Waiting
Traitement de la connexion…

Trial ends in Request Full Access Tell Your Colleague About Jove
JoVE Journal Chemistry
Click here for the English version

Chemistry

زخارف الحمض النووي مستقرة، 1 د والنانو 2D شيدت من جزيئات الحمض النووي دائرية صغيرة

Published: April 12, 2019 doi: 10.3791/58744
Automatic Translation
1, 1, 1
1State Key Laboratory of Coordination Chemistry, School of Chemistry and Chemical Engineering, Nanjing University

Summary

تعرض هذه المقالة بروتوكول مفصل لربط T4 ويشوه تنقية صفحة صغيرة من جزيئات الحامض النووي المعاد، الصلب وتحليل الصفحة الأصلية البلاط دائرية، وتجميع وتصوير فؤاد النانو الحمض النووي 1 د و 2D، فضلا عن [اغروس] هلام تنقية النانو الحمض النووي المحدود التفريد والطرد المركزي.

Abstract

تعرض هذه المقالة بروتوكول مفصل لتوليف جزيئات الحمض النووي دائرية صغيرة، الصلب الدائرية زخارف الحمض النووي، وتشييد النانو الحمض النووي 1 د و 2D. على مدى عقود، والتطور السريع لتكنولوجيا النانو الحمض النووي يعزى إلى استخدام خطي من السلطات الوطنية المعينة كمواد المصدر. على سبيل المثال، بلاط DAO (مزدوجة كروس، ويتحول نصف أنتيباراليل، والغريب) المعروف جيدا كلبنة للبناء في 2D المشابك الحمض النووي؛ بنية أساسية من DAO يتكون من اثنين النوكليوتيد خطية واحدة-الذين تقطعت بهم السبل (ss)، مثل الحبال اثنين جعل عقده جدة يد اليمنى. هنا، نوع جديد من البلاط الحمض النووي يسمى كداو (إلى جانب DAO) تم إنشاؤها باستخدام ss دائرية صغيرة-الحمض النووي c64nt أو c84nt (التعميم النيوكليوتيدات 64 أو 84) حبلا سقالة وعده ss الخطي-السلطات الوطنية المعينة كخيوط التيلة. يتم تجميعها النانو 1 د و 2D المثالي من البلاط كداو: أسلاك لانهائية، نانوسبيرالس، والأنابيب النانوية، نانوريبونس؛ ومستطيلات نانو المحدودة. يتم وصف بروتوكولات مفصلة: 1) إعداد ليجاسى T4 وتنقية من يشوه الصفحة (polyacrylamide هلام التفريد) من النوكليوتيد دائرية صغيرة، 2) الصلب من البلاط دائرية مستقرة، متبوعاً بتحليل الصفحة الأصلية، 3) تجميع لانهائي 1 مد أسلاك، نانورينجس، نانوسبيرالس، المشابك 2D لانهائية من الأنابيب النانوية، ونانوريبونس، ونانو 2D المحدودة-مستطيلات، متبوعاً بتصوير فؤاد (مجهر القوة الذرية). الطريقة بسيطة وقوية وفي متناول معظم المعامل.

Introduction

وقد استخدمت جزيئات الحمض النووي لبناء العديد من أنواع النانو على مدى عقود. زخارف نموذجية تشمل داي (كروس مزدوجة، أنتيباراليل، حتى النصف-يتحول) DAO البلاط1،2،3، البلاط نجمة4،5،،من67، واحد تقطعت بهم السبل (ss) البلاط8،،من910، والحمض النووي أوريغامي11،،من1213. ويتم تجميع هذه الزخارف الحمض النووي والأسوار من خطي ss-السلطات الوطنية المعينة. في الآونة الأخيرة، أفادت الآخرين ونحن استخدام النوكليوتيد ss التعميم كسقالات بناء زخارف ومد 1 الأنابيب النانوية، والمشابك 2D14،15،،من1617. عن طريق إدراج هوليداي مفرق (هجرية)18،19،،من2021 في مركز c64nt، يمكن أن يكون زوج من جانب اثنين من البلاط DAO شكلت17. هذه فكرة كداو الجديدة ومشتقاته مستقرة وجامدة ما يكفي لتجميع 2D الحمض النووي الأسوار يصل إلى 3 × 5 ميكرومتر2. في هذه الورقة، ونحن نستخدم مصطلح "بلاط التعميم"، التي تعرف بأنها مستقرة معقدة جزيء الحمض النووي التي شيدت سقالة دائرية واحدة وأخرى دبابيس الخطي من النوكليوتيد ss، وفترة أخرى من "بلاط الخطي"، التي تم إنشاؤها من مجموعة كاملة من الخطي س-النوكليوتيد.

هذا البروتوكول يوضح كيفية بناء خمسة أنواع من الحمض النووي النانو مع جزيئات الحمض النووي دائرية صغيرة السقالات: 1) لا حصر له من أسلاك c64nt و c84nt د 1، 2) لانهائية 2D كداو-c64nt-س وكداو-c64nt-E (-س يمثل عدد فردي 5 يتحول النصف و-E تمثل عدد زوجي من نصف 4-يتحول) الأسوار، 3) لانهائية 2D كداو-c84nt-س وكداو-c84nt-ه المشابك، 4) محدودة 2D 5 × 6 كداو-c64nt-س و 5 × 6 كداو-c74 & 84nt-O مستطيلات، 5) لانهائية نانورينجس أكداو-c64nt-ه د 1 ونانوسبيرالس (يرجى الرجوع إلى 3 الرقم-5 لرسومات تخطيطية وصور لأنواع النانو الحمض النووي الخمسة المذكورة أعلاه). يتم تجميع أسلاك c64nt و c84nt د 1 من كل سقالة c64nt و c84nt المقترنة دبوسان الخطي على التوالي. هو تعتيق كل بلاطة دائرية كداو-c64nt، أكداو-c64nt، c74nt كداو، أو كداو-c84nt من على سقالة المقابلة c64nt أو c74nt أو c84nt بأربعة دبابيس الخطي على التوالي. يتم تجميع المشابك 2D لانهائية من نفس النوع من اثنين من البلاط التعميم مع تسلسلات مختلفة. يتم تجميعها المشابك المستطيل 2D المحدودة اثنين من مجموعتين من البلاط الفرعية التعميم 32 على التوالي. لتوفير المال، التسلسل واحد فقط c64nt، و c74nt، و c84nt سقالة كل منهما بينما يتدلى مختلفة تستخدم يصلب 32 كداو-c64nt، c74nt كداو 12، والبلاط الفرعية التعميم c84nt كداو 20 على التوالي في الخطوة انلينغ بلاط الفرعية الأولى، ثم مزيج البلاط الفرعية التعميم 32 مقابلة معا وتطبيق الثانية شعرية الصلب خطوة لتجميع محدودة 5 × 6 كداو-c64nt-س و 5 × 6 كداو-c74 & 84nt-O المشابك، على التوالي. بالتأكيد، يمكن اعتماد السقالات دائرية متتابعة بشكل مختلف لتجميع مجموعة متنوعة من النانو محدودة الحجم، لكن سوف يكلف المزيد من المال والعمال. هي تعتيق نانورينجس أكداو-c64nt-ه د 1 لانهائية ونانوسبيرالس من البلاط التسلسل واحد غير المتناظر أكداو-c64nt مع اتصالات خطية من عدد زوجي من نصف 4-يتحول. هناك طريقتان لتجميع المشابك 2D لانهائية من البلاط التعميم كداو-c64nt وكداو-c84nt، والتي تتميز بالمسافات إينتيرتيلي من عدد زوجي من 4 وعدد فردي من النصف-يتحول 5 على التوالي. السابق يتطلب كافة المربعات محاذاة مماثل؛ الأخير يتطلب تناوب وجوه اثنين من البلاط المجاورة على طول محاور حلزونية. إذا كان الإطار المتجانب جامدة ومستو، مثل c64nt كداو، كلا النهجين سيولد نانوريبونس مستو؛ إذا البلاطة منحنى نحو اتجاه واحد، مثل كداو-c84nt، الاتصال إينتيرتيلي من عدد زوجي من 4 يتحول نصف سيولد الأنابيب النانوية، بينما الاتصال إينتيرتيلي من عدد فردي من 5 سوف تنتج يتحول نصف مستو نانوريبونس نظراً للقضاء على المنحازة لانحناء النمو بمحاذاة بديل للبلاط منحنية. جمعية ناجحة 1 د و 2D النانو الحمض النووي من البلاط التعميم يشير إلى العديد من المزايا لهذا النهج الجديد: فرض الاستقرار وصلابة البلاط التعميم على خطي البلاط، والبلاط مراوان لجمعية النانو غير متماثلة مثل نانورينجس ونانوريبونس، رؤى جديدة في فهم الميكانيكا الحمض النووي والهياكل الجزيئية، إلخ.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Protocol

1-إعداد التعميم السلطات الوطنية المعينة

  1. استخدام جميع السلطات الوطنية المعينة الخطية المقدمة من شركات تجارية مباشرة دون مزيد من تنقية.
  2. الطرد المركزي في العينات من الحمض النووي في ز × 5,000 لمدة 5 دقائق لجمع جميع الكريات الحمض النووي في الجزء السفلي من الأنابيب. إضافة وحدة تخزين مناسبة من المخزن المؤقت للشركة المصرية للاتصالات (مم تريس، 1 مم يدتا، pH 8.0 من 10) أن يحل الحمض النووي.
  3. قياس تركيز "" نانوغرام/ميليلتر لكل حل الحمض النووي ss استخدام مطياف الأشعة فوق البنفسجية الصغرى في 260 نيوتن متر. تحويل "" نانوغرام/ميليلتر ميكرومتر "ب" في أعقاب ب =3 × 10/(الوزن الجزيئي للحمض النووي حبلا). ضبط مقدار حل الشركة المصرية للاتصالات لجعل 10 ميكرون الحمض النووي أسهم حلاً.
  4. استخدام الحمض النووي T4 ليجاسى لتوصيل نهايات 3 'و 5' 5 '-فوسفوريلاتيد الخطي الحمض النووي قوالب ( الشكل 1) c64nt و c74nt و c84nt المقدمة من شركات تجارية مباشرة.
  5. مزيج حبلا الحمض النووي الخطية 5 '--فوسفوريلاتيد (3.5 ميكرومتر) وجبيره المقابلة الحمض النووي حبلا (4.5 ميكرومتر) في المخزن المؤقت للشركة المصرية للاتصالات ميليلتر 80 في أنبوب اختبار PCR ميليلتر 20015. احتضان الأنبوب في حرارية مفتوحة زجاجة مملوءة بالمياه 95 درجة مئوية. يبرد الماء الساخن على درجة حرارة الغرفة (25 درجة مئوية) لمدة 2-3 ساعات تحت جو المعمل.
  6. إضافة 10 ميليلتر من 10 x T4 العازلة (مم 660 تريس-HCl، 66 مم مجكل2، 100 مم DTT، ATP 1 مم) واحتضان 10 ميليلتر من ليجاسى T4 (300 يو/ميليلتر) إلى الخليط إلى حجم نهائي 100 ميليلتر. الخليط في ثيرموسيكلير لمدة 16 ساعة في 16 درجة مئوية.
    ملاحظة: أعلاه هي الأمثل تركيزات الحمض النووي وحجم رد فعل ~ 100 ميليلتر لربط عالية الكفاءة وعالية الغلة من سيكليزيشن مونومر اليغو الصحيح. تشغيل أنابيب اثنين أو أكثر من ردود الفعل ربط في نفس الوقت وفقا للتصميم التجريبي. إجراء حضانة بديلة لربط خطوة استبدال 1.6 4 ساعات عند 25 درجة مئوية.
  7. وبعد التفريخ، إلغاء تنشيط ليجاسى T4 في المياه 95 درجة مئوية مينمينوتيس 5. ثم نقل الأنبوب إلى حمام الماء المثلج واحتضان لمدة 5 دقائق حتى يبرد.
  8. إضافة 10 ميليلتر من 10 × [ااكسونوكلس] أنا المخزن المؤقت و 10 ميليلتر من [ااكسونوكلس] أنا (يو 5/ميليلتر) إلى خليط قوينتشيد واحتضان الأنبوب عند 37 درجة مئوية في حمام مائي مدة 30 دقيقة هضم المعينة الخطية المتبقية بشكل انتقائي وحالها المعينة سيركولاريزيد.
  9. إعداد 10 ٪ يشوه جل صفحة.
    1. ارتداء قفازات مطاطية ونظارات واقية عند تحضير هلام الصفحة في غطاء الدخان. إضافة 2 مل 10 مل 6.67 من 30% (w/v) الاكريلاميد/بيساكريلاميدي الحل (19:1)، x TAE· مغ العازلة (40 مم تريس، 40 مم HAc، 1 مم يدتا، pH 8.0، 12.5 مم Mg(Ac)2)، ز 8.4 اليوريا (م 7) والمياه إلى وحدة تخزين نهائي من 20 مل في أنبوب الطرد مركزي 40 مل.
      تحذير: الحل الحل الاكريلاميد/بيساكريلاميدي (19:1) 30% (w/v) السامة.
    2. إضافة 20 ميليلتر من تيتراميثيليثيلينيدياميني (تيميد) وأنبوب 100 ميكروليتر من فوق كبريتات الأمونيوم (وكالة الأنباء الجزائرية، 10% w/v) إلى 40 مل قبل نقل حل جل لنظام التفريد فورا. إدراج 1.5 مم ومشط 10-جيدا. الانتظار 20 دقيقة على الأقل حتى هو توطد جل الحل.
    3. تعيين جهد مستمر من 80 الخامس لجل 85 × 80 × 1.5 مم (العرض × الارتفاع × سمك) من3 . أضف 1 x TAE· مغ المخزن المؤقت للنظام الكهربائي وبريرون هلام لمدة 20 دقيقة في الخامس 10/سم.
  10. وضع أنبوب اختبار PCR من 1.8 خطوة في 95 درجة مئوية الماء لمدة 5 دقائق لإلغاء تنشيط [ااكسونوكلس] أنا. ثم نقل الأنبوب إلى حمام الماء المثلج واحتضان لمدة 5 دقائق أخرى.
  11. إضافة 20 ميليلتر من ميثلامين في الأنبوب إلى وحدة تخزين نهائي من 140 ميليلتر ومزيج الحل. توزيع حل صفحة 7-9 يشوه جل الآبار على قدم المساواة مع 16-20 ميليلتر لكل جل جيدا. ميكس 2 ميليلتر لتحميل صبغ (0.05% بروموفينول الأزرق، 0.05% زيلين نفط زايلين FF، والغليسيرول 60%، 10 مم تريس-HCl، 60 ملم يدتا، درجة الحموضة 7.6) مع 8 ميليلتر من السلائف الحمض النووي الخطي المطابق (10 ميكرون) وحقن الخليط إلى بئر منفصلة للرجوع إليها.
    ملاحظة: إضافة ميثلامين زيادة كثافة تحميل الحل لغرق إلى الجزء السفلي من الصفحة هلام جيدا وأيضا أن ننأى ببعض مزدوج تقطعت بهم السبل بقايا الحمض النووي.
  12. تشغيل الجل لحوالي 2 ساعة في الخامس 10/سم وإيقاف التشغيل عندما زيلين نفط زايلين FF في الموضع 2/3 للوحة الزجاج بالعين المجردة.
  13. ارتداء قفازات مطاطية ونظارات واقية لحماية الجلود والعيون. أن الجل من لوحة الزجاج. وضع الجل على صفيحة TLC (طبقة رقيقة اللوني) فلورسنت. قطع العصابات جل الهدف بشفرة حلاقة الضبط كما مظلل باشعاع الأشعة فوق البنفسجية (الشكل 2).
    تنبيه: ضوء الأشعة فوق البنفسجية الضارة بالعيون وجلود.
    ملاحظة: تحت إشعاع الأشعة فوق البنفسجية في 254 نانومتر، الحمض النووي سوف تمتص الضوء ويلقي بظلاله على صفيحة TLC. الحمض النووي الدائري ركض أبطأ قليلاً من السلائف الحمض النووي الخطي المطابق. بعض عسر الهضم خطي من السلطات الوطنية المعينة والسلطات الوطنية المعينة دائرية غير المرغوب فيها في المبالغ الصغيرة التي تحيط الفرقة المستهدفة مظلل تلويث الحمض النووي الدائري إذا جمعها.
  14. نقل النطاقات جل في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 2.0. الهواء الجاف أو ضربة الجافة العصابات جل واهرسيها ثم المواد الهلامية في عجينة بملعقة أو قضيب زجاج مسطح. تأكد من أن الجل قد تم القضاء عليها تماما في لصق، هو أمر حيوي لعاليه الغلة من الحمض النووي الدائري. إضافة مرتين لجل الحجم منزوع الماء في الأنبوب ويهز الأنبوب في درجة حرارة الغرفة بين عشية وضحاها.
  15. قم بتصفية الخليط لجمع سوبيرناتانتس في أنبوب ميكروسينتريفوجي مل 2.0. استرداد أي الحمض النووي المتبقية قبل الشطف بصغر حجم المياه وتصفية مرة أخرى للجمع بين سوبيرناتانتس.
  16. استخراج الوينت مع تساوي حجم n-butanol. كرر هذا الإجراء حتى يتم تقليل حجم مائي لحوالي 200 ميليلتر.
  17. إضافة 500 ميليلتر من الإيثانول المطلق (−20 درجة مئوية) و 20 ميليلتر من نواك م 3 (الرقم الهيدروجيني 5.1) إلى الخليط لترسيب الحمض النووي. تخزين الأنبوب في −20 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.
  18. الطرد المركزي الأنبوب في ز × 12,000 لمدة 10 دقائق في 4 درجات مئوية، وتجاهل المادة طافية. ترسبات الحمض النووي الباقية هو حوالي 100 ميليلتر في الأنبوب.
  19. إضافة 600 ميليلتر من 75 ٪ الإيثانول (−20 درجة مئوية) إلى الأنبوبة وتخزينها في −20 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة. ثم الطرد المركزي في 12,000 × ز لمدة 10 دقائق في 4 درجات مئوية، تجاهل المادة طافية. ترسبات الحمض النووي الباقية الحل حوالي 100 ميليلتر في الأنبوب مرة أخرى. كرر الإجراء مرتين.
  20. بعد الطرد المركزي الماضي، تجاهل المادة طافية بقدر الإمكان. الجاف للرفات مع مركز فراغ.
  21. تخزين الحمض النووي الدائري المنقاة في الأنبوب في −20 درجة مئوية.
  22. ريسوسبيند الحمض النووي الدائري في المخزن المؤقت للشركة المصرية للاتصالات لجعل 10 ميكرون تعميم الحمض النووي أسهم حل وفقا للخطوة 1.3 عند الحاجة.

2-الصلب الحلول الجمعية

  1. إعداد كل بلاط أو نانوستروكتورال الجمعية العامة حل c64bp، c84bp، c64nt هجرية، aHJ-c64nt، هجرية-c84nt، تي-c84nt، كداو-c64nt، أكداو-c64nt، كداو-c84nt، c64nt، c84nt، وأكداو-c64nt-ه مع مجموعة مصممة للسلطات الوطنية المعينة الخطية والدائرية للصلب وعاء واحد.
    1. لكل حل الجمعية، مزيج 2 ميليلتر من 10 x TAE· المخزن المؤقت ملغ، 1 ميليلتر من كل حل الأسهم الحمض النووي لمجموعة من خيوط الخطية والدائرية في نسب المولى متساوية، والمخزن المؤقت الإضافي في الشركة المصرية للاتصالات في أنبوب اختبار PCR 200 ميليلتر لتركيز نهائي لكل حبلا في 0.5 ميكرومتر ووحدة تخزين نهائي من 20 ميليلتر. يصلب حل الجمعية في زجاجة الحرارية من 95 درجة مئوية إلى 25 درجة مئوية أكثر من 48 ساعة.
  2. إعداد كل حل الجمعية في 2D المشابك لانهائية كداو-c64nt-ه كداو-c64nt-س، كداو-c84nt-ه وكداو-c84nt-س مع مجموعة مصممة للسلطات الوطنية المعينة الخطية والدائرية للصلب خطوتين.
    1. إعداد كل حل الجمعية الفرعية بلاط السلائف بخلط 2 ميليلتر من 10 x TAE· المخزن المؤقت ملغ، 1 ميليلتر من كل حل الأسهم الحمض النووي لمجموعة من خيوط الخطية والدائرية في نسب المولى متساوية، والمخزن المؤقت الإضافي في الشركة المصرية للاتصالات في أنبوب اختبار PCR 200 ميليلتر لتركيز 0.5 ميكرون لكل حبلا نهائي ووحدة تخزين نهائي من 20 ميليلتر. في أول خطوة انلينغ بلاط الفرعية، يصلب كل حل بلاط الفرعية السلائف في ثيرموسيكلير بكر استخدام أسلوب تبريد سريع خطي من 95 درجة مئوية إلى 25 درجة مئوية أكثر من 2.5 ح.
    2. إعداد كل حل الجمعية من الأسوار لانهائية الأربعة المذكورة أعلاه بخلط 10 ميليلتر لكل حل من الحلول بلاط الفرعية المقابلة اثنين معا لتركيز 0.25 ميكرون لكل حبلا نهائي. في المشبك الثاني الصلب خطوة، يصلب الخليط 20 ميليلتر في ثيرموسيكلير بكر استخدام أسلوب تبريد بطيء للبقاء عند 50 درجة مئوية ح 2 والتهدئة بمعدل 0.1 درجة مئوية في كل 5 دقائق إلى 20 درجة مئوية، وحوالي 24 ساعة في المجموع.
      ملاحظة: يمكن تشغيل تجربتين موازية في نفس الوقت أو في وقت لاحق في الخطوة الثانية انلينغ لكل شعرية لانهائية 2D.
  3. إعداد الحلول الجمعية من المجلسين المستطيل محدودة من 5 × 6 كداو-c64nt-س و 5 × 6 كداو-c74 & c84nt--يا للصلب خطوتين.
    1. إعداد كل حل الجمعية الفرعية بلاط السلائف بخلط 1 ميليلتر من 10 x TAE· المخزن المؤقت ملغ، 0.5 ميليلتر لكل حل الأسهم الحمض النووي لمجموعة من خيوط الخطية والدائرية في نسب المولى متساوية، والمخزن المؤقت الإضافي في الشركة المصرية للاتصالات في أنبوب اختبار PCR 200 ميليلتر لتركيز 0.5 ميكرون لكل حبلا نهائية ونهائية حجم 10 ميليلتر. في أول خطوة انلينغ، يصلب كل حل بلاط الفرعية السلائف في ثيرموسيكلير بكر استخدام أسلوب تبريد سريع خطي من 95 درجة مئوية إلى 25 درجة مئوية أكثر من 2.5 ح.
    2. إعداد كل حل الجمعية شعرية مستطيل محدد بمزج 32 × (2 ميليلتر لكل حل بلاط الفرعية) معا في أنبوب اختبار PCR 200 ميليلتر لتركيز نهائي من ~ 15 نانومتر لكل بلاط الفرعية ووحدة تخزين نهائي من 64 ميليلتر. في الخطوة الثانية انلينغ، يصلب الخليط ميليلتر 64 في ثيرموسيكلير بكر استخدام أسلوب تبريد بطيء للبقاء عند 50 درجة مئوية ح 2 والتهدئة بمعدل 0.1 درجة مئوية في كل دقيقة 5 إلى 20 درجة مئوية، حوالي 24 ساعة في المجموع.
      ملاحظة: خمس تجارب موازية يمكن تشغيل في نفس الوقت أو في وقت لاحق في الخطوة الثانية انلينغ للجمعية كل مستطيل المحدودة.

3-أصلي صفحة التحليل

  1. إعداد مواطن 10% صفحة 1.9 باستثناء عنصر اليوريا في الخطوة التالية.
  2. لمراقبة عينات من c64bp و c84bp، إضافة 2 ميليلتر لكل حل الجمعية و 1 ميليلتر من تحميل صبغ إلى 3 ميليلتر من المخزن المؤقت للشركة المصرية للاتصالات كعناصر تحكم بشكل منفصل. لكل من التجميعات الأخرى المبينة في الشكل 3، إضافة 1 ميليلتر من كل حل الجمعية و 1 ميليلتر من تحميل صبغ إلى 4 ميليلتر من المخزن المؤقت للشركة المصرية للاتصالات.
  3. حقن كل الحلول المذكورة أعلاه لهلام جيدا. إضافة 5 ميليلتر ماركر الحمض النووي (25-500 bp) إلى بئر منفصلة للرجوع إليها.
  4. تشغيل الجل لحوالي 4 ساعات في الخامس 10/سم في حمام الماء المثلج. سيتم تشغيل زايلين زيلين نفط فرنك فرنسي خارج اللوحة الزجاجية.
  5. ارتداء قفازات مطاطية ونظارات واقية لحماية الجلود والعيون. اتخاذ الهلام خارج اللوحة الزجاجية وتزج أنه في 100 مل مياه مع 10 ميليلتر من وصمة جل الحمض النووي لمدة 30 دقيقة.
    تحذير: الحل وصمة عار جل الحمض النووي السامة.
  6. مراقبة الجل تحت الأشعة فوق البنفسجية نظام التصوير والتقاط صورة للهلام الملون (الشكل 3).

4-تنقية المشابك المحدودة

  1. إعداد 2% [اغروس] هلام أصلي لتنقية التفريد المشابك المحدودة.
    1. مزيج 1 غ مسحوق [اغروس]، 5 مل 10 x TBE· هلام مغ المخزن المؤقت (89 مم تريس، 89 مم 2 مم يدتا، الماء المقطر pH 8.0، 12.5 مم Mg(Ac)2)، 2 ميليلتر من الحمض النووي وصمة عار و 47.5 مل من المياه في زجاجة مثلث 250 مل. يغلي الخليط حتى تصبح الفقاعات صغيرة وكثيفة. أضف الماء الساخن في الزجاجة لإجمالي حجم 50 مل وتركيز من 2% [اغروس].
    2. ارتداء قفازات سميكة. صب جل الحل في علبة بلاستيكية جل 7 × 10 × 1 سم3 (العرض × الطول × سمك). إدراج مشط هلام سميكة وكذلك 12 1.5 مم. انتظر الجل يبرد لدرجة حرارة الغرفة. إذا لزم الأمر، وضع الجل في ثلاجة 4 درجات مئوية.
      تنبيه: احذر من حروق نظراً لأن الحل حار جداً.
    3. إضافة 0.5 x TBE· مغ المخزن المؤقت في نظام التفريد. بريرون الهلام في الخامس 5/سم لمدة 20 دقيقة في حمام الماء المثلج في جهد مستمر من 50 الخامس.
    4. حقن 20 ميليلتر من حل شعرية محدودة إعدادها في الخطوة 2، 3 في كل [اغروس] هلام جيدا وإضافة 5 ميليلتر علامة الحمض النووي (100-3,000 bp) منفصلة تماما. تشغيل الهلام ح 2 5 الخامس/سم في حمام الماء المثلج.
    5. ارتداء قفازات مطاطية ونظارات واقية لحماية الجلود والعيون. قص الهدف جل العصابات بموقف مماثل لعلامة بي بي 1,000 تحت الأشعة فوق البنفسجية وشريحة منهم إلى القطع بشكل جيد ووضع المواد الهلامية سحقت في عمود تصفية8.
    6. الطرد المركزي العمود في 2,000 س ز لمدة 5 دقائق في 4 درجات مئوية. استخراج الحل عينة من خلال العمود. جمع الحل لتصوير فؤاد.
  2. تنقية المشابك المحدودة بترسيب الوتد.
    1. ميكس 50 ميليلتر من الحل شعرية محدودة إعدادها في الخطوة 2.3 مع حجم تساوي 15% PEG8000 (w/v) المخزن المؤقت (20 مم Mg(Ac)2، 5 ملم تريس، يدتا 1 و 505 ملم كلوريد الصوديوم)22. الطرد المركزي الحل في 18,000 × ز عند 4 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة.
    2. إزالة المادة طافية وإضافة 100 ميليلتر من شماعة المخزن المؤقت. كرر الطرد المركزي.
    3. بعد إزالة المادة طافية، حل بيليه في 1 x TAE· مغ المخزن المؤقت لتصوير فؤاد.
      ملاحظة: تنقية ضروري المشابك محدودة من 5 × 6 كداو-c64nt-س و 5 × 6 كداو-c74 & c84nt--يا لتصوير فؤاد وغيرها من التطبيقات. إذا كان العائد منخفضا جداً، تزيد من سرعة الطرد المركزي. إذا كان المنتج غير نقية كافية، كرر الخطوة 4-2-2.

5-فؤاد تصوير

  1. C64nt أسلاك متناهية الصغر، وأسلاك متناهية الصغر c84nt، أكداو-c64nt-ه، إيداع المشابك 2D لا حصر له من cDAO-c64nt-E(O)، و cDAO-c84nt-E(O)، 2 ميكروليتر من عينة الملدن على سطح ميكا ملصوق طازجة. يغادر إلى 2 دقيقة الامتزاز من الأسوار الحمض النووي للسطح ميكا. أغسل السطح مع 100 ميليلتر من المياه مرتين والجافة بالهواء المضغوط.
  2. الحصول على صور فؤاد لانهائي المشابك الحمض النووي في الجو عن طريق مسح السطح ميكا مع الثلاثي فؤاد تحقيقات تحت التنصت على الوضع. تعيين المعلمات التالية للمسح الضوئي: المسح الضوئي حجم 0.5 ~ 5 ميكرومتر، دقة 512 خطوط المسح الضوئي، وتفحص معدل 3.5 هرتز (الشكل 4).
  3. المشابك الحمض النووي محدودة من 5 × 6 كداو كداو-c64nt-س و 5 × 6-c74 & c84nt-س، إيداع ميليلتر 80 من 1 x TAE· مغ المخزن المؤقت على سطح ميكا ملصوق طازجة. ثم قم بإضافة 5 ميليلتر من عينات محدودة في المخزن المؤقت. يغادر إلى 2 دقيقة الامتزاز من الأسوار الحمض النووي للسطح ميكا. إضافة آخر ميليلتر 50 1 x TAE· ملغ على التحقيق فؤاد المخزن المؤقت.
  4. الحصول على صور فؤاد المشابك الحمض النووي المحدود في السوائل عن طريق مسح السطح ميكا مع الثلاثي فؤاد تحقيقات تحت التنصت على الوضع. تعيين المعلمات التالية للمسح الضوئي: المسح الضوئي حجم 0.5-1 ميكرومتر، دقة 256 خطوط المسح الضوئي، وتفحص معدل 1.5 هرتز (الشكل 5).

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

الحمض النووي الدائري يتحرك أبطأ قليلاً من الحمض النووي الخطي السلائف في يشوه الصفحة (الشكل 2)، لأنه هو اخترق المسام داخل الحمض النووي الدائري والمتخلفين من جل ألياف23،،من2425. فعالية رد فعل الربط الصحيح سيكليزيشن اليغو-مونومر يعتمد على تسلسل الركيزة وتركيز، رد فعل درجة الحرارة، والوقت، إلخ. كتركيز سليفة دنا خطي عالية بما يكفي في حوالي 3.5 ميكرون، ومنتجات سيكليزيشن c64nt (أو c84nt) والسلائف الإشارة الواردة في هذا البروتوكول يمكن أن يظلل مباشرة كعصابات في صفيحة TLC تحت ضوء الأشعة فوق البنفسجية دون الموت. إذا كانت العصابات من الحمض النووي الدائري غامضة أو غير مرئية، مما يشير إلى عدم رد فعل ربط أو عائد منتج منخفضة كثيرا. في بعض الأحيان هناك شريطين فوق الفرقة السلائف خطية، أشار عصابة ديمر اليغو إضافية باستثناء خاتم مونومر اليغو الصحيح. مجرد ترك العصابات أعلى وحدة وجمع أقل منها. يمكن اعتبار المنتجات الحمض النووي الدائري المنقي مسحوق أبيض في الأنبوب بعد التجفيف الفراغ. باستثناء الصفحة يشوه، ويمكن أيضا قياس نقاء الحمض النووي من مطياف الأشعة فوق البنفسجية. ذروة امتصاص للحمض النووي في 260 نيوتن متر. اثنين من المعايير الموحدة لنقاء الحمض النووي هي نسبة الاستيعاب 280 nm nm/260 في 1.8 ومن 280 nm nm/230 عادة في نطاق 2.0-2-2. إذا كانت نسب اثنين أعلاه تحيد عن القيم القياسية، ينبغي استخراج الرفات مرة أخرى بالخطوات التالية 1.18-1.20. يتم قياس غلة c64nt و c84nt على سيكليزيشن مونومر اليغو الصحيح في نطاق 30-60% وفقا لهذا البروتوكول.

تحليل الصفحة الأصلية يوفر كثير من المعلومات حول الاستقرار فكرة، النقاء، الصلابة، ووضع الجمعية مونومر أو البوليمر، إلخ (الشكل 3). وقد أسر الجمعية c64nt c64bp، هجرية-c64nt، أي-c64nt، كداو-c64nt، وأكداو-c64nt الفرقة نظيفة وواضحة واحد فقط لكل الجمعية، التي تمثل هم زخارف مونومر مستقرة. في حين أسر الجمعية c84nt البلاط هجرية-c84nt وتي-c84nt c84nt كداو مسحات حول تلك العصابات الرئيسية، تشير إلى المنتجات الثانوية باستثناء الزخارف مونومر الهدف. بغض النظر عن مشتقات ثانوية لشركاء غير صحيحة، يمكن تجميع كداو-c84nt-س (ﻫ) المشابك ممتازة مع عالية الغلة. للحصول على صورة التفريد نظيفة وواضحة، يجب أن يكون حجم التحميل لا يزيد عن 10 ميليلتر وينبغي أن تكون كمية الحمض النووي 0.01 ~ 0.02 ميكروغرام/مل.

يتم تقييم نجاح تجارب أخيرا بالنانو الحمض النووي 1 د و 2D تصويرها بفؤاد (الشكل 4 و الشكل 5). ولدى الجمعية كل خصائصها المورفولوجية مقياس ميكرومتر مثل أسلاك، الأنابيب النانوية، نانوسبيرالس، نانوريبونس، إلخ. وعلاوة على ذلك، القوام مفصلة من التجميعات الحمض النووي في مقياس نانومتر ترتبط بأحجامها بلاط التعميم النظري وأوضاع منظمة جيدا على التوالي هي المفتاح لتحقق جمعية ناجحة وصحيحة. ولذلك، يجب الحصول على صور فؤاد بانورامية وعالية الدقة على حد سواء في جداول ميكرومتر ونانومتر. خيارات أساليب فؤاد والمسابير حاسمة بالنسبة للصور فؤاد عالي الجودة. ينبغي تعديل قوة مسح صغيرة ك 50 pN26. إذا كانت قوة المسح كبيرة جداً، فإنه سيضر بأنماط نانوستروكتورال الحمض النووي. النظافة البيئية معلمة رئيسية أخرى للحصول على صورة فؤاد عالي الاستبانة نظيفة وجميلة في السائل. يجب أن تكون تصفية كافة المخازن المؤقتة بواسطة 0.22 ميكرومتر التصفية؛ حامل المسبار والملقط يجب غسلها بالمنظفات وشطفها بالمياه. إذا كان تلوث البيئة بالحطام الجسيمات، تضررت نصيحة مسبار أو تشبث بالجسيمات في المخزن المؤقت، مما يؤثر على نوعية الصور فؤاد.

Figure 1
الشكل 1 . توليف الحمض النووي الدائري. يمثل الرسم التخطيطي تدفق كيف تتطور اليغنوكليوتيد خطية طويلة 5 '--فوسفوريلاتيد باللون الأزرق لجزيء الحمض النووي دائري. خيوط حمراء قصيرة اثنين تمثل النوكليوتيد جبيرة. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

Figure 2
الشكل 2 . "صفحة يشوه" صورة فوتوغرافية للحمض النووي سيكليزيشن المنتجات تحت الأشعة فوق البنفسجية الخفيفة دون الموت. عصابة الحمض النووي 64nt خطي سلائف في حارة اليسار المتطرف ومنتجاتها سيكليزيشن من 64nt التعميم الحمض النووي (c64nt) تظهر كعصابات 9 في الأفقي نفس المستوى في الممرات الأخرى 9. سيتم قطع 9 عصابات c64nt لتلخيص التعميم السلطات الوطنية المعينة. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

Figure 3
الشكل 3- صور "الصفحة الأصلية" بعد الموت والتخطيطي نماذج مزدوجة حلزونية من البلاط دائرية. كلا البوليمرات أسلاك متناهية الصغر c64nt وأسلاك متناهية الصغر c84nt تتمثل في زنزاناتهم وحدة قابلة للطي أبسط، فيه اثنين محاذاة النقاط المذكورة أعلاه وأدناه كل خلية وحدة تشير إلى المحاذاة لانهائية من وحدة الخلايا عمودياً يصل وإلى الأسفل، مع مسافات متساوية بين الدوبلكس على شكل أسلاك. مركب البلاط دائرية من c64bp و c84bp و c64nt هجرية، aHJ-c64nt، c84nt هجرية وتي-c84nt في A) قد لا يتدلى بارزة من هذه الحلقات، بينما كداو-c64nt، أكداو-c64nt، و c84nt كداو في ب) كليهما انتهى بلانت يتدلى bp 10 على التوالي. لمتواليات، يرجى الرجوع إلى "الجدول تسلسل الحمض النووي". لقد تم تعديل هذا الرقم من منشورة سابقا رقم17. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

Figure 4
الشكل 4. فؤاد الصور النموذجية 1 د و 2D لانهائية الحمض النووي التجميعات التي تم مسحها ضوئياً في الهواء- A) c64nt أسلاك متناهية الصغر وب) لانهائية أكداو-c64nt-ه، ج) لانهائية كداو-c64nt-ه، د) لانهائية كداو-c64nt-س، ه) لانهائية كداو-c84nt-ه وواو) لانهائية كداو-c84nt-س يتم تعتيق بنهاية لزجة التماسك. جميع تفاصيل النسيج في هذه الصور فؤاد تتماشى مع أحجام البلاط وطرق تنظيم جيد للغاية. لمتواليات، يرجى الرجوع إلى "الجدول تسلسل الحمض النووي". لقد تم تعديل هذا الرقم من منشورة سابقا رقم17. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

Figure 5
الشكل 5 . الممسوحة ضوئياً صور فؤاد من التجميعات المستطيل المحدودة في السائل- جمعية المستطيل المحدودة A) 5 × 6 كداو-c64nt-O يتكون من 32 البلاط الفرعية كداو-c64nt، وب) 5 × 6 كداو-c74 & 84nt-O يتكون من 12 كداو-c74nt والبلاط الفرعية كداو-c84nt 20. لمتواليات، يرجى الرجوع إلى "الجدول تسلسل الحمض النووي". لقد تم تعديل هذا الرقم من منشورة سابقا رقم17. الرجاء انقر هنا لمشاهدة نسخة أكبر من هذا الرقم-

جدول تسلسل الحمض النووي- اضغط هنا لتحميل هذا الملف. 

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

البروتوكولات المقدمة في هذه المادة التركيز على تجميع جزيئات الحمض النووي دائرية صغيرة والجمعية للنانو الحمض النووي. يمكن استخدام معظم التصاميم الحمض النووي التسلسل عشوائياً في هذا البروتوكول. نقاء المعينة التعميم أمر حاسم لنجاح التجميعات الحمض النووي. ويمكن تحسين غلة الإنتاج سيكليزاتيون عن طريق خفض تركيز الحمض النووي الخطية 5 '--فوسفوريلاتيد؛ غير أن ذلك سيزيد من عبء العمل لإنتاج نفس المبالغ من التعميم السلطات الوطنية المعينة. طول خيوط الحمض النووي جبيرة يؤثر أيضا على رد فعل ربط الصحيح، وهو الأمثل لتكون النيوكليوتيدات حوالي 20 منذ فترة طويلة لكل من c64nt و c84nt.

بمناسبة تركيز الكاتيونات المغنيسيوم (مثلاً.، 12.5 ملم) في الحل أثناء وبعد الجمعية العامة مهم جداً لتكوين وصيانة النانو الحمض النووي. وهكذا، يتم الاحتفاظ بتركيز الأيونات الموجبة المغنيسيوم 12.5 ملم دائماً خلال عمليات الصلب، الصفحة الأصلية، [اغروس] هلام التفريد وشماعة المخزن المؤقت تنقية الطرد المركزي، وتصوير فؤاد، إلخ.

للتجميعات المستطيل محدودة من 5 × 6 كداو-c64nt-س و 5 × 6 كداو-c74 & 84nt-س، التنقية [اغروس] هلام لا يؤثر على تفاصيل النسيج، بينما يضر تنقية الطرد المركزي المخزن المؤقت شماعة تفاصيل مادة النانو الحمض النووي في فؤاد صور عالية الدقة.

الاستفادة من الاستقرار وصلابة البلاط التعميم، فإنه من الأسهل بكثير لإنتاج منظمة تنظيماً جيدا والأسوار 2D بلورية واحدة كبيرة الحجم من وحدات دائرية من البلاط الخطي واوريغامي سكافولديد9،11، على الرغم من أن عمل إضافي مطلوب لتجميع وتنقية جزيئات الحامض النووي المعاد. يمكن إنشاء العديد من وحدات دائرية مع الحمض النووي الدائري واحد فقط كنفس البنية الأساسية، مع يتدلى مختلفة؛ يمكن أن يبني عليه عن طريق كوهيسيونس محددة نهاية لزجة ليتدلى النانو المحدودة؛ هذه الاستراتيجية يقلل من عبء العمل وتكلفة النانو المحدودة. ميزة كبيرة واحدة من التعميم الحمض النووي النانو هو حل هياكل التعليم الثانوي والعالي من جزيئات الحمض النووي وعناصرها الرئيسية مثل تقاطع هوليداي من تفاصيل نسيج واحد المشابك بلورية. د 1، ستصبح النانو 2D و 3D بني من وحدات دائرية وتطبيقاتها المحتملة في علم الأحياء والطب والهندسة نانو عضو أسرة جديدة من تكنولوجيا النانو الحمض النووي في المستقبل.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

الكتاب قد لا يوجد تضارب في الكشف عن.

Acknowledgments

ونحن ممتنون للدعم المالي من تشرف (منح رقم 91753134 و 21571100)، ومفتاح المختبر من بيوليكترونيكس من جنوب شرق جامعة الدولة.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
T4 ligase TaKaRa 2011A
T4 buffer TaKaRa 2011A
TE buffer Sangon B548106
Thermo bottle Thermos SK-3000
Thermo cycler Bio Gener GE4852T
Exonuclease I TaKaRa 2650A
Exonuclease I buffer TaKaRa 2650A
30% (w/v) Acryl/Bis solution (19:1) Sangon B546016
TAE premix podwer Sangon B540023
Mg(Ac)2·4H2O Nanjing Chemical Reagent C0190550223
Urea Sangon A510907
TEMED BBI A100761
Ammonium Persulfate Nanjing Chemical Reagent 13041920295
Power supply Beijing Liuyi DYY-8C
Water bath Sumsung DK-S12
Formamide BBI A100314
DNA Marker (25~500 bp) Sangon B600303
DNA Marker (100~3000 bp) Sangon B500347
Loading buffer Sangon B548313
PAGE electrophoresis systerm Beijing Liuyi 24DN
Filter ASD 5010-2225 0.22 µM
UV imaging System Tanon 2500R
n-butanol Sangon A501800
Absolute Ethanol SCR 10009257
NaOAc Nanjing Chemical Reagent 12032610459
Centrifuge eppendorf Centrifuge 5424R
Vacuum concentrator CHRIST RVC 2-18
Ultraviolet spectrum Allsheng Nano-100
nucleic acid stain Biotium 16G1010 GelRed
Agarose Biowest G-10
Agarose electrophoresis systerm Beijing Liuyi DYCP-31CN
Heating Plate Jiangsu Jintan DB-1
TBE premix podwer  Sangon B540024
filter column Bio-Rad 7326165 Freeze 'N Squeeze column
AFM Bruker Dimension FastScan
PEG8000 BBI A100159
Mica Ted Pella BP50
triangular AFM probe in air Bruker FastScan-C
triangular AFM probe in fulid Bruker ScanAsyst-fluid+
DNA strands Sangon

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Tsu-Ju, F., Seeman, N. C. DNA double-crossover molecules. Biochemistry. 32 (13), 3211-3220 (1993).
  2. Winfree, E., Liu, F., Wenzler, L. A., Seeman, N. C. Design and self-assembly of two-dimensional DNA crystals. Nature. 394 (6693), 539-544 (1998).
  3. Liu, F., Sha, R., Seeman, N. C. Modifying the surface features of two-dimensional DNA crystals. Journal of the American Chemical Society. 121 (5), 917-922 (1999).
  4. Yan, H., Park, S. H., Finkelstein, G., Reif, J. H., LaBean, T. H. DNA-templated self-assembly of protein arrays and highly conductive nanowires. Science. 301 (5641), 1882-1884 (2003).
  5. Liu, D., Wang, M., Deng, Z., Walulu, R., Mao, C. Tensegrity: Construction of rigid DNA triangles with flexible four-arm DNA junctions. Journal of the American Chemical Society. 126 (8), 2324-2325 (2004).
  6. Tian, C., Li, X., Liu, Z., Jiang, W., Wang, G., Mao, C. Directed self-assembly of DNA tiles into complex nanocages. Angewandte Chemie: International Edition. 53 (31), 8041-8044 (2014).
  7. Wang, P., et al. Retrosynthetic analysis-guided breaking tile symmetry for the assembly of complex DNA nanostructures. Journal of the American Chemical Society. 138 (41), 13579-13585 (2016).
  8. Ke, Y., Ong, L. L., Shih, W. M., Yin, P. Three-dimensional structures self-assembled from DNA bricks. Science. 338 (6111), 1177-1183 (2012).
  9. Wei, B., Dai, M., Yin, P. Complex shapes self-assembled from single-stranded DNA tiles. Nature. 485 (7400), 623-626 (2012).
  10. Ke, Y., et al. DNA brick crystals with prescribed depths. Nature Chemistry. 6 (11), 994-1002 (2014).
  11. Rothemund, P. W. K. Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns. Nature. 440 (7082), 297-302 (2006).
  12. Douglas, S. M., Dietz, H., Liedl, T., Högberg, B., Graf, F., Shih, W. M. Self-assembly of DNA into nanoscale three-dimensional shapes. Nature. 459 (7245), 414-418 (2009).
  13. Dietz, H., Douglas, S. M., Shih, W. M. Folding DNA into twisted and curved nanoscale shapes. Science. 325 (5941), 725-730 (2009).
  14. Ackermann, D., Schmidt, T. L., Hannam, J. S., Purohit, C. S., Heckel, A., Famulok, M. A double-stranded DNA rotaxane. Nature Nanotechnology. 5 (6), 436-442 (2010).
  15. Zheng, H., Xiao, M., Yan, Q., Ma, Y., Xiao, S. J. Small circular DNA molecules act as rigid motifs to build DNA nanotubes. Journal of the American Chemical Society. 136 (29), 10194-10197 (2014).
  16. Wang, M., Huang, H., Zhang, Z., Xiao, S. J. 2D DNA lattices constructed from two-tile DAE-O systems possessing circular central strands. Nanoscale. 8 (45), 18870-18875 (2016).
  17. Guo, X., Wang, X. M., Wei, S., Xiao, S. J. Construction of a holliday junction in small circular DNA molecules for stable motifs and two-dimensional lattices. ChemBioChem. 19 (13), 1379-1385 (2018).
  18. Holliday, R. A mechanism for gene conversion in fungi. Genet. Res. 5 (2), 282-304 (1964).
  19. Duckett, D. R., et al. The structure of the Holliday junction. Structure and Methods, Human Genome Initiative and DNA Recombination. 1 (1), 157-181 (1990).
  20. Ariyoshi, M., Vassylyev, D. G., Iwasaki, H., Nakamura, H., Shinagawa, H., Morikawa, K. Atomic structure of the RuvC resolvase: A holliday junction-specific endonuclease from E. coli. Cell. 78 (6), 1063-1072 (1994).
  21. Eichman, B. F., Vargason, J. M., Mooers, B. H., Ho, P. S. The Holliday junction in an inverted repeat DNA sequence: sequence effects on the structure of four-way junctions. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 97 (8), 3971-3976 (2000).
  22. Stahl, E., Martin, T. G., Praetorius, F., Dietz, H. Facile and scalable preparation of pure and dense DNA origami solutions. Angewandte Chemie: International Edition. 53 (47), 12735-12740 (2014).
  23. de Gennes, P. G. Reptation of a polymer chain in the presence of fixed obstacles. The Journal of Chemical Physics. 55 (2), 572-579 (1971).
  24. Slater, G. W., Noolandi, J. New biased reptation model for charged polymers. Physical Review Letters. 55 (15), 1579 (1985).
  25. Lilley, D. M. J. Analysis of branched nucleic acid structure using comparative gel electrophoresis. Quarterly Reviews of Biophysics. 41 (1), 1-39 (2008).
  26. Pfreundschuh, M., Martinez-Martin, D., Mulvihill, E., Wegmann, S., Muller, D. J. Multiparametric high-resolution imaging of native proteins by force-distance curve-based AFM. Nature Protocols. 9 (5), 1113-1130 (2014).

Tags

الكيمياء، المسألة 146، الحمض النووي، والحمض النووي الدائري، تقاطع هوليداي، الحمض النووي تقنية النانو، بلاط دائرية، التفريد جل Polyacrylamide، مجهر القوة الذرية
زخارف الحمض النووي مستقرة، 1 د والنانو 2D شيدت من جزيئات الحمض النووي دائرية صغيرة
Play Video
PDF DOI DOWNLOAD MATERIALS LIST

Cite this Article

Guo, X., Wang, X. M., Xiao, S. J.… More

Guo, X., Wang, X. M., Xiao, S. J. Stable DNA Motifs, 1D and 2D Nanostructures Constructed from Small Circular DNA Molecules. J. Vis. Exp. (146), e58744, doi:10.3791/58744 (2019).

Less
Copy Citation Download Citation Reprints and Permissions
View Video

Get cutting-edge science videos from JoVE sent straight to your inbox every month.

Waiting X
Simple Hit Counter