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Chemistry

स्थिर डीएनए रूपांकनों, 1D और 2 डी Nanostructures छोटे परिपत्र डीएनए अणुओं से निर्माण

Published: April 12, 2019 doi: 10.3791/58744
Automatic Translation
1, 1, 1
1State Key Laboratory of Coordination Chemistry, School of Chemistry and Chemical Engineering, Nanjing University

Summary

यह लेख टी-4 बंधाव के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है और छोटे परिपत्र डीएनए अणुओं के पृष्ठ शोधन denaturing, और परिपत्र टाइल, कोडांतरण और 1 डी और 2d डीएनए nanostructures के afm इमेजिंग के मूल पृष्ठ विश्लेषण, के रूप में के रूप में अच्छी तरह से एगरोस जेल परिमित डीएनए नैनोस्ट्रक्चर्स की वैद्यूतिकोरक और अपकेंद्रण शुद्धि ।

Abstract

यह लेख छोटे परिपत्र डीएनए अणुओं के संश्लेषण के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करता है, परिपत्र डीएनए रूपांकनों को अनीलन, और 1 डी और 2 डी डीएनए nanostructures के निर्माण । दशकों से, डीएनए नैनोटेक्नोलॉजी के तीव्र विकास के लिए स्रोत सामग्री के रूप में रैखिक DNAs के उपयोग के लिए जिंमेदार ठहराया है । उदाहरण के लिए, डीएओ (डबल क्रॉसओवर, एंटीपैरेलल, विषम अर्ध-मुड़ता) टाइल को 2D डीएनए lattices के निर्माण के लिए एक बिल्डिंग ब्लॉक के रूप में अच्छी तरह से जाना जाता है; डीएओ की मुख्य संरचना दो रेखीय एकल-असहाय (एसएस) ओलिगोन्यूक्लिओटिड्स से बनाई गई है, जैसे दो रस्सियों एक दाहिने हाथ दादी गाँठ बना रही हैं । इस के साथ साथ, डीएनए टाइल्स के एक नए प्रकार बुलाया cDAO (युग्मित डीएओ) c64nt या c84nt (परिपत्र ६४ या ८४ न्यूक्लियोटाइड्स) पाड़ किनारा और कई रैखिक एसएस-DNAs प्रधान किस्में के रूप में के रूप में एक छोटे परिपत्र एसएस डीएनए का उपयोग कर निर्मित कर रहे हैं । परफेक्ट 1D और 2D nanostructures cDAO टाइल्स से इकट्ठे हुए हैं: अनंत nanostructures, nanospirals, नैनोट्यूब, nanoribbons; और परिमित नैनो-आयतों । विस्तृत प्रोटोकॉल्स बताए गए हैं: 1) T4 ligase द्वारा तैयार करना और डिनाट्रिंग पेज (polyacrylamide gel वैद्युतसंचलन) के द्वारा शोधन छोटे परिपत्र oligonucleotides, 2) स्थिर परिपत्र टाइल्स, मूल पृष्ठ विश्लेषण द्वारा पीछा किया, 3) कोडांतरण अनंत 1D nanowires, नैनोरिंग्स, nanospirals, अनंत nanowires और nanoribbons के 2 डी lattices, और परिमित 2D नैनो-आयतों, AFM (परमाणु बल माइक्रोस्कोपी) इमेजिंग द्वारा पीछा किया । विधि सरल, मजबूत है, और सबसे प्रयोगशालाओं के लिए सस्ती ।

Introduction

डीएनए अणुओं का उपयोग दशकों से कई प्रकार के नैनोस्ट्रक्चर बनाने के लिए किया गया है । ठेठ रूपांकनों डीएई (डबल क्रॉसओवर, antiparallel, यहां तक कि आधा बदल जाता है) और डीएओ टाइल्स1,2,3, स्टार टाइल्स4,5,6,7, एकल शामिल कतरा हुआ (ss) टाइल्स8,9,10, और डीएनएorigami 11,12,13. इन डीएनए रूपांकनों और lattices रैखिक एस-DNAs से इकट्ठे हुए हैं । हाल ही में, दूसरों को और हम पाड़ो के रूप में परिपत्र एसएस के उपयोग की सूचना दी है ओलिगोन्यूक्लिओटिडेस, बनाने के लिए रूपांकनों, 1d नैनोट्यूब, और 2 डी lattices14,15,16,17। C64nt के केंद्र में एक holliday जंक्शन (hj)18,19,20,21 डालने से, दो युग्मित दाव टाइल्स की एक जोड़ी17का गठन किया जा सकता है । इस नए cDAO आकृति और उसके डेरिवेटिव स्थिर है और पर्याप्त कठोर करने के लिए 2 डी डीएनए lattices को इकट्ठा करने के लिए 3× 5 μm । इस पत्र में, हम "परिपत्र टाइल" का एक शब्द है, जो एक स्थिर डीएनए जटिल एक परिपत्र पाड़ और अंय एसएस के रैखिक स्टेपल के साथ निर्माण अणु के रूप में परिभाषित किया गया है oligonucleotides का उपयोग करें, और "रैखिक टाइल", जो रैखिक का एक पूरा सेट से बनाया गया है की एक और शब्द एसएस-ओलिगोन्यूक्लिओटिड्स ।

यह प्रोटोकॉल दर्शाता है कि छोटे वृत्ताकार डीएनए अणुओं के साथ पाड़ो के रूप में पांच प्रकार के डीएनए नैनोस्ट्रक्चर्स का निर्माण कैसे करें: 1) अनंत 1D c64nt और c84nt nanostructures, 2) अनंत 2D cDAO-c64nt-O और cDAO-c64nt-E (-O एक विषम संख्या का प्रतिनिधित्व करता है 5 आधा-बदल जाता है और ई 4 आधा-बदल जाता है की एक भी संख्या का प्रतिनिधित्व करता है) lattices, 3) अनंत 2D cDAO-c84nt-O और cDAO-c84nt-ई lattices, 4) परिमित 2D 5 × 6 cDAO-c64nt-O और 5 × 6 cDAO-c74 & 84nt-O आयत, 5) अनंत 1D acDAO-c64nt-ई nanorings और nanospirals (कृपया देखें चित्र 3-5 योजनाबद्ध चित्र और डीएनए nanostructures के ऊपर पांच प्रकार की छवियों के लिए) । 1D c64nt और c84nt nanowires प्रत्येक c64nt और c84nt दो रैखिक स्टेपल के साथ जुड़े पाड़ क्रमशः से इकट्ठे हुए हैं । CDAO के प्रत्येक परिपत्र टाइल-c64nt, acDAO-c64nt, Cडीएओ-c74nt, या cDAO-c84nt क्रमशः चार रैखिक staples के साथ c64nt, c74nt, या c84nt के अपने इसी सुपाड़ा से annealed है । अनंत 2D lattices अलग दृश्यों के साथ दो परिपत्र टाइल्स के एक ही प्रकार से इकट्ठे हुए हैं । दो परिमित 2D आयत lattices क्रमशः ३२ परिपत्र उप टाइल्स के दो सेट से इकट्ठे हुए हैं । पैसे बचाने के लिए, केवल एक sequenced c64nt, c74nt, और c84nt संबंधित पाड़ के रूप में प्रयोग किया जाता है, जबकि अलग overhangs करने के लिए ३२ cdao-c64nt, 12 cdao-c74nt, और 20 cdao-c84nt परिपत्र उप टाइल क्रमशः पहले उप टाइल अनील चरण में अनील उपयोग किया जाता है, तो इसी ३२ परिपत्र उप टाइल एक साथ मिश्रण और दूसरी जाली के लिए कदम को लागू करने के लिए परिमित 5 × 6 cDAO-c64nt-O और 5 × 6 cDAO-c74 & 84nt-ओ lattices, क्रमशः इकट्ठा । निश्चित रूप से, अलग sequenced परिपत्र मचानों परिमित आकार nanostructures की एक किस्म को इकट्ठा करने के लिए अपनाया जा सकता है, लेकिन यह अधिक पैसे और labors खर्च होंगे । अनंत 1D acDAO-c64nt-E नैनोरिंग्स और nanospirals एक-sequenced असममित acDAO-4 आधा-बदल जाता है की एक भी संख्या के रैखिक कनेक्शन के साथ c64nt टाइल्स से annealed रहे हैं । CDAO-c64nt और cDAO-c84nt के परिपत्र टाइल्स से अनंत 2D lattices इकट्ठा करने के लिए दो दृष्टिकोण हैं, जो 4 की एक भी संख्या और 5 आधे की एक विषम संख्या क्रमशः बदल जाता है की intertile दूरी से प्रतिष्ठित हैं । पूर्व सभी टाइल्स हूबहू गठबंधन करने की आवश्यकता है; बाद कुंडलिनी कुल्हाड़ियों के साथ दो पड़ोसी टाइल के चेहरों के परिवर्तन की आवश्यकता है । यदि टाइल कठोर है और इस तरह के cdao-c64nt के रूप में, तलीय, दोनों दृष्टिकोण तलीय nanoribbons उत्पंन करेगा; यदि टाइल एक दिशा की ओर घुमावदार है, जैसे cdao-c84nt, एक भी संख्या के 4 आधा बदल जाता है nanotubes पैदा करेंगे, जबकि 5 आधा बदल जाता है की एक विषम संख्या के intertile कनेक्शन के उंमूलन के कारण तलीय nanoribbons उत्पादन होगा वक्रता-घुमावदार टाइल के वैकल्पिक संरेखण के द्वारा पक्षपातपूर्ण विकास । 1D और 2D डीएनए nanostructures के परिपत्र टाइल्स से सफल विधानसभा इस नए दृष्टिकोण के कई फायदे इंगित करता है: लागू स्थिरता और रैखिक टाइल पर परिपत्र टाइल की कठोरता, विषम nanostructures के विधानसभा के लिए चिरल टाइल्स जैसे nanorings और nanoribbons, डीएनए यांत्रिकी और आणविक संरचनाओं, आदिको समझने पर नई दृष्टि

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Protocol

1. परिपत्र DNAs की तैयारी

  1. वाणिज्यिक कंपनियों द्वारा प्रदान किए गए सभी रेखीय DNAs का उपयोग सीधे आगे शुद्धिकरण के बिना ।
  2. 5 मिनट के लिए ५,००० × g पर डीएनए नमूने सेंट्रीफ्यूज ट्यूबों के तल पर सभी डीएनए छर्रों को इकट्ठा करने के लिए । एक उचित मात्रा में जोड़ने के लिए बफर (10 मिमी Tris, 1 मिमी EDTA, पीएच ८.०) डीएनए भंग करने के लिए.
  3. २६० एनएम पर एक माइक्रो यूवी स्पेक्ट्रोमीटर का उपयोग कर प्रत्येक एस. एन. डी.-डीएनए समाधान के लिए एनजी/μL की एकाग्रता को मापने । कनवर्ट करें "a" एनजी/μL करने के लिए "b" μM निम्न b = a × 103 /(डीएनए किनारा का आणविक भार). एक 10 μM डीएनए स्टॉक समाधान करने के लिए ते समाधान की मात्रा को समायोजित करें ।
  4. C64nt, c74nt और c84nt के 3 ' और 5 ' सिरों को सीधे वाणिज्यिक कंपनियों से प्रदान किए गए 5 '-फॉस्फोरिलेटेड रेखीय डीएनए टेम्प्लेट ( चित्रा 1) से कनेक्ट करने के लिए T4 डीएनए लीगसे का उपयोग करें ।
  5. एक २०० μl पीसीआर टेस्ट ट्यूब15में 5 '-फास्फोरिलेटेड रैखिक डीएनए किनारा (३.५ μm) और इसकी इसी खपच्ची डीएनए किनारा (४.५ μm) में ८० μl ते बफर में मिक्स । एक खुले थर्मो ९५ ° c पानी से भरा बोतल में ट्यूब इनसेबेट । प्रयोगशाला वातावरण के तहत के बारे में 2-3 घंटे के लिए कमरे के तापमान (25 डिग्री सेल्सियस) के लिए गर्म पानी नीचे शांत ।
  6. 10x T4 बफ़र की 10 μL जोड़ें (६६० mM Tris-HCl, ६६ mM MgCl2, १०० MM dtt, 1 mm ATP) और T4 ligase (३०० U/μl) के 10 μl मिश्रण करने के लिए एक अंतिम मात्रा में १०० μl के लिए 16 डिग्री सेल्सियस पर 16 घंटे के लिए एक thermocycler में मिश्रण सेते ।
    नोट: ऊपर डीएनए सांद्रता और प्रतिक्रिया की मात्रा ~ १०० μl उच्च बंधाव दक्षता और सही ओलिगो-मोनोमर cyclization की उच्च उपज के लिए अनुकूलित कर रहे हैं । प्रायोगिक डिजाइन के अनुसार एक ही समय में बंधाव प्रतिक्रियाओं के दो या अधिक ट्यूबों चलाते हैं । एक वैकल्पिक ऊष्मायन प्रक्रिया के लिए बंधाव कदम १.६ की जगह 25 डिग्री सेल्सियस पर 4 घंटे है ।
  7. ऊष्मायन के बाद, 5 मिनट के लिए ९५ डिग्री सेल्सियस पानी में T4 ligase निष्क्रिय । फिर एक बर्फ पानी स्नान करने के लिए ट्यूब हस्तांतरण और 5 मिनट के लिए सेते नीचे ठंडा करने के लिए ।
  8. 10 μL 10x Exonuclease मैं बफर और 10 μL Exonuclease मैं (5 U/) बुझते मिश्रण करने के लिए जोड़ें और 30 मिनट के लिए एक पानी स्नान में ट्यूब ३७ डिग्री सेल्सियस पर चुनिंदा शेष रेखीय DNAs पचाने और छोड़ प्रसारित DNAs बरकरार ।
  9. एक 10% डेन्ट्रिंग पेज जेल तैयार करें ।
    1. रबड़ के दस्ताने और काले चश्मे पहनते है जब धूआं हुड में पृष्ठ जेल की तैयारी । 30% की ६.६७ मिलीलीटर जोड़ें (w/v) acrylamide/बिक्रिलेमाइड समाधान (19:1), 10x TAE के 2 मिलीलीटर · मिलीग्राम बफर (४० मिमी Tris, ४० मिमी hac, 1 मिमी edta, पीएच ८.०, १२.५ मिमी मिलीग्राम (एसी)2), ८.४ यूरिया (7 मीटर) और विआयनीकृत पानी की एक अंतिम मात्रा में एक ४० मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब में 20 मिलीलीटर ।
      चेतावनी: 30% (w/v) acrylamide/bisacrylamide समाधान (19:1) समाधान विषाक्त है ।
    2. टेट्रामेथीलेथिलिनेडिऐमाइन (temed) के 20 μl और अमोनियम perसल्फेट (ए पी एस, 10% डब्ल्यू/वी) के १०० μl के लिए तुरंत ट्रो प्रणाली के लिए जेल समाधान स्थानांतरित करने से पहले ४० मिलीलीटर ट्यूब के लिए जोड़ें । एक १.५ मिमी मोटी और 10-कूप कंघी डालें । जेल समाधान जम गया है जब तक कम से 20 मिनट रुको ।
    3. ८५ × ८० × १.५ मिमी3 के एक जेल के लिए ८० वी की एक निरंतर वोल्टेज सेट (चौड़ाई × ऊंचाई × मोटाई) । जोड़ें 1x TAE · इलेक्ट्रोफोरेसिस प्रणाली के लिए मिलीग्राम बफर और 10 वी/सेमी में 20 मिनट के लिए जेल prerun ।
  10. पीसीआर टेस्ट ट्यूब कदम १.८ से ९५ डिग्री सेल्सियस पानी में 5 मिनट के लिए exonuclease मैं सूचनाको करने के लिए डाल दिया । फिर एक बर्फ पानी स्नान करने के लिए ट्यूब हस्तांतरण और एक और 5 मिनट के लिए सेते ।
  11. १४० μL की एक अंतिम मात्रा के लिए ट्यूब में formamide के 20 μL जोड़ें और समाधान मिश्रण । 7-9 denaturing पृष्ठ जेल प्रत्येक जेल के लिए अच्छी तरह से 16-20 μL के साथ समान रूप से कुओं के लिए समाधान वितरित करें । लोड डाई के 2 μl (०.०५% ब्रोमोफीनॉल नीला, ०.०५% xylene cyanol एफएफ, ६०% ग्लिसरोल, 10 मिमी Tris-HCl, ६० मिमी edta, पीएच ७.६) इसी अग्रदूत रैखिक डीएनए (10 μm) के 8 μl के साथ और संदर्भ के लिए एक अलग अच्छी तरह से मिश्रण सुई ।
    नोट: formamide के अलावा पृष्ठ जेल के नीचे करने के लिए डूब के लिए लोडिंग समाधान के घनत्व को अच्छी तरह से बढ़ाने के लिए और भी कुछ डबल फंसे डीएनए अवशेषों को असंबद्ध है ।
  12. 10 वी/सेमी पर के बारे में 2 एच के लिए जेल चलाने के लिए और जब xylene cyanol एफएफ नग्न आंखों के साथ कांच की थाली के 2/3 स्थिति में है चलना बंद करो ।
  13. खाल और आंखों की रक्षा के लिए रबर के दस्ताने और चश्में पहनें । ग्लास प्लेट के बाहर जेल ले लो । एक फ्लोरोसेंट टीएलसी (पतली परत chromatography) थाली पर जेल प्लेस । एक रेवर ब्लेड से लक्ष्य जेल बैंड काट के रूप में बिल्कुल के रूप में यूवी किरणन द्वारा छायांकित (चित्रा 2) ।
    चेतावनी: यूवी प्रकाश आंखों और खाल के लिए हानिकारक है ।
    नोट: २५४ एनएम पर यूवी विकिरण के तहत, डीएनए प्रकाश को अवशोषित और टीएलसी प्लेट पर एक छाया डाली जाएगी । परिपत्र डीएनए अपनी इसी पूर्वगामी रैखिक डीएनए की तुलना में थोड़ा धीमा भाग गया. कुछ पचाया रेखीय DNAs और अवांछित परिपत्र DNAs छोटी मात्रा में जो छाया हुआ लक्ष्य बैंड के चारों ओर परिपत्र डीएनए को प्रदूषित अगर वे एकत्र कर रहे है होगा ।
  14. एक २.० मिलीलीटर माइक्रोसेंट्रीफ्यूज ट्यूब में जेल बैंड स्थानांतरण । एयर सूखी या झटका जेल बैंड सूखी और फिर एक रंग या चपटा ग्लास रॉड से एक पेस्ट में जैल मैश । सुनिश्चित करें कि जेल पूरी तरह से एक पेस्ट है, जो परिपत्र डीएनए की उच्च उपज के लिए महत्वपूर्ण है में कुचल दिया गया है । जेल की मात्रा में दो बार जोड़ें ट्यूब में पानी विआयनीकृत और कमरे के तापमान पर ट्यूब हिला रात भर ।
  15. एक २.० मिलीलीटर माइक्रोसेंट्रीफ्यूज ट्यूब में supernatants इकट्ठा करने के लिए मिश्रण फिल्टर । विआयनीकृत पानी की छोटी मात्रा के साथ rinsing द्वारा किसी भी अवशिष्ट डीएनए को पुनर्प्राप्त और supernatants गठबंधन करने के लिए फिर से फिल्टर ।
  16. एन-ब्यूटेनॉल की समान मात्रा के साथ आलूमेंट को निकालें । इस कार्यविधि को तब तक दोहराएं जब तक कि जलीय आयतन लगभग २०० μL तक कम न हो जाए ।
  17. डीएनए अवक्षेपण के मिश्रण के लिए पूर्ण एथेनॉल (− 20 ° c) और 20 μL 3 मीटर NaOAc (pH ५.१) का ५०० μL जोड़ें । ट्यूब को 30 मिनट के लिए − 20 डिग्री सेल्सियस पर भंडारित कीजिए ।
  18. सेंट्रीफ्यूज १२,००० × g में 4 ° c पर 10 मिनट के लिए ट्यूब, supernatant त्यागने । शेष डीएनए हाला ट्यूब में लगभग १०० μL है ।
  19. ट्यूब के लिए ७५% एथेनॉल (− 20 ° c) का ६०० μL जोड़ें और 30 मिनट के लिए इसे − 20 ° c पर भंडारित करें । तब 4 ° c पर 10 मिनट के लिए १२,००० × g पर सेंट्रीफ्यूज, supernatant त्यागें । शेष डीएनए हाला ट्यूब में के बारे में १०० μL समाधान फिर से है । प्रक्रिया को दो बार दोहराएं ।
  20. अंतिम अपकेंद्रण के बाद, जितना संभव हो सके अधिनतांत को त्यागें । सूखी एक वैक्यूम सांद्रक के साथ रहता है ।
  21. ट्यूब में शुद्ध परिपत्र डीएनए को − 20 डिग्री सेल्सियस पर भंडारित कीजिए ।
  22. जरूरत पड़ने पर कदम १.३ के अनुसार 10 μM परिपत्र डीएनए स्टॉक समाधान बनाने के लिए TE बफर में परिपत्र डीएनए Resuspend ।

2. विधानसभा समाधान के अनीलन

  1. C64bp, c84bp, HJ-c64nt, aHJ-c64nt, HJ-c84nt, tHJ-c84nt, Cडीएओ-c64nt, acDAO-c64nt, Cडीएओ-c84nt, c64nt, c84nt, और acDAO-c64nt-एक के लिए एक डिजाइन सेट के साथ एक टाइल या nanoस्ट्रक्चरल विधानसभा समाधान तैयार-पॉट अनीलन के लिए रैखिक और परिपत्र DNAs
    1. प्रत्येक विधानसभा समाधान के लिए, 10x TAE के 2 μL मिक्स · मिलीग्राम बफर, समान मोलर अनुपात में रैखिक और परिपत्र किस्में के एक सेट के प्रत्येक डीएनए स्टॉक समाधान के 1 μL, और एक २०० μL पीसीआर टेस्ट ट्यूब में अतिरिक्त ते बफर प्रत्येक भूग्रस्त की एक अंतिम एकाग्रता के लिए ०.५ μM और एक अंतिम मात्रा में 20 μL. एक में विधानसभा समाधान एनइएल थर्मो बोतल से ९५ डिग्री सेल्सियस से 25 डिग्री सेल्सियस से अधिक ४८ एच ।
  2. CDAO के 2 डी अनंत lattices के प्रत्येक विधानसभा समाधान तैयार-c64nt-E, cDAO-c64nt-O, cDAO-c84nt-E, और cDAO-c84nt-दो कदम annealing के लिए रैखिक और परिपत्र DNAs के एक डिजाइन सेट के साथ ओ ।
    1. 10x TAE के 2 μL मिश्रण से प्रत्येक प्रणेता उप टाइल विधानसभा समाधान तैयार करें · मिलीग्राम बफर, समान मोलर अनुपात में रैखिक और परिपत्र किस्में के एक सेट के प्रत्येक डीएनए स्टॉक समाधान के 1 μL, और एक २०० μL पीसीआर टेस्ट ट्यूब में अतिरिक्त ते बफर प्रत्येक भूग्रस्त के लिए ०.५ μM की एक अंतिम एकाग्रता और 20 μL की एक अंतिम मात्रा । प्रथम उप-टाइल अनीलन चरण में, एक पीसीआर thermocycler में प्रत्येक प्रणेता उप-टाइल समाधान को ९५ डिग्री सेल्सियस से 25 डिग्री सेल्सियस तक तेजी से रेखीय शीतलन विधि का उपयोग करके २.५ एच से अधिक ।
    2. प्रत्येक भूग्रस्त के लिए ०.२५ μM की एक अंतिम एकाग्रता के लिए एक साथ दो इसी उप टाइल समाधान में से प्रत्येक के 10 μL मिश्रण से ऊपर चार अनंत lattices के प्रत्येक विधानसभा समाधान तैयार करें । द्वितीय जालक अनीलन चरण में, एक पीसीआर thermocycler में 20 μl मिश्रण में 2 एच के लिए ५० डिग्री सेल्सियस पर रहने और नीचे ०.१ डिग्री सेल्सियस प्रति 5 मिनट से 20 ° c, कुल में 24 घंटे की दर से ठंडा करने के लिए एक धीमी गति से शीतलन विधि का उपयोग कर अनीलन ।
      नोट: दो समानांतर प्रयोग एक साथ या बाद में प्रत्येक 2d अनंत जाली के लिए दूसरा अनीलन कदम में चलाया जा सकता है ।
  3. के दो परिमित आयत विधानसभाओं के विधानसभा समाधान तैयार 5 × 6 cDAO-c64nt-O और 5 × 6 cDAO-c74 & c84nt-O के लिए दो कदम annealing ।
    1. 10x TAE के 1 μL मिश्रण से प्रत्येक प्रणेता उप टाइल विधानसभा समाधान तैयार करें · एमजी बफर, समान मोलर अनुपात में रैखिक और परिपत्र किस्में के एक सेट के प्रत्येक डीएनए स्टॉक समाधान के ०.५ μL, और एक २०० μL पीसीआर टेस्ट ट्यूब में अतिरिक्त ते बफर प्रत्येक भूग्रस्त के लिए ०.५ μM की एक अंतिम एकाग्रता और 10 μL की एक अंतिम मात्रा । पहले अनीलन चरण में, एक पीसीआर thermocycler में प्रत्येक प्रणेता उप-टाइल समाधान ९५ ° से 25 डिग्री सेल्सियस से २.५ एच पर एक तेजी से रेखीय शीतलन विधि का उपयोग कर ।
    2. प्रत्येक उप टाइल के लिए ~ 15 एनएम की एक अंतिम एकाग्रता और ६४ μL की एक अंतिम मात्रा के लिए एक २०० μL पीसीआर टेस्ट ट्यूब में एक साथ ३२ x (प्रत्येक उप टाइल समाधान के 2 μL) मिश्रण से प्रत्येक परिमित आयत जाली विधानसभा समाधान तैयार करें । दूसरे अनीलन कदम में, एक पीसीआर thermocycler में ६४ μL मिश्रण में 2 एच के लिए ५० डिग्री सेल्सियस पर रहने और नीचे ठंडा करने की धीमी गति से शीतलन विधि का उपयोग कर ०.१ डिग्री सेल्सियस प्रति 5 मिनट से 20 डिग्री सेल्सियस, कुल में लगभग 24 घंटे ।
      नोट: पांच समानांतर प्रयोगों के एक साथ या बाद में प्रत्येक परिमित आयत विधानसभा के लिए दूसरा अनीलन कदम में चलाया जा सकता है ।

3. मूल पृष्ठ विश्लेषण

  1. एक 10% मूल यूरिया घटक के अलावा १.९ कदम निंनलिखित पृष्ठ तैयार करें ।
  2. C64bp और c84bp के नियंत्रण के नमूनों के लिए, अलग से नियंत्रण के रूप में प्रत्येक विधानसभा समाधान के 2 μL और 3 μL के लिए रंग लोड करने के 1 μL जोड़ें । चित्रा 3में सूचीबद्ध अन्य विधानसभाओं में से प्रत्येक के लिए, प्रत्येक विधानसभा समाधान के 1 μl और ते बफर के 4 μl के लिए डाई लोड करने के 1 μl जोड़ें ।
  3. एक जेल अच्छी तरह से ऊपर के समाधान के प्रत्येक सुई । डीएनए मार्कर के 5 μL जोड़ें (25-500 बीपी) संदर्भ के लिए एक अलग अच्छी तरह से ।
  4. के बारे में 4 घंटे के लिए जेल भागो एक बर्फ पानी स्नान में 10 वी/ जाइलीन cyanol FF कांच की थाली से बाहर चला जाएगा ।
  5. खाल और आंखों की रक्षा के लिए रबर के दस्ताने और चश्में पहनें । जेल कांच की थाली से बाहर ले लो और यह एक न्यूकोइक एसिड के 10 μl के साथ विआयनीकृत पानी की १०० मिलीलीटर में विसर्जित 30 मिनट के लिए जेल दाग ।
    चेतावनी: न्यूक्लिक एसिड जेल दाग समाधान विषाक्त है ।
  6. एक यूवी इमेजिंग प्रणाली के तहत जेल का निरीक्षण और दाग जेल (चित्रा 3) की एक तस्वीर ले लो ।

4. परिमित Lattices का शुद्धिकरण

  1. परिमित lattices के ट्रो शुद्धि के लिए एक देशी 2% ऐगेरोस जेल तैयार करें ।
    1. मिश्रण एगारोस पाउडर के 1 जी, 10x TBE के 5 मिलीलीटर · मिलीग्राम बफर (८९ मिमी Tris, ८९ मिमी बोरिक एसिड, 2 मिमी edta, पीएच ८.०, १२.५ मिमी मिलीग्राम (एसी)2), न्यूक्लिक एसिड जेल दाग के 2 μl और एक ४७.५ मिलीलीटर त्रिकोण की बोतल में विआयनीकृत पानी की २५० मिलीलीटर । इस मिश्रण को तब तक उबालें जब तक बुलबुले छोटे और घने न हो जाएं । बोतल में गर्म पानी जोड़ें ५० मिलीलीटर की कुल मात्रा और 2% agarose की एकाग्रता ।
    2. मोटे दस्ताने पहनें । एक प्लास्टिक जेल 7 x 10 x 1 सेमी3 के बॉक्स में जेल समाधान डालो (चौड़ाई × लंबाई × मोटाई) । एक १.५ मिमी मोटी और 12-खैर जेल कंघी डालें । जेल के लिए प्रतीक्षा करें कमरे के तापमान को शांत करने के लिए । यदि आवश्यक हो, एक 4 डिग्री सेल्सियस फ्रिज में जेल डाल दिया ।
      सावधानी: फोडा के बारे में पता है क्योंकि समाधान बहुत गर्म है ।
    3. जोड़ें 0.5 x TBE · इलेक्ट्रोफोरेसिस प्रणाली में मिलीग्राम बफर । 5 V/सेमी में एक बर्फ पानी स्नान में 20 मिनट के लिए ५० V के एक निरंतर वोल्टेज पर जेल Prerun ।
    4. एक अलग अच्छी तरह से एक डीएनए मार्कर (100-3000 बीपी) के 5 μl जोड़ने और अच्छी तरह से प्रत्येक ऐगेरोस जेल में २.३ कदम में तैयार परिमित जाली समाधान के 20 μl सुई । एक बर्फ पानी स्नान में 5 वी/सेमी पर 2 एच के लिए जेल भागो ।
    5. खाल और आंखों की रक्षा के लिए रबर के दस्ताने और चश्में पहनें । यूवी प्रकाश के तहत १,००० bp मार्कर के समान स्थिति के साथ लक्ष्य जेल बैंड में कटौती और उन्हें ठीक टुकड़ों में स्लाइस और एक फिल्टर कॉलम8में कुचल जैल जगह.
    6. 4 ° c पर 5 मिनट के लिए २,००० x g पर स्तंभ सेंट्रीफ्यूज । स्तंभ के माध्यम से नमूना समाधान निकालें । AFM इमेजिंग के लिए समाधान ले लीजिए ।
  2. खूंटी वर्षा द्वारा परिमित lattices शुद्ध ।
    1. 15% PEG8000 (w/v) बफ़र (20 मिमी मिलीग्राम (Ac)2, 5 मिमी Tris, 1 मिमी edta और ५०५ Mm nacl) की समान मात्रा के साथ चरण २.३ में तैयार परिमित जालक विलयन का ५० Μl मिलाएं। 30 मिनट के लिए 4 डिग्री सेल्सियस पर १८,००० × जी पर समाधान सेंट्रीफ्यूज ।
    2. Supernatant निकालें और खूंटी बफर के १०० μL जोड़ें । अपकेंद्रण दोहराएं ।
    3. Supernatant हटाने के बाद, 1x TAE में गोली भंग · AFM इमेजिंग के लिए मिलीग्राम बफर ।
      नोट: शुद्धि 5 × 6 cDAO के परिमित lattices के लिए आवश्यक है-c64nt-O और 5 × 6 cDAO-c74 & c84nt-ओ AFM इमेजिंग और अंय अनुप्रयोगों के लिए । अगर उपज बहुत कम है तो अपकेंद्रण गति बढ़ाएं । यदि उत्पाद पर्याप्त शुद्ध नहीं है, तो चरण 4.2.2 दोहराएं ।

5. AFM इमेजिंग

  1. C64nt नैनोवायर के लिए, c84nt नैनोवायर, acDAO-c64nt-ई, cDAO के अनंत 2D lattices-c64nt-E (O), और cDAO-c84nt-E (O), जमा 2 μL एक हौसले से cleaved अभ्रक की सतह पर annealed नमूना की । मीका सतह के लिए डीएनए lattices के अधिशोषण के लिए 2 मिनट के लिए छोड़ दें । विआयनीकृत पानी की १०० μl के साथ सतह धो दो बार और यह संकुचित हवा से सूखी ।
  2. दोहन मोड के तहत त्रिकोणीय AFM जांच के साथ अभ्रक की सतह को स्कैन करके हवा में अनंत डीएनए lattices की AFM छवियों को प्राप्त करें । स्कैनिंग के लिए निम्न पैरामीटर सेट करें: का आकार स्कैन 0.5 ~ 5 μm, स्कैन संकल्प ५१२ लाइनों, और की दर को स्कैन ३.५ हर्ट्ज (चित्रा 4).
  3. 5 × 6 cDAO के परिमित डीएनए lattices के लिए-c64nt-O और 5 × 6 cDAO-c74 & c84nt-O, जमा ८० μL के 1x TAE · एक हौसले से cleaved मीका सतह पर मिलीग्राम बफर । फिर बफर में परिमित नमूनों की 5 μL जोड़ें । मीका सतह के लिए डीएनए lattices के अधिशोषण के लिए 2 मिनट के लिए छोड़ दें । 1x TAE के एक और ५० μL जोड़ें · AFM जांच पर एमजी बफर ।
  4. दोहन मोड के तहत त्रिकोणीय AFM जांच के साथ अभ्रक सतह स्कैनिंग द्वारा द्रव में परिमित डीएनए lattices की AFM छवियों को प्राप्त करें । स्कैनिंग के लिए निंन पैरामीटर सेट करें: 0.5-1 μm स्कैन का आकार, २५६ लाइनों का स्कैन संकल्प, और १.५ हर्ट्ज की दर को स्कैन (चित्रा 5) ।

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Representative Results

परिपत्र डीएनए denaturing पृष्ठ में अपने अग्रगामी रैखिक डीएनए की तुलना में थोड़ा धीमी चाल (चित्रा 2) क्योंकि परिपत्र डीएनए अंदर ताकना प्रवेश और जेल फाइबर23,24,25से मंदबुद्धि है । ओलिगो के लिए सही बंधाव प्रतिक्रिया दक्षता-मोनोमर चक्रीकरण सब्सट्रेट अनुक्रम और एकाग्रता, प्रतिक्रिया तापमान, समय, आदिपर निर्भर करता है । एक अग्रदूत रैखिक डीएनए की एकाग्रता के रूप में लगभग ३.५ μm पर पर्याप्त उच्च है, c64nt के चक्रीकरण उत्पादों (या c84nt) और इस प्रोटोकॉल में अग्रदूत संदर्भ बिना यूवी प्रकाश के तहत टीएलसी प्लेट में बैंड के रूप में सीधे छायांकित किया जा सकता है मर रहा है । यदि परिपत्र डीएनए के बैंड अस्पष्ट या अदृश्य हैं, तो बंधाव प्रतिक्रिया या एक बहुत कम उत्पाद उपज की विफलता का संकेत है । कई बार रैखिक अग्रदूत बैंड के ऊपर दो बैंड हैं, सही ओलिगो-monomer अंगूठी के अलावा एक अतिरिक्त ओलिगो-dimer अंगूठी जिक्र । बस उच्च बैंड अकेला छोड़ दो और कम लोगों को इकट्ठा । शुद्ध परिपत्र डीएनए उत्पादों निर्वात सुखाने के बाद ट्यूब में सफेद पाउडर के रूप में देखा जा सकता है । डेन्ट्रिंग पेज को छोड़कर, डीएनए शुद्धता यूवी स्पेक्ट्रोमीटर से भी मापा जा सकता है । डीएनए का अवशोषण शिखर २६० एनएम पर है । डीएनए शुद्धता के लिए दो मानक मानदंड २८० एनएम/260 एनएम का अवशोषण अनुपात १.८ है और २८० एनएम/230 एनएम सामान्यत 2.0-2.2 की रेंज में है । यदि उपरोक्त दो अनुपातों को मानक मानों से विचलित कर दिया जाता है, तो अवशेष को पुन: 1.18-1.20 चरणों द्वारा निकाला जाना चाहिए । सही ओलिगो के लिए c64nt और c84nt की पैदावार-monomer चक्रीकरण इस प्रोटोकॉल के अनुसार 30-60% की सीमा पर मापा जाता है ।

मूल पृष्ठ विश्लेषण है आकृति स्थिरता, शुद्धता, कठोरता, एकलक या बहुलक, आदि (चित्रा 3) के विधानसभा मोड के बारे में जानकारी का एक बहुत प्रदान करता है । C64bp, hj-c64nt, ahj-c64nt, cdao-c64nt, और acdao-c64nt के c64nt विधानसभा परिवारों को प्रत्येक विधानसभा के लिए केवल एक स्पष्ट और साफ बैंड है, वे स्थिर एकलक रूपांकनों का प्रतिनिधित्व कर रहे हैं । जबकि hj के c84nt विधानसभा परिवारों-c84nt, thj-c84nt, और cdao-c84nt टाइल्स अपने मुख्य बैंड के आसपास स्मीयर है, लक्ष्य एकलक रूपांकनों के अलावा छोटे द्वारा उत्पादों का संकेत है । भले ही गलत एसोसिएट्स के गौण byproducts, उत्कृष्ट cDAO-c84nt-O (ई) उच्च पैदावार के साथ lattices इकट्ठा किया जा सकता है । एक स्पष्ट और साफ ट्रो छवि प्राप्त करने के लिए, लोडिंग मात्रा 10 μl से अधिक नहीं होना चाहिए और डीएनए की मात्रा 0.01 ~ 0.02 μg/

प्रयोगों की सफलता के अंत में 1 डी और 2 डी डीएनए नैनोस्ट्रक्चर द्वारा imaged द्वारा मूल्यांकन किया जाता है AFM (चित्रा 4 और चित्रा 5). प्रत्येक विधानसभा इस तरह के nanowires, nanowires, नैनोस्पाइरल्स, nanoribbons, आदिके रूप में माइक्रोमीटर पैमाने में अपनी रूपात्मक विशेषताएं हैं । इसके अलावा, नैनोमीटर पैमाने में डीएनए विधानसभाओं की विस्तृत बनावट उनके सैद्धांतिक परिपत्र टाइल आकार और संगठन मोड के लिए सहसंबद्ध बहुत अच्छी तरह से क्रमशः सफल और सही विधानसभा के सत्यापन के लिए महत्वपूर्ण हैं । इसलिए, माइक्रोमीटर और नैनोमीटर तराजू में मनोरम और उच्च संकल्प AFM दोनों छवियों प्राप्त किया जाना चाहिए । AFM तरीकों और जांच के विकल्प उच्च गुणवत्ता AFM छवियों के लिए महत्वपूर्ण हैं । स्कैन बल ५० pN26के रूप में छोटे के रूप में समायोजित किया जाना चाहिए । यदि स्कैन बल बहुत बड़ा है, यह डीएनए नैनोस्ट्रक्चरल पैटर्न को नुकसान होगा । पर्यावरण सफाई तरल पदार्थ में एक स्वच्छ और सुंदर उच्च संकल्प AFM छवि प्राप्त करने के लिए एक और महत्वपूर्ण पैरामीटर है । सभी बफ़र्स ०.२२ μm फ़िल्टर द्वारा फ़िल्टर किया जाना चाहिए; जांच धारक और चिमटी डिटर्जेंट द्वारा धोया जाना चाहिए और विआयनीकृत पानी से rinsed । यदि पर्यावरण कण मलबे से प्रदूषित है, जांच टिप या क्षतिग्रस्त हो बफर में कणों से चिपके रहे होगा, इस प्रकार afm छवियों की गुणवत्ता को प्रभावित ।

Figure 1
चित्रा 1 . परिपत्र डीएनए का संश्लेषण. प्रवाह आरेख का प्रतिनिधित्व करता है कि कैसे एक लंबी 5 '-नीले रंग में एक परिपत्र डीएनए अणु को विकसित फॉस्फोरिलेटेड रैखिक oligonucleotide । दो छोटे लाल किस्में खपच्ची ओलिगोन्यूक्लिओटिड्स का प्रतिनिधित्व करते हैं । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 2
चित्रा 2 . मरने के बिना यूवी प्रकाश के तहत डीएनए चक्रीकरण उत्पादों के पृष्ठ तस्वीर denaturing । एक प्रणेता रैखिक 64nt डीएनए बैंड दूर-बाईं लेन में है और परिपत्र 64nt (c64nt) डीएनए के अपने चक्रीकरण उत्पादों अंय 9 लेन में एक ही क्षैतिज स्तर पर 9 बैंड के रूप में दिखाई देते हैं । C64nt के 9 बैंड वर्तुल DNAs सार के लिए काट दिया जाएगा । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 3
चित्रा 3. मरने के बाद देशी पृष्ठ तस्वीरें और योजनाबद्ध डबल परिपत्र टाइल के कुंडलिनी मॉडल । C64nt nanowire और c84nt nanowire के दोनों पॉलिमर उनके सरलतम तह इकाई कोशिकाओं द्वारा प्रतिनिधित्व कर रहे हैं, जिसमें ऊपर और नीचे प्रत्येक इकाई सेल के दो गठबंधन डॉट्स इकाई कोशिकाओं के अनंत संरेखण अनुलंब रूप से ऊपर और नीचे, के बीच बराबर दूरी के साथ संकेत मिलता है ड्यूप्लेक्स नैनोवायर बनाने के लिए । Monomer परिपत्र टाइल्स c64bp, c84bp, HJ-c64nt, aHJ-c64nt, HJ-c84nt, और tHJ-c84nt में एक) उनके छल्ले से बाहर overhangs नहीं है, जबकि cDAO-c64nt, acDAO-c64nt, और cDAO-c84nt बी में) दोनों कुंद-10 बीपी overhangs क्रमशः समाप्त हो गया है । जुगाड़ के लिए, कृपया डीएनए दृश्यों की तालिका देखें । यह आंकड़ा पहले प्रकाशित चित्र17से संशोधित किया गया है । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 4
चित्रा 4. ठेठ 1D और 2D अनंत डीएनए विधानसभाओं के AFM छवियां हवा में स्कैन । अ) c64nt नैनोवायर, ब) अनंत आकडाओ-c64nt-ई, सी) अनंत cDAO-c64nt-E, D) अनंत cdao-c64nt-O, E) अनंत cdao-c84nt-E, और F) अनंत cDAO-c84nt-O चिपचिपा अंत संहशन द्वारा annealed हैं । इन AFM छवियों में सभी बनावट विवरण टाइल आकार और संगठन मोड बहुत अच्छी तरह के साथ लाइन में हैं । जुगाड़ के लिए, कृपया डीएनए दृश्यों की तालिका देखें । यह आंकड़ा पहले प्रकाशित चित्र17से संशोधित किया गया है । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

Figure 5
चित्रा 5 . तरल में स्कैन परिमित आयत असेंबलियों की Afm छवियां । एक के परिमित आयत विधानसभा) 5 × 6 cDAO-c64nt-O से बना है ३२ cDAO-c64nt उप टाइल, और बी) 5 × 6 cDAO-c74 & 84nt-O 12 cDAO-c74nt और 20 cDAO-c84nt उप टाइल से बना है । जुगाड़ के लिए, कृपया डीएनए दृश्यों की तालिका देखें । यह आंकड़ा पहले प्रकाशित चित्र17से संशोधित किया गया है । कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहां क्लिक करें ।

डीएनए दृश्यों की तालिका । कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहां क्लिक करें । 

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Discussion

इस लेख में प्रस्तुत प्रोटोकॉल छोटे परिपत्र डीएनए अणुओं और डीएनए nanostructures के विधानसभा के संश्लेषण पर ध्यान केंद्रित । बेतरतीब ढंग से sequenced डीएनए डिजाइन के अधिकांश इस प्रोटोकॉल में इस्तेमाल किया जा सकता है । परिपत्र DNAs की पवित्रता डीएनए विधानसभाओं की सफलता के लिए महत्वपूर्ण है । चक्रीकरण की उत्पादन उपज 5 की एकाग्रता को कम करके सुधार किया जा सकता है '-फास्फोरिकृत रैखिक डीएनए; हालांकि, इस परिपत्र DNAs की एक ही मात्रा में उत्पादन करने के लिए कार्यभार में वृद्धि होगी । खपच्ची डीएनए किस्में की लंबाई भी सही बंधाव प्रतिक्रिया को प्रभावित करता है, यह दोनों c64nt और c84nt के लिए लंबे समय के आसपास 20 न्यूक्लियोटिडेस होने के लिए अनुकूलित है ।

के दौरान और बाद विधानसभा समाधान में मैग्नीशियम संचार (जैसे, १२.५ मिमी) की एक उचित एकाग्रता डीएनए nanostructures के गठन और रखरखाव के लिए बहुत महत्वपूर्ण है । इस प्रकार, १२.५ मिमी के एक मैग्नीशियम धनायन एकाग्रता हमेशा अनीलन की प्रक्रिया के दौरान रखा जाता है, देशी पृष्ठ, एगेरोस जेल ट्रो और खूंटी बफर केंद्रापसारक शुद्धीकरण, afm इमेजिंग, आदि।

5 × 6 cdao के परिमित आयत विधानसभाओं के लिए-c64nt-o और 5 × 6 cdao-c74 & 84nt-ओ, ऐगेरोस जेल शुद्धिकरण बनावट विवरण को प्रभावित नहीं करता है, जबकि खूंटी बफर केंद्रापसारक शोधन में डीएनए nanostructures के बनावट विवरण हानि पहुंचाता उच्च संकल्प AFM छवियां ।

स्थिरता और परिपत्र टाइल की कठोरता से लाभ, यह बहुत अच्छी तरह से संगठित और बड़े आकार एकल क्रिस्टलीय 2 डी lattices से परिपत्र मॉड्यूल से रैखिक टाइल और मचान origami9,11का उत्पादन करने के लिए आसान है, हालांकि परिपत्र डीएनए अणुओं को संश्लेषी और शुद्ध करने के लिए अतिरिक्त कार्य की आवश्यकता है । एक ही मूल संरचना के रूप में केवल एक परिपत्र डीएनए के साथ, कई परिपत्र मॉड्यूल अलग overhangs के साथ उत्पन्न किया जा सकता है; विशेष चिपचिपा अंत के साथ overhangs के cohesions के माध्यम से परिमित nanostructures बनाया जा सकता है; यह कार्यनीति कार्यभार और परिमित नैनोसंरचनाओं की लागत को कम करती है । परिपत्र डीएनए नैनोस्ट्रक्चर्स का एक महत्वपूर्ण लाभ डीएनए अणुओं की द्वितीयक और तृतीयक संरचनाओं और एकल क्रिस्टलीय lattices के बनावट विवरण से होलिडे जंक्शन के रूप में उनके प्रमुख तत्वों का संकल्प है । 1 डी, 2 डी और 3D nanostructures परिपत्र मॉड्यूल और जीव विज्ञान, चिकित्सा में उनके संभावित अनुप्रयोगों से बनाया गया है, और नैनो इंजीनियरिंग भविष्य में डीएनए नैनो प्रौद्योगिकी के एक नए परिवार के सदस्य बन जाएगा ।

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Disclosures

लेखकों के हित का कोई विरोध प्रकट करना है.

Acknowledgments

हम एनएसएफसी (अनुदान सं ९१७५३१३४ और २१५७११००) से वित्तीय सहायता के लिए आभारी हैं, और दक्षिण पूर्व विश्वविद्यालय के Bioelectronics की राज्य कुंजी प्रयोगशाला ।

Materials

Name Company Catalog Number Comments
T4 ligase TaKaRa 2011A
T4 buffer TaKaRa 2011A
TE buffer Sangon B548106
Thermo bottle Thermos SK-3000
Thermo cycler Bio Gener GE4852T
Exonuclease I TaKaRa 2650A
Exonuclease I buffer TaKaRa 2650A
30% (w/v) Acryl/Bis solution (19:1) Sangon B546016
TAE premix podwer Sangon B540023
Mg(Ac)2·4H2O Nanjing Chemical Reagent C0190550223
Urea Sangon A510907
TEMED BBI A100761
Ammonium Persulfate Nanjing Chemical Reagent 13041920295
Power supply Beijing Liuyi DYY-8C
Water bath Sumsung DK-S12
Formamide BBI A100314
DNA Marker (25~500 bp) Sangon B600303
DNA Marker (100~3000 bp) Sangon B500347
Loading buffer Sangon B548313
PAGE electrophoresis systerm Beijing Liuyi 24DN
Filter ASD 5010-2225 0.22 µM
UV imaging System Tanon 2500R
n-butanol Sangon A501800
Absolute Ethanol SCR 10009257
NaOAc Nanjing Chemical Reagent 12032610459
Centrifuge eppendorf Centrifuge 5424R
Vacuum concentrator CHRIST RVC 2-18
Ultraviolet spectrum Allsheng Nano-100
nucleic acid stain Biotium 16G1010 GelRed
Agarose Biowest G-10
Agarose electrophoresis systerm Beijing Liuyi DYCP-31CN
Heating Plate Jiangsu Jintan DB-1
TBE premix podwer  Sangon B540024
filter column Bio-Rad 7326165 Freeze 'N Squeeze column
AFM Bruker Dimension FastScan
PEG8000 BBI A100159
Mica Ted Pella BP50
triangular AFM probe in air Bruker FastScan-C
triangular AFM probe in fulid Bruker ScanAsyst-fluid+
DNA strands Sangon

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References

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Guo, X., Wang, X. M., Xiao, S. J. Stable DNA Motifs, 1D and 2D Nanostructures Constructed from Small Circular DNA Molecules. J. Vis. Exp. (146), e58744, doi:10.3791/58744 (2019).

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