Name: Sviluppo di nuovi metodi per quantificare la densità di pesce utilizzando strumenti di Stereo-video subacquei (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-11-20T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 32 s
Description: Scopri un metodo innovativo per quantificare la densità di pesci in habitat rocciosi profondi utilizzando sistemi di telecamere stereo-video rotanti. Questa tecnica non invasiva migliora la stima dell'abbondanza e della composizione delle specie.

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Questo lavoro è stato finanziato dal The Nature Conservancy e donatori privati, risorse Legacy Fund Foundation, Gordon e Betty Moore Foundation, Environmental Defense Fund, California Sea Grant Program, il programma nazionale della ricerca cooperativa NMFS e un NOAA Saltonstall-Kennedy Grant #13-SWR-008. Marino ricerca applicata e esplorazione (Dirk Rosen, Rick Botman, Andy Lauerman e David Jefferies) sviluppato, costruito e mantenuto il video strumento di Lander. Desideriamo ringraziare Jim Seager e SeaGIS™ software per il supporto tecnico. Capitano e pescatore commerciale Tim Maricich e membri dell'equipaggio a bordo il supporto di F/V Donna Kathleen fornito in distribuzione il Lander da 2012-2015. Grazie a tutti coloro che hanno partecipato nella raccolta di dati video o analisi (Anne Tagini, Donna Kline, lt. Amber Payne, Bryon Downey, Marisa Ponte, Rebecca Miller, Matt Merrifield, Walter Heady, Steve Rienecke, EJ Dick e John Field).

Nota: Gli screenshot di software procedura sono inclusi come File supplementari. Siete pregati di notare che i punti del software descritti di seguito sono specifici per il software prescelto (Vedi la Tabella materiali). L'approccio globale può essere esteso a qualsiasi piattaforma software stereo.
1. preparare filmati Stereo-fotocamera per l'analisi
Nota: È consigliabile calibrazione utilizzando un cubo di calibrazione. Un cubo di calibrazione è un telaio in alluminio tridimensionale con proprio puntini riflettente posizionati sulla superficie. Quando utilizzato in combinazione con software di calibrazione, un cubo di calibrazione conduce ad una maggiore precisione e accuratezza rispetto a scacchiera approcci9.
<ol><li>Calibrare le fotocamere Lander con stereo-calibrazione software (Figura 1 e Figura 2; Vedi Tabella materiali per una raccomandazione di software). Nota: Calibrazione può essere verificata prima dell'uso nel campo misurando bersagli di dimensioni note a varie distanze (Vedi supplementare Video 1). Errore di misura media per un target di 50 cm a distanze di 3 m (o meno) dovrebbe essere entro il 2% della lunghezza destinazione nota. Si noti inoltre che una determinata taratura solo sarà valida se posizioni della telecamera non cambiano uno rispetto a altro. È fondamentale prendersi cura e evitare spintoni non intenzionale delle telecamere fino a quando è stato eseguito il campionamento di tutti.</li>
	<li>Raccogliere i dati di campo utilizzando il Lander calibrato (Figura 1, complementare Video 2).</li>
	<li>Dopo aver completato studio sul campo, creare una nuova cartella di progetto contenente i file video e la calibrazione. Nota: In ogni progetto cartella ci ha bisogno di minimo di cinque file: sinistra e destra ". File di calibrazione CAM", i file video di destra e sinistro (. MP4 o. Solo in formato AVI) e l'elenco delle specie (formato. txt).</li>
	<li>Nel software di misurazione stereo, avviare un nuovo progetto di misura e caricare file video e calibrazione appropriati. Nota: Gli screenshot di tutti i passaggi di software sono disponibili tra i File supplementari.<ol>
<li>Passare a 'Misurazione' &gt; 'Nuovo measurement file'.</li>
		<li>Impostare la directory di foto accedendo a 'Immagine' &gt; 'cartella Foto Set' e scegliere la cartella contenente tutti i file di progetto.</li>
		<li>Caricare la telecamera a sinistra ". Cam"il file selezionando 'Stereo' &gt; 'Telecamere' &gt; 'Left' &gt; 'Carica file fotocamera' e selezionando il file appropriato.</li>
		<li>Ripetere il punto 1.4.3 per caricare la fotocamera giusta ". File CAM" Nota: Questi file contengono le misurazioni di calibrazione per ogni telecamera (ad es., dimensione dei pixel, proporzioni, la distorsione radiale, decentring distorsione, ecc.) e verranno utilizzati per misurare pesce e calcolare la distanza dalla fotocamera (cioè, Z distanza).</li>
		<li>Definire la sequenza di film per il file video sinistra accedendo a 'Immagine' &gt; 'definire la sequenza di film' e selezionando il file video telecamera a sinistra.</li>
		<li>Caricare il file video sinistro nel software di misura selezionando 'Picture' &gt; 'carica immagine'. Nota: Assicurarsi che la casella di 'Bloccare' sia selezionata prima di caricare i file video. In questo modo entrambi i video da caricare contemporaneamente.</li>
		<li>Definire film sequenza e caricare file video per il video a destra utilizzando i menu 'Stereo' &gt; 'immagine' &gt; 'definire la sequenza di film' e 'Stereo' &gt; 'immagine' &gt; 'carica immagine'.</li>
		<li>Caricare l'elenco di specie accedendo a 'Misurazione' &gt; 'Attributi' &gt; ' modifica/carica file di specie'.</li>
		<li>Immettere informazioni sull'ID di indagine sotto 'Informazioni campi' &gt; 'Modifica il valore del campo' e salvare file per creare un. Progetto EMObs.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Sincronizzare i video utilizzando flash light, handclap, bollo di tempo universale coordinato (UTC) o qualsiasi evento specifico di tempo che si verifica in entrambi i video.<ol>
<li>Se si utilizza il timestamp di UTC, telaio-passo avanti nel video sinistra fino a quando l'indicatore ora inizia un nuovo secondo. Altro fotogramma avanti fino al lampo di luce o handclap si verifica.</li>
		<li>Telaio-passo il video a destra in avanti fino a quando il timestamp corrisponde esattamente il video di sinistro. Altro telaio passo avanti fino a quando il momento esatto del lampo di luce o handclap corrisponde il video di sinistro. Nota: È importante che il video essere sincronizzati sullo stesso fotogramma. Sincronizzazione video dovrebbe essere controllata periodicamente utilizzando il timestamp video per evitare fotocamera telaio deriva durante l'analisi. Un clap mano girato potrebbe essere utilizzato anche all'inizio e alla fine del video per verificare tale diritto e sinistra video sono stati sincronizzati sullo stesso fotogramma.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Fare clic sul pulsante "Lock" per garantire video gioca insieme e manutenzione la sincronizzazione.</li>
</ol>2. generare punto conta e calcolare MaxN
Nota: Ogni pesce inizialmente è contrassegnata con un punto 2D per il più basso possibile risoluzione tassonomica. Pesce con ID incerti devono essere contrassegnati per la revisione successiva.
<ol><li>L'ora di iniziare il conteggio di pesce fino alla fine di una rotazione completa della fotocamera per garantire un utilizzo a 360 gradi. Anche aspettare fino a quando ha eliminato il sedimento (generalmente &lt; 1-2 min dopo il contatto con il fondo).<ol>
<li>Appena il Lander inizia la prima rotazione, fare clic destro per definire un nuovo periodo di campione: «Periodo definizioni» &gt; 'Aggiungi nuovo inizio periodo'. Immettere il nome del primo periodo come "01" e fare clic su "OK".</li>
	</ol>
</li>
	<li>Come il Lander ruota, iniziare marcatura ogni pesce che viene fornito nel telaio con un punto 2D utilizzando solo la telecamera a sinistra.<ol>
<li>Per aggiungere un punto 2D, fare clic destro, selezionare 'Aggiungi punto' e scegliere il nome corretto della specie. Etichetta al più basso livello possibile di tassonomico, selezionando «spp.» per specie sconosciute e cliccare su "OK".</li>
		<li>Continuano a segnare ogni nuovo pesce secondo punto 2.2.1 fino alla conclusione della rotazione.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Ripetere il protocollo procedure 2.1-2.2 per ogni rotazione addizionale di Lander - assicurando che un nuovo periodo è definito all'inizio di ogni rotazione della telecamera. Nota: Le curve di accumulo di specie sono state usate per determinare che otto rotazioni erano, in media, sufficiente per caratterizzare l'abbondanza di pesce nello studio presente. I ricercatori dovrebbero considerare lo svolgimento di test preliminari con rotazioni telecamera aggiuntiva, sopra più lunghi tempi di ammollo, per caratterizzare il numero ottimale di rotazioni fotocamera all'interno di un particolare ecosistema.</li>
	<li>Calcolare specie-conteggi degli individui osservati per rotazione della fotocamera.<ol>
<li>Dopo tutte le rotazioni sono state enumerate, esportare punti 2D accedendo a 'Misurazione' &gt; 'Riassunti misura' &gt; 'Misure puntuali' e salvare punti 2D come a. txt file.</li>
		<li>Aprire il file di punto di 2D.txt salvato come un foglio di calcolo e creare una tabella pivot di specie e il numero di rotazione per riepilogare i conteggi (tabella 1) accedendo a 'Insert' &gt; 'Tabella pivot'. Selezionare "Genere e specie" per "Etichetta di riga" e "Periodo" per 'Etichetta di colonna'.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Scegliere il MaxN per ciascuna specie selezionando la rotazione della fotocamera che ha il maggior numero di individui di questa specie (tabella 1).</li>
	<li>Per pesci identificati solo al genere, selezionare un livello di genere MaxN basato sulla rotazione che aveva il maggior numero di individui identificati per specie in quel particolare genere. Nota: Questo passaggio consente di evitare duplicazioni singoli pesci che erano solo identificabili a gruppi tassonomici superiori (ad es., solo per genere o famiglia). Ad esempio, in tabella 1, ' giri 1' contenevano 10 non identificato Sebastes spp e 33 membri del genere Sebastes identificato alla specie, mentre ' rotazione 3' conteneva solo due non identificati Sebastes spp e 43 membri di il genere Sebastes identificato alla specie. Pertanto ' rotazione 3' sarebbe stati utilizzati per conteggio MaxN sconosciuto Sebastes spp. In questo modo, il conservatore presupposto che 8 del non identificato Sebastes spp ' giri 1' sono stati identificati in ' rotazione 8'.</li>
	<li>Se più rotazioni hanno lo stesso numero di MaxN per una data specie, scegliere la prima rotazione con MaxN per misurazioni del punto 3D.</li>
	<li>Per ciascuna specie, prendere misure 3D di pesce nella rotazione che MaxN si è verificato.<ol>
<li>Utilizzare i punti 2D salvati raccolti nei passaggi 2.1-2.3 per spostarsi il pesce stesso esatto per misurazione 3D.</li>
		<li>Zoom in almeno 4 volte per meglio identificare la punta del muso di pesce e i bordi delle pinne caudali (Figura 3). Nota: Potrebbe essere necessario al passaggio di fotogramma in avanti o indietro per trovare il migliore orientamento dei pesci per una misurazione 3D. L'orientamento 'migliore' è uno dove sia il muso e i bordi delle pinne caudali sono visibili in entrambe le fotocamere.</li>
		<li>Manualmente, fare clic sulla punta del muso, quindi il bordo della coda nella telecamera a sinistra, quindi ripetere la selezione nello stesso ordine nel video giusto.</li>
		<li>Selezionare identificazione di specie corretta dal menu a discesa, come è stato fatto in 2.2.1.</li>
		<li>Se una misura di lunghezza 3D non è possibile, per istanza se la testa e la coda del pesce non sono visibili in entrambe le fotocamere, quindi contrassegnare un punto 3D invece da sinistra cliccando la stessa posizione del pesce in entrambi i video di sinistra e destra. Compila i campi di informazioni come prima e lasciare il commento "Escludere dalla lunghezza di misurazione". Nota: MaxN può verificarsi in diverse rotazioni delle telecamere per le diverse specie; Tuttavia, per qualsiasi data specie, misure dovrebbero verificarsi in una rotazione solo (tabella 1).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Dopo aver completato misurazioni 3D per tutti i pesci, esportare file di as.txt di dati per ulteriori analisi.<ol>
<li>Passare a 'Misurazione' &gt; 'Riassunti misura' &gt; 'misure di lunghezza e punto 3D' e Save file da esportare.</li>
	</ol>
</li>
</ol>3. 95% Z distanza procedura per aree di indagine specie-specifici
Nota: La distanza di 95% Z è una stima della distanza media che una specie potrebbe essere identificata attendibilmente in un dato studio pur escludendo i casi di eccezionali condizioni di limpidezza dell'acqua o illuminazione. Questo calcolo tiene conto della media condizioni oceanografiche per un dato studio e dovrà essere ri-calcolato per ogni nuovo studio.
<ol><li>Utilizzare l'avvio semplice per determinare se la dimensione del campione è abbastanza grande per caratterizzare la distanza di rilevamento affidabile per ciascuna specie.<ol>
<li>Per ogni classe di dimensione del campione (ad es., bidoni di dimensione del campione di 5 pesci), prendono 1.000 casuale disegna delle dimensioni campione selezionato con sostituzione dalla popolazione campione e calcolare la media quantile 95% delle distanze di questi 1.000 disegna e trama risultante curva asintotica. Vedere il codice fornito in supplementare file 1 &amp; 2.</li>
		<li>Verificare che un campionamento adeguato sono stato ottenuto confrontando la dimensione effettiva del campione con l'asintoto 95% Z distanza con l'aumento della dimensione del campione.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Calcolare il valore di 95% Z distanza come il quantile 95% di distanza dalla fotocamera misurata per una specie attraverso tutte le indagini.</li>
	<li>Calcolare l'area efficace intervistato per ciascuna specie utilizzando il valore di 95% Z. Nota: Nel caso di un Lander rotante, i valore di 95% Z rappresenta il raggio esterno di un'andana intervistata, con il raggio interno determinata dalla configurazione fisica dello strumento e come chiudere alla base le telecamere sono in grado di osservare. Come il Lander ruota, è formata un'area di indagine a forma di ' ciambella' (Figura 4).<ol>
<li>Calcolare area censita come: <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/56635/56635eq1.jpg"> Nota: ad esempio, una specie relativamente grande come Yelloweye Rockfish (Sebastes ruberrimus) aveva una distanza di 95% Z di 3,3 m e un'area di indagine efficace di 30,9 m2 per distribuzione Lander: 34,3 m2 (cerchio esterno) - 3,4 m2 (interno cerchio) = 30,9 m2 (area di indagine totale).</li>
	</ol>
</li>
	<li>Utilizzando l'area calcolata intervistate (punto 3.3.1), Converti singole specie i conteggi (MaxN) in stime di densità per ogni rilevamento visivo utilizzando l'equazione: <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/56635/56635eq2v3.jpg"> Nota: Una procedura simile potrebbe essere utilizzata per calcolare una densità volumetrica, piuttosto che una densità areale; Tuttavia, tale processo non è descritto qui.</li>
</ol><img alt="Table 1" src="/files/ftp_upload/56635/56635table1.jpg"> Tabella 1: tabella riassuntiva esempio MaxN. La selezione di MaxN per ogni specie è dimostrata con testo rosso e grassetto. Si noti che un conservatore MaxN non identificato Sebastes spp è stata determinata dalla rotazione con la maggior parte Sebastes identificato alla specie (rotazione 3). Inoltre, mentre questo studio ha usato otto rotazioni fotocamera, solo quattro rotazioni vengono visualizzati nella tabella 1 per semplicità. Il processo di selezione MaxN è identico indipendentemente dal numero di rotazioni.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig1.jpg"> Figura 1: Lander video Stereo. Chiave hardware è numerato (1) 300m ombelicale, (2) due videoregistratori digitali (DVR) con schede di memoria rimovibili 32 GB all'interno della bottiglia impermeabile, l'output 3.000 lumen di luci (3) due LED ad una temperatura di colore di 5.000 K e (4). due telecamere con risoluzione di linea (TVL) 620 TV. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig1large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig2.jpg"> Figura 2: cubo di calibrazione (500 x 500 x 300 mm). Esempio di una taratura con un 'cubo di calibrazione' mostrato in due diversi orientamenti: (A) lato destro del cubo è spinto verso telecamere, e (B) la faccia del cubo è parallelo alla faccia delle telecamere. I punti rossi indicano i punti di riferimento utilizzati in questo metodo di calibrazione particolare e devono sempre essere identificati nell'ordine numerato. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig2large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig3.jpg"> Figura 3: misura 3D immessi sul Sebastes miniatus. La punta del muso e punta della coda sono stati identificati in ogni fotogramma della fotocamera per consentire misurazione stereo. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig3large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig4.jpg"> Figura 4: Area intervistato dallo strumento del Lander. Area effettiva rilevata dallo strumento Lander confinava con la minima distanza Z e la distanza di 95% Z per ciascuna specie. Si noti che questa zona creato un volume di indagine a forma di ' ciambella' intorno il Lander. <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig4large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

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<li>Starr, R. M., Wendt, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Variation+in+Responses+of+Fishes+across+Multiple+Reserves+within+a+Network+of+Marine+Protected+Areas+in+Temperate+Waters%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">Variation in Responses of Fishes across Multiple Reserves within a Network of Marine Protected Areas in Temperate Waters.</a> Plos One. 10 (3), 0118502(2015).</li>
<li>Lester, S., Halpern, B., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/242700981_Biological_Effects_Within_No-Take_Marine_Reserves_A_Global_Synthesis">Biological effects within no-take marine reserves: a global synthesis.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 384, 33-46 (2009).</li>
</ol>

Gli autori non hanno nulla a rivelare

La metrica MaxN tradizionale si basa sull'idea di contare un numero minimo garantito di individui presenti durante l'indagine. Se un certo numero di pesci visibili simultaneamente in un singolo fotogramma, non può esserci alcun meno presente, ma poiché i pesci sono mobili e distribuite in modo eterogeneo, la probabilità di vedere contemporaneamente tutti gli individui durante un singolo fotogramma del video è bassa . È quindi probabile che tradizionale MaxN sottovaluta pesce vero abbondanza16...

Lungo la costa del Pacifico degli Stati Uniti, molte delle specie importanti alla pesca commerciale e ricreativa demersali (ad es., la scorpena complesse (Sebastes spp.) e Lingcod (Ophiodon elongatus)) sono fortemente associati con habitat di alto rilievo, fondo duro1,2,3,4,5. Goccia di stereo-video telecamere è uno strumento attraente non estrattivo da utilizzare in habitat rocciosi a causa della relativa facilità e semplicità di funzionamento. Una varietà di sistemi stereo-videocamera sia stato sviluppato e distribuito nell'emisfero australe, acque poco profonde ecosistemi6,7,8,9,10, e Recentemente, goccia-telecamere video hanno guadagnato trazione come strumento di gestione per gli ambienti di reef roccioso di acque profonde lungo la costa del Pacifico11,12,13. Abbiamo cercato di modificare questi disegni di stereo-fotocamera esistenti utilizzando un sistema stereo-videocamera (in appresso denominato "Lander") per caratterizzare in modo più efficiente le popolazioni di pesci in altorilievo fondali lungo la costa centrale del Pacifico (Vedi tabella di Materiali). Il Lander usato era diverso rispetto ai sistemi video esistenti perché telecamere sono stati montati in un bar centrale rotante, che ha permesso per un 360° pieno di copertura del fondo marino alla goccia posizione14. Il Lander completato un giro completo al minuto, che ci ha permesso di caratterizzare l'abbondanza e la composizione della comunità di un'area rapidamente e raggiungere lo stesso livello di potenza statistica con meno distribuzioni di Lander. (Vedi Starr (2016)14 per maggiori dettagli sulle specifiche della configurazione del Lander). Prove preliminari del sistema di studio ha suggerito che otto rotazioni delle telecamere ai nostri sondaggi erano sufficienti per caratterizzare la ricchezza e l'abbondanza di specie. Questa determinazione è stata effettuata tramite un'osservazione dei rendimenti decrescenti in abbondanza di specie e densità di pesce sopra gocce più a lungo. Si consiglia di che uno studio pilota, tra cui tempi di ammollo condotte in qualsiasi nuovo sistema per determinare il tempo di immersione ottimale per una specie di dato ecosistema/Studio.
Utilizzando telecamere stereo accoppiati, entrambi totale area di indagine e densità assoluta pesce può essere calcolato per ogni sondaggio dei video; Tuttavia, l'uso di telecamere a rotazione ha reso necessaria la modifica di pesce tradizionale conteggio metriche. Sistemi stazionari di video utilizzano più spesso "MaxN" come una conservatore Conte di pesci su una distribuzione6,10. MaxN tradizionale viene descritto il numero massimo di pesci di una data specie osservata insieme in un singolo fotogramma video, al fine di evitare il doppio conteggio un pesce che ha lasciato e siamo tornati al telaio. MaxN è stata quindi una stima del numero minimo di pesce conosciuto per essere presente e può sottostimare il pesce vero abbondanza6,10. La metrica MaxN è stata ridefinita per rappresentare il maggior numero di pesci visti in ogni rotazione completa delle telecamere.
La seconda modifica ai precedenti metodi video stereo doveva rappresentare il fatto che le specie di varie dimensioni, colore, e forme hanno differenti distanze massime di identificazione affidabile. Ad esempio, specie di grandi dimensioni ad esempio o. elongatus hanno una forma allungata distinta e possono essere identificati attendibilmente a distanze molto maggiori rispetto alle specie piccole e criptico come il Squarespot Rockfish (Sebastes hopkinsi). Queste diverse gamme massime di rilevabilità cambiano zona efficace campionata mediante il Lander per ciascuna specie. Perché le telecamere stereo permettono di posizionare ogni pesce in uno spazio tridimensionale con un alto grado di precisione, si può determinare la distanza dalle telecamere che ogni pesce è stato misurato (vale a dire, la "distanza Z", denominato per l'asse "z" che è perpendicolare alla linea retta tracciata tra le telecamere). Per ciascuna specie, la distanza entro il quale il 95% di tutti gli individui sono stati osservati (in appresso "distanza 95% Z") è stata considerata come il raggio dell'area di indagine ed è stata usata per calcolare l'area totale intervistato. Oltre alle caratteristiche specie-specifiche, identificabilità saranno influenzate dalle condizioni ambientali come torbidità dell'acqua. Poiché questi fattori possono variare nel tempo e nello spazio, è importante usare la statistica del 95% Z solo in forma aggregata. Mentre sarà altamente accurata per grandi campioni, qualsiasi un'indagine individuale può variare nell'area esaminata.
Il protocollo descritto di seguito vengono fornite indicazioni su come creare e utilizzare queste metriche. Anche se il fuoco era di caratterizzare acque profonde habitat rupestre lungo la costa del Pacifico, la metodologia descritta per modificate MaxN conteggio è facilmente applicabile a qualsiasi sistema di goccia-fotocamera rotante. Il numero di rotazioni fotocamera necessarie per caratterizzare popolazioni ittiche dipenderà molto dinamica degli ecosistemi locali, ma la concettualizzazione della modificate MaxN rimarrà la stessa. Allo stesso modo, considerando che abbiamo usato software di fotogrammetria 3D per analizzare video stereo, le tecniche descritte nel presente documento sono facilmente applicate di piattaforme software, purché la posizione precisa del pesce nello spazio tridimensionale è possibile. Inoltre, l'approccio di applicare un valore di 95% Z distanza potrebbe essere considerato in futuro studi con stereo-telecamere per conto per specie-specifici intervalli di rilevabilità e calcolare con maggiore precisione abbondanza di pesce.

<table><tbody><tr><td>cubo di calibrazione</td><td>SeaGIS</td><td>http://www.seagis.com.au/hardware.html</td><td>1000x1000x500 mm è la dimensione preferita. Sono disponibili altri metodi di calibrazione.</td></tr><tr><td>Software di calibrazione CAL</td><td>SeaGIS</td><td>http://www.seagis.com.au/bundle.html</td><td></td></tr><tr><td>Software di misurazione stereo EventMeasure Software di misurazione stereo</td><td>SeaGIS</td><td>http://www.seagis.com.au/event.html</td><td></td></tr><tr><td>R</td><td>Core Team 2017 (v. 3.4.0)</td><td></td><td>Il codice di bootstrap può essere trovato: https://github.com/rfields2017/JoVE-Bootstrap-Function</td></tr><tr><td>Software per fogli di calcolo</td><td>Microsoft Excel</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2&nbsp; telecamere impermeabili</td><td>Deep Sea Power and Light</td><td></td><td>Qualità HD preferita</td></tr><tr><td>2 luci impermeabili e classificate in profondità</td><td>Deep Sea Power and Light: LED da 3000 lumen con temperatura</td><td></td><td></td>di colore 5000k</tr><tr><td>Registratore DVR</td><td>Stack LTD DVR</td><td></td><td></td></tr><tr><td>standard PC</td><td></td><td></td><td>Windows 10 preferito</td></tr><tr><td>OS</td> <td>piattaforma Lander rotanteRicerca e Ingegneria Applicata Marina (MARE)</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

sviluppo di nuovi metodi per quantificare la densità di pesce utilizzando strumenti di stereo-video subacquei

Development of New Methods for Quantifying Fish Density Using Underwater Stereo-video Tools

L'uso di sistemi di videocamera in studi ecologici di pesce continua a guadagnare trazione come un metodo praticabile, non estrattivi di lunghezze di pesce misura e stima abbondanza di pesce. Abbiamo sviluppato e implementato uno strumento rotante di stereo-videocamera che copre a 360 gradi del campionamento, che massimizza lo sforzo di campionamento rispetto agli strumenti di telecamera fissa. Vari studi hanno dettagliato la capacità dei sistemi statici, stereo-fotocamera per ottenere misurazioni altamente accurati e precisi di pesce; il fuoco qui è stato sullo sviluppo di approcci metodologici per quantificare la densità di pesce utilizzando sistemi rotanti di macchina fotografica. Il primo approccio era quello di sviluppare una modificazione della metrica MaxN, che in genere è un conservatore conteggio del numero minimo di pesci osservati su un'indagine della camera. Ridefiniamo MaxN per essere il numero massimo di pesci osservata in qualsiasi rotazione specificata del sistema di telecamere. Quando vengono prese precauzioni per evitare il doppio conteggio, questo metodo per MaxN può riflettere più accuratamente la vera abbondanza di quella ottenuta da una telecamera fissa. In secondo luogo, perché stereo-video permette di pesce deve essere mappato nello spazio tridimensionale, una stima precisa della distanza dalla fotocamera può essere ottenuta per ogni pesce. Utilizzando il percentile 95% della distanza osservata dalla fotocamera per istituire aree specifici della specie censite, si tiene conto di differenze di rilevabilità tra specie, evitando di diluire le stime di densità utilizzando la distanza massima che era di una specie osservato. Contabilità per questa gamma di rilevabilità è fondamentale per stimare con precisione le abbondanze di pesce. Questa metodologia faciliterà l'integrazione di strumenti stereo-video nella scienza applicata e contesti di gestione a rotazione.

Tra il 2013 e 2014, abbiamo condotto 816 sondaggi con il Lander stereo-video rotante (Figura 1) lungo la costa centrale della California e dati raccolti MaxN e 95% Z distanza (Figura 4) su più di 20 specie. C'erano schemi chiari nella gamma efficace rilevabile delle specie osservate, probabilmente a causa dell'interazione delle dimensioni della specie, forma e colorazione (Figura 5). Per esempio, la ...

Descriviamo un nuovo metodo per contare i pesci e la stima relativa abbondanza (MaxN) e densità di pesce utilizzando sistemi stereo-videocamera di rotazione. Inoltre dimostriamo come utilizzare distanza dalla fotocamera (Z distanza) per stimare la rilevabilità specie-specifici.

Sviluppo di nuovi metodi per quantificare la densità di pesce utilizzando strumenti di Stereo-video subacquei

The use of video camera systems in ecological studies of fish continues to gain traction as a viable, non-extractive method of measuring fish lengths and ...

L'obiettivo generale di questa tecnica di analisi video è quello di stimare in modo più accurato la densità, la lunghezza media e la composizione delle specie di pesci in habitat rocciosi profondi. Questo metodo può aiutare a rispondere a domande chiave nel campo della gestione della pesca, come ad esempio qual è l'abbondanza e la distribuzione delle dimensioni delle specie che abitano le scogliere rocciose di acque profonde. Il vantaggio principale di questa tecnica è che fornisce stime di densità più accurate senza estrarre pesci dall'ambiente.Prima di questa procedura, raccogliere i dati sul campo come descritto nel protocollo di testo. Nella stereofotogrammetria, conoscere l'esatta posizione relativa delle telecamere è importante per misurazioni accurate. Una corretta calibrazione è un passaggio importante in questo processo.Al termine dello studio sul campo, creare una nuova cartella di progetto contenente sia il video che i file di calibrazione. Nel software di misurazione stereo, accedere a Misurazione, Nuovo file di misurazione. Impostare la directory delle immagini passando a Immagine.Imposta la directory delle immagini e quindi scegli la cartella contenente tutti i file d

development-new-methods-for-quantifying-fish-density-using-underwater

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