Artículo de investigación
Aquí se presenta un protocolo microbiológico retrospectivo para analizar muestras de las vías respiratorias inferiores en pacientes de unidades de cuidados intensivos, incluyendo el procesamiento de cultivos, la identificación de la EM con MALDI-TOF y la comparación de la distribución de patógenos bacterianos en pacientes negativos a COVID-19 antes y después de la pandemia de COVID-19.
Para comparar la distribución de patógenos bacterianos aislados de muestras de las vías respiratorias inferiores en pacientes de la unidad de cuidados intensivos negativos para COVID-19 antes y después de la pandemia de COVID-19, se analizaron retrospectivamente los resultados de cultivos de pacientes ingresados en una unidad de cuidados intensivos de enfermedades torácicas en un hospital universitario. Se incluyeron pacientes sin sospecha clínica o radiológica de COVID-19 y con resultados negativos de PCR y se clasificaron como pre-COVID-19 o post-COVID-19 según marzo de 2020. Los ejemplares se cultivaron en ágar de sangre de oveja al 5%, agar azul de metilena eosina y agar chocolate, y evaluados tras una incubación de 24–48 horas a 37 °C. Solo se consideraron clínicamente significativos los microorganismos dominantes que demostraron crecimiento al menos en el sector de la segunda estría. Se incluyeron un total de 1.665 pacientes, detectándose crecimiento microbiano en el 48,9% de las muestras, la mayoría procedentes del periodo previo a la COVID-19. Acinetobacter baumannii fue el organismo más frecuentemente aislado en ambos periodos. El análisis de regresión logística mostró tasas reducidas de detección de Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa y Staphylococcus aureus (odds ratio ≈0,3), y Escherichia coli (odds ratio ≈0,4) en el periodo posterior a la COVID-19. Las tasas de mortalidad también fueron más bajas en el periodo posterior a la COVID-19, aunque no se observó una diferencia significativa en el tipo de alta. La diversidad general de patógenos se mantuvo similar entre periodos; Sin embargo, se observaron disminuciones en algunas detecciones bacterianas tras el inicio de la pandemia. Estos hallazgos pueden reflejar cambios en las prácticas de control de infecciones durante el periodo pandémico, aunque no se puede establecer la causalidad debido al diseño retrospectivo del estudio y la ausencia de mediciones directas de los factores contribuyentes.
Las infecciones del tracto respiratorio inferior (LRTIs) abarcan condiciones inflamatorias de las vías respiratorias, incluyendo bronquitis, bronquiectasia, bronquiolitis, absceso pulmonar, derrame pleural yneumonía 1. Estas infecciones representan una causa importante de morbilidad y mortalidad en pacientes hospitalizados y suponen un riesgo significativo en entornos de alta gravedad como las unidades de cuidados intensivos (UCI)2. Las LRTI representan aproximadamente entre el 10% y el 25% de las infecciones hospitalarias, con tasas de mortalidad reportadas que oscilan entre el 22% y el 71% entre pacientes deUCI 3,4. Pueden surgir de patógenos bacterianos, virales o fúngicos, siendo agentes bacterianos comunes Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae y Staphylococcusaureus 5. Bacilos Gramnegativos como Escherichia coli, K. pneumoniae, Serratia marcescens, P. aeruginosa, Acinetobacter spp. y Enterobacter spp. se asocian frecuentemente con LRTIs hospitalarios de aparición tardía, a menudo vinculadas a hospitalizaciones prolongadas y aumento de la colonizaciónorofaríngea 6.
El manejo de la neumonía adquirida en hospitales se ha vuelto cada vez más complicado debido a la aparición de patógenos multirresistentes. Los resultados clínicos están influenciados no solo por factores relacionados con el paciente, sino también por el organismo causante y su perfil de susceptibilidadantimicrobiana 7,8. Por lo tanto, la vigilancia de la distribución de patógenos en entornos de UCI sigue siendo esencial para guiar la terapia empírica y mejorar los resultados en los pacientes9.
La pandemia de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) ha alterado sustancialmente los sistemas sanitarios a nivel mundial, provocando cambios significativos en las prácticas de control de infecciones, las estrategias de manejo de pacientes yel uso de antimicrobianos 10–12. El aumento de la implementación de medidas de prevención de infecciones y el uso generalizado de antimicrobianos de amplio espectro durante este periodo pudieron haber influido en la epidemiología de los patógenos respiratorios en entornos de UCI.
Este estudio tenía como objetivo identificar microorganismos responsables de las infecciones de las vías respiratorias inferiores en pacientes de UCI negativos para COVID-19 y comparar las distribuciones de patógenos antes y después de la pandemia de COVID-19 utilizando métodos microbiológicos estandarizados.
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El protocolo de estudio fue aprobado por el Comité de Ética de la Facultad de Medicina de la Universidad de Harran (decisión nº HRU/23.12.23; 10 de julio de 2023). Debido al diseño retrospectivo, se renunció al consentimiento informado. Todos los procedimientos se llevaron a cabo conforme a los estándares de laboratorio institucional. Las herramientas de investigación utilizadas en este protocolo se enumeran en la Tabla de Materiales.
1. Diseño del estudio y selección de pacientes
Los resultados del cultivo de las vías respiratorias bajas de pacientes ingresados en una UCI de enfermedades torácicas de un hospital universitario entre marzo de 2017 y marzo de 2023 fueron revisados retrospectivamente. Se incluyeron pacientes si no se sospechaba clínica o radiológicamente COVID-19 y los resultados de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) del SARS-CoV-2 eran negativos. Se excluyeron pacientes menores de 18 años y aquellos con resultados positivos en PCR.
Los pacientes se clasificaron en grupos pre-COVID-19 (antes de marzo de 2020) y post-COVID-19 (marzo de 2020 y posteriores) en función de la fecha del primer caso confirmado de COVID-19 en Turquía.
2. Colección de especímenes
Las muestras de las vías respiratorias inferiores incluyeron muestras de esputo, aspiración traqueal profunda (DTA) y lavado broncoalveolar (BAL) recogidas bajo condiciones asépticas según las prácticas clínicas estándar en UCI.
Se obtuvieron muestras de esputo y DTA de pacientes intubados y no intubados utilizando técnicas de succión estéril. Se recogieron muestras de BAL durante una broncoscopia de fibra óptica utilizando una instalación de solución fisiológica estéril seguida de aspiración.
3. Evaluación preliminar del ejemplar
Las muestras de esputo y DTA fueron evaluadas inicialmente mediante tinción de Gram. Se consideraron adecuadas para cultivar muestras si contenían al menos 25 leucocitos polimorfonucleares y menos de 10 células epiteliales escamosas por campo de baja potencia a 100x de aumento. Se excluyeron los ejemplares que no cumplían estos criterios.
4. Procesamiento de cultivo
Las muestras de esputo se procesaron mediante un método de cultivo cualitativo. Las muestras se inocularon sobre ágar sanguíneo de oveja al 5%, agar azul de metilena eosina y agar chocolate, luego incubadas aeróbicamente a 37 °C y evaluadas tras 24 y 48 horas. Solo los microorganismos predominantes que mostraron crecimiento que se extiende al menos hasta el segundo sector de estriatura se consideraron clínicamente significativos.
Las muestras DTA y BAL se procesaron utilizando métodos de cultivo cuantitativo. Los aliquotas fueron inoculados en el mismo medio e incubados en condiciones idénticas. Se consideraron significativos umbrales de crecimiento de al menos 100.000 unidades formadoras de colonias (UFC) por mL para DTA y de al menos 10.000 UFC por mL para muestras de BAL.
5. Identificación de microorganismos
Todos los aislados que cumplían criterios predefinidos se identificaron mediante espectrometría de masas de tiempo de vuelo por desorción láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS) según procedimientos estándar de laboratorio.
6. Registro y análisis de datos
Se registraron sistemáticamente las características demográficas, los tipos de muestras, los resultados de cultivos, los microorganismos identificados y los resultados de las secreciones. Se compararon las distribuciones de microorganismos entre los periodos pre y post-COVID-19.
7. Análisis estadístico
Se realizaron análisis estadísticos utilizando SPSS (versión 15.0) y el software Minitab. La normalidad de las variables continuas se evaluó mediante la prueba de Shapiro-Wilk. Se compararon variables categóricas mediante la prueba del chi-cuadrado. Se realizó un análisis de regresión logística para evaluar las asociaciones entre la distribución de microorganismos y la mortalidad. Se consideró estadísticamente significativo un valor p inferior a 0,05.
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La población del estudio tenía edades entre 18 y 103 años, con una edad media de 68,95 más o menos 15,00. Las mujeres representaron el 34,4% (n = 572) y los hombres el 65,6% (n = 1093) de los participantes. En total, el 42,3% (n = 704) de los pacientes fueron dados de alta, mientras que la mortalidad se dio en el 57,7%. Se detectó crecimiento microbiano en el 48,9% (n = 815) de los cultivos, mientras que no se observó crecimiento en el 51,1% (n = 850).
Los tipos de espécimen incluían esputo (4...
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Las infecciones que se desarrollan en las unidades de cuidados intensivos se asocian con una alta morbilidad y mortalidad, y la identificación de agentes microbiológicos causantes sigue siendo esencial para estrategias efectivas de prevención ytratamiento 1,7. Este estudio evaluó patógenos de las vías respiratorias inferiores aislados en una UCI de enfermedades torácicas durante un periodo de seis años y comparó los periodos prev...
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Los autores declaran que no tienen ningún conflicto de interés.
Los autores reconocen el apoyo institucional proporcionado por la administración hospitalaria durante el periodo del estudio.
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| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Broncoalveolar lavage collection set | No aplicable | No aplicable | Utilizado para la recolección de muestras BAL |
| Agar chocolate | RTA | No aplicable | Medio de cultivo para muestras respiratorias |
| Catéter de aspiración traqueal profunda | No aplicable | No aplicable | Utilizado para la recolección de muestras DTA |
| Agar eosina metileno azul | RTA | No aplicable | Medio selectivo para bacterias Gram-negativas |
| Reactivos para tinción de Gram | No aplicable | No aplicable | Utilizados para la evaluación microscópica preliminar |
| Incubadora (37 ºC) | No aplicable | No aplicable | Utilizada para la incubación de cultivos |
| Sistema MALDI-TOF MS (VITEK MS) | bioMérieux | No aplicable | Utilizado para la identificación bacteriana |
| Solución de matriz para MALDI-TOF MS | bioMérieux | No aplicable | Utilizado según las instrucciones del fabricante’s |
| Agar sangre de cordero (5%) | RTA | No aplicable | Medio de cultivo primario |
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