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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
该协议描述了一种可重新配置的基于膜的细胞培养平台,该平台将开孔形式与流体流动功能集成在一起。该平台与标准方案兼容,并允许在开孔和微流控培养模式之间进行可逆过渡,以满足工程和生物科学实验室的需求。
微生理系统是小型化的细胞培养平台,用于在实验室环境中模拟人体组织的结构和功能。然而,这些平台尚未在生物科学实验室中得到广泛采用,尽管缺乏流体流动能力,但基于膜的开放式方法仍是模拟组织屏障的黄金标准。这个问题主要归因于现有的微生理系统与为明井系统开发的标准协议和工具不兼容。
在这里,我们提出了一种协议,用于创建具有开井结构、流量增强能力以及与传统协议兼容的可重构膜平台。该系统采用磁性组装方法,可在开井和微流体模式之间进行可逆切换。通过这种方法,用户可以灵活地使用标准方案以开孔形式开始实验,并根据需要添加或删除流动功能。为了证明该系统的实际用途及其与标准技术的兼容性,以开孔形式建立了内皮细胞单层。该系统被重新配置以引入流体流动,然后切换到开孔形式以进行免疫染色和 RNA 提取。由于其与传统开井方案的兼容性和流量增强能力,这种可重构设计有望被工程和生物科学实验室采用。
血管屏障是将血室与周围组织分开的关键界面。它们通过吸引免疫细胞、控制分子通透性和屏蔽病原体侵入组织,在维持体内平衡方面发挥着关键作用 1,2。已经开发了体外培养模型来模拟体内微环境,从而能够系统地研究影响健康和疾病状态下屏障特性的因素和条件3,4。
对于这种培养模型,最广泛使用的方法是类似Transwell的"开孔"配置5,其中多孔的、迹状蚀刻的培养膜将充满培养基的隔室分开(图1A)。在这种形式下,细胞可以接种在膜的任一侧,并且已经开发了广泛的实验方案。然而,这些系统提供支持屏障成熟和模拟体内免疫细胞循环所必需的流体流动的能力有限 5,6。因此,它们不能用于需要引入药物剂量、机械刺激或流体诱导剪切应力的动态流动的研究 6,7,8。
为了克服开井系统的局限性,已经开发了将多孔培养膜与可单独寻址的流体通道相结合的微流体平台9。这些平台可精确控制流体路线、灌注和化合物的引入、受控剪切刺激和动态细胞添加功能7,10,11,12,13。尽管微流控平台提供了先进的功能,但由于复杂的微流控方案及其与既定的实验工作流程不兼容,它们尚未在生物科学实验室中得到广泛采用4,10,14。
为了弥合这些技术之间的差距,我们提出了一种协议,该协议采用磁性可重构的基于模块的系统。该系统可以根据实验的具体需要在开孔和微流控模式之间轻松切换。该平台具有一个开孔装置,称为m-μSiM(由硅膜实现的模块化微生理系统),具有100 nm厚的培养膜(纳米膜)。该纳米膜具有高孔隙率(15%)和玻璃状透明度,如图1B所示。它在物理上将顶部隔室与底部通道分开,允许跨生理长度尺度 15 的分子运输。与传统的轨迹蚀刻膜不同,传统的轨迹蚀刻膜在用明场成像对活细胞进行成像方面存在已知的挑战,纳米膜具有良好的光学和物理特性,可以清晰地看到膜表面两侧的细胞15,16,17。
本协议概述了专用播种和流动模块的制造,并解释了平台的磁性重构。它演示了如何在静态和动态条件下利用该平台建立内皮屏障。该演示表明,内皮细胞沿流动方向排列,在剪切刺激下剪切敏感基因靶标上调。
该设计可以根据实验要求和最终用户的偏好在各种模式下使用。在每次实验之前,请查阅 图2 所示的决策流程图,以确定方案的必要步骤和模块。例如,如果用户打算在整个实验过程中保持开孔格式,以直接将其与Transwell型系统进行比较,则细胞接种不需要图案模板。核心模块是市售的(见 材料表),超薄纳米膜可以从具有不同孔隙率和孔径的材料库中进行选择,以满足实验需求。
1. 图案模板的制作
注意:图案化模板用于将电池专门放置在膜芯片的多孔区域上,防止电池沉降到周围的硅层上,在添加流量模块后,它们可能会受到损坏16 (参见 图3)。单层的损坏会对屏障完整性产生不利影响,并影响实验结果。在开放、静态的培养中,模板是不必要的,因为没有损坏的风险。
2. 流量模块的制造
注:流量模块与核心模块的三叶草形孔具有相似的占地面积,并包括一个模制微通道(宽度 = 1.5 mm,高度 = 0.2 mm,长度 = 5 mm)。三叶草形状有助于在多孔培养区域上对齐通道(图5)。
3. 下部和上部亚克力外壳的制造
注意: 核心模块安装在下壳体中。外壳中嵌入式磁铁之间的吸引力将流量模块压缩并密封到核心模块(图 6)。
4. 流路的制造
注:闭环流路包含两个样品收集瓶作为储液器(图7)。入口储液器具有聚偏二氟乙烯 (PVDF) 过滤器,使细胞培养基与培养箱中的 CO2 浓度平衡。
5. 细胞接种
注意:与传统的膜插入物类似,可以在纳米膜上培养不同的细胞类型。二级细胞类型也可以在膜的另一侧的底部通道15中共培养。
6. 重新配置为微流控模式
7. 引入水流后以开井形式进行下游分析
注意:这里的培养时间取决于实验目标。用户可以根据自己的喜好以开孔或微流控形式进行下游分析(例如,免疫细胞化学、RNA 提取)。例如,如果首选开孔形式,则应重新配置系统以根据标准方案16,19进行分析。
如图6A所示,开井岩心模块最初位于由下部外壳和盖玻片形成的特定空腔内。随后,将包括微通道和接入端口的流量模块插入核心模块的孔中。如图6B所示,由于嵌入在下部和上部外壳中的磁体之间的磁吸引力,流量模块牢固地密封在膜的硅支撑层上。为了评估这种磁闭锁机制的有效性,进行了爆破压力测试,证明该系统可以承受高达 38.8 ± 2.4 kPa 的死角压力。这种压力耐受性大大超过了细胞培养应用中遇到的典型工作压力。此外,当流速高达 4000 μL/min 时,系统不会发生泄漏,这相当于培养区16 处的剪切应力为 74 达因/cm2。
在开发可以在开孔和微流控模式之间切换的平台时,必须仔细考虑细胞接种方法,这通常不是传统静态开孔平台16所关心的问题。通道边界周围单层的损坏可能会给实验结果带来复杂性20。为了解决这个问题,设计了一种可拆卸的模板,该模板适合核心模块的开口孔,并为细胞优先沉降在膜表面提供了一个特定的窗口(图3)。一旦细胞单层被图案化并达到汇合,用户就可以灵活地以开孔形式继续实验,或将平台重新配置为微流体模式,使细胞单层暴露在生理剪切应力下(图3)。磁性闭锁机构能够根据需要在开孔和微流控形式之间轻松切换。例如,该设备可以在流动刺激后恢复为开孔形式,使用户能够灵活地使用标准实验方案进行各种测定(例如免疫染色、RNA提取和分子渗透性测量)15,16。
在人体的生理环境中,血管屏障暴露于流动诱导的剪切应力,这是影响屏障结构和功能的关键生物物理线索5,21,22。因此,在微生理系统中增加流体流动是一个关键要求。为了证明该平台的多功能性,使用标准协议以开孔形式建立了HUVEC单层。静态培养 24 小时后,将平台重新配置为微流控模式,将细胞单层暴露在 10.7 达因/cm2 剪切应力下 24 小时。结果表明,在流动下培养的细胞沿流动方向排列,而无流动培养的细胞保持随机取向(图8A,B)。剪切刺激后,将平台重新配置为开孔形式,以使用标准方案提取RNA。结果表明,细胞暴露于剪切应力导致Kruppel样因子2(KLF2)和内皮一氧化氮合酶(eNOS)的上调,它们在健康血管中起着抗血栓和动脉粥样硬化保护功能等关键作用23,24(图8C)。

图1: 体外 血管屏障模型的比较。 (A)传统的Transwell样插入物和(B)开孔m-μSiM的示意图。汇合HUVEC单层的明场图像突出了轨道蚀刻膜和超薄纳米膜之间明场成像质量的差异。比例尺 = 100 μm。改编自Mansouri et al.16。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 2:决策流程图。 基于实验需求和下游分析偏好的流程图。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 3:平台的实验工作流程。 (A) 为了将细胞直接定位在多孔膜上,将可拆卸的图案模板插入核心模块的孔中(插图显示图案化的细胞,黄线显示微通道边界)。(B) 钢网可以保留或移除在用于静态细胞培养的设备中。(C) 要将平台重新配置为微流控模式,将模板替换为流量模块。由于采用磁封机构,配置可逆;可以拆卸外壳和流量模块以切换到开井模式。比例尺 = 200 μm。改编自Mansouri et al.16。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 4:模具示意图。 (A)模板模具。(B) 激光切割亚克力板。(三)模板模具的组装视图。(四)流量模组模具。(E) 激光切割亚克力板。(F) 流动模块模具的组装视图。三角形特征是对齐标记,便于将亚克力板附着到模具上。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 5:三叶草形流动模块的原理图。 (A) 流量模块与膜芯片之间的接触接口。流体流动的入口和出口以粉红色显示。(B) PDMS流量模块的3D图像。改编自Mansouri et al.16。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 6:用于器件重新配置的磁性组件。 (A) 用于将器件重新配置为微流控模式的组件示意图演示。具有相反磁极的嵌入式磁铁会引起密封的吸引力。(B) 重新配置的装置的横截面图,显示粉红色的血管通道和绿色的组织室。改编自Mansouri et al.16。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 7:流路的组装视图。 该回路由一个蠕动泵、两个用于供应细胞介质和阻尼波动的储液器、管道和一个用于将组件固定到位的丙烯酸平台组成。改编自Mansouri et al.16。 请点击这里查看此图的较大版本.

图 8:在开孔和微流控模式下培养的 HUVEC 的比较。 将细胞接种并在露天孔中培养24小时以建立汇合的单层。在随后的 24 小时内,一组设备被重新配置为微流体模式。(A) 在流动(10.7 dynes.cm-2 剪切应力)下培养的细胞沿流动方向排列(插图分别以绿色和蓝色显示细胞的肌动蛋白和细胞核)。(B) 在开孔形式中无流动培养的细胞未显示排列。雷达图中条形的长度显示了相应方向上的像元数。(C) 与无流动条件相比,在流动条件下培养的细胞显示出更高的 KLF2 和 eNOS 基因上调 (**p < 0.01,n = 3,平均值 ± SD)。比例尺 = 100 μm。改编自Mansouri et al.16。 请点击这里查看此图的较大版本.
附表1:不同流速下纳米膜表面的剪切应力。 该表提供了有关不同流速下纳米膜表面剪切应力值的信息。 请点击此处下载此文件。
补充编码文件1:模板模具的CAD模型。请点击此处下载此文件。
补充编码文件2:模板模具激光切割型腔的CAD模型。请点击此处下载此文件。
补充编码文件 3:流量模块的 CAD 模型。请点击此处下载此文件。
补充编码文件 4:用于流模块模具的激光切割型腔的 CAD 模型。请点击此处下载此文件。
补充编码文件 5:上壳体的 CAD 模型。请点击此处下载此文件。
补充编码文件 6:下壳体的 CAD 模型。请点击此处下载此文件。
补充编码文件7:亚克力阶段的CAD模型。请点击此处下载此文件。
J.L.M. 是 SiMPore, Inc. 的联合创始人,并持有该公司的股权。SiMPore正在将超薄硅基技术商业化,包括本研究中使用的膜。
该协议描述了一种可重新配置的基于膜的细胞培养平台,该平台将开孔形式与流体流动功能集成在一起。该平台与标准方案兼容,并允许在开孔和微流控培养模式之间进行可逆过渡,以满足工程和生物科学实验室的需求。
这项研究部分由美国国立卫生研究院资助,奖励编号为R43GM137651、R61HL154249、R16GM146687和NSF授予CBET 2150798。作者感谢RIT机械车间的铝模具制造。内容完全由作者负责,并不一定代表美国国立卫生研究院的官方观点。
| 0.5 x 0.86 微量流管 | Langer Instruments | WX10-14 &DG 系列 | |
| 1 毫米一次性活检穿头,Integra Miltex | VWR | 95039-090 | |
| 1x PBS 7.4 pH | ThermoFisher Scientific | 10010023 | |
| 20 号 IT 系列分配针 | 头Jensen Global | JG20-1.5X | |
| 21 号 NT PREMIUM 系列 斜角分配针头 | Jensen Global | JG21-1.0HPX-90 | |
| 3M 467 MP 压力敏感胶粘剂 (PSA) | DigiKey | 3M9726-ND | |
| 3M 468 MP 压敏胶粘剂 (PSA) | DigiKey | 3M9720-ND | |
| AlexaFluor 488 共轭鬼笔环肽 | ThermoFisher Scientific | A12379 | |
| Applied Biosystems 公司 TaqMan Fast Advanced 预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4444556 | |
| 牛血清白蛋白 (BSA),组分 V,98%,试剂级,Alfa Aesar,尺寸 = 10 g | VWR | AAJ64100-09 | |
| 透明耐刮擦和抗紫外线铸造亚克力板 | McMaster-Carr | 8560K171 | 12" x 12" x 1/16" |
| 透明耐刮擦和抗紫外线铸造亚克力板 | McMaster-Carr | 8589K31 | 12" x 12" x 3/32" |
| 透明 防刮和抗紫外线铸造亚克力板 | McMaster-Carr | 8560K191 | 12" x 12" x 7.64" |
| 康宁纤连蛋白,人,1 毫克 | 康宁 | 47743-728 | |
| 盖玻片,Globe Scientific,长 x 宽 = 24 x 60 毫米 | VWR | 10118-677 | |
| 陶氏SYLGARD 184硅胶灌封剂透明0.5公斤套件 | Ellsworth胶粘剂 | 4019862 | |
| EGM-2 内皮细胞生长培养基-2 BulletKit | Lonza | CC-3162 | |
| 夹具 A1&A2 | SiMPore 公司 | NA | |
| 夹具 B1&B2 | SiMPore 公司 | ||
| 含 RNase 抑制剂的 NA 高容量 cDNA 逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 4374966 | |
| 人脐静脉内皮细胞 (HUVEC) | ThermoFisher Scientific | C0035C | |
| 活/死细胞成像试剂盒 (488/570) | Thermo Fisher Scientific | R37601 | |
| 分子探针 Hoechst 33342,三盐酸盐,三水合物 | Thermo Fisher Scientific | H3570 | |
| 镀镍磁体(直径 4.75 mm,拉力 0.34 kg) | K&J Magnetics | D31 | 3/16" 直径 x 1/16 英寸厚 |
| 的多聚甲醛,4% w/v 水溶液,不含甲醇,Alfa Aesar | Fisher Scientific | aa47392-9M | |
| 蠕动泵 | Langer Instruments | BQ50-1J-A | |
| 光刻胶 SU-8 显影剂解决方案 | Fisher Scientific | NC9901158 | |
| PVDF 针式过滤器 | PerkinElmer | 2542913 | |
| 硅晶片 | 美国大学晶片 | 1196 | |
| SU-8 3050 | Fisher Scientific | NC0702369 | |
| 靶基因:eNOS (Hs01574659_m1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| 靶基因:GAPDH (Hs02786624_g1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| 靶基因:KLF2 (Hs00360439_g1) | ThermoFisher Scientific | 4331182 | |
| Thermo Scientific Pierce 20x PBS Tween 20 | Thermo Fisher Scientific | 28352 | |
| 运输管样品白色盖,5 mL,无菌 | VWR | 100500-422 | |
| TRI 试剂 | ThermoFisher Scientific | AM9738 | |
| 超薄纳米多孔膜芯片 | SiMPore Inc. | NPSN100-1L | 设计与所有 SiMPore 膜 |
| uSiM 组件 1 | SiMPore Inc. 兼容。 | NA | |
| uSiM 组件 2 | SiMPore Inc. | 那 |