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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
该协议展示了一种直接而稳健 的方法来研究原位 轴突生长和生长锥动态。它描述了如何制备 离体 生理相关的急性脑切片,并提供了用户友好的分析管道。
在神经元发育过程中,轴突在皮质环境中导航以到达其最终目的地并建立突触连接。生长锥 - 位于发育轴突远端尖端的感觉结构 - 执行此过程。研究生长锥的结构和动力学对于理解轴突发育以及与周围中枢神经系统(CNS)的相互作用至关重要,这些相互作用使其能够形成神经回路。在基础研究和临床前环境中设计将轴突重新整合到损伤后神经回路的方法时,这是必不可少的。到目前为止,对生长锥动力学的一般理解主要基于对二维(2D)培养的神经元的研究。虽然2D研究无疑是当前生长锥结构动力学和对刺激响应的知识的基础,但2D研究歪曲了完整中枢神经系统组织中神经元生长锥所遇到的生理三维(3D)环境。最近,胶原蛋白凝胶被用来克服其中一些限制,从而能够在3D中研究神经元发育。然而,合成的2D和3D环境都缺乏CNS组织内的信号线索,这些信号线索指导着发育中轴突的延伸和寻路。该协议提供了一种使用有机指型脑切片研究轴突和生长锥的方法,其中发育中的轴突遇到生理相关的物理和化学线索。通过将 子宫内 微调和 宫外 电穿孔相结合,稀疏地递送荧光报告基因以及超分辨率显微镜,该协议为轴突和生长锥动力学 的原位可视化提供了方法学管道。此外,还包括对长期和活细胞成像数据分析的详细工具包描述。
神经元是高度极化的细胞,代表神经系统中的基本计算单位。它们接收和发出依赖于输入和输出站点划分的信息:树突和轴突,分别为1。在开发过程中,轴突在导航令人难以置信的复杂环境以到达目的地时会延伸。轴突导航由生长锥引导,生长锥是位于发育轴突尖端的感觉结构。生长锥负责检测环境线索并将其转化为其细胞骨架2,3的动态空间重组。由此产生的形态力学反应指示生长锥从触发线索延伸或缩回,从而导致特定的轴突机动。
目前对轴突延伸和生长锥动力学的理解源于评估轴突在二维(2D)底物上生长的研究2,4,5,6,7。这些开创性研究确定了生长锥和生长基质之间复杂的相互作用,并揭示了取决于基材特性(如粘附性和刚度8,9)的显着差异。在这些见解的引导下,细胞外环境线索被假设为决定轴突生长,生长锥细胞骨架执行这种生长2,10,11,12。值得注意的是,神经元可以延长非粘性基质(例如,聚赖氨酸,聚鸟氨酸)中的轴突13。此外,基材刚度可以独立于细胞粘合剂复合物8影响轴突生长速率。因此,单独研究2D基质中的生长锥动力学不能准确地模拟轴突生长锥与生理相关三维(3D)环境(例如体内发现的那些)相互作用所产生的力的平衡。
为了克服2D测定的局限性,在3D基质8,9中研究了轴突生长和生长锥动力学。这些基质提出了更多的生理背景,但允许研究轴突生长的细胞内在机制。它能够在各种条件和药物治疗中以单细胞方式进行生长锥检查9。在这样的3D环境中,轴突表现出明显的细胞骨架动力学,并且比在2D培养神经元中观察到的轴突生长得更快9。这些优雅的研究表明,额外维度对生长锥细胞骨架的重组以及因此对其行为的影响。
尽管3D矩阵在支持天然神经元发育和轴突生长方面比2D表面具有明显的优势,但它们仍然是一个简化的合成支架,无法反映在中枢神经系统(CNS)组织中观察到的动力学的复杂性。在这里,通过宫外和子宫电穿孔递送报告质粒与脑器官切片培养和原位实时超分辨率成像相结合,以分析生理背景下的生长锥动力学。该方法允许在体验体内环境的三维性及其物理化学组成的复杂性的同时可视化发育轴突。最后,描述了使用常用许可和公开可用的软件测量轴突生长和生长锥动力学的用户友好型程序。
动物实验必须符合相关的机构和联邦法规。胚胎第15.5天和第12.5(E15.5和E12.5)怀孕的雌性C57BL / 6JRj小鼠用于该方案。实验是根据北莱茵 - 威斯特法伦州环境局(Landesamt für Natur,Umwelt und Verbraucherschutz(LANUV))的动物福利法案进行的。
1. 注射用质粒的制备
2. 溶液的制备
3. 手术台的准备
4. 胚胎提取
5. 宫外 电穿孔术
6 . 子宫内 电穿孔术 (IUE)
7. 脑提取和嵌入琼脂糖
注意:建议在解剖显微镜下执行以下步骤,以提高精度。避免对大脑的损害对于手术的成功至关重要。
8. 有机切片培养
注意:用70%-96%乙醇清洁振动切片机和周围表面,以避免切片污染。振动工作站的设置(见 材料表)如图 3B所示。
9. 免疫组化
10. 成像采集
注意:无论DNA递送方法(IUE或EUE),切片都在同一发育年龄范围内(E17.5-E18.5)进行分析。IUE允许神经元祖细胞 在体内分裂和发育两天。另一方面,EUE允许跟踪早期发育事件。
11. 数据分析
示出了用所述方法工作流程获得的代表性结果。在本演示中使用了E15.5小鼠,尽管该方案很容易适应从E11到E17晚期的几乎所有胚胎年龄。在该协议中,宫外电穿孔(EUE;图2A,2C-I)或在子宫电穿孔(IUE;图2B,C和2J-Q)用于将质粒递送到外侧脑室衬里的祖细胞神经元中。这些祖细胞是未来皮质投射神经元(CPN)的来源15,16。制备质粒混合物以驱动膜靶向(Lyn)-mNeonGreen(图1A)或LifeAct增强(E)GFP(图1B)的稀疏神经元特异性表达,以分别评估生长锥中的整体行为和肌动蛋白动力学。此外,还包括旨在用turbo(t)-RFP或zoanthus sp.(Zs)绿色荧光蛋白(ZsGreen)标记单个神经元的质粒混合物(图1C)。这有助于监测来自独立相邻神经元的生长锥行为。
从电穿孔胚胎中解剖大脑是一个关键步骤,需要仔细进行以获得高质量的切片,从而保留天然的大脑结构。事先制备解剖器械和振动切片机并仔细乙醇灭菌(图3A,B)。接下来,仔细解剖电穿孔胚胎的头部并提取大脑。在这里,显示了从E15(图3C-F)和E12.5(图3G-J)处进行EUE的胚胎的代表性大脑解剖。将大脑立即包裹在琼脂糖基质中,切片,并放置在底部玻璃培养皿内的PTFE膜插入物上进行孵育(图3K-M)。
脑切片的健康状况是控制以确保可靠结果的重要点。每天对任何污染物进行目视检查。此外,一旦培养完成,脑切片被固定并进行免疫组化。在这里,4',6-二脒-2-苯基吲哚(DAPI)用于控制整体细胞组织和维门汀染色以揭示神经胶质组织;特别是径向神经胶质细胞(RG)支架。通常,从IUE或EUE衍生的成功培养的脑切片显示出DAPI和具有顶端导向pial接触过程的某种有组织的RG阵列17 所揭示的正常细胞分布(分别为图4A,B)。偶尔,在培养的脑切片中观察到RG支架的显着紊乱,特别是在EUE电穿孔衍生的那些中(图4C)。具有极度无序RG支架的脑切片显示神经元迁移受损和轴突生长缺陷(未显示)。因此,控制RG支架是一种简单的培养后方法,可以对从可靠的脑切片获得的数据进行分类。
来自IUE或EUE的脑切片与Lyn-mNeonGreen表达质粒混合物导致类似的稀疏神经元标记。以表达Lyn-mNeonGreen及其生长锥体的动态行为为示例显示一个代表性的金字塔CPN(图5A 和 补充视频1, 左上角)。此外,使用表达肌动蛋白探针的质粒标记神经元,以 原位 分析轴突生长锥的肌动蛋白动力学(图5B 和 补充视频1, 左下角)。还使用双Cre / Dre荧光团表达质粒设计进行 原位 实验(图1C 和 补充视频1,右)。该质粒中的tRFP或ZsGreen荧光团可以分别由邻近神经元中的Dre或Cre重组酶特异性和单独激活(图5C)。该实验阵容允许并排分析来自具有相邻修饰神经元的控制神经元的生长锥(任何给定的功能损失或增益)。这规避了因使用不同切片来测试控制和实验条件而产生的可变性。
分析从记录的电影中生成的Kymographs,从中可以很容易地获得动态生长参数,例如随时间推移的突出活动和生长长度(图6A)。请注意,对延时时间分辨率进行简单调整,可以测量轴突伸长速度2小时(图6A)。此外,生长锥体积随时间的变化 - 一般生长锥动态活动的度量 - 可以很容易地获得,在这种情况下使用许可软件(图6B 和 图6E,F)。这可用于评估肌动蛋白跑步机的速度以及生长锥探索活动期间丝状体/薄片的平衡。

图1:方案中使用的质粒方案。 (A)pCAG-lox-STOP-lox-Lyn-mNeonGreen。(B) p-Tub-α-1-LifeAct-GFP.(C) pCAG-lox-rox-STOP-rox-tRFP-pA-lox-ZsGreen-pA.有关质粒组分和荧光基团来源的相关信息可在包装盒中找到。 请点击此处查看此图的大图。

图2:E15.5小鼠的子宫 外 和 子宫 内电穿孔的工作流程。 (一)建立 宫外 电穿孔手术站。(二)建立 子宫 内电穿孔手术站。(C)子宫角拉到麻醉小鼠腹腔外。(D)从子宫袋中提取胚胎。(E) 通过 对角切口完全切除脊髓横断进行胚胎处死;请注意,避免了斩首。(F)将胚胎置于支架中,并将DNA / Fast Green混合物注射到左心室外侧室中。(G,H)将胚胎的头部置于铂镊子电极之间,阴极(红色箭头)以60°角在皮层上。(I)将胚胎的手臂(黑色箭头)放置在支架外,以防止在手术过程中胚胎滑动。(J)胚胎在子宫袋内旋转以暴露头部。(K,L)通过子宫壁将DNA /Fast Green混合物注射到胚胎的侧脑室中。(M)将胚胎的头部置于铂镊子电极之间,阴极(红色箭头)以60°角在皮质上。(N) 通过 运行锁定缝合线缝合肌肉切口。(O) 通过 中断缝合缝合的皮肤切口。(P)使用手术伤口夹固定伤口并使用betadine进行消毒。(Q)将小鼠置于具有远红外加热光的回收笼中。 请点击此处查看此图的大图。

图3:提取E15.5和E12.5脑和有机结构切片培养程序。 (A)用于大脑提取程序的工具。(二)设立有机培养站。(C-F)提取E15.5脑。(G-J)提取E12.5脑。虚线突出显示切口的位置。红色箭头指出了用镊子拉动的方向。(K)将大脑嵌入含有3%低熔度琼脂糖的3厘米培养皿中,在大脑下方留下1-2毫米琼脂糖间距间隙。(L)收集150μm的脑切片。(M)将脑切片放置在PTFE膜上,该插入物使用石蜡膜固定在35毫米培养皿中(蓝色箭头)。红星标记表示从振动切片机(L)收集的给定脑切片并将其转移到PTFE膜(M)。请点击此处查看此图的大图。

图4:健康有机钅型切片中保守的桡骨神经胶质细胞结构。 E17.5脑切片的共聚焦图像显示RG阵列(vimentin;绿色)和整体细胞组织(DAPI;洋红色),遵循IUE(A)和EUE(B,C)。请注意 RG 阵列中偶尔可能由 EUE (C) 引起的强烈干扰。放大倍率对应于主图中的红色虚线框:比例尺,10 μm 。请点击此处查看此图的放大版本。

图5:急性有机切片中生长锥动力学 的原位 可视化。 (A,B)神经元及其相应的生长锥分别用Lyn-mNeonGreen和LifeAct-GFP标记。红星标记表达林恩-mNeonGreen神经元的生长锥。蓝色星号标记生命Act-GFP表达神经元的生长锥。(C)用含有tRFP(洋红色)和ZsGreen(绿色)的双质粒系统标记的相邻神经元及其相应的生长锥。成像的生长锥(右)在捕获的帧(左)之外,在获得生长锥延时后不久获得;比例尺,5 μm。 请点击此处查看此图的大图。

图6:轴突生长速度和生长锥体积的分析。(A)表达Lyn-mNeonGreen的神经元(顶部)及其相应的Kymograph(下图)上使用ImageJ生成的轴突示踪。(B)使用图像分析软件重建生长锥的z-stack视频(上图)和使用表面测量工具突出显示的相同生长锥(下图)。(C)显示几个轴突的生长速度随时间变化的图表。(D)轴突的平均生长速度在(C)中量化。(E)显示生长锥体积随时间变化的图形。(F) 生长锥的平均体积在(E)中量化;比例尺,5 μm。请点击此处查看此图的大图。

图7:锥体皮质神经元的径向迁移和神经元极化。 图示了发育中的锥体皮质神经元(粉红色)从生发室区(VZ)向软脑膜表面放射状迁移。在径向神经胶质细胞过程(灰色)的指导下,迁移的极化神经元建立了一个领先的过程,即未来的树突,以及尾随过程,即未来的轴突,该过程继续向下延伸到中间区(IZ)。红色虚线框表示对生长锥进行成像的皮质区域。特别是在IZ,室下区(SVZ)或连接轴突束(绿色)中。该插图是使用基于 Web 的工具 BioRender.com 创建的。 请点击此处查看此图的大图。
| 质粒 | 浓度(微克/微升) | 预期用途 |
| pCAG-lox-STOP-lox-Lyn-mNeonGreen | 0.25 | 膜靶向蛋白(Lyn)的标记 |
| + | + | |
| p-浴缸-α-1-iCre | 0.08 | |
| p-Tub-α-1-LifeAct-GFP | 0.125 | 生长锥中的丝状肌动蛋白(F-肌动蛋白)标记 |
| pCAG-lox-rox-STOP-rox-tRFP-lox-Lyn-ZsGreen | 1 | 独立标记两个相邻神经元群体 |
| + | + | |
| p-浴缸-α-1-iCre | 0.004 | |
| + | + | |
| p-浴缸-α-1-肾 | 0.2 |
表1:议定书中使用的质粒清单。 每种利用质粒的名称、浓度和预期用途。
补充视频1:急性有机细胞切片中生长锥动力学的原位可视化。用Lyn-mNeonGreen(左上角)和LifeAct-GFP(左下角)标记的生长锥的动力学。相邻的生长锥体用含有tRFP(洋红色;右上)和ZsGreen(绿色;右下角)的双质粒系统进行差异标记。成像间隔,2.5秒。比例尺,5 μm。请点击此处下载此文件。
作者没有什么可透露的。
该协议展示了一种直接而稳健 的方法来研究原位 轴突生长和生长锥动态。它描述了如何制备 离体 生理相关的急性脑切片,并提供了用户友好的分析管道。
我们要感谢Maria Eugenia Bernis拍摄了这些程序。我们还要感谢Emily Burnside,Emily Handley,Thorben Pietralla,Max Schelski和Sina Stern阅读和讨论手稿。我们感谢我们杰出的技术助理Jessica Gonyer,Blanca Randel和Anh-Tuan Pham。我们感谢 DZNE 光学显微镜设施和动物设施的宝贵支持。这项工作得到了Deutsche Forschungsgesellschaft(DFG),国际截瘫研究基金会(IRP)和Wings for Life(至F.B)的支持。F.B.是卓越集群 ImmunoSensation2、SFBs 1089 和 1158 的成员,并且是 Roger De Spoelberch 奖的获得者。
| Adson 镊子 | Fine Science Tools | 11006-12 | |
| Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A21202 | 山羊抗小鼠 |
| Alexa Fluor 647 | Invitrogen | A21236 | 山羊抗小鼠 |
| 抗波形蛋白抗体 | sigma-Aldrich | V2258-.2ML | 单克隆小鼠、克隆 LN-6、腹水 |
| B27 补充剂 | ThermoFisher Scientific | 17504044 | |
| Betadine | B. Braun | 3864154 | |
| Biozym Sieve GP 琼脂糖 | Biozyme | 850080 | |
| Braunol, Sprühflasche | B. Braun | 3864073 | |
| 丁丙诺啡 (Temgesic) | GEHE Pharma | 345928 | |
| DAPI | sigma-Aldrich | D9542 | |
| DMZ 非病毒电极拉拔器 | Zeitz | NA | |
| 电动剃须 | 刀Andes | NA | ProClip UltraEdge Super 2-Speed 型号 |
| 恩诺沙星 (Baytril) | 拜耳 | 3543238 | 2,5% (wt/vol) |
| Eppendorf 微量加载器移液器吸头 | FischerScientific | 10289651 | |
| Fast Green FCF | Sigma-Aldrich | F7252-5G | 染料含量 ≥ 85 % |
| 胎牛血清 | ThermoFisher Scientific | 10500064 | |
| 斐济 2.1.0 | NIH | NA | https://imagej.net/software/fiji/downloads |
| 精细剪刀 | Fine Science Tools | 14058-09 | ToughCut/Straight/9cm FluoroDish |
| 细胞培养皿 | World Precision Instruments | FD5040-100 | |
| Fluoromount 水性封固剂 | sigma-Aldrich | F4680-25ML | |
| 葡萄糖 | MedPex | 3705391 | 5% |
| GlutaMAX 补充剂 | ThermoFisher Scientific | 35050061 | |
| 甘氨酸 | Sigma-Aldrich | G8898 | |
| HBSS | Life Technologies | 14025092 | 钙、镁、无酚红 |
| 马血清 | Pan-Biotech | P30-0711 | |
| Imaris 9.7.2 | Bitplane | NA | https://imaris.oxinst.com/products/imaris-for-neuroscientists |
| 异氟烷 | Virbac | NA | |
| 等渗盐水解决方案 | B. Braun | 8609261 | 0.90% |
| Leica VT1200 S 振动切片机 | Leica | 14048142066 | |
| LSM 880 与 Airyscan | 、Zeiss | NA | |
| Metacam | 、Venusberg Apotheke | 8890217 | 5 mg/ml |
| 小鼠 | Janvier Labs | NA | C57BL/6JRj |
| Micro-Adson 镊子 | 精细科学工具 | 11018-12 | |
| 微量移液器储存罐 | World Precision Instruments | E210 | 16.16.27 |
| Microsoft Excel | Microsoft | NA | https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/p/excel/cfq7ttc0k7dx?activetab=pivot:overviewtab |
| Millicell 细胞培养说明书 | EMD Millipore | PICM0RG50 | 30 mm,亲水性 PTFE,0.4 &微;m |
| Moria 多孔勺 | 精细科学工具 | 10370-18 | |
| Moria 勺 | 精细科学工具 | 10321-08 | |
| Neurobasal 培养基,不含酚红 | ThermoFisher Scientific | 12348017 | |
| Neuropan-2 补充剂 | Pan-Biotech | P07-11010 | |
| 正常山羊血清 | Abcam | ab138478 | |
| Olsen-Hegar 带剪刀的针架 | 精细科学工具 | 12002-12 | |
| p-Tub-alpha-1-Dre | Addgene | 133925 | |
| p-Tub-alpha-1-iCre | Addgene | 133924 | |
| p-Tub-alpha-1-LifeAct-GFP | Addgene | 175437 | |
| 封口膜 | VWR | 52858-000 | |
| 多聚甲醛 | sigma-Aldrich | P6148 | |
| PBS | Sigma-Aldrich | P3813-10PAK | |
| pCAG-lox-rox-STOP-rox-tRFP-lox-Lyn-ZsGreen | Addgene | 175438 | |
| pCAG-lox-STOP-lox-Lyn-mNeonGreen | Addgene | 175257 | |
| 青霉素-链霉素 | ThermoFisher Scientific | 15140122 | |
| PicoNozzle Kit v2 | 世界精密仪器 | 5430-ALL | |
| 铂镊子 | 哈佛仪器 | 45-0487 | 1 毫米/3 毫米 |
| QIAGEN Maxi 套件 | QIAGEN | 12162 | |
| 反射式伤口闭合 Clip | World Precision Instruments | 500344-10 | 7 毫米 |
| Sekundenkleber Pattex 迷你三重奏 | Lyreco | 4722659 | |
| 方波电穿孔系统 ECM830 | 哈佛仪器 | W3 45-0052 | |
| 无菌纱布 | Braun Askina | 9031216 | |
| 无菌润滑剂眼膏 | Bayer Vital | PZN1578675 | |
| 无菌外科手套 | Sempermed | 14C0451 | |
| 蔗糖 | Roth | 4621.2 | |
| Supramid 5-0 手术丝缝合线 | B. Braun | NA | |
| 薄壁玻璃毛细管 | World Precision Instruments | TW100-4 | |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100 | |
| Vannas 弹簧剪刀 | 精细科学工具 | 15000-03 | |
| µ-Slide 8 孔玻璃底 | Ibidi | 80827 |