Name: 单次读取和配对的最终从10微克总RNA的mRNA - Seq的Illumina的图书馆 (视频) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-10-27T13:00:00.000+00:00
Duration: 14 min 49 s
Description: 学习使用T7线性扩增技术从10纳克总RNA制备Illumina mRNA-Seq测序文库的方法。该方案支持单端和双端测序，适用于微量样本的基因表达分析，为激光捕获显微切割等难以获取的细胞群体研究提供可靠工具。

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

本工作获得了Morgridge研究所研究基金和威斯康星大学基金会的资助。我们感谢Krista Eastman提供的编辑协助。

<ol><li>Tang, F., Barbacioru, C., Wang, Y., Nordman, E., Lee, C., Xu, N., Wang, X., Bodeau, J., Tuch, B. B., Siddiqui, A., Lao, K., Surani, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((mRNA-Seq+whole-transcriptome+analysis+of+a+single+cell%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">mRNA-Seq whole-transcriptome analysis of a single cell.</a> Nature Methods. 6, 377-382 (2009).</li>
<li>Armour, C. D., Castle, J. C., Chen, R., Babak, T., Loerch, P., Jackson, S., Shah, J. K., Dey, J., Rohl, C. A., Johnson, J. M., Raymond, C. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Digital+transcriptome+profiling+using+selective+hexamer+priming+for+cDNA+synthesis%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Digital transcriptome profiling using selective hexamer priming for cDNA synthesis.</a> Nature Methods. 6, 647-649 (2009).</li>
<li>Mortazavi, A., Williams, B. A., McCue, K., Schaeffer, L., Wold, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+and+quantifying+mammalian+transcriptomes+by+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq.</a> Nature Methods. 5, 621-628 (2008).</li>
<li>Mamanova, L., Andrews, R. M., James, K. D., Sheridan, E. M., Ellis, P. D., Langford, C. F., Ost, T. W., Collins, J. E., Turner, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FRT-seq+amplification-free%2C+strand-specific+transcriptome+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">FRT-seq amplification-free, strand-specific transcriptome sequencing.</a> Nature Methods. 5, 130-132 (2010).</li>
<li>Sengupta, S., Ruotti, V., Bolin, J., Elwell, A., Hernandez, A., Thomson, J., Stewart, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+consistent%2C+fully+representative+mRNA-Seq+libraries+from+ten+nanograms+of+total+RNA%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">Highly consistent, fully representative mRNA-Seq libraries from ten nanograms of total RNA.</a> Biotechniques. 49, 898-904 (2010).</li>
<li>Langmead, B., Trapnell, C., Pop, M., Salzberg, S. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultrafast+and+memory-efficient+alignment+of+short+DNA+sequences+to+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome.+Biology%22%5BJournal%5D)">Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.</a> Genome. Biology. 10, R25-R25 (2009).</li>
<li>Li, B., Ruotti, V., Stewart, R. M., Thomson, J. A., Dewey, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNA-Seq+gene+expression+estimation+with+read+mapping+uncertainty%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechniques%22%5BJournal%5D)">RNA-Seq gene expression estimation with read mapping uncertainty.</a> Biotechniques. 26, 493-500 (2010).</li>
<li>Thomson, J. A., Itskovitz-Eldor, J., Shapiro, S. S., Waknitz, M. A., Swiergiel, J. J., Marshall, V. S., Jones, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Embryonic+stem+cell+lines+derived+from+human+blastocysts%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Embryonic stem cell lines derived from human blastocysts.</a> Science. 282, 1145-1147 (1998).</li>
<li>mRNA-Seq-8 Sample Prep Kit [Internet]. , Illumina. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.illumina.com/products/mrna_seq_8_sample_prep_kit.ilmn">http://www.illumina.com/products/mrna_seq_8_sample_prep_kit.ilmn</a> Forthcoming.</li>
<li>ScriptSeq mRNA-Seq Library Preparation Kit (Illumina -compatible) Epicentre [Internet]. , Epicenter. Available from: 
 <a target="_blank" href="http://www.epibio.com/item.asp?id=578">http://www.epibio.com/item.asp?id=578</a> Forthcoming.</li>
</ol>

作者声明，J.A.T. 是 Cellular Dynamics International（CDI）的创始人、股东、顾问及董事会成员。他同时还担任 Tactics II Stem Cell Ventures 的科学顾问，并在该公司拥有财务利益。

目前构建双端测序文库的标准方案需要起始总量为1 μg9至2.5 μg10的总RNA。本文中，我们介绍了一种基于线性T7扩增（T7LA）的方法，用于制备Illumina单端读长和双端读长测序文库，并证明该方法仅需低至10 ng的总RNA即可构建文库，所获得的数据与使用多1000倍起始材料（10 μg总RNA）制备的最小程度扩增（MinAmp）文库相当。10 ng起始量构建的文库不仅检出的基因总数相似，而且产生的基因表达谱也高度一致（图3a和3b）。此外，T7LA方法制备的单端读长和双端读长文库彼此之间也非常相似（图3c），这使得研究人员能够直接比较由不同建库方案生成的数据。由于这些文库均使用人胚胎干细胞RNA制备，我们进一步在文库中检测了30个干细胞特异性基因，发现几乎所有这些基因（93–100%）均可在起始总RNA至少为10 ng的文库中被检出（图4），从而验证了本方案的有效性。我们认为，本方案对科研人员具有重要价值，尤其适用于起始材料有限的情况，例如流式分选细胞或激光显微切割组织。在这些情况下，本方案能够产生与使用大量起始RNA构建的文库相媲美的基因表达数据，因为本方案生成的表达谱在至少跨越3个数量级的起始RNA量范围内均具有可比性。

<table><tbody><tr><td>片段化试剂</td><td>Ambion</td><td>AM8740</td><td></td></tr><tr><td>线性丙烯酰胺</td><td>Ambion</td><td>AM9520</td><td></td></tr><tr><td>MEGAscript T7 试剂盒</td><td>Ambion</td><td>AM1334</td><td></td></tr><tr><td>未经 DEPC 处理的无核酸酶水</td><td>Ambion</td><td>AM9932</td><td></td></tr><tr><td>dNTP 混合物</td><td>Fermentas</td><td>R0181</td><td></td></tr><tr><td>甲基化 dNTPs</td><td>Fermentas</td><td>R0431</td><td>仅用于单端测序样本制备</td></tr><tr><td>TruSeq SR Cluster Generation kit v5</td><td>Illumina</td><td>GD-203-5001</td><td>仅用于单端测序样本制备</td></tr><tr><td>TruSeq Seq Kit v5 36 个循环</td><td>Illumina</td><td>FC-104-5001</td><td></td></tr><tr><td>Chip Seq 样本制备试剂盒</td><td>Illumina</td><td>IP-102-1001</td><td>仅用于单端测序样本制备。可替换为 NEB DNA 样本制备主混合液套装 1 货号 E6040S</td></tr><tr><td>TruSeq PE Cluster Generation kit v5</td><td>Illumina</td><td>PE-203-5001</td><td>仅用于双端测序样本制备</td></tr><tr><td>双端样本制备试剂盒</td><td>Illumina</td><td>PE-102-1001</td><td>仅用于双端测序样本制备</td></tr><tr><td>1kb Plus DNA 标准分子量标记</td><td>Invitrogen</td><td>10787-018</td><td></td></tr><tr><td>E. coli RNase H</td><td>Invitrogen</td><td>18021-014</td><td></td></tr><tr><td>RNase 抑制剂</td><td>Invitrogen</td><td>10777-019</td><td></td></tr><tr><td>第二链缓冲液（5×）</td><td>Invitrogen</td><td>10812-014</td><td></td></tr><tr><td>E. coli DNA 聚合酶</td><td>Invitrogen</td><td>18010-017</td><td></td></tr><tr><td>E-gel SYBR Safe 2%</td><td>Invitrogen</td><td>G521802</td><td></td></tr><tr><td>Superscript III（含 5× FS 缓冲液和 0.1M DTT）</td><td>Invitrogen</td><td>18080-085</td><td></td></tr><tr><td>Trizol</td><td>Invitrogen</td><td>12183555</td><td></td></tr><tr><td>RNA Qubit 定量检测试剂盒</td><td>Invitrogen</td><td>Q32852</td><td></td></tr><tr><td>dsDNA HS Qubit 定量检测试剂盒</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>E. coli DNA 连接酶</td><td>Invitrogen</td><td>18052-019</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA 聚合酶</td><td>Invitrogen</td><td>18005-025</td><td></td></tr><tr><td>Ultra Pure 无 DNase/RNase 水</td><td>Invitrogen</td><td>10977-015</td><td></td></tr><tr><td>Superscript II 双链 cDNA 合成试剂盒</td><td>Invitrogen</td><td>11917-020</td><td></td></tr><tr><td>随机引物（Invitrogen）</td><td>Invitrogen</td><td>48190-011</td><td>仅用于双端测序样本制备</td></tr><tr><td>Not1Nonamer B 引物</td><td>IDT</td><td>N/A</td><td>仅用于单端测序样本制备</td></tr><tr><td>Oligo dT T7</td><td>IDT</td><td>N/A</td><td></td></tr><tr><td>Not1 消化试剂盒</td><td>New England Biolabs</td><td>R0189S</td><td>仅用于单端测序样本制备</td></tr><tr><td>RNeasy MinElute 试剂盒</td><td>Qiagen</td><td>74204</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini 试剂盒（50）</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td></td></tr><tr><td>凝胶回收试剂盒</td><td>Qiagen</td><td>28604</td><td></td></tr><tr><td>DNase 试剂盒</td><td>Qiagen</td><td>79254</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy MinElute 试剂盒</td><td>Qiagen</td><td>74204</td><td></td></tr><tr><td>DNA 纯化与浓缩试剂盒（250X）</td><td>Zymo Research Corp.</td><td>D4014</td><td></td></tr></tbody></table>

从10纳克总rna构建单端和双端mrna-seq illumina文库

Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA

通过mRNA-Seq进行的全转录组测序现已被广泛用于全局基因表达、突变、等位基因特异性表达及其他全基因组分析。mRNA-Seq甚至为未测序基因组的基因表达分析打开了大门。mRNA-Seq具有高灵敏度、宽动态范围，并可实现对样本中转录本拷贝数的定量。Illumina基因组分析仪能够对大量（&gt; 107）相对较短的序列读长（&lt; 150 bp）进行测序。采用“成对末端”（&quot;paired end&quot;）策略，即对单个长片段的两端分别测序，可追踪可变剪接位点、插入和缺失事件，并有助于从头（de novo）转录组组装。
研究人员面临的主要挑战之一是起始材料的量有限。例如，在通过激光显微切割获取细胞的实验中，可获得的总起始RNA量可能仅有数纳克。已有文献描述了从此类样本制备mRNA-Seq文库的方法1, 2，但该方法需要进行显著的PCR扩增，可能引入偏差。其他PCR扩增程度较低的RNA-Seq文库构建方法已有报道3, 4，但需要微克量级的起始总RNA。
本文介绍了一种用于Illumina Genome Analyzer II平台的mRNA-Seq测序文库构建方案，该方案避免了显著的PCR扩增，仅需10纳克总RNA。尽管该方案此前已有报道并已验证可用于单端测序5，且被证明可生成无明显扩增偏差的链特异性文库，但本文进一步验证了其作为双端测序方案的适用性。我们采用基于T7的Eberwine线性扩增方法（简称&quot;T7LA&quot;，即T7线性扩增）从起始总RNA中选择性扩增带有聚腺苷酸尾的信使RNA。扩增后的poly-A mRNA经过片段化、逆转录及接头连接，最终构建测序文库。对于单端读取和双端读取测序，序列均比对至人类转录组6，并进行标准化处理，以便对多次测序运行的数据进行比较。我们以每百万转录本数（TPM）为单位报告基因表达量，该指标在样本间比较时优于RPKM7。

本文介绍一种基于T7线性RNA扩增的Illumina mRNA-Seq测序文库制备方法，适用于基因表达分析，可制备单端读取和双端读取文库。该方案仅需10纳克起始总RNA，即可生成高度一致、代表完整转录本的文库。

从10纳克总RNA构建单端和双端mRNA-Seq Illumina文库

通过 mRNA-Seq 进行全转录组测序现已被广泛用于全局基因表达、突变、等位基因特异性表达及其他……

本实验的总体目标是从少量起始材料中构建Illumina mRNA测序文库。实验的第一步是使用含DTT的七聚引物对总RNA进行逆转录，以生成cDNA。该cDNA用于体外转录介导的RNA扩增。随后，对扩增后的RNA进行随机片段化。对片段化的RNA进行逆转录可生成cDNA，随后进行接头连接、片段大小筛选及PCR扩增。最终，该方案通过测定基因拷贝数来展示样本的基因表达谱。该技术的主要优势在于仅需10纳克的起始总RNA。这远低于现有其他实验方案所需样本量的数量级。此外，该方法能够仅使用如此微量的起始RNA生成配对文库。该技术将使科学家能够探索生物学中的新问题，实现对难以获取的细胞群体（例如通过激光捕获显微切割或流式细胞术获得的细胞）进行基因表达谱的测定。当我们需要从数量极为有限的人羊膜干细胞分化而来的细胞中分析基因表达时，首次产生了开发该方法的想法。由于RNA的含量极低且极易降解，其操作步骤难以掌握，因此对该方法进行可视化演示至关重要。本次实验操作将由我实验室的Angela Elwell、Jennifer Bolen和Baal Kimm Wynn进行演示。平行制备单端测序与双端测序文库的方法是一个多步骤过程，如本流程图所示。首先，从目标细胞或组织中分离总RNA，并用于制备双链cDNA。然后，使用基于T7的体外线性扩增方法，从cDNA中选择性扩增带有聚腺苷酸尾的信使RNA。随后，对扩增得到的poly(A) RNA进行随机片段化。在片段化的RNA纯化后，将其反转录为cDNA。对cDNA进行末端修复，并在DNA片段的3'端添加A碱基。随后，将接头连接至DNA，并进行非一位点消化。对于单端文库，通过凝胶纯化分离DNA文库，再通过PCR扩增以连接Illumina接头。最后，DNA文库定量完成后，即可进行测序。在本视频中，仅演示该方案中的部分操作步骤。将片段化的polyA mRNA逆转录为cDNA，涉及第一链和第二链的合成。进行单端测序文库的第一链合成时，在PCR管中加入以下试剂：10微升片段化的多聚mRNA和1微升的not one随机九碱基引物。此处显示了not one九碱基引物的序列。其中绿色显示的5'端邻近序列为not one限制性酶切位点。尽管蓝色所示序列为芯片序列试剂盒中Illumina接头B序列的反向互补序列，将混合物在热循环仪中70摄氏度孵育五分钟，然后迅速置于冰上冷却。保持混合物处于冰上时，加入以下SuperScript III试剂盒中的试剂：4微升5×第一链缓冲液、2微升DTT和1.5微升dNTP混合物。在dNTP混合物中，使用5-甲基-dCTP替代dCTP。将离心管放入热循环仪中，在42摄氏度下放置两分钟，然后加入1微升SuperScript III逆转录酶，在42摄氏度下孵育一小时。接下来，为末端标签文库的第1条链合成设置反应。在PCR管中加入以下试剂：10微升片段化的poly NNA和1微升随机六聚体引物。在PCR仪中于65摄氏度孵育5分钟，然后迅速置于冰上冷却。将离心管保持在冰上，加入以下试剂：Superscript Three First Strand Kit 中的 4 微升 5× 第一链缓冲液、2 微升 DTT 和 1.5 微升 dNTPs。在 45 摄氏度的热循环仪中孵育 1 分钟。然后加入 1 微升 Superscript Three 逆转录酶，在 45 摄氏度孵育 1 小时。1 小时后结束孵育。两个反应均已准备好进行第二链合成。在冰上向每个混合物中加入以下试剂：SuperScript 二试剂盒中的 91 微升无菌水、30 微升 5× 第二链缓冲液、3 微升 dNTPs、1 微升大肠杆菌 DNA 连接酶、4 微升大肠杆菌 DNA 聚合酶以及 1 微升大肠杆菌 RNase H。轻轻颠倒混匀每根试管，短暂离心后于 16 摄氏度孵育 2 小时。对于单端文库cDNA的末端修复，在40微升纯化的cDNA中加入以下试剂：5微升含10毫摩尔ATP的T4 DNA连接酶缓冲液，2微升dNTP混合物，1微升T4 DNA聚合酶，1微升Kleno酶，以及1微升T4 PNK，用于cDNA末端修复。对于配对末端文库，在30微升纯化的cDNA中加入以下试剂：45微升RNase D，DNase-free水。10 微升含 10 毫摩尔 ATP 的 T4 DNA 连接酶缓冲液，4 微升 10 毫摩尔 dNTP 混合物，5 微升 T4 DNA 聚合酶，1 微升 Kleno 酶，以及 5 微升 T4 多核苷酸激酶，将两个反应管在末端修复后于 20 摄氏度的热循环仪中孵育 30 分钟。本方案的下一步是在单端文库的 DNA 片段 3' 端添加腺嘌呤碱基。准备以下反应体系：34 微升 DNA 样品、5 微升 klino 缓冲液、10 微升 DATP 和 1 微升 klino exo。对于双端文库，准备以下反应体系：32 微升 DNA 样品、5 微升 clin out 缓冲液。将10 µL的DATP和3 µL的clin out exo分别与反应混合物在37°C孵育30分钟，然后再进行接头连接反应的设置。将接头在冰上解冻，并将单端文库的接头稀释至1:20。使用Illumina芯片序列文库制备试剂盒配制以下反应体系：10 µL DNA样品、1 µL接头寡核苷酸混合物、15 µL 2×DNA连接酶缓冲液以及4 µL DNA连接酶，孵育15分钟。在室温下对成对末端文库，使用Illumina成对末端样本制备试剂盒准备以下反应。混合10微升DNA样本、10微升PE接头寡核苷酸混合物、25微升2×DNA连接酶缓冲液和5微升DNA连接酶，在20摄氏度孵育15分钟。各自孵育结束后，使用XMO柱纯化两个连接反应。洗脱，单端文库用44微升水洗脱，双端文库用6微升洗脱缓冲液洗脱，随后再用5微升EB缓冲液进行一次洗脱。仅对单端文库进行NotI酶切消化。使用ZYMO柱纯化反应体系后，在37摄氏度下孵育2小时至过夜。用六微升缓冲液 EB 洗脱单端测序文库，随后再用五微升 EB 进行第二次稀释。此时，两个文库的接头连接DNA均已准备好进行片段大小选择。使用 2% Cyber Safe EE（购自 Invitrogen）进行接头连接DNA的片段大小选择；开始该步骤前，先运行程序零，预电泳两分钟。预电泳结束后，加入10 µL的One KB Plus DNA Marker和2D NA样品。用10 µL水填充空的加样孔，运行程序。使用eGel 2%凝胶，运行28分钟。当电泳完成后，使用新的剃须刀片切取200至300碱基对的凝胶条带。通过不同文库鉴定出的基因数量已被评估，本表格展示了有关簇数量的信息。该表格还显示了单端读长文库和双端读长文库在单端及双端测序中的基因鉴定错误率以及比对率百分比。10 纳克 T7 LA 文库所鉴定出的基因数量与 10 微克未扩增文库在 TPM 为 10 或更高时几乎相同。对于单端测序文库，10 纳克 T7 LA 文库鉴定出了 10 微克未扩增文库在范式文库中鉴定出的 8,500 个基因的 100%。10 纳克 T7 LA 文库鉴定出了 10 微克未扩增文库所鉴定基因的 86%。由少于10纳克总RNA构建的文库无法鉴定出同样数量的基因。例如，在单端测序方案中，1纳克的T seven LA文库仅能鉴定出10微克min amp文库所鉴定基因数的约50%。因此，使用T seven LA方案时，总RNA的最低起始量应限定为10纳克，以确保看家基因的有效比对。GA DH 结果显示，所有使用至少 10 纳克起始 RNA 构建的 T 七个 LA 文库均鉴定出了全部外显子，包括最前端的 5' 端外显子。左侧单次测序文库的标尺表示总共 350 条读长。中间 DEN 文库的标尺表示总共 5,000 条读长。将10纳克T7 LA单端读长文库和配对末端文库与min amp文库进行比较，结果显示高度相似。10纳克T7 LA单端读长文库与10微克min amp文库之间的斯皮尔曼相关系数为0.90，而10纳克T7 LA配对末端文库与10微克min amp文库之间的相关系数为0.95。此外，对由10纳克总RNA构建的两种单端读长文库和配对末端文库进行了比较，极高的相关系数表明，采用T7 LA方案构建的这两类文库均产生极为相似的基因表达特征。最后，由于这些文库是由人胚胎干细胞 RNA 30 干细胞制备的，因此在文库中搜索了特定基因。几乎所有这些基因均可通过起始总 RNA 用量至少为 10 纳克所构建的文库鉴定出来，从而验证了本方案的有效性。在执行该方案时，必须特别注意对小 RNA 样本进行极其谨慎的操作，以防止其降解。观看本视频后，您应能充分掌握如何利用极少量起始材料制备Illumina、Mr.Aeq单端测序以及Paradigm文库的方法。

single-read-paired-end-mrna-seq-illumina-libraries-from-10-nanograms

Research

科研

JoVE Journal

Biology

生物学

单次读取和配对的最终从10微克总RNA的mRNA - Seq的Illumina的图书馆

microRNA（miRNA）是一类广泛保守的调控分子。本文介绍一种miRNA克隆方法，该方法依赖于两个高效的连接步骤，随后进行高通量测序。本方法可实现miRNA的全基因组范围内精确量化。...

小RNA分子的高效连接用于基于高通量测序的微小RNA定量

本方案描述了染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、4-硫代尿苷测序（4sU-seq）、总RNA测序（total...

转录因子结合、转录、翻译及降解的实时分析以展示细胞激活过程中的全局事件

本方案展示了如何从细胞培养基中纯化细胞外microRNA，用于小RNA文库构建及下一代测序。文中描述了多种质量控制检查点，帮助读者了解在处理低丰度样本（如exRNA）时的预期结果。...

分离、测序与分析人源间充质干细胞的细胞外微小RNA

纳米孔测序是一种新型技术，可在偏远地区和资源匮乏的环境中实现低成本测序。本文介绍了一种适用于此类条件的全血 mRNA...

使用纳米孔测序技术对全血 mRNA 进行测序

我们提供了一种偏倚低于标准方法且对2'-O-甲基化RNA具有更高灵敏度的详细小RNA文库构建方案。该方案可使用自制试剂以降低成本，也可使用现成试剂盒以提高操作便利性。...

改进小RNA测序：减少偏差并更好检测2'-O-甲基化RNA

我们介绍一种用于分析小鼠早期胚胎中microRNA表达谱的技术。该方案克服了细胞起始量少以及小RNA富集困难的挑战。本检测方法可用于分析小鼠早期胚胎不同细胞谱系中miRNA表达随时间的变化。...

从小鼠早期胚胎中制备小RNA测序文库

本文描述了细菌RIBO-seq中样本采集与制备的各个步骤。按照本指南构建文库并进行测序，可获得足够数据用于全面的生物信息学分析。我们所介绍的实验方案简便，仅需使用常规实验室设备，从裂解到获得文库共需七天。...

细菌中的RIBO-seq：用于高通量测序的样品收集与文库构建方案

绝对定量RNA测序（AQRNA-seq）是一种用于量化生物混合物中所有小RNA分布的技术。本文展示了AQRNA-seq的文库构建和数据处理步骤，用于量化在饥饿诱导的休眠期间Mycobacterium bovis...

AQRNA-seq用于小RNA定量

宏基因组文库可存档来自微生物的大片段连续基因组序列，且无需预先培养。构建一个……...

宏基因组文库的大规模筛选

使用 Bio-Rad 总 RNA 试剂盒从神经前体细胞中提取 RNA

学习使用T7线性扩增技术从10纳克总RNA制备Illumina mRNA-Seq测序文库的方法。该方案支持单端和双端测序，适用于微量样本的基因表达分析，为激光捕获显微切割等难以获取的细胞群体研究提供可靠工具。

从10纳克总RNA构建单端和双端mRNA-Seq Illumina文库

探索更多视频