白细胞骨架侵入他们的细胞质, 促进细胞对细胞的传播17,18,19. 它们通过表达蛋白质, 使它们能够干扰宿主肌动蛋白聚合通路, 并产生肌动蛋白彗星尾巴, 促进其向前推进16,20。由于感染, 宿主细胞的肌动蛋白细胞骨架需要动态重新排列的方式, 仍然没有充分的特点, 可能影响的生物力学的宿主细胞, 包括他们所施加的物理力量对他们的 ECM 和每个其他。为了检查这些过程, 人类微血管内皮细胞 (HMEC-1) 被选择为模型宿主细胞三的原因: 1. 内皮细胞被称为高度 mechanosensitive, 因为它们经常暴露在不同的物理线索21;2. 我所使用的用于感染内皮细胞的策略在很大程度上仍然未知22;和3。HMEC-1 是一个永生化的细胞系, 因此, 可以很容易地培养和受到遗传操作。
宿主细胞的细菌感染主要是通过在玻璃或聚苯乙烯基质上的播种细胞来研究的, 它们比大多数细胞12、14、23的生理 ECM 明显僵硬。为了检查其硬度与生理相关的基质细胞的感染情况, 并阐明 ECM 刚度对细菌感染细胞的作用, 我们遵循了一种基于制备薄microbead 聚丙烯酰胺水凝胶在多井板上可调谐刚度。所提出方法的新颖之处在于, 它允许同时监测多个条件, 因为它的多井格式和它是兼容的多种技术, 由于特定的方式, 基板的建立。HMEC-1 细胞被播种在这些蛋白涂层的水凝胶, 然后感染了不同的 Lm 菌株, 要么成为荧光在内化或组成性荧光。采用流式细胞仪评价 ECM 刚度对宿主 HMEC-1 细胞感染敏感性的影响。此外, 染色和荧光显微术用于区分附着和内化细菌。最后, 对牵引力显微镜 (TFM) 进行了成功的表征, 表明 Lm 感染对宿主内皮细胞在感染过程中对其基质施加牵引应力的影响。所提出的检测方法可以很容易地进行修改, 以便进一步研究 ECM 刚度对不同细胞系或病原体对黏附细胞感染敏感性的影响。
1. 在多井板上制造薄层双层聚丙烯酰胺水凝胶

图 1: 在薄层双层荧光珠嵌入聚丙烯酰胺 (PA) 水凝胶的不同刚度下, 对宿主细胞进行细菌感染检测。玻璃盖玻片化学改性, 使水凝胶附着。B. 3.6 µL 的 PA 混合物沉积在玻璃底部。该混合物覆盖12毫米圆形玻璃盖玻片, 以实现聚合。盖玻片用针头注射器取出。E. 2.4 µL 的 PA 溶液与微球被添加到底部层的顶部, 并加盖圆形玻璃盖玻片。F. 在井中添加缓冲区, 并删除盖玻片。G. 紫外线照射1小时, 确保杀菌。H. 在凝胶上加入磺 SANPAH 溶液, 然后将其置于 UV 下10分钟. 水凝胶用缓冲液冲洗, 然后一夜之间用胶原蛋白 i. J进行孵化。水凝胶与细胞介质平衡。宿主细胞被播种。L.Lm 细菌被添加到溶液中, 感染通过离心同步。1 h 溶液中的感染后细菌被冲走, 添加了抗生素补充的培养基。N. 在感染后4小时, Lm (JAT985) 开始荧光。O. HMEC-1 细胞从母体中分离出来, 溶液被转移到试管进行流式细胞仪测量。请注意, 该检测的每一步的天数和近似时间也被指出。此数字已从 Bastounis 和 Theriot59进行了修改。请单击此处查看此图的较大版本.

图 2: AFM 对 PA 水凝胶刚度和珠子分布的测量.A. 数据显示 PA 水凝胶的预期杨氏模量 (刚度测量), 考虑到使用的丙烯酰胺和双丙烯酰胺的用量与用 AFM 测量的杨氏模量 (N = 5-6)。水平条形图描述平均值。0.6 帕水凝胶的刚度无法测量, 因为水凝胶非常柔软, 并附着在 AFM 尖端。B. 这是一个融合 HMEC-1 细胞的相图, 以及嵌入在软3帕-PA 水凝胶最上层表面的珠子的相应图像。HMEC-1 的种子为24小时, 浓度为每井 4 x 105细胞。C. 此图像与图 2B相同, 但对于居住在70帕 PA 的硬水凝胶中的细胞。请单击此处查看此图的较大版本.
2. 水凝胶中的人微血管内皮细胞培养和播种
3. 人微血管内皮细胞与l-李斯特菌的感染
4. 流式细胞仪定量测定宿主细胞胞外基质刚度依赖性对感染的敏感性
5. 细胞外细菌、显微术和图像处理的染色
注意: 采用这种方法, 将 ECM 硬度依赖性的细菌黏附力与宿主细胞表面的细菌内化 (入侵) 区分开来。

图 4: 染色的 HMEC-1 细胞驻留在不同硬度的水凝胶上, 以区分细菌黏附与侵袭.这些图像显示了一个典型的微分染色显示的例子。细胞核 (DAPI), B。所有细菌 (GFP) 和C。外部细菌 (Alexa-546)。HMEC-1 细胞居住在柔软的3帕水凝胶上。箭头指向已内化的细菌, 因此只在绿色通道上显示。dF中的数据指的是在软3帕和僵硬的70帕水凝胶上的受感染 HMEC-1 细胞捕获的 N = 20 图像, 并显示 d。每核的总细菌;E. 每个原子核内化的细菌;和F. 入侵效率 (内部细菌与总细菌的比例)。水平条形图描述数据的平均值。用非参数魏氏秩和检验计算P值。请单击此处查看此图的较大版本.
6. 多井牵引力显微镜和单层应力显微镜

图 5: Lm 感染的 HMEC-1 细胞降低了他们在感染过程中对其 ECM 施加的牵引力的大小.面板A显示相图, B显示变形场, C显示牵引应力场, D显示居住在20帕水凝胶上的未感染 HMEC-1 细胞的细胞内张力场。变形图 (µm) 的颜色条, 牵引应力图 (Pa) 和细胞内张力图 (nNµm-1) 显示在热图的上部。列显示三个代表性的时间点: 3, 8 和 18 h 后感染。E H。与面板AD相同, 但对于在300的语言中感染 Lm 的细胞。细菌 (红色通道) 的图像叠加在细胞的相图像上。同时对多井 TFM 记录进行了成像。PIV 的窗口大小为32像素, 重叠为16。刻度条为32µm。此数字已从 Bastounis 和 Theriot59进行了修改。请单击此处查看此图的较大版本.
7. 定量的时间推移显微镜评估细胞外基质刚度依赖性的 L.通过内皮细胞传播的李斯特菌

图 6:通过在3帕和 70-帕刚度基板上播种的 HMEC-1 膜的 Lm 传播的时间推移定量显微数据。这个面板显示两个代表性感染病灶的静止图像, 0、200、400和600分钟。相通道描述 HMEC-1 细胞膜, 红色通道描述胞内 Lm (见协议步骤 7 )。这个面板显示了凸壳的面积, 包括被绘制为时间函数的感染焦点。3人民军状况 (红色) 的重点区域比70人民 (绿色) 的发展速度快。C.此面板显示从中心到感染焦点边缘的径向距离, 绘制为以3帕 (红色) 和 70-帕 (绿色) 刚度为载体的 HMEC-1 膜中生长的代表性感染灶的时间函数。径向速度 (dr/dt) 是恒定的3帕的条件, 但双相为70帕的条件。D. 这些数据显示了十个独立感染灶的前200分钟的径向速度。红色 (3 帕) 和绿色 (70 帕) 数据点描述了前面面板中描述的两个焦点的斜率。水平条形图描述数据的平均值。用非参数魏氏秩和检验计算P值。请单击此处查看此图的较大版本.
电解 HMEC-1 细胞对 Lm 感染的依赖敏感性:
不同刚度的 PA 水凝胶, 所有表面涂层的胶原 i, 是建立在多井玻璃底部板, 如协议步骤 1所述 (见图 1)。AFM 的测量是为了确认水凝胶的确切刚度, 如前所述26,27 (见图 2)。过去的研究表明, 内皮细胞基底膜的局部顺应性可以从1帕 (例如, 脑组织) 到70帕 (例如, 主动脉)36,37,38,39,40. 因此, 我们选择测试驻留在矩阵上的 HMEC-1 细胞感染, 其刚度如下: 0.6 帕, 3 帕, 20 帕, 70 帕。对于每一个水凝胶刚度, 六水凝胶的制备, 以评估结果的重现性。
流式细胞术用于评估 HMEC-1 细胞对 Lm 感染的 ECM 刚度依赖性 (见图 3)。HMEC-1 细胞感染了 Lm 应变 (JAT985), 在内化后表达荧光标记 (actAp: mTagRFP), 只允许检测细胞内细菌 (见图 1L - 1N)。JAT985 也缺乏学报, 禁止细菌从细胞扩散到细胞, 因为学报对于形成肌动蛋白彗星尾巴和随后的细菌传播是必要的。7-8 h 感染后, 使用流式细胞仪对 HMEC-1 细胞感染进行评估。为了保证对单个细胞的分析, 细胞计数分布的大部分是使用正向散射图进行封闭的, 然后再执行第二个浇口步骤, 以排除展示自体荧光的细胞 (见图 3A - 3C).图 3所示的初步结果表明, 与驻留在软0.6 人民军水凝胶上的 HMEC-1 细胞相比, Lm 的 HMEC-1 感染大约是两倍大的, 与住在柔软的70人民的帕里的细胞相比较 (见图 3B -3D). 与软矩阵相比, HMEC-1 细胞在僵硬时的 lm 感染敏感性增加可能是由于: 1. 增加 lm 对 HMEC-1 的黏附力;2. 增加 Lm 入侵 HMEC-1;或3。以上两种都是共同发生的。为了测试哪个假说持有, HMEC-1 细胞被播种在软 (3 帕) 和僵硬 (70 帕) 水凝胶和感染组成性 GFP 表示 Lm (见图 4A - 4C)。样品在感染后不久就被固定, 而外部 (附着) 的细菌则被抗体染色。使用定量显微镜, 我们发现, 当宿主细胞与软凝胶相比时, HMEC-1 的细菌附着在僵硬的情况下 (见图 4D)。与流式细胞仪数据一致, 当宿主细胞与软凝胶相比时, HMEC-1 的细菌内化程度明显增加 (见图 4E)。然而, 无论基底硬度 (见图 4F), Lm 进入 HMEC-1 细胞的入侵效率 (细菌内化/细菌总数) 是相似的。
Lm 感染 HMEC-1 细胞的牵引力显微术:
HMEC-1 细胞的 Lm 感染可改变受感染宿主细胞的生物力学, 包括附着于其 ECM 或彼此的强度, 影响其屏障完整性。我们试图用牵引力显微镜32计算细胞 ECM 牵引力和单层应力显微镜41计算胞内张力, 以此来评估这种情况是否可能。图 5描述了在不同时间点感染后的 20-帕水凝胶 HMEC-1 细胞的形变场、牵引应力场和细胞内张力场的分布图。图 5A - 5D指未感染的控制 HMEC-1 细胞, 而图 5E - 5H指的是 HMEC-1 细胞感染 Lm 在多重感染等于300细菌/细胞。这项初步工作表明, 受感染的 HMEC-1 细胞降低其细胞 ECM 和细胞内应力的程度, 在感染的过程中, Lm, 而这是没有观察到未感染的控制细胞。
ECM 刚度依赖性 Lm 在 HMEC-1 单分子膜中的传播:
采用时移显微术研究了基质刚度对 Lm 通过 HMEC-1 膜传播的影响。当 Lm 通过单层传播时, 细菌会产生一种感染的焦点, 作为时间的函数而增长 (参见图 6a和视频图 1和2)。感染焦点的面积是通过绘制一个凸壳来测量的, 这个最小的凸多边形包含一组点, 围绕细菌42。在这一领域中, 没有标准的指标来衡量L. 李斯特细胞对细胞的效率, 通过一层宿主细胞传播。为了评估传播效率, 一些人计算了感染焦点41中的宿主细胞数, 另一些人在感染宿主细胞组43周围手动绘制了边界。我们选择在细菌周围画一个凸多边形, 因为它是一个自动化的、一致的、计算性很低的过程, 用来测量李斯特菌传播的效率.通过这样做, 我们发现在70帕水凝胶上播种的 HMEC-1 细胞的感染焦点区域略有减少 (见图 6B和视频图 1和2)。为了确定感染焦点的生长速率, 通过取感染焦点区域的平方根并将其与 pi 进行划分, 将径向距离绘制为时间函数。这种数学变换假定感染焦点的形状大致为圆形44。为了测量聚焦生长的速度, 测量了3和70帕矩阵的径向距离的变化率 (即斜率)。这一方法阐明, 感染焦点增长更快, 单调的 HMEC-1 细胞播种到3人民军矩阵。然而, 聚焦在 70-帕矩阵上的单元格 (见图 6C), 其对焦速度明显减慢 (前200分钟) 和稍慢 (200 至600分钟)。事实上, 对进一步数据的分析证实, 在70帕的矩阵中, 感染焦点平均增加了两倍, 特别是在前200分钟 (见图 6D)。

图 3: 应用流式细胞仪测量 HMEC-1 细胞对 Lm 入侵的依赖敏感性. HMEC-1 细胞感染 Lm (JAT985), 通过流式细胞仪对感染进行分析。这个面板显示了一个来自一个井的代表性 HMEC-1 细胞的侧向散射图。通过门控选择细胞的体积分布, 排除碎片 (左) 和细胞双峰或三胞胎 (右)。这张图显示了每个细胞的 Lm 荧光强度对数的直方图, 用于在软0.6 帕上镀 HMEC-1。这张图显示了 HMEC-1 在70帕水凝胶上镀的每细胞的 Lm 荧光强度的对数直方图。N = 4-6 复制的直方图以不同的颜色显示。控制未感染细胞的直方图是紫色的。用来定义被感染的门是用红色显示的。该语言为 100, 感染评估8小时后感染。D. 数据显示受感染的 HMEC-1 细胞与水凝胶硬度的百分比 (N = 5)。水平条形图描述数据的平均值。用非参数魏氏秩和检验计算P值。请单击此处查看此图的较大版本.

视频图 1:通过在3帕基板上播种的 HMEC-1 细胞单层 (相位) 传播胞内 Lm (红色通道). 细胞在莱博维茨的 L-15 媒介 (10% 个血清, 20 µg/毫升庆大霉素) 被成像在一个环境房间平衡到37˚C。这些图像每5分钟收集一次。电影速度是15帧/秒.请单击此处查看此视频。(右键单击可下载.

视频图 2: 通过在70帕基板上播种的 HMEC-1 细胞单层 (相位) 传播胞内 Lm (红色通道). 细胞在莱博维茨的 L-15 媒介 (10% 个血清, 20 µg/毫升庆大霉素) 被成像在一个环境房间里平衡到37°c。这些图像每5分钟收集一次。电影速度是15帧/秒.请单击此处查看此视频。(右键单击可下载.
| 杨氏模量 (E, 人民军) | 丙烯酰胺% (从40% 库存) | Bisacrylamide% (从2% 股票) |
| 0。6 | 3 | 0.045 |
| 3 | 5 | 0.075 |
| 10 | 10 | 0.075 |
| 20 | 8 | 0.195 |
| 70 | 10 | 0.45 |
表1。变刚度聚丙烯酰胺 (PA) 水凝胶的组成.在这个表中, 40% 的丙烯酰胺溶液的百分比和2% 双丙烯酰胺溶液的百分比达到给定的刚度 (杨氏模量, E) 在不同的列表示。

补充材料1。计算牵引应力计算胞内张力.请单击此处下载此文件.
作者没有什么可透露的。
我们开发了一种多井格式的聚丙烯酰胺检测方法, 以探讨细胞外基质硬度对黏附细胞细菌感染的影响。该检测与流式细胞术、染色和牵引力显微镜相兼容, 可以定量测量细胞、胞外基质和致病细菌之间的生物力学相互作用。
我们感谢 m. 页脚, r. Lamason, m. Rengaranjan, 以及 Theriot 实验室成员的讨论和实验支持。这项工作得到了 NIH 的 R01AI036929 (J.A.T.)、HHMI (J.A.T.)、HHMI 研究中心 (F.E.O.)、斯坦福大学研究生联谊会 (F.E.O.) 和美国心脏协会 (E.E.B.) 的支持。流式细胞术是在斯坦福共享的资产管制设施进行的。
| <强>试剂强> | |||
| 氧化钠沉淀 | Fisher | S318-500 | |
| (3-氨基丙基)三乙氧基硅烷 | Sigma | A3648 | 25%|
| 戊二醛 | Sigma | G6257-100ML | |
| 40% 丙烯酰胺 | Sigma | A4058-100ML | |
| 双丙烯酰胺溶液 (2%w/v) | Fisher Scientific | BP1404-250 | |
| 荧光球羧酸盐修饰的微球,0.1 &μ;m,黄绿色荧光 (505/515) | Invitrogen | F8803 | |
| 过硫酸铵 | Fisher | BP17925 | |
| TEMED | Sigma | T9281-25ML | |
| 磺基-SANPAH | Proteochem | c1111-100mg | |
| 胶原蛋白,I 型来自大鼠的溶液 | Sigma | C3867-1VL | |
| 二甲基亚砜 (DMSO) | J.T. Baker | 9224-01 | |
| HEPES,游离酸 | J.T. Baker | 4018-04 | |
| Leibovitz's L-15 培养基,无酚红 | Thermofischer | 21083027 | |
| MCDB 131 培养基,无谷氨酰胺 | Life technologies | 10372019 | |
| Foundation 胎牛血清,批次:A37C48A | Gemini Bio-Prod | 900108 500ml | |
| 表皮生长因子,EGF | Sigma | E9644 | |
| 氢化可的松 | Sigma | H0888 | |
| L-谷氨酰胺 200mM | Fisher | SH3003401 | |
| DPBS 1X | Fisher | SH30028FS | |
| 硫酸庆大霉素 | MP 生物医学 | 194530 | |
| 氯霉素 | Sigma | C0378-5G | |
| Difco TM 琼脂,颗粒状 | BD | 214530 | |
| BBL TM 脑心输液 | BD | 211059 | |
| Hoechst 33342,三盐酸盐,三水合物 - 10 mg/ul 水溶液 | Invitrogen | H3570 | |
| 甲醛 16% EM 级 | 电子显微镜 | 15710-S | |
| 抗单核细胞增生李斯特菌抗体 | Abcam | ab35132 | |
| 山羊抗兔 IgG (H+L) 二抗,Alexa Fluor®546 偶联物 | Thermofischer | A-11035 | |
| 0.25% 胰蛋白酶-EDTA,酚红 | Thermofischer | 25200056 | |
| 来自梭状芽胞杆菌的胶原酶 | Sigma | C8051 | |
| 硫酸链霉素 | Fisher Scientific | 3810-74-0 | |
| 蔗糖 | Calbiochem | 8510 | |
| 十二烷基硫酸 | 钠Thermofischer | 28364 | |
| MES 粉末 | Sigma | M3885 | |
| KCl | J.T. Baker | 3040-05 | |
| MgCl2 | J.T. Baker | 2444-1 | |
| EGTA | Acros | 40991 | |
| 一次性实验室设备 | |||
| 12 mm 圆形玻璃盖玻片 | Fisherbrand | 12-545-81 | No. 1.5 盖玻片 |10 mm 玻璃直径 |无涂层 |
| 玻璃底 24 孔板 | Mattek | P24G-1.5-13-F | |
| 5 ml 聚苯乙烯管,35 μ;M 细胞过滤器盖 | Falcon | 352235 | |
| T-25 培养瓶 | Falcon | 353118 | |
| 50 ml 锥形管 | Falcon | 352070 | |
| 15 ml 锥形管 | Falcon | 352196 | |
| 一次性血清移液器 (1 ml、2 ml、5 ml、10 ml、25 ml) | Falcon | 357551 | |
| 巴斯德玻璃移液器 | VWR | 14672-380 | |
| 移液器吸头 (1-200 μl, 101-1000 μl) | Denville | P1122、P1126 | |
| 无粉检查手套 | Microflex | XC-310 | |
| 比色皿细菌 | Sarstedt | 67.746 | |
| 剃须刀 | VWR | 55411-050 | |
| 注射器针头 | BD | 305167 | |
| 0.2um 消毒瓶 | Thermo Scientific | 566-0020 | |
| 20ml 注射器 | BD | 302830 | |
| 0.2um 过滤器 | Thermo Scientific | 723-2520 | |
| 木棍 | Grainger | 42181501 | |
| Saran wrap | Santa Cruz Biotechnologies | sc-3687 | |
| 板 细菌 | Falcon | 351029 | |
| 大型/非一次性实验室设备 | |||
| 组织培养罩 | Baker | SG504 | |
| 血细胞计数器 | Sigma | Z359629 | |
| 细菌培养箱 | Thermo Scientific | IGS180 | |
| 组织培养箱 | NuAire | NU-8700 | |
| 倒置尼康透射 200 落射荧光显微镜 | 尼康 | NIKON-DIAPHOT-200 | |
| 笼式培养箱 | Haison | 定制 | |
| Scanford FACScan 分析仪 | Stanford 和 Cytek 升级了 FACScan | 定制 | |
| 移液器辅助 | 器Drummond | 4-000-110 | |
| 移液器 (10 μl, 200 μl, 1000ul) | Gilson | F144802, F123601, F123602 | |
| pH 计 | 梅特勒-托利多 | 30019028 | |
| 钳 | FST | 11000-12 | |
| 1 L 培养瓶 | Fisherbrand | FB5011000 | |
| 高压灭菌机 | Amsco | 3021 | |
| 搅拌磁板 | Bellco | 7760-06000 | |
| 磁力搅拌棒 | Bellco | 1975-00100 | |
| 分光光度计 | Beckman | DU 640 | |
| Scanford FACScan 分析仪 | Cytek Biosciences | Custom Stanford 和 Cytek 升级的 FACScan | |
| 软件 | |||
| 显微镜软件 (μManager) | Open Imaging | ||
| Matlab | Matlab Inc | ||
| Flowjo | FlowJo, LLC | ||
| 自动图像分析软件 CellC | https://sites.google.com/site/cellcsoftware/ | 该软件是免费提供的。E可执行文件和 MATLAB 源代码可在 https://sites.google.com/site/cellcsoftware/ |