Name: Reefshape: un sistema per la raccolta efficiente e lelaborazione automatizzata di dati di fotogrammetria subacquea di serie temporali per il monitoraggio dellhabitat bentonico (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-13T13:25:00.000+00:00
Duration: 13 min 35 s
Description: Scopri il protocollo ReefShape per la fotogrammetria subacquea automatizzata nel monitoraggio degli habitat bentonici. Questo metodo consente di raccogliere serie temporali georeferenziate con script Python personalizzati.

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<li>Burns, J. H. R., Delparte, D., Gates, R. D., Takabayashi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrating+structure-from-motion+photogrammetry+with+geospatial+software+as+a+novel+technique+for+quantifying+3D+ecological+characteristics+of+coral+reefs%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Integrating structure-from-motion photogrammetry with geospatial software as a novel technique for quantifying 3D ecological characteristics of coral reefs.</a> PeerJ. 7, (2015).</li>
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Le barriere coralline sono uno degli ecosistemi più ricchi di biodiversità ed economicamente importanti a livello globale e devono affrontare sfide senza precedenti dovute ai cambiamenti climatici, alle malattie, alla pesca eccessiva e ad altri fattori di stress 1,2,3. Il monitoraggio degli ecosistemi delle barriere coralline è particolarmente difficile a causa della loro posizione spesso remota e delle difficoltà intrinseche con la ricerca subacquea; Pertanto, le barriere coralline sono state storicamente poco studiate4. Monitorare efficacemente le barriere coralline su più scale spaziali che vanno dal microbico5 all'arcipelago6 e al globale7 è essenziale per comprendere il loro declino, nonché per pianificare, monitorare e valutare gli sforzi di intervento8. Uno strumento che è diventato popolare per monitorare le condizioni del benthos della barriera corallina su una scala da decine a centinaia di metri quadrati è l'imaging a fotomosaico, un termine che si riferisce a mappe ad alta risoluzione costituiteda fotografie subacquee sovrapposte cucite insieme. Questi mosaici consentono ai ricercatori di visualizzare un'area della barriera corallina più grande di quella che può essere catturata in una singola fotografia, da cui il termine imaging di grandi aree (LAI)10. I mosaici possono essere successivamente analizzati per estrarre informazioni ecologiche rilevanti, come la percentuale di copertura corallina, le dimensioni della colonia, la distribuzione delle specie e la composizione bentonica11. I progressi nell'informatica e la disponibilità di software standard consentono ora di completare questo processo utilizzando la fotogrammetria struttura-da-movimento (SfM). SfM prevede l'analisi delle foto alla ricerca di punti di corrispondenza che vengono utilizzati per ricostruire l'orientamento tridimensionale delle foto e dei punti di collegamento, consentendo la creazione di un'accurata replica virtuale della barriera corallina 12,13,14. Le indagini SfM/LAI sono diventate comuni nella ricerca sulle barriere coralline, consentendo nuove intuizioni sull'ecologia della comunità corallina10, sulla complessità dell'habitat15,16, sulle risposte della comunità corallina agli eventi di sbiancamento17,18, sugli uragani19 e sul ripristino dei coralli20.
Sono stati sviluppati diversi approcci per l'utilizzo del LAI per il monitoraggio della barriera corallina 21,22,23,24, con il risultato di una vasta gamma di scelte disponibili per i professionisti che cercano di sfruttare la tecnologia. Tuttavia, l'uso efficace del LAI nella ricerca sulla barriera corallina è complesso e richiede un notevole sforzo di apprendimento. Sono essenziali competenze nelle immersioni subacquee, nella navigazione subacquea, nella fotografia subacquea, nell'utilizzo del software, nella cura e nella gestione dei dati. Inoltre, l'esperienza in ecologia è fondamentale per analizzare e interpretare efficacemente i prodotti di dati. I flussi di lavoro esistenti tendono a concentrarsi principalmente sull'acquisizione delle immagini senza fornire una guida sufficiente per i protocolli delle serie temporali, la raccolta dei metadati (ad esempio, ridimensionamento, profondità e posizione) o l'elaborazione dei dati post-viaggio sul campo: tutti passaggi essenziali per una raccolta dati accurata e ripetibile. Anche i costi associati ai flussi di lavoro LAI tendono ad essere elevati, utilizzando costosi sistemi di telecamere e configurazioni di computer. Permane una forte necessità tra i ricercatori di una metodologia completa, semplice ed efficiente, che si traduca in dati di qualità sufficiente per rispondere a un'ampia gamma di domande di ricerca attuali e future. Affrontiamo questo problema sviluppando un approccio robusto ed efficiente per l'LAI subacquea che riduce lo sforzo e la complessità dell'elaborazione e minimizza i costi, migliorando al contempo la qualità dei dati. Il nostro nuovo approccio consente una rapida acquisizione, l'elaborazione automatizzata e l'allineamento delle serie temporali delle immagini per fornire prodotti di dati di alta qualità per lo studio e l'analisi ecologica della barriera corallina. Il costo totale di avvio dell'implementazione di questo approccio è di circa $ 5.000 - $ 8.000 USD (inclusi sistema di fotocamere, materiali, computer dedicato e software), a seconda che l'utente possa accedere a prezzi educativi per il software di fotogrammetria. Attraverso l'applicazione dei nostri metodi, miriamo ad assistere i ricercatori della barriera corallina nell'ottimizzazione dei loro sforzi di raccolta ed elaborazione dei dati, consentendo flussi di lavoro più efficienti che facilitano l'estrazione e l'analisi rapida di dati ecologici di barriera corallina di importanza critica.
Il metodo qui descritto, che chiamiamo "ReefShape", ha tre principali nuovi contributi: (1) l'uso di marcatori di controllo del terreno semi-permanenti fissati al substrato per consentire la georeferenziazione automatica e l'allineamento delle serie temporali dei set di dati, (2) l'uso di un rilevamento personalizzato basato su app per facilitare la raccolta e la formattazione dei dati di localizzazione e (3) l'implementazione di un processo completo di script costruito per automatizzare completamente la pipeline di fotogrammetria, riducendo drasticamente il lavoro umano durante la fase di elaborazione su cui si fa affidamento in altri protocolli LAI 20,21,22,23. Come questi altri protocolli LAI, ReefShape si basa sull'uso di Agisoft Metashape25 (di seguito denominato "il programma di fotogrammetria") per l'elaborazione fotogrammetrica e utilizza inoltre l'applicazione gratuita per smartphone ESRI Survey12326(di seguito denominata "l'app di rilevamento") per la raccolta dei dati di localizzazione. Questo protocollo è progettato per essere semplice ma robusto, non richiede sistemi multi-camera24 o indagini geodetiche complesse13 pur soddisfacendo l'obiettivo di fornire dati di alta qualità, definiti come modelli 3D completati, fotomosaici e modelli digitali di elevazione con geometria, scala e posizione accurate; risoluzione e nitidezza sufficienti per identificare visivamente gli organismi bentonici a livello di specie o genere; nessuna grave lacuna o buco nei dati; colore accurato; e, nel caso di dati di serie storiche, il corretto allineamento tra i punti temporali. L'approccio specifico qui descritto fornisce un quadro di riferimento per la raccolta e l'elaborazione dei dati per raggiungere questi obiettivi.
Spinti dai progressi nell'apprendimento automatico, prevediamo che verranno sviluppati nuovi strumenti di analisi per un'estrazione più rapida e accurata dei dati ecologici dai fotomosaici. Pertanto, concentriamo i nostri sforzi sulla raccolta di immagini subacquee di alta qualità e sull'automazione della pipeline di fotogrammetria, lasciando le analisi specifiche in gran parte agli utenti di questo protocollo in base alle loro diverse esigenze. Questo processo scriptato, che mira ad essere ampiamente applicabile alla comunità di ricerca sulla barriera corallina, include opzioni per esportare prodotti di dati formattati come GeoTIFF di specifiche variabili su misura per i comuni software GIS e TagLab, un'applicazione appositamente costruita per l'annotazione rapida degli ortomosaici della barriera corallina27.
Panoramica del protocollo Il metodo ReefShape si articola in due fasi principali: raccolta dei dati in situ ed elaborazione dei dati su un computer. Il metodo è funzionale per dimensioni di appezzamento da ~25 m2 fino a &gt;1000 m2, con profondità variabili da ~1 m a 30 m. È stato dimostrato che appezzamenti di 300-400 m2 sono ideali per catturare efficacemente la diversità dei coralli sulle barriere coralline dei Caraibi28. Tuttavia, è stato riscontrato che gli appezzamenti più grandi di ~100 m2 possono essere difficili da navigare per i topografi alle prime armi. Pertanto, una dimensione del grafico di 10 m x 10 m è descritta nel protocollo come punto di partenza, ma non intendiamo vincolare gli utenti con questo suggerimento. Piuttosto, si suggerisce agli utenti di scegliere la dimensione del grafico in base alla propria esperienza e alle proprie esigenze di ricerca. Il processo di raccolta dei dati rimane effettivamente lo stesso per qualsiasi dimensione di appezzamento scelta.
Quando un appezzamento viene stabilito per la prima volta, il topografo inizia fissando in modo permanente quattro targhette di marcatura univoche con bersagli di fotogrammetria codificati (Figura 1D) al substrato ad ogni angolo (Figura 2), utilizzando un computer subacqueo per misurare la profondità di ciascun marcatore. Le barre di scala codificate (Figura 1E) sono temporaneamente posizionate all'interno del plot, e le foto rivolte verso il substrato sono raccolte dal subacqueo con una singola fotocamera mirrorless e un obiettivo rettilineo grandangolare posizionato a 1,5 m - 2 m sopra la barriera corallina, nuotando in uno schema di "tosaerba" a doppio incrocio, simile ad altri protocolli stabiliti 11,21,24,. L'intero processo (compresa la prima configurazione e la fotografia) può essere in genere completato in un'unica immersione, anche se potrebbero essere necessarie più immersioni per trame più profonde o più grandi. Dopo la fotografia, il topografo utilizza un'unità GPS Bluetooth montata su un dispositivo di galleggiamento (Figura 1C) e uno smartphone per raccogliere i punti GPS sulla superficie sopra ogni indicatore d'angolo utilizzando un modulo personalizzato all'interno dell'app di rilevamento, che quindi invia via e-mail i dati di riferimento all'utente in un foglio di calcolo preformattato. Nelle successive indagini sui lotti, il geometra non raccoglie dati di riferimento né installa marcatori e deve solo localizzare e pulire i marcatori d'angolo esistenti e raccogliere foto, semplificando il processo di raccolta dei dati delle serie temporali.
Per l'elaborazione dei dati, è stato sviluppato un set di script Python personalizzati che si interfacciano con il programma di fotogrammetria per automatizzare la pipeline (Figura 3), normalmente un processo che richiede l'intervento umano in diversi punti. Le principali fasi di elaborazione della pipeline automatizzata includono la creazione di una nuvola di punti di collegamento e la stima delle posizioni della telecamera, la costruzione di un modello mesh 3D della barriera corallina, la creazione di un modello di elevazione digitale (DEM) 2,5D, la costruzione di un fotomosaico ortorettificato 2D e la definizione di una regione di interesse (ROI) delimitata dai quattro indicatori angolari (Figura 4). In questo flusso di lavoro, l'utente inserisce le foto e i dati di riferimento in un'interfaccia grafica (Figura 1 supplementare) all'inizio dell'elaborazione, piuttosto che dover procedere attraverso numerosi passaggi prima di aggiungere manualmente i dati di riferimento e generare prodotti di dati, come è comune in altri flussi di lavoro 21,22,23,24. Per l'elaborazione di serie temporali, i marcatori d'angolo permanenti facilitano l'allineamento automatico dei punti temporali, eliminando la necessità di un allineamento manuale. L'uso di un flusso di lavoro standardizzato e basato su script aiuta a garantire la coerenza dei dati e consente di risparmiare un notevole sforzo umano durante l'elaborazione, soprattutto nei progetti con molti punti temporali. È inclusa anche una suite di script autonomi per automatizzare varie attività di elaborazione, tra cui il calcolo di un rapporto tra area superficiale 3D e area planare, una metrica importante per valutare la complessità strutturale della barriera corallina19,29.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67343/67343fig01.jpg"> 
Figura 1: Materiali chiave necessari per la parte di raccolta dati di questo protocollo. (A) fotocamera mirrorless con obiettivo rettilineo grandangolare, (B) custodia subacquea con porta a cupola per adattarsi a fotocamera/obiettivo, (C) dispositivo kickboard GPS Bluetooth, (D) marcatori d'angolo codificati rilevabili automaticamente per il controllo permanente del terreno e la georeferenziazione del tracciato e (E) barre di scala codificate utilizzate per impostare le dimensioni del modello. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/67343fig01large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

<table><tbody><tr><td>0,3 m di lunghezza 1/2 "tubo in PVC</td><td>generico</td><td>N/A</td><td>per kit GPS</td></tr><tr><td>1" tappo da tavolo in PVC</td><td>generico</td><td>N/A</td><td>per kit GPS</td></tr><tr><td>boccola riduttore in PVC da 1/2" a 1" generico</td><td></td><td>N/A</td><td>per kit GPS</td></tr><tr><td>12mm f/2.0 AF Obiettivo E-mount</td><td>Samyang</td><td>SYIO12AF-E</td><td>venduto anche con il marchio Rokinon</td></tr><tr><td>2" gambo scanalato chiodi rotondi per muratura</td><td>generico</td><td>N/A</td><td>per l'installazione del marcatore d'angolo</td></tr><tr><td>Scheda SD UHS-256 da 1 V30 da 256 GB</td><td>SanDisk</td><td>SDSDXXD-256G-ANCIN</td><td>Scheda SD UHS-1 più veloce possibile consigliata</td></tr><tr><td>Metro a nastro da 30 m (opzionale)</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>per l'impostazione della trama</td></tr><tr><td>Foglio acrilico, spessore 3 mm, tagliato a 80 mm x 580 mm (3x)</td><td>N/A</td><td>N/A Materiale</td><td>della barra di scala</td></tr><tr><td>Vassoio per fotocamera in alluminio</td><td>KitDive</td><td>N/A</td><td>si adatta all'alloggiamento della fotocamera e agli aiuti con la fotocamera di tenuta</td></tr><tr><td>Set di marcatori angolari subacquei con bersagli fotogrammetrici stampati</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>su misura, contattare l'autore per i dettagli</td></tr><tr><td>Carta per stampante laser impermeabile</td><td>Duracopy Rite in the Rain</td><td>6511</td><td>può essere sostituita con carta adesiva impermeabile</td></tr><tr><td>E6000 epossidica</td><td>generica</td><td>N/A</td><td>per kit GPS</td></tr><tr><td>GLO2 Bluetooth GPS</td><td>Garmin</td><td>010-02184-01</td><td>esistono altre opzioni, GLO2 è la</td></tr><tr><td>fotocamera mirrorless ILCE a6700</td><td></td> più economica Sony <td>ILCE6700/B</td><td>a6700 preferita, a6600 o a6400 sono opzioni a basso costo</td></tr><tr><td>Stampante laser</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>qualsiasi stampante laser (non a getto d'inchiostro)</td></tr><tr><td>Metashape Professional Edition</td><td>Agisoft N</td><td>/A</td><td>software richiesto</td></tr><tr><td>Carta di plastica (circa 1 mm x 5 mm x 5 mm)</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>per il kit GPS, può anche utilizzare carta di credito scartata o simile, tagliata a metà.</td></tr><tr><td>Smartphone</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>qualsiasi smartphone ragionevolmente moderno, per la raccolta dei dati GPS</td></tr><tr><td>Sony A6700 Sea Frogs 40M/130FT Custodia impermeabile con acrilico 6" Dome Port V.1</td><td>SeaFrogs</td><td>N/A</td><td>se si utilizzano fotocamere a6600 o a6400, sostituire con l'apposito alloggiamento SeaFrogs</td></tr><tr><td>Super colla</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>per la creazione del kit GPS e della barra della scala</td></tr><tr><td>Kickboard in stile fitness da nuoto</td><td>Speedo</td><td>877530050021SZ</td><td>per kit GPS, marca non importante</td></tr><tr><td>Computer subacqueo in stile orologio</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>per la raccolta delle profondità del marcatore d'angolo</td></tr><tr><td>Custodia impermeabile</td><td>Xuniea</td><td>W-1188</td><td>marca non importante, per adattarsi al dispositivo GPS</td></tr><tr><td>Custodia impermeabile per telefono</td><td>Pelican</td><td>PP048884</td><td>marca non importante, per adattarsi allo smartphone</td></tr></tbody></table>

reefshape: un sistema per la raccolta efficiente e l'elaborazione automatizzata di dati di fotogrammetria subacquea di serie temporali per il monitoraggio dell'habitat bentonico

Reefshape: A System for the Efficient Collection and Automated Processing of Time-Series Underwater Photogrammetry Data for Benthic Habitat Monitoring

Un set di dati LAI di serie temporali è stato raccolto utilizzando questa metodologia a Simms Point Reef, al largo dell'estremità sud-occidentale di New Providence, Bahamas. La Figura 4, la Figura 5, la Figura 6 e la Figura 4 supplementare illustrano tutti i risultati di questo esperimento. La rete di riferimento è stata istituita e le prime immagini sono state raccolte nel gennaio 2023. È stato rifotografato nell'agosto 2023, durante una forte ondata di caldo marino, per valutare la gravità dello sbiancamento dei coralli. Entrambi i punti temporali sono stati elaborati utilizzando lo script completo del flusso di lavoro ReefShape, senza che fosse richiesto alcun intervento da parte dell'utente nei passaggi intermedi. Il primo punto temporale ha coinvolto 1.299 immagini, tutte allineate con successo, con un'altitudine media di nuoto di 1,8 m sopra il substrato, una risoluzione nativa del suolo di 0,567 mm/px (standardizzata a 0,5 mm/px), un'area di copertura totale di 208 m2 (misurata dall'area all'interno dei marcatori d'angolo), un rapporto area superficiale 3D/2D di 2,887, un errore di riproiezione di 1,12 px, una precisione di geolocalizzazione interna totale di 30,6 cm e un errore di scala di 1,4 mm. L'intero processo, con le impostazioni predefinite all'interno dello script Full ReefShape, ha richiesto 8 ore e 23 minuti, utilizzando un computer desktop del 2018 circa con una CPU a 6 core, 32 GB di RAM e una GPU discreta da 8 GB (costo totale ~ $ 1.500 USD). Un desktop del 2024 con CPU a 14 core, 64 GB di RAM e una GPU discreta da 24 GB (costo totale ~ $ 4.000 USD) ha elaborato lo stesso grafico in 1 ora e 58 minuti in totale. Il secondo timepoint, che includeva 1.974 / 1.974 immagini allineate, ha richiesto 7 ore e 45 minuti sul vecchio desktop del 2018.
Una sezione ingrandita dei due punti temporali e l'analisi di base dello sbiancamento dei coralli completata in TagLab27 sono dimostrate nella Figura 5, mostrando l'utilità di questo processo per analizzare il cambiamento dell'habitat bentonico nel tempo. I risultati dell'analisi hanno indicato che oltre il 90% degli individui di molte delle specie di coralli ha sperimentato uno sbiancamento completo, confermando la gravità dell'evento, mentre altre specie hanno sperimentato uno sbiancamento minimo o nullo, fornendo informazioni sui modelli di resilienza all'interno della comunità corallina. Entrambi i punti temporali (Figura 5) dimostrano immagini di alta qualità, con nitidezza e risoluzione sufficienti per l'identificazione esperta di organismi bentonici a livello di specie o genere. Il bilanciamento del bianco è impostato correttamente e non ci sono aree significative di sfocatura, buchi di dati o altri artefatti, indicando che il protocollo è riuscito a fornire in modo efficiente i dati necessari per studiare le dinamiche dell'ecologia bentonica della barriera corallina. La Figura 6 (in alto) mostra uno zoom in avanti di questo grafico come esempio di immagini di alta qualità rispetto a un set di dati di scarsa qualità (in basso) che non soddisfa i requisiti di qualità dei dati, in cui gli artefatti dell'immagine ostacolano l'estrazione dei dati ecologici. Il set di dati di scarsa qualità è stato raccolto con impostazioni errate della fotocamera (bilanciamento del bianco errato che porta a una tonalità generale del rosso e un'apertura troppo aperta che porta a sfocature) e una sovrapposizione di foto insufficiente a causa della scarsa navigazione del subacqueo, evidenziando l'importanza dell'acquisizione delle immagini (sezione 2 del protocollo).
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67343/67343fig05.jpg"> 
Figura 5: Risultati rappresentativi che mostrano immagini di serie temporali e contorni di colonie di coralli da un grafico fotografato prima e durante un evento di sbiancamento, che mostrano l'accuratezza dell'allineamento automatico raggiunto con il nostro protocollo e l'utilità di questi dati per monitorare il cambiamento bentonico nel tempo. (A) mostra l'immagine del gennaio 2023 per il sito di Simms Point a New Providence, Bahamas, (B) l'immagine dell'agosto 2023, (C) le colonie di coralli viventi nel gennaio 2023 classificate come sane (blu), pallide (arancione) o sbiancate (rosso) e (D) le colonie di coralli viventi nell'agosto 2023 delineate con lo stesso schema di classificazione. La delineazione delle colonie di coralli è stata completata utilizzando la segmentazione assistita dall'intelligenza artificiale in TagLab. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/67343fig05large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67343/67343fig06.jpg"> 
Figura 6: Esempio di ortomosaico di alta qualità e ortomosaico di bassa qualità, con annotazioni che dimostrano gli attributi chiave che distinguono i due. L'ispezione visiva dell'ortomosaico e di altri prodotti di dati durante la fase 5.4 del protocollo è necessaria per valutare se il protocollo è stato eseguito correttamente o se è necessario ripetere la fotografia del grafico per raggiungere gli obiettivi di qualità dei dati. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/67343fig06large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
Accesso al software: Gli script python di ReefShape, le istruzioni per l'installazione e l'uso e istruzioni più dettagliate sulla raccolta dei dati e sull'uso del software sotto forma di white paper sono disponibili all'indirizzo https://github.com/Perry-Institute/ReefShape. Intendiamo aggiornare gli script per risolvere i problemi man mano che si presentano e apportare miglioramenti. Pertanto, si consiglia di utilizzare l'ultima versione.
Figura supplementare 1. Schermata che illustra il rilevamento di raccolta dati di georeferenziazione ReefShape all'interno dell'app Survey123 su smartphone. Gli utenti possono accedere al sondaggio senza un account a pagamento e ricevono via e-mail i loro dati preformattati per l'uso nell'elaborazione ReefShape al momento dell'invio. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/SI-1_Survey123.tif" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
Figura supplementare 2. Screenshot dell'interfaccia utente grafica completa dello script ReefShape Workflow. Gli utenti possono inserire tutte le informazioni necessarie per l'elaborazione in questa interfaccia, consentendo la completa automazione del flusso di lavoro della fotogrammetria. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/SI-2_Full%20ReefShape%20Workflow%20Script.tif" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
Figura supplementare 3. Screenshot dell'interfaccia utente grafica dello script Allinea punti temporali. Gli utenti possono utilizzare questo script per facilitare l'allineamento automatico dei sondaggi successivi al punto temporale originale, consentendo l'analisi delle variazioni delle serie temporali. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/SI-3_Align%20Timepoints%20Script.tif" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
Figura supplementare 4. Screenshot di un modello 3D, evidenziando i risultati rappresentativi e il pannello di riferimento. Tutte le informazioni nel pannello di riferimento vengono impostate automaticamente in base alla barra di scala e ai file georeferenziati inseriti nello script Full ReefShape Workflow. Le misure di precisione variabili per i diversi dati di riferimento (0,25 mm per il ridimensionamento, 10 cm per la profondità e ~70 cm per la geolocalizzazione XY) vengono inserite automaticamente e facilitano il trattamento preferenziale della scala, quindi della profondità, quindi delle coordinate XY nella soluzione di localizzazione finale calcolata da Metashape. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/SI-4_GeoRef_Example.tif" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
Fascicolo supplementare 1: Le istruzioni per la preparazione dell'apparecchiatura, i requisiti e le impostazioni del sistema della telecamera, i requisiti del computer e i passaggi di configurazione del software che esulano dall'ambito del protocollo stesso sono contenuti nel file supplementare. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67343/Supplementary_File_1_.docx" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>

Reefshape: un sistema per la raccolta efficiente e l'elaborazione automatizzata di dati di fotogrammetria subacquea di serie temporali per il monitoraggio dell'habitat bentonico

Large-area imaging (LAI) through structure-from-motion photogrammetry has gained significant traction as a monitoring tool for coral reef ecosystems, ...

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Reefshape: un sistema per la raccolta efficiente e lelaborazione automatizzata di dati di fotogrammetria subacquea di serie temporali per il monitoraggio dellhabitat bentonico (Video) | JoVE Journal

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