Fuente: Tilde Andersson1, Rolf Lood1
1 Departamento de Ciencias Clínicas Lund, División de Medicina de Infecciones, Centro Biomédico, Universidad de Lund, 221 00 Lund, Suecia
Aparentemente imposible de determinar, la biodiversidad microbiana es realmente sorprendente con un billón de especies coexistentes (1,2). Aunque climas particularmente duros, como el ambiente ácido del estómago humano (3) o los lagos subglaciales de la Antártida (4), pueden estar dominados por una especie específica, las bacterias se encuentran típicamente en cultivos mixtos. Como cada cepa puede influir en el crecimiento de otra (5), la capacidad de separar y cultivar colonias “puras” (que consisten sólo en un tipo) las colonias se ha vuelto esencial tanto en entornos clínicos como académicos. Los cultivos puros permiten más exámenes genéticos (6) y proteómicos (7), análisis de la pureza de la muestra y, tal vez más notable, la identificación y caracterización de agentes infecciosos a partir de muestras clínicas.
Las bacterias tienen una amplia gama de requisitos de crecimiento y hay numerosos tipos de medios nutritivos diseñados para sostener tanto a las especies poco exigentes como a las fastidiosas (8). Los medios de crecimiento se pueden preparar en forma líquida (como caldo) o en una forma sólida típicamente a base de agar (un agente gelificante derivado de algas rojas). Mientras que la inoculación directa en el caldo conlleva el riesgo de generar una población bacteriana genéticamente diversa o incluso mixta, el revestimiento y el re-streaking crea un cultivo más puro donde cada célula tiene una composición genética muy similar. La técnica de la placa de rayas se basa en la dilución progresiva de una muestra(Figura 1),con el objetivo de separar las células individuales entre sí. Cualquier célula viable (en lo sucesivo, una unidad formadoa de colonias, CFU) sostenida por los medios de comunicación y el entorno designado puede posteriormente encontrar una colonia aislada de células hijas a través de la fisión binaria. A pesar de las rápidas tasas de mutación dentro de las comunidades bacterianas, este grupo celular es generalmente considerado como clonal. La recolección y re-streaking de esta población garantiza que el trabajo posterior implica sólo un solo tipo de bacteria.
Figura 1: Una placa de rayas se basa en la dilución progresiva de la muestra original. I) El inóculo se dispersa inicialmente usando un movimiento en zig-zag, creando un área con una población bacteriana relativamente densa. II-IV) Las rayas se extraen del área anterior, utilizando un bucle de inoculación estéril cada vez, hasta que se alcanza el cuarto cuadrante. V) Un movimiento final en zig-zag dirigido hacia el centro de la placa forma una región donde el inóculo se ha diluido notablemente, permitiendo que las colonias aparezcan separadas unas de otras.
La técnica de la placa de rayas también se puede combinar con el uso de medios selectivos y/o diferenciales. Un medio selectivo inhibirá el crecimiento de ciertos organismos(por ejemplo, mediante la adición de antibióticos), mientras que un medio diferencial sólo ayudará a distinguirse unos de otros(por ejemplo, a través de la hemólisis en placas de agar en sangre).
Detrás de todo el trabajo en microbiología es el uso de técnicas asépticas (estériles). Cada cultivo bacteriano debe considerarse potencialmente patógeno, ya que existe un riesgo de crecimiento involuntario de cepas traicioneras, formación de aerosoles y contaminación de equipos/personal. Para minimizar estos riesgos, todos los medios, plásticos, metales y vidrio-ware se esterilizan típicamente a través de autoclave antes y después de su uso, sometiéndolos a vapor saturado de alta presión a alrededor de 121 oC que elimina eficazmente las células persistentes. El espacio de trabajo generalmente se desinfecta con etanol antes y después del uso. La capa de laboratorio y los guantes siempre se usan durante el trabajo con agentes infecciosos.
1. Configurar
2. Protocolo
En un plato de Petri, si una sola bacteria se somete a múltiples rondas de reproducción asexual, conducirá a la formación de una colonia clonal. Sin embargo, obtener una sola bacteria de una muestra mixta, como una suspensión del suelo, puede ser difícil. Si se toma un bucle lleno de este cultivo heterogéneo, puede contener hasta un billón de bacterias individuales. Para esparcir estas muchas bacterias en la superficie de una placa de agar y obtener una sola colonia, incluso usando un patrón en zig-zag, el bucle tendría que ser arrastrado continuamente sobre la superficie de suficientes placas establecidas una al lado de la otra para rodear la totalidad de Liberty Island. Obviamente, los científicos no usan tantas placas. En su lugar, utilizan una técnica llamada revestimiento de rayas.
La técnica de la placa de raya se basa en la dilución progresiva de una muestra bacteriana, y se realiza sobre la superficie de medios sólidos de una sola placa De Petri. Para empezar, la superficie del medio se divide visualmente en cinco secciones asignando cuatro fragmentos de la circunferencia como las primeras cuatro secciones, y el centro de la placa como la quinta. Esto creará efectivamente cinco placas de medios de un solo plato de Petri. A continuación, usando un bucle lleno de inóculo deseado, la primera sección se raya usando un patrón en zig-zag. Luego, ya sea un nuevo bucle desechable se utiliza, o en el caso de un bucle de alambre, se esteriliza con un quemador Bunsen, quese quema hasta que está rojo caliente a lo largo de la longitud del alambre. Este uso de un nuevo bucle, o bucle de esterilización de llama, elimina las células bacterianas restantes, ayudando en la dilución de las bacterias. El bucle caliente se enfría en el aire durante unos segundos antes de ser arrastrado a través de la primera sección para crear de tres a cuatro líneas separadas, cada una llevando sólo una fracción de bacterias en la segunda sección. Las secciones restantes se rayan de la misma manera, usando un bucle estéril cada vez, y un solo paso a través de la raya anterior.
Usando este ciclo de rayado y esterilización, la concentración bacteriana en cada sección posterior debe diluirse de modo que la sección final contenga sólo unas pocas bacterias discretamente localizadas. Tras la incubación, estas bacterias discretas se multiplican para producir colonias clonales aisladas de células hijas, que se conocen como Unidades formadoras de colonias, o UFC. Estos pueden ser cosechados y re-streaked para asegurar que el trabajo posterior implica sólo un solo tipo de bacteria, conocido como un cultivo puro. Además de aislar colonias individuales de un cultivo mixto-bacteriano, la técnica de revestimiento de rayas también se utiliza para seleccionar cepas específicas de medios, determinar la morfología de colonias bacterianas o identificar diferentes especies bacterianas. En este video, demostraremos cómo aislar colonias monobacterianas de una suspensión de muestra smezclar-bacteriana a través de la técnica de revestimiento de rayas.
Para empezar, ponte guantes de laboratorio y un abrigo de laboratorio. A continuación, esterilizar el espacio de trabajo con 70% de etanol. A continuación, seleccione un medio adecuado que sostenga las especies bacterianas o cepas utilizadas y comience a preparar los medios. Aquí, el agar LB común se prepara pesando diez gramos de medios pre-formulados en polvo y 7,5 gramos de agar. Agregue los componentes pesados y secos a una botella de vidrio que es capaz de sostener el doble del volumen final para evitar el desbordamiento. Luego, agregue 500 mililitros de agua a la botella, y colóquela semi-firmemente. Esterilice el medio colocando la botella en un autoclave ajustado a 121 grados centígrados durante veinte minutos. Después de la finalización, use guantes a prueba de calor o una almohadilla caliente para quitar el medio de la máquina y luego gire inmediatamente la tapa de la botella para cerrarla firmemente.
Para el uso en el mismo día, deje que el medio se enfríe colocando la botella en un baño de agua calentado a aproximadamente 45 grados centígrados, para preservar los medios en estado líquido. Alternativamente, el medio se puede dejar a temperatura ambiente para almacenar en estado sólido. Cuando sea necesario, microonda la botella con la tapa ligeramente abierta para derretir el medio, y deje que el medio se enfríe con un baño de agua celsius de 45 grados.
A continuación, tome una manga de platos estériles de Petri, y con un marcador permanente, etiquételos con el investigador y los nombres de los medios de comunicación, así como la fecha. A continuación, transfiera el volumen requerido de medios a un recipiente estéril y agregue antibióticos u otros componentes sensibles si es necesario. Aquí, 50 mililitros de medios se mezclan con 100 microlitros de Kanamicina para una concentración final de 25 microgramos por mililitro. Gire el tubo para asegurar una distribución uniforme de los componentes añadidos en todo el soporte. Lentamente, para evitar la formación de burbujas, verter 20 a 25 mililitros de aproximadamente 45 grados celsius medio de cultivo en cada una de las placas. Si aparecen burbujas o espuma, retírelo rápidamente con una pipeta normal y una punta estéril. A continuación, sustituya inmediatamente todas las tapas para evitar la contaminación. Deje que el agar se solidifique a temperatura ambiente durante al menos dos horas o durante la noche. Una vez solidificado, guarde las placas de cultivo boca abajo a cuatro grados centígrados para minimizar la condensación en la superficie del medio.
Para rayar el cultivo de elección, primero tome una placa de cultivo limpia y retire la tapa. Trabajando rápidamente, sumerja un lazo desechable y estéril en el inóculo deseado y luego frote inmediatamente el lazo sobre el primer cuadrante de la placa usando un movimiento en zig-zag. Reemplace la tapa del plato, deseche el bucle de inoculación usado y, a continuación, seleccione un nuevo lazo estéril. Usando el nuevo bucle, haz de tres a cuatro golpes cruzando la línea original del hisopo que irradia desde el primer cuadrante, que debe contener una población de bacterias relativamente densa en el segundo cuadrante. Cierre la tapa una vez más y deseche el lazo. Con un nuevo bucle, repita esta acción de nuevo, pero esta vez rayando desde el segundo hasta el tercer cuadrante. Luego, con un nuevo lazo de nuevo, hacer otra raya desde la tercera en la cuarta sección de la placa. Finalmente, con un lazo fresco, haz un último trazo en un patrón en zig-zag desde el cuarto cuadrante hacia el centro de la placa. La prevalencia bacteriana será menor en esta área, lo ideal es permitir que se establezcan colonias individuales a partir de una sola célula madre viable.
Sustituya la tapa de la placa y, si es apropiado para las especies bacterianas, selle la placa con para película para evitar el flujo de aire. Gire la placa de cultivo al revés para evitar goteos de condensación y, a continuación, colóquela a una temperatura adecuada para el crecimiento. Aquí, una incubadora se establece en 37 grados Celsius. Deje que la placa se incuba hasta que las colonias bacterianas sean visibles. Para generar una población bacteriana clonal, seleccione una colonia discreta de esta placa. Ahora, con el lazo estéril, toque la colonia objetivo, y como antes, haga una raya en el primer cuadrante de una placa nueva. Continúe esterilizando alternativamente el lazo y raye los cuadrantes restantes de la placa como se demostró anteriormente, terminando con el zig-zag hacia el centro. Cierre la placa y colóquela para incubar la cual se formen colonias discretas. Una vez que estas colonias se cultivan, por lo general representan cepas clonales puras.
La placa de raya inicial puede contener colonias originarias de células de diferentes especies bacterianas o células con diferente composición genética, dependiendo de la pureza de la muestra. A través del aislamiento posterior de una sola colonia, donde todas las unidades se derivan de una célula madre común, el segundo procedimiento de rayado genera una población bacteriana relativamente clonal, adecuada para una mayor caracterización o inoculación en caldo.
La placa de rayas inicial puede contener colonias originarias de células con diferente composición genética o (dependiendo de la pureza de la muestra) de diferentes especies bacterianas(Figura 2A).
A través del aislamiento posterior de una sola colonia, donde todas las unidades se derivan de una célula madre común, el segundo procedimiento de rayado genera una población bacteriana relativamente clonal, adecuada para una mayor caracterización o inoculación en caldo ( Figura 2B).
Figura 2: Se puede generar un cultivo puro a partir de una muestra mixta a través del aislamiento de una sola colonia aislada. A) El crecimiento de una sola célula bacteriana (CFU) generó una colonia clonal, separada de las de otras especies y cepas. Esta CFU se utilizó para posteriorizar el rayado en una nueva placa B) Una segunda placa, donde la población bacteriana consiste únicamente en células derivadas de la CFU inicial.
La capacidad de obtener y cultivar una colonia bacteriana pura es esencial, tanto en entornos clínicos como académicos. El revestimiento de rayas permite el aislamiento de una población celular relativamente clonal, originada a partir de una CFU compartida, que puede ser de particular interés durante el diagnóstico o para la caracterización adicional del aislado. Una muestra se extiende sobre un medio nutritivo a base de agar adecuado y se incuba hasta que las colonias se hacen visibles. Una colonia aislada es posteriormente cosechada y re-rayada en un segundo plato.
On a Petri dish, if a single bacterium undergoes multiple rounds of asexual reproduction, it will lead to the formation of a clonal colony. However, obtaining a single bacterium from a mixed sample, such as a soil suspension, can be difficult. If one loopful of this heterogeneous culture is taken, it can contain as many as one trillion individual bacteria. To spread this many bacteria out onto the surface of an agar plate and obtain a single colony, even using a zig-zag pattern, the loop would need to be dragged continuously over the surface of enough plates set side-by-side to encircle the entirety of Liberty Island. Obviously, scientists do not really use that many plates. Instead, they use a technique called streak plating.
The streak plate technique is based on progressive dilution of a bacterial sample, and it is performed over the solid media surface of a single Petri dish. To begin, the media surface is visually divided into five sections by assigning four fragments of the circumference as the first four sections, and the plate’s center as the fifth. This will effectively create five media plates out of a single Petri dish. Next, using a loopful of desired inoculum, the first section is streaked using a zig-zag pattern. Then, either a new disposable loop is used, or in the case of a wire loop, it is sterilized with a Bunsen burner, flaming it until it is red hot along the length of the wire. This use of a new loop, or flame sterilize loop, removes any remaining bacterial cells, assisting in the dilution of the bacteria. The hot loop is then cooled in the air for a few seconds before being dragged through the first section to create three to four separate lines, each carrying only a fraction of bacteria into the second section. The remaining sections are streaked in the same manner, using a sterile loop each time, and a single pass through the previous streak.
Using this cycle of streaking and sterilizing, the bacterial concentration in every subsequent section should be diluted so that the final section contains only a few discretely located bacteria. Upon incubation, these discrete bacteria multiply to produce isolated clonal colonies of daughter cells, which are referred to as Colony Forming Units, or CFUs. These can be harvested and re-streaked to ensure that subsequent work involves only a single bacterial type, referred to as a pure culture. As well as isolating single colonies from a mixed-bacterial culture, the streak plating technique is also used to select media-specific strains, determine bacterial colony morphology, or identify different bacterial species. In this video, we will demonstrate how to isolate single-bacterial colonies from a mixed-bacterial sample suspension via streak plating technique.
To begin, put on laboratory gloves and a lab coat. Next, sterilize the workspace using 70% ethanol. Next, select a suitable medium that will sustain the utilized bacterial species or strain and begin preparing the media. Here, common LB agar is prepared by weighing out ten grams of pre-formulated, powdered media and 7.5 grams of agar. Add the weighed, dried components to a glass bottle which is able to hold twice the final volume to avoid overflow. Then, add 500 milliliters of water to the bottle, and cap it semi-tightly. Sterilize the media by placing the bottle in an autoclave set to 121 degrees Celsius for twenty minutes. After completion, use heat-proof gloves or a hot pad to remove the media from the machine and then immediately twist the bottle cap to close it tightly.
For the same-day use, let the media cool down by placing the bottle into a water bath heated to approximately 45 degrees Celsius, to preserve the media in a liquid state. Alternatively, the media can be left at room temperature to store at solid state. When needed, microwave the bottle with the lid slightly open to melt the media, and allow the media to cool using a 45 degree Celsius water bath.
Next, take a sleeve of sterile Petri dishes, and with a permanent marker, label them with the investigator and media names as well as the date. Then, transfer the required volume of media into a sterile vessel, and add antibiotics or other sensitive components if necessary. Here, 50 milliliters of media is mixed with 100 microliters of Kanamycin for a final concentration of 25 micrograms per milliliter. Swirl the tube to ensure even distribution of the added components throughout the media. Slowly, so as to avoid bubble formation, pour 20 to 25 milliliters of approximately 45 degree Celsius culture medium into each of the plates. If bubbles or foam appear, swiftly remove using a regular pipette and a sterile tip. Then, immediately replace all lids to prevent contamination. Allow the agar to solidify at room temperature for at least two hours or overnight. Once solidified, store the culture plates upside down at four degrees Celsius to minimize condensation on the medium’s surface.
To streak the culture of choice, first take a clean culture plate and remove the lid. Working quickly, submerge a disposable, sterile loop into the desired inoculum and then immediately swab the loop over the first quadrant of the plate using a zig-zag motion. Replace the lid of the dish, discard the used inoculation loop, and then select a new sterile loop. Using the new loop, make three to four strokes crossing the original swab line radiating from the first quadrant, which should contain a relatively dense bacteria population into the second quadrant. Close the lid once more, and discard the loop. With a new loop, repeat this action again, but this time streaking from the second into the third quadrant. Then, with a new loop again, make another streak from the third into the fourth section of the plate. Finally, with a fresh loop, make one last stroke in a zig-zag pattern from the fourth quadrant towards the center of the plate. The bacterial prevalence will be lower in this area, ideally allowing individual colonies to be established from a single viable mother cell.
Replace the plate lid, and if appropriate for the bacterial species, seal the plate with para film to prevent airflow. Turn the culture plate upside down to prevent condensation drips, and then place at a suitable temperature for growth. Here, an incubator is set to 37 degrees Celsius. Allow the plate to incubate until bacterial colonies are visible. To generate a clonal bacterial population, select one discrete colony from this plate. Now, with the sterile loop, touch the target colony, and as before, make a streak in the first quadrant of a new plate. Continue to alternately sterilize the loop and streak the remaining quadrants of the plate as previously demonstrated, ending with the zig-zag to the center. Close the plate, and place it to incubate until discrete colonies form. Once these colonies are grown, they will typically represent pure clonal strains.
The initial streak plate may contain colonies originating from cells from different bacterial species or cells with different genetic makeup, depending upon the sample purity. Through subsequent isolation of a single colony, where all units are derived from a common mother cell, the second streaking procedure generates a relatively clonal bacterial population, suitable for further characterization or inoculation into broth.
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