Name: Mapeo de interacciones proteína-proteína disfuncionales en la enfermedad (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-24T13:55:00.000+00:00
Duration: 9 min 39 s
Description: Aprenda a mapear interacciones proteína-proteína disfuncionales en tejidos nativos usando sondas químicas y espectrometría de masas. Este método revela alteraciones de redes celulares en enfermedades sin necesidad de ingeniería genética.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Liu, Z., Miller, D., Li, F., Liu, X., Levy, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large+accessory+protein+interactome+is+rewired+across+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">A large accessory protein interactome is rewired across environments.</a> Elife. 9, e62365(2020).</li>
<li>Omranian, S., Nikoloski, Z., Grimm, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+identification+of+protein+complexes+from+network+interactions%3A+Present+state%2C+challenges%2C+and+the+way+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Computational identification of protein complexes from network interactions: Present state, challenges, and the way forward.</a> Comput Struct Biotechnol J. 20, 2699-2712 (2022).</li>
<li>Ginsberg, S. D., Sharma, S., Norton, L., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+stressor-induced+dysfunctions+in+protein-protein+interaction+networks+via+epichaperomes%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Pharmacol+Sci%22%5BJournal%5D)">Targeting stressor-induced dysfunctions in protein-protein interaction networks via epichaperomes.</a> Trends Pharmacol Sci. 44 (1), 20-33 (2023).</li>
<li>Nussinov, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+in+molecular+biology%3A+Conformational+ensembles+in+molecular+recognition%2C+allostery%2C+and+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer in molecular biology: Conformational ensembles in molecular recognition, allostery, and cell function.</a> J Mol Biol. 437 (11), 169044(2025).</li>
<li>Lacoste, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pervasive+mislocalization+of+pathogenic+coding+variants+underlying+human+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Pervasive mislocalization of pathogenic coding variants underlying human disorders.</a> Cell. 187 (23), 6725-6741.e13 (2024).</li>
<li>Liu, X., Abad, L., Chatterjee, L., Cristea, I. M., Varjosalo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+protein-protein+interactions+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">Mapping protein-protein interactions by mass spectrometry.</a> Mass Spectrom Rev. , (2024).</li>
<li>Luck, K., Sheynkman, G. M., Zhang, I., Vidal, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteome-scale+human+interactomics%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Proteome-scale human interactomics.</a> Trends Biochem Sci. 42 (5), 342-354 (2017).</li>
<li>Greenblatt, J. F., Alberts, B. M., Krogan, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+and+significance+of+protein-protein+interactions+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Discovery and significance of protein-protein interactions in health and disease.</a> Cell. 187 (23), 6501-6517 (2024).</li>
<li>Gonzalez-Avendano, M., Lopez, J., Vergara-Jaque, A., Cerda, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+power+of+computational+proteomics+platforms+to+decipher+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">The power of computational proteomics platforms to decipher protein-protein interactions.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102882(2024).</li>
<li>Komives, E. A., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Editorial+overview%3A+Protein+networks+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Editorial overview: Protein networks in health and disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 90, 102953(2025).</li>
<li>Botticelli, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+cross-linking+and+mass+spectrometry+enabled+systems-level+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical cross-linking and mass spectrometry enabled systems-level structural biology.</a> Curr Opin Struct Biol. 87, 102872(2024).</li>
<li>Chakrabarty, S., Wang, S., Roychowdhury, T., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introducing+dysfunctional+protein-protein+interactome+%28dfppi%29+-+a+platform+for+systems-level+protein-protein+interaction+%28ppi%29+dysfunction+investigation+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Introducing dysfunctional protein-protein interactome (dfppi) - a platform for systems-level protein-protein interaction (ppi) dysfunction investigation in disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102886(2024).</li>
<li>Pasala, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epichaperomes%3A+Redefining+chaperone+biology+and+therapeutic+strategies+in+complex+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Epichaperomes: Redefining chaperone biology and therapeutic strategies in complex diseases.</a> RSC Chem Biol. 6 (5), 678-698 (2025).</li>
<li>Chu, F., Sharma, S., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PTMs+as+molecular+encoders%3A+Reprogramming+chaperones+into+epichaperomes+for+network+control+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">PTMs as molecular encoders: Reprogramming chaperones into epichaperomes for network control in disease.</a> Trends Biochem Sci. , (2025).</li>
<li>Chiosis, G., Digwal, C. S., Trepel, J. B., Neckers, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+functional+complexity+of+hsp90+in+cellular+homeostasis+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural and functional complexity of hsp90 in cellular homeostasis and disease.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (11), 797-815 (2023).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+an+integrated+chaperome+network+that+facilitates+tumour+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is an integrated chaperome network that facilitates tumour survival.</a> Nature. 538 (7625), 397(2016).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Nat Commun. 14 (1), 26(2023).</li>
<li>Inda, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+a+mediator+of+toxic+hippocampal+stress+and+leads+to+protein+connectivity-based+dysfunction%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is a mediator of toxic hippocampal stress and leads to protein connectivity-based dysfunction.</a> Nat Commun. 11 (1), 19(2020).</li>
<li>Joshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacologically+controlling+protein-protein+interactions+through+epichaperomes+for+therapeutic+vulnerability+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Pharmacologically controlling protein-protein interactions through epichaperomes for therapeutic vulnerability in cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 20(2021).</li>
<li>Bay, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+interactome+mapping+reveals+actionable+protein+network+dysregulation+across+the+alzheimer%27s+disease+spectrum%5BTitle%5D)+AND+%22Res+Sq%22%5BJournal%5D)">Systems-level interactome mapping reveals actionable protein network dysregulation across the alzheimer's disease spectrum.</a> Res Sq. , (2025).</li>
<li>Moulick, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Affinity-based+proteomics+reveal+cancer-specific+networks+coordinated+by+HSP90%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Affinity-based proteomics reveal cancer-specific networks coordinated by HSP90.</a> Nat Chem Biol. 7 (11), 818-826 (2011).</li>
<li>Kishinevsky, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hsp90-incorporating+chaperome+networks+as+biosensor+for+disease-related+pathways+in+patient-specific+midbrain+dopamine+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Hsp90-incorporating chaperome networks as biosensor for disease-related pathways in patient-specific midbrain dopamine neurons.</a> Nat Commun. 9, 15(2018).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphorylation-driven+epichaperome+assembly+is+a+regulator+of+cellular+adaptability+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Phosphorylation-driven epichaperome assembly is a regulator of cellular adaptability and proliferation.</a> Nat Commun. 15 (1), 8912(2024).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+native-page+for+the+identification+of+epichaperomes+in+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Use of native-page for the identification of epichaperomes in cell lines.</a> Methods Mol Biol. 2693, 175-191 (2023).</li>
<li>Taldone, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((synthesis%2C+and+evaluation+of+small+molecule+HSP90+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorg+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">synthesis, and evaluation of small molecule HSP90 probes.</a> Bioorg Med Chem. 19 (8), 2603-2614 (2011).</li>
<li>Meier, F., Park, M. A., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trapped+ion+mobility+spectrometry+and+parallel+accumulation-serial+fragmentation+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Trapped ion mobility spectrometry and parallel accumulation-serial fragmentation in proteomics.</a> Mol Cell Proteomics. 20, 100138(2021).</li>
<li>Rappsilber, J., Mann, M., Ishihama, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+micro-purification%2C+enrichment%2C+pre-fractionation+and+storage+of+peptides+for+proteomics+using+stagetips%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using stagetips.</a> Nat Protoc. 2 (8), 1896-1906 (2007).</li>
<li>Kovalchuk, S. I., Jensen, O. N., Rogowska-Wrzesinska, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flashpack%3A+Fast+and+simple+preparation+of+ultrahigh-performance+capillary+columns+for+LC-MS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Flashpack: Fast and simple preparation of ultrahigh-performance capillary columns for LC-MS.</a> Mol Cell Proteomics. 18 (2), 383-390 (2019).</li>
<li>Sinitcyn, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maxdia+enables+library-based+and+library-free+data-independent+acquisition+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Maxdia enables library-based and library-free data-independent acquisition proteomics.</a> Nat Biotechnol. 39 (12), 1563-1573 (2021).</li>
<li>DiscoveryLibraries. , The Max Planck Institute of Biochemistry. Available from: 
 <a target="_blank" href="https://datashare.biochem.mpg.de/s/qe1IqcKbz2j2Ruf?dir=/DiscoveryLibraries">https://datashare.biochem.mpg.de/s/qe1IqcKbz2j2Ruf?dir=/DiscoveryLibraries</a> (2025).</li>
<li>Rappsilber, J., Ishihama, Y., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stop+and+go+extraction+tips+for+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization%2C+nanoelectrospray%2C+and+LC%2FMS+sample+pretreatment+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics.</a> Anal Chem. 75 (3), 663-670 (2003).</li>
<li>Meier, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diapasef%3A+Parallel+accumulation-serial+fragmentation+combined+with+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Diapasef: Parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition.</a> Nat Methods. 17 (12), 1229-1236 (2020).</li>
<li>Lou, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+commonly+used+software+suites+and+analysis+workflows+for+dia+proteomics+and+phosphoproteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Benchmarking commonly used software suites and analysis workflows for dia proteomics and phosphoproteomics.</a> Nat Commun. 14 (1), 94(2023).</li>
<li>Demichev, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-pasef+data+analysis+using+fragpipe+and+dia-nn+for+deep+proteomics+of+low+sample+amounts%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dia-pasef data analysis using fragpipe and dia-nn for deep proteomics of low sample amounts.</a> Nat Commun. 13 (1), 3944(2022).</li>
<li>Wen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+DDA+library-free+strategies+for+phosphoproteomics+and+ubiquitinomics+data-independent+acquisition+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Evaluation of DDA library-free strategies for phosphoproteomics and ubiquitinomics data-independent acquisition data.</a> J Proteome Res. 22 (7), 2232-2245 (2023).</li>
<li>Bowler-Barnett, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uniprot+and+mass+spectrometry-based+proteomics-A+2-way+working+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Uniprot and mass spectrometry-based proteomics-A 2-way working relationship.</a> Mol Cell Proteomics. 22 (8), 100591(2023).</li>
<li>Demichev, V., Messner, C. B., Vernardis, S. I., Lilley, K. S., Ralser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-nn%3A+Neural+networks+and+interference+correction+enable+deep+proteome+coverage+in+high+throughput%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dia-nn: Neural networks and interference correction enable deep proteome coverage in high throughput.</a> Nat Methods. 17 (1), 41-44 (2020).</li>
<li>Wang, T., Digwal, C. S., Alam, A., Chiosis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((script+epichaperomics+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">script epichaperomics - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7416220 (2022).</li>
<li>Chaperomics_ad_2019. , Chiosislab. 
 <a target="_blank" href="https://github.com/chiosislab/Chaperomics_AD_2019">https://github.com/chiosislab/Chaperomics_AD_2019</a> (2019).</li>
<li>Chaperomics_controllability_2020. , Chiosislab. 
 <a target="_blank" href="https://github.com/chiosislab/Chaperomics_controllability_2020">https://github.com/chiosislab/Chaperomics_controllability_2020</a> (2019).</li>
<li>Alam, A., Wang, T., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoscape+files+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation+%5Bdata+set%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">Cytoscape files - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation [data set].</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7433980 (2022).</li>
<li>Kolberg, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((G%3AProfiler-interoperable+web+service+for+functional+enrichment+analysis+and+gene+identifier+mapping+%282023+update%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">G:Profiler-interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update).</a> Nucleic Acids Res. 51 (W1), W207-W212 (2023).</li>
<li>Yan, P. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+stressors+engender+protein+connectivity+dysfunction+through+aberrant+n-glycosylation+of+a+chaperone%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Molecular stressors engender protein connectivity dysfunction through aberrant n-glycosylation of a chaperone.</a> Cell Reports. 31 (13), 27(2020).</li>
<li>Castelli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+aberrant+n-glycosylation+can+alter+protein+functionality+and+ligand+binding%3A+An+atomistic+view%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">How aberrant n-glycosylation can alter protein functionality and ligand binding: An atomistic view.</a> Structure. 31 (8), 987-1004.e8 (2023).</li>
<li>Sharma, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Unraveling+the+mechanism+of+epichaperome+modulation+by+zelavespib%3A+Biochemical+insights+on+target+occupancy+and+extended+residence+time+at+the+site+of+action%5BTitle%5D)+AND+%22Biomedicines%22%5BJournal%5D)">Unraveling the mechanism of epichaperome modulation by zelavespib: Biochemical insights on target occupancy and extended residence time at the site of action.</a> Biomedicines. 11 (10), 2599(2023).</li>
<li>Guzman, U. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-fast+label-free+quantification+and+comprehensive+proteome+coverage+with+narrow-window+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Ultra-fast label-free quantification and comprehensive proteome coverage with narrow-window data-independent acquisition.</a> Nat Biotechnol. 42 (12), 1855-1866 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-mercaptoetanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250</td><td>Tóxico, Combustible</td></tr><tr><td>Acetonitrilo (ACN) Optima&nbsp;</td><td>Fisher Scientific & nbsp;</td><td>A955-1</td><td>Grado LC/MS (Inflamable)</td></tr><tr><td>Medios de cromatografía de afinidad activados Affi-Gel 10</td><td>Bio-Rad</td><td>1536099</td><td>Se usa para fabricar cuentas de PU y cuentas de control (Inflamables)</td></tr><tr><td>Bicarbonato de amonio (ABC)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>09830-500G</td><td></td></tr><tr><td>Columna UHPLC Aurora Ultimate 25x75 C18</td><td>IonOpticks</td><td>AUR3-25075C18-CSI</td><td></td></tr><tr><td>Película autoradiográfica</td><td>EWEN-PARKER X-RAY CORP</td><td>EBA45</td><td>Alternativa para la detección de señales quimioluminiscentes tras Western blot</td></tr><tr><td>Biomasher microhomogeneizador de tejidos</td><td>DWK Ciencias de la Vida Kimble</td><td>7496250010</td><td>Utilizado para homogeneizar tejido cerebral congelado para la extracción de proteínas</td></tr><tr><td>Azul de bromofenol</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP115-25</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga para tubos de 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>5424</td><td></td></tr><tr><td>Centrífuga para tubos de 1,5 mL &nbsp;</td><td>Eppendorf</td><td>5417R</td><td>Con control de temperatura</td></tr><tr><td>Centrífuga para tubos de 15-50 mL</td><td>Eppendorf</td><td>5810R</td><td>Uso para tubos cónicos</td></tr><tr><td>Sistema de imagen ChemiDoc MP</td><td>Bio-Rad</td><td>17001402</td><td>Se usa para densitometría de gel/blot</td></tr><tr><td>Horno de columna</td><td>Sonación GmBH, Alemania</td><td>ES071/ES072</td><td>Mantiene la columna de nanoLC a 50 °C; C de retención consistente</td></tr><tr><td>Tubos cónicos (15 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>Cuentas de control</td><td>Laboratorio de Quiosis</td><td>N/A</td><td>Taldone et al. (PMID:&nbsp; 21459002)</td></tr><tr><td>Tinte Coomassie G-250 (Bio-seguro)</td><td>Bio-Rad</td><td>1610786</td><td></td></tr><tr><td>Tubos Eppendorf oscuros (1,5 mL)</td><td>USA Scientific</td><td>1415-2507</td><td></td></tr><tr><td>Ditiotreitol (TDT)</td><td>Roche</td><td>10197777001</td><td>Irritante</td></tr><tr><td>Fácil nLC 1000</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Fácil nLC 1000</td><td>Sistema LC utilizado con Q Exactive HF</td></tr><tr><td>Discos de extracción en fase sólida Empore</td><td>Compañía 3M</td><td>2215-C18 (Octadecilo)</td><td>Se utiliza para preparar StageTips para desalar péptidos; Activado con metanol al 100%</td></tr><tr><td>Kit de quimioluminiscencia mejorada (ECL)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>32209</td><td></td></tr><tr><td>Tubos Eppendorf (1,5 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>Ácido Fórmico (FA) Optima&nbsp;</td><td>Fisher Scientific</td><td>A117-10X1AMP</td><td>Grado LC/MS</td></tr><tr><td>g:Perfilador (e111_eg58_p18_f463989d)</td><td>Grupo BIIT-Tartu & Uuml; likool</td><td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td><td>Enriquecimiento de vías</td></tr><tr><td>Glicerol</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP229-1</td><td>Grado en biología molecular</td></tr><tr><td>Glicina</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP381-5</td><td>Polvo cristalino</td></tr><tr><td>Anticuerpo secundario conjugado con HRP anti-ratón (RRID: AB_2619742)</td><td>Sothern Biotech</td><td>1030-05</td><td>Secundario para el anticuerpo H90-10</td></tr><tr><td>Anticuerpo secundario conjugado con HRP anticonejo de cabra (RRID: AB_2632593)</td><td>Sothern Biotech</td><td>4010-05</td><td>Secundaria para el HSP90 y alfa; y anticuerpos HOP</td></tr><tr><td>Anticuerpo secundario conjugado HRP anti-rata (RRID: AB_2716837)</td><td>Sothern Biotech</td><td>3030-05</td><td>Secundario para el anticuerpo HSC70</td></tr><tr><td>Agitador orbital calefactado</td><td>Eppendorf</td><td>ThermoMixer C (2231001127)</td><td></td></tr><tr><td>HeLa proteína digerir estándar-Pierce</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>88329</td><td>Utilizado para la evaluación de control de calidad de la LC-MS</td></tr><tr><td>Anticuerpo HOP (RRID: AB_10828378)</td><td>Señalización celular</td><td>5670</td><td>Para control de calidad de cuentas de PU</td></tr><tr><td>Anticuerpo HSC70 (RRID: AB_10617277)</td><td>Enzo</td><td>SPA-815</td><td>Para control de calidad de cuentas de PU</td></tr><tr><td>Anticuerpo HSP90 (H90-10) (RRID: AB_854214)</td><td>StressMarq</td><td>SMC-107</td><td>Para control de calidad de cuentas de PU</td></tr><tr><td>Anticuerpo alfa HSP90 (RRID: AB_303423)</td><td>Abcam</td><td>Ab2928</td><td>Para la normalización según la Sección 1.2</td></tr><tr><td>Línea celular humana: ASPC1 (RRID:CVCL_0152)</td><td>ATCC</td><td>CRL-1682</td><td>Línea celular de control, epichaperoma bajo/chaperona alta</td></tr><tr><td>Línea celular humana: MDA-MB-468 (RRID: CVCL_0419)</td><td>ATCC</td><td>HTB-132</td><td>Línea celular de control, epichaperoma alto/acompañante alto</td></tr><tr><td>ImageJ (v1.54p)</td><td>Wayne Rasband</td><td>https://imagej.net/ij/</td><td>Densitometría</td></tr><tr><td>Iodoacetamida (IAA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I1149-5G</td><td>Nocivo</td></tr><tr><td>Tubos microcentrífugas de baja unión a proteínas</td><td>Sarstedt</td><td>72.706.600</td><td></td></tr><tr><td>Proteasa Lys-C</td><td>Promega&nbsp;</td><td>VA1170</td><td>Grado LC/MS</td></tr><tr><td>Cloruro de magnesio</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63068</td><td>Grado en biología molecular</td></tr><tr><td>MaxQuant (v2.1.1.0)</td><td>Instituto Max-Planck de Bioquímica</td><td>https://www.maxquant.org/</td><td>Flujo de trabajo MaxDIA para identificación de péptidos/proteínas y cuantificación basada en intensidad sin etiquetas</td></tr><tr><td>Metanol</td><td>Fisher Chemical</td><td>A454-4</td><td>Grado HPLC, inflamable, tóxico</td></tr><tr><td>Mini comprimido de cóctel inhibidor de proteasa (Completo)</td><td>Roche</td><td>4693124001</td><td></td></tr><tr><td>Mini célula de transferencia electroforética Trans Blot</td><td>Bio-Rad</td><td>1703930</td><td></td></tr><tr><td>Mini-tanque de electroforesis en gel y nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A25977</td><td>Uso para geles prefabricados Novex</td></tr><tr><td>Célula de electroforesis vertical tetra mini-PROTEANA &nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>1658004</td><td>Utilizado para geles proteicos prefabricados mini-PROTEAN o geles de fundición manual</td></tr><tr><td>Mini-PROTEAN&nbsp; Geles proteicos prefabricados TGX (4&ndash; 20%)</td><td>Bio-Rad</td><td>4561094</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop</td><td>Agilent</td><td>BioTek Sinergia H1</td><td>Se utiliza para estimar la concentración de péptidos antes de la inyección de LC-MS</td></tr><tr><td>NanoElute 2</td><td>Bruker</td><td>https://flextra.hu/images/keszulekek/daltonics/nanoelute-brosura_eng.pdf</td><td>Utilizado en el flujo de trabajo diaPASEF</td></tr><tr><td>Fuente Nanospray Flex</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES071</td><td>Para acoplamiento ESI de nanospray</td></tr><tr><td>Nuevo objetivo PicoTip Emmiter/PicoFrit SELF/P</td><td>New Objective Inc.</td><td>PF360-75-10-N-5</td><td>Lleno de suspensión C18 hasta 20 cm de longitud</td></tr><tr><td>Membrana de nitrocelulosa</td><td>Cytiva Amersham</td><td>10600006</td><td></td></tr><tr><td>Leche seca desnatada</td><td>Laboratorio Científico</td><td>M0841</td><td></td></tr><tr><td>Geles prefabricados Novex 8% Tris-Glycine</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>XP00080BOX</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Roche</td><td>11754599001</td><td></td></tr><tr><td>Solución salina tamponada con fosfato (PBS)</td><td>Gibco</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>Comprimido cóctel inhibidor de fosfatasa PhosSTOP</td><td>Roche</td><td>4906837001</td><td></td></tr><tr><td>Kit de ensayo de proteínas BCA Pierce</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>Envases de plástico</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB0875711A</td><td></td></tr><tr><td>Balancín de plataforma</td><td>Corning</td><td>6705</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro de potasio</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP366-1</td><td>Cristales Blancos</td></tr><tr><td>Fuente de alimentación universal PowerPac</td><td>Bio-Rad</td><td>1645070</td><td></td></tr><tr><td>Proteína Precision Plus Proteica Caleidoscopio Estándar de Proteína Prestained</td><td>Bio-Rad</td><td>1610375</td><td></td></tr><tr><td>Cuentas de PU-</td><td>Laboratorio de Quiosis</td><td>N/A</td><td>Taldone et al. (PMID:&nbsp; 21459002)</td></tr><tr><td>Q Espectrómetro de masas HF exactivo Orbitrap</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/CMD/brochures/BR-64052-LC-MS-Q-Exactive-HF-Orbitrap-BR64052-EN.pdf</td><td>Utilizado para DIA-MS</td></tr><tr><td>ReproSil-Pur 120 C18-AQ, 3 y micro; m</td><td>Dr. Maisch GmbH, Alemania</td><td>R13.aq</td><td>medios de sílice para la separación de péptidos; Mezcla de polvo/metanol (1:3, v/v)</td></tr><tr><td>Unidad de rotación (rotador de extremo sobre extremo)</td><td>Barnstead&nbsp; Internacional</td><td>400110</td><td></td></tr><tr><td>Cartuchos Sep-Pak C18 (100 mg)</td><td>Corporación Waters</td><td>WAT023590</td><td></td></tr><tr><td>Dodecilo sulfato de sodio (SDS)</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP166-500</td><td>Grado de electroforesis</td></tr><tr><td>Sonicador</td><td>Branson</td><td>2510</td><td></td></tr><tr><td>Lector de microplacas multimodo SpectraMax Paradigm</td><td>Dispositivos moleculares</td><td>Paradigma SpectraMax</td><td></td></tr><tr><td>Spectronaut</td><td>Biognosys</td><td>https://biognosys.com/software/spectronaut/</td><td>Flujo de trabajo directDIA</td></tr><tr><td>Concentrador SpeedVac</td><td>Thermo Fisher Scientific y nbsp;</td><td>Savant SPD111V</td><td></td></tr><tr><td>Vacío de succión</td><td>Cardinal Health</td><td>CDL-65651-320</td><td></td></tr><tr><td>Espectrómetro de masas TimsTOF HT</td><td>Bruker</td><td>https://www.bruker.com/en/products-and-solutions/mass-spectrometry/timstof/timstof-ht.html</td><td>Utilizado para el análisis diaPASEF</td></tr><tr><td>Óptimos del Ácido Trifluoracético (TFA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508-10AMP</td><td>Grado LC/MS (Corrosivo, combustible)</td></tr><tr><td>Tris</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP152-5</td><td>Polvo cristalino; Grado en biología molecular</td></tr><tr><td>Tris, pH 6,8 (1 M)</td><td>Teknova</td><td>T1068</td><td></td></tr><tr><td>Tris, pH 7,5 (1 M)</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP1757-500</td><td>Grado en biología molecular</td></tr><tr><td>Solución salina tri-buffer (20 cucharadas por alcohol)</td><td>VWR, Ciencias de la vida</td><td>97064-338</td><td></td></tr><tr><td>Tris-Glycine-SDS (TGS 10x) funcionando con un tampón de gel</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP13414</td><td>Electroforesis</td></tr><tr><td>Tripsina y nbsp;</td><td>Promega</td><td>V5111</td><td>Grado de secuenciación</td></tr><tr><td>Tripsina Oro</td><td>Promega</td><td>V5280</td><td></td></tr><tr><td>Preadolescentes 20</td><td>Biorreactivo de Fisher</td><td>BP337-100</td><td></td></tr><tr><td>Urea</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U0631-500G</td><td></td></tr><tr><td>Vórtice</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-215-414</td><td></td></tr><tr><td>Agua</td><td>Fisher Scientific</td><td>W6-1</td><td>Grado LC/MS</td></tr></tbody></table>

mapeo de interacciones proteína-proteína disfuncionales en la enfermedad

Mapping Dysfunctional Protein-Protein Interactions in Disease

Mapeo de interacciones proteína-proteína disfuncionales en la enfermedad

Protein-protein interaction (PPI) networks are dynamically remodeled in disease, yet most systems biology approaches focus on changes in protein ...

mapping-dysfunctional-protein-protein-interactions-in-disease

Research

Investigación

JoVE Journal

Neuroscience

Neurociencia

Las secuencias de proteínas sintéticas basadas en motivos de consenso suelen ignorar los residuos co-evolutivos, que implican dependencias interposicionales (IPDs).  Los IPD pueden ser esenciales para la actividad, y los diseños que los ignoran pueden dar lugar a resultados subóptimos.  Este protocolo utiliza StickWRLD para identificar IPD y ayudar a informar el diseño racional de proteínas, lo que resulta en resultados más eficientes.

Optimización de las proteínas sintéticas: Identificación de interposicional Dependencias de indicación Estructuralmente y / o Residuos Funcionalmente Vinculados

El control de la expresión de proteínas no solo es esencial para todos los organismos vivos, sino también una estrategia importante para investigar las funciones de las proteínas en modelos celulares. El protocolo presentado muestra la aplicación de la interferencia de anticuerpos en células de mamíferos, incluidas las neuronas primarias del hipocampo, y demuestra el uso de reconstrucciones tridimensionales en el estudio de la función de las proteínas.

El estudio de la función de proteínas y el Papel de la expresión de la proteína alterada por la interferencia de anticuerpos y reconstrucciones tridimensionales

Este informe describe protocolos para medir las tasas de degradación de proteínas mal plegadas mediante Western blot o ensayos basados en fluorescencia. Los métodos se pueden aplicar al análisis de otras proteínas mal plegadas y para el cribado de alto rendimiento.

Los ensayos para la degradación de proteínas en células de mal plegadas

Este protocolo describe procedimientos experimentales para caracterizar el genoma cambios en los niveles de modificaciones post-traduccionales de las histonas (PTM) que ocurre en relación con la sobreexpresión de proteínas relacionadas con la ELA y la enfermedad de Parkinson en Modelos de Saccharomyces cerevisiae . Después de la separación de SDS-PAGE, se detectan niveles PTM de las histonas individuales con anticuerpos específicos a la modificación mediante Western blot.

Caracterización de la histona modificación post-translacional alteraciones en modelos neurodegenerativos Proteinopathy de levadura

El objetivo de este protocolo es esbozar el diseño y la realización de experimentos in vivo en Drosophila melanogaster para evaluar las consecuencias funcionales de las variantes genéticas raras asociadas con las enfermedades humanas.

En Vivo Estudio Funcional de Variantes Humanas Raras Asociadas a la Enfermedad Usando Drosophila

El deterioro proteostático es un sello distintivo del envejecimiento, que facilita la aparición de enfermedades neurodegenerativas. Esbozamos un protocolo para medir cuantificablemente la proteostasis en dos tejidos diferentes de Caenorhabditis elegans a través de la expresión heteróloga de repeticiones de poliglutamina fusionadas a un reportero fluorescente. Este modelo permite un rápido análisis genético in vivo de la proteostasis.

Cuantificación de la disminución proteostática específica del tejido en Caenorhabditis elegans

Para estudiar las interacciones chaperona-chaperona y chaperona-sustrato, realizamos pantallas de interacción sintética en Caenorhabditis elegans utilizando interferencia de ARN en combinación con mutaciones leves o sobreexpresión de chaperonas y monitoreamos la disfunción proteica específica del tejido a nivel del organismo.

Uso de Caenorhabditis elegans para detectar interacciones de chaperonas específicas del tejido

Se presenta un protocolo computacional, CaseOLAP LIFT, y un caso de uso para investigar las proteínas mitocondriales y sus asociaciones con las enfermedades cardiovasculares descritas en los informes biomédicos. Este protocolo se puede adaptar fácilmente para estudiar los componentes celulares y las enfermedades seleccionadas por el usuario.

Un enfoque de grafos de conocimiento para dilucidar el papel de las vías organelares en la enfermedad a través de informes biomédicos

Usamos la magnetoencefalografía (MEG) y la electroencefalografía (EEG) para mapear áreas del cerebro involucradas en el procesamiento de los estímulos sensoriales simples.

Mapeo funcional con MEG y EEG simultáneo

Una de las características patológicas de la EA es la formación de placas de proteína amiloide β neuríticas positivo. En este protocolo se describen dos métodos de detección de placas neuríticas en ratones transgénicos modelo de AD: la detección inmunohistoquímica utilizando el método ABC y DAB y detección fluorescente utilizando el método de tinción thioflavin S.

La detección de placas neuríticas en el modelo de la enfermedad de Alzheimer ratón

Aprenda a mapear interacciones proteína-proteína disfuncionales en tejidos nativos usando sondas químicas y espectrometría de masas. Este método revela alteraciones de redes celulares en enfermedades sin necesidad de ingeniería genética.

Mapeo de interacciones proteína-proteína disfuncionales en la enfermedad

Explorar más videos