Name: Misurazione della struttura, della composizione e del cambiamento degli ambienti subacquei con limaging di grandi aree (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 19 s
Description: Scopri un protocollo di imaging su larga scala per analizzare la complessità strutturale, la composizione e i cambiamenti demografici degli ecosistemi marini bentonici. Questo metodo migliora la capacità di tracciare le variazioni ecologiche nel tempo.

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<table><tbody><tr><td>1" x 4 1/4" x 3 1/4" acetale lavorato su misura</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Preparazione dell'ingranaggio; Per la costruzione di diapositive e supporti per telecamere</td></tr> 1<tr><td>/2" polietilene ad alta densità di grado marino</td><td>King Starboard</td><td>N/A</td><td>1.1 Gear Preparation; Per la costruzione del telaio esterno della telecamera e dei pannelli di montaggio della telecamera</td></tr><tr><td>Viti a testa piatta Phillips in acciaio inossidabile 18-8 a testa piatta, filettatura 3/8"-16, 1-1/2" Long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A628</td><td>1.1 Predisposizione Ingranaggi; Per il montaggio del telaio della fotocamera</td></tr><tr><td>18-8 Vite a testa cilindrica in acciaio inossidabile, filettatura 10-24, 1-1/8" lunga</td><td>McMaster-Carr</td><td>92196A248</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Utilizzato per fissare la piastra di montaggio alle maniglie</td></tr> di <tr><td>pesi da immersione da 1 libbra House</td><td>of Scuba</td><td>WBELT24 1LB</td><td>1.2 Plot Setup; Utilizzato per galleggianti di riferimento</td></tr><tr><td>200DL Custodia subacquea per fotocamera DSLR Nikon D780</td><td>Ikelite</td><td>71019</td><td>1.1 Preparazione dell'attrezzatura; Custodia subacquea per fotocamera digitale</td></tr><tr><td>Obiettivo fisso da 24 mm (AF-S NIKKOR 24mm f/1.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>20057</td><td>1.1 Preparazione attrezzatura; Obiettivo grandangolare per una maggiore sovrapposizione dell'immagine</td></tr><tr><td>250# grigio palangaro, poly morbido</td>, <td>Continental Western</td><td>503086</td><td>1.2 Plot Setup; Per costruire barre di scala. Marcatori di controllo a terra per determinare la scala del modello</td></tr><tr><td>Martello perforatore da 3 libbre</td><td>Estwing</td><td>B3-3LB</td><td>1.2 Impostazione della trama; Utilizzato per installare picchetti in acciaio inossidabile nel sito di rilevamento</td></tr><tr><td>3/8-16 X 18" THRD ROD W/60 DEGREE POINT 316 S/S</td><td>Ababa Bolt</td><td>37C1800ROD6/60DEG</td><td>1.2 Plot Setup; Per l'installazione permanente per contrassegnare il sito di indagine</td></tr><tr><td>Dado di bloccaggio con inserto in nylon in acciaio inossidabile 316 Super resistente alla corrosione, filettatura da 1/4"-20</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715a125</td><td>1.2 Impostazione della trama; Per l'assemblaggio di barre di scala e telaio.</td></tr><tr><td>Controdado in acciaio inox 316 con inserto in nylon super resistente alla corrosione, filettatura 3/8"-16</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715A145</td><td>1.2 Impostazione del grafico; Fissato al paletto sinistro in acciaio inossidabile per l'orientamento della trama</td></tr><tr><td>Viti a testa piatta Phillips in acciaio inossidabile 316, filettatura 10-32, 3/8" di lunghezza</td><td>McMaster-Carr</td><td>91500a827</td><td>1.1 Preparazione dell'ingranaggio; Per l'assemblaggio del telaio della fotocamera</td></tr><tr><td>Pennarello Agisoft 4"x4" stampato su carta impermeabile</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>1.2 Plot Setup; Per costruire tessere d'angolo. Marcatori di controllo a terra per determinare l'orientamento del modello</td></tr><tr><td>4"x4"x1/4" Piastrella in acciaio inossidabile</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Impostazione della trama; Per costruire tessere d'angolo. Marcatori di controllo a terra per determinare l'orientamento del modello</td></tr><tr><td>4"x4"x3/4" pennarello agisoft in plastica stampata su misura nucleo colorato in polietilene ad alta densità</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Impostazione della trama; Per costruire barre di scala. Marcatori di controllo a terra per determinare la scala del modello</td></tr><tr><td>512 GB Extreme PRO SDXC UHS-I Card - C10, U3, V30, 4K UHD, SD Card</td><td>SanDisk</td><td>SDSDXXY-512G-GN4IN</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Scheda di memoria ad alta velocità e grande capacità. Fino a 2 unità utilizzate per telecamera per l'archiviazione delle immagini</td></tr><tr><td>, disco rigido esterno portatile Elements da 5 TB, USB 3.0</td>, <td>Western Digital</td><td>WDBU6Y0050BBK-WESN,</td><td>acquisizione immagini 1.3; Disco rigido esterno di grande volume per l'archiviazione e il backup delle immagini</td></tr>, <tr><td>obiettivo fisso da 60 mm (AF-S Micro NIKKOR 60mm F2.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>2177</td><td>1.1 Gear Preparation; Obiettivo zoom macro, opzionale per la configurazione a doppia fotocamera</td></tr><tr><td>Lavorato in acetale e filettato per 1"x12" 3/8" 16 staffe di supporto filettate</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Preparazione dell'ingranaggio; Colonne di supporto del telaio della fotocamera</td></tr><tr><td>AquaMend Stucco epossidico Stick JD</td><td>Industrial Supply</td><td>470550</td><td>1.2 Impostazione della trama; Utilizzato per installare picchetti in acciaio inossidabile nel sito di indagine</td></tr><tr><td>Canale a U in alluminio architettonico 6063, spessore della parete 1/8", 1/2" di altezza x 3/4" di larghezza all'esterno</td><td>McMaster-Carr</td><td>9001k46</td><td>1.2 Impostazione della trama; Per costruire barre di scala. Marcatori di controllo a terra per la determinazione della scala del modello</td></tr><tr><td>Viti Phillips a testa cilindrica in acciaio inossidabile Black-Oxide 18-8, filettatura 1/4"-20, 1/2" lunga</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249a537</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Per fissare l'impugnatura in ikelite all'alloggiamento</td></tr><tr><td>Viti Phillips a testa bombata in acciaio inossidabile Black-Oxide 18-8, filettatura 1/4"-20, 5/8" lunga</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249A539</td><td>1.2 Impostazione della trama; Per costruire barre di scala. Marcatori di controllo a terra per determinare la scala del modello</td></tr><tr><td>Blue Steel Rope</td><td>Continental Western</td><td>402020</td><td>1.2 Plot Setup; Utilizzato per fissare il galleggiante da immersione al benthos durante i sondaggi</td></tr><tr><td>Corpo macchina D780</td><td>Nikon</td><td>1618</td><td>1.1 Preparazione dell'attrezzatura; Corpo macchina modello</td></tr><tr><td>DGX Tech Compass con supporto elastico e cavo</td><td>Dive Gear Express</td><td>DX-9050x</td><td>1.2 Plot Setup; Per la raccolta dei rilevamenti della trama e come aggiunta al telaio della fotocamera come ausilio alla navigazione</td></tr><tr><td>Computer per immersioni - Suunto Zoop Novo</td><td>Suunto&nbsp;</td><td>N/A</td><td>1.2 Impostazione del grafico; Per registrare la profondità nelle tessere di riferimento</td></tr><tr><td>Dive slate</td><td>TexWipe</td><td>TX5835</td><td>1.2 Impostazione del grafico; Utilizzato per registrare i metadati del plottaggio, come la profondità delle tessere e i numeri di destinazione codificati</td></tr><tr><td>DL 8 pollici Dome Port</td><td>Ikelite</td><td>75340</td><td>1.1 Preparazione dell'ingranaggio; Porta a cupola per alloggiamento subacqueo</td></tr><tr><td>GALLEGGIANTE, SPUGNA IN PVC, 5-3/4" DIAMETRO DA 3/4", RUGGINE</td><td>Memphis Net & Spago</td><td>SB1</td><td>1.2 Impostazione della trama; Utilizzato come riferimento visivo per determinare i confini della trama e l'altezza di nuoto dell'operatore della telecamera</td></tr><tr><td>Garmin 78s GPS</td><td>Garmin</td><td>010-00864-01</td><td>1.2 Impostazione della trama; Utilizzato per registrare la posizione del sito di rilevamento</td></tr><tr>Computer<td>ad alte prestazioni</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 Costruzione del modello; Per l'elaborazione di nuvole di punti ad alta densità 3D, le specifiche consigliate includono una CPU 10+ core ad alta velocità, 128 GB di RAM (minimo 64 GB), un'unità a stato solido da 1 TB e una GPU NVIDIA o AMD dedicata.</td></tr><tr><td>Galleggiante gonfiabile per immersione di superficie</td><td>Omer</td><td>Atol 6246</td><td>1.2 Plot Setup; Boa di segnalazione di superficie a doppio scopo e&nbsp;</td></tr><tr><td>Livello di controllo incrociato JOHNSON: non magnetico, 2 1/4 pollici x 1 7/16 pollici x 3/16 pollici, plastica, foro per appendere, 1 mm/m</td><td>Grainger</td><td>6C225</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Aggiunta opzionale alla cornice della fotocamera come ausilio alla navigazione</td></tr><tr><td>Metro a nastro lungo, 1/2 pollici x 30 m, Pumpkin</td><td>Grainger</td><td>3LJW9</td><td>1.2 Impostazione della trama; Utilizzato per impostare l'area del lotto</td></tr><tr><td>Bobina Manta SR. Bobina</td><td>Manta Industries</td><td>N/A</td><td>1.2 Impostazione della trama; Attaccato al galleggiante da immersione per l'uso durante i sondaggi</td></tr><tr><td>Licenza professionale Metashape</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>2.0 Costruzione del modello; Software per l'elaborazione di nuvole di punti dense</td></tr><tr><td>Acrilico trasparente antiriflesso</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Impostazione del grafico; Per costruire tessere d'angolo. Marcatori di controllo a terra per determinare l'orientamento del modello</td></tr><tr><td>O-Ring 0132.45 per sistema di porte DL, alloggiamenti ULTRAcompact</td><td>Ikelite</td><td>132.45</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; O-ring per custodia subacquea</td></tr><tr><td>O-Ring 0132.59 per DSLR & Custodie mirrorless (Tipo 1)</td><td>Ikelite</td><td>132.59</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; O-ring per custodia subacquea</td></tr><tr><td>Paracord o Dacron Line</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Plot Setup; Utilizzato per fissare i galleggianti da arbitro ai pesi da immersione</td></tr><tr><td>Vite a testa piatta Phillips in acciaio inossidabile 18-8 passivata, svasatura a 82 gradi, filettatura 1/4"-20, 1" lunga</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a542</td><td>1.1 Preparazione dell'attrezzatura; Pannello di scorrimento del telaio</td></tr><tr><td>Vite a testa piatta Phillips in acciaio inossidabile 18-8 passivata, svasatura a 82 gradi, filettatura 1/4"-20, 1-3/4" lunga</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a548</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Pannello di scorrimento del telaio</td></tr><tr><td>Vite a testa piatta Phillips in acciaio inossidabile 18-8 passivata, svasatura a 82 gradi, filettatura 10-32, 3/8" lunga</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A827</td><td>1.2 Impostazione della trama; Per costruire tessere d'angolo. Marcatori di controllo a terra per determinare l'orientamento del modello</td></tr><tr><td>Pelican 1060 micro case</td><td>Pelican</td><td>1060-025-100</td><td>1.2 Impostazione del grafico; Alloggiamento per l'unità GPS che viene fissato al galleggiante gonfiabile</td></tr><tr><td>per immersioni Vite a testa zigrinata in plastica 1/4"-20 x 2"</td><td>McMaster-Carr</td><td>91185A819</td><td>1.1 Preparazione dell'attrezzatura; Utilizzare per fissare l'alloggiamento della fotocamera al telaio</td></tr><tr><td>Impugnatura a sgancio rapido destra con prolunga</td><td>Ikelite</td><td>4077.02</td><td>1.1 Preparazione dell'ingranaggio; Maniglia per custodia subacquea</td></tr><tr><td>R</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Analisi Ecologica; Software per l'esecuzione di script di complessità strutturale</td></tr><tr><td>Taglab</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Analisi Ecologica; Software per l'analisi della segmentazione</td></tr><tr><td>Trigger Extension v2 per l'otturatore o il pulsante posteriore Focus</td><td>Ikelite</td><td>4077.95</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Estensione del grilletto per il comando del pulsante dell'otturatore dell'alloggiamento subacqueo</td></tr><tr><td>Pompa a vuoto con manometro</td><td>Ikelite</td><td>47011</td><td>1.1 Preparazione ingranaggi; Per testare l'integrità delle guarnizioni o-ring per le custodie delle telecamere subacquee</td></tr><tr><td>Viscore</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 Costruzione del modello; Analisi ecologica 3.0; Software per l'analisi ecologica</td></tr></tbody></table>

misurazione della struttura, della composizione e del cambiamento degli ambienti subacquei con l'imaging di grandi aree

Measuring the Structure, Composition, and Change of Underwater Environments with Large-area Imaging

Il successo della raccolta di immagini su grandi aree sul campo dovrebbe portare alla creazione di una densa ricostruzione della nuvola di punti con una copertura completa dall'alto verso il basso dell'area di rilevamento, mentre una ridondanza inadeguata nella copertura può causare lacune o un completo degrado della nuvola di punti (Figura 4). Per una serie di 43 indagini di immagini su larga area condotte in tutto l'arcipelago hawaiano nel 2016, una media del 99,6% delle immagini è stata allineata per set di dati, con il 66% dei set di immagini che hanno il 100% delle immagini allineate con successo. Le immagini raccolte dalla fotocamera con obiettivo grandangolare avevano un GSD medio di 0,52 mm px-1 , mentre le immagini dalla fotocamera con obiettivo zoom avevano un GSD medio di 0,18 mm px-1. Queste indagini hanno generato nuvole di punti dense con una dimensione media di 557,7 milioni di punti (15 GB).
I flussi di lavoro ecologici qui descritti sono stati progettati per generare dati paragonabili alle metodologie esistenti per il monitoraggio della barriera corallina78. I dati ecologici estratti dalle indagini LAI nelle Hawaii mostrano, a parte alcuni valori anomali, misure di rugosità lineare risultanti dal flusso di lavoro della complessità strutturale che si allineano bene con i valori relativi rispetto alle misure in situ della complessità nei siti81 (Figura 5A, B). Ulteriori analisi della composizione della comunità da LAI per misurare la copertura percentuale dei principali gruppi funzionali bentonici mostrano un allineamento simile rispetto alle tradizionali indagini fotoquadrate82 (Figura 5C, D). Il campionamento quadrato è stato utilizzato per misurare la densità degli invertebrati sessili, i più comuni dei quali sono i ricci di mare, che sono stati riassunti come misure categoriali di abbondanza relativa. I metodi LAI registrano regolarmente livelli di abbondanza più elevati rispetto ai metodi in situ 81 (Figura 5E, F), il che può essere dovuto alla capacità di cercare e rilevare in modo completo tutti gli individui all'interno di una data area rispetto a un rapido censimento visivo. La segmentazione delle colonie di coralli utilizzando l'ortoproiezione 2D ha anche rivelato distribuzioni dimensionali simili dei taxa di corallo comuni ai metodi in situ 83 (Figura 5G, H).
Uno dei principali vantaggi delle indagini LAI è la capacità di archiviare e tracciare i cambiamenti nelle aree della barriera corallina nel tempo attraverso la coregistrazione della nuvola di punti densa. Le barriere coralline sono substrati viventi, il che per le indagini LAI significa che può essere difficile identificare superfici permanenti, naturali o installate, che possono essere utilizzate per coregistrare in modo affidabile dense nuvole di punti da diversi punti temporali. L'esempio dell'atollo Millennium (Figura 6) mostra un esempio con crescita elevata e perdita strutturale in cui il flusso di lavoro di coregistrazione assistita è stato utilizzato per la coregistrazione di nuvole di punti dense nonostante la stabilità minima o nulla della superficie della barriera corallina nel tempo.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig01.jpg"> 
Figura 1: Schema dei fotogrammi della fotocamera assemblati. Viste di esempio delle configurazioni di frame (A,B) a doppia telecamera e (C,D) a telecamera singola. Gli alloggiamenti per telecamere Ikelite sono fissati al telaio sul pannello di montaggio della telecamera utilizzando una piastra di scorrimento fissata alle maniglie dell'alloggiamento. Gli strumenti opzionali per facilitare la navigazione, come una livella, una bussola e un computer subacqueo, possono essere collegati al telaio come mostrato in B. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig01large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig02.jpg"> 
Figura 2: Schema di allestimento di un grafico di immagini di grandi dimensioni da 100 m2 . Schema di un grafico di immagini di grandi dimensioni completamente allestito di 100 m2 di area. I marcatori di tracciato temporanei includono sei indicatori di tessere di confine, quattro barre di scala e quattro float di riferimento. I marcatori di trama permanenti includono due picchetti in acciaio inossidabile con il paletto sinistro, quando si guarda a terra, incluso un controdado. Il riferimento GPS per il grafico deve essere preso sopra la tessera o il paletto al centro a sinistra. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig02large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig03.jpg"> 
Figura 3: Modello di raccolta dei subacquei. Esempio di (A) percorso di nuoto del subacqueo per garantire una copertura e una sovrapposizione sufficienti dell'area del terreno con un buffer incluso e (B) disposizione del subacqueo con il sistema di telecamere con i galleggianti di riferimento che forniscono una guida per l'altezza del nuoto. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig03large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig04.jpg"> 
Figura 4: Riduzione della sovrapposizione delle immagini. Il degrado della nuvola di punti densa man mano che il numero di immagini sovrapposte viene ridotto attraverso il campionamento casuale. Ogni pannello mostra la nuvola di punti densa generata da (A) tutte le immagini, (B) 1/2, (C) 1/3, (D) 1/5 e (E) 1/10 delle immagini originali. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig04large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2.jpg"> 
Figura 5: Estrazione di dati ecologici. I dati candidati estratti dall'imaging di grandi aree per ciascuno dei flussi di lavoro ecologici sono mostrati rispetto ai metodi di raccolta dei dati in situ stabiliti. Ciò include (A,B) complessità strutturale, (C,D) composizione della comunità (le barre di errore indicano l'errore standard), (E,F) densità degli invertebrati e (G,H) dati demografici della struttura dimensionale. Abbreviazione: LAI = imaging di grandi dimensioni. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig06.jpg"> 
Figura 6: Coregistrazione di nuvole di punti dense. Un esempio di confronto visivo di due nuvole di punti dense temporalmente coregistrate. Le aree di perdita strutturale, probabilmente dovute a danni da moto ondoso, sono codificate visivamente in rosso, come indicato dalla freccia magenta. Le aree di aggiunta strutturale, tipicamente attribuite alla crescita di colonie di coralli, sono codificate visivamente in blu, come indicato dalla freccia gialla. Il flusso di lavoro di coregistrazione qui descritto può ancora essere utilizzato per aree di barriera corallina dinamiche come si vede qui, dove i punti di controllo a terra (GCP) installati in modo permanente sarebbero inaffidabili a causa della crescita eccessiva o dello spostamento. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig06large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Funzione fotocamera</td>
			<td>Impostazione consigliata</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fuoco</td>
			<td>Automatico</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Modalità di scatto</td>
			<td>P (Programmed Auto) per obiettivo grandangolare</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A (Auto a priorità di diaframmi), impostato su un'apertura di F8 per l'obiettivo macro</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Modalità di rilascio</td>
			<td>S (Auto a priorità di tempi)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Impostazioni di messa a fuoco automatica</td>
			<td>Autofocus centrale (AF-C), punto centrale singolo (S)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Controllo automatico della sensibilità ISO</td>
			<td>SU</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Massima sensibilità ISO</td>
			<td>3200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Velocità minima dell'otturatore</td>
			<td>1/320</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qualità dell'immagine</td>
			<td>RAW + JPEG</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Timer a intervalli</td>
			<td>1 s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bilanciamento del bianco</td>
			<td>Costume</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabella 1: Impostazioni consigliate per la fotocamera. Di seguito è riportato un elenco delle impostazioni chiave della fotocamera utilizzate per ottimizzare la qualità dell'immagine. Queste impostazioni danno la priorità all'acquisizione di immagini a fuoco catturate da un operatore in movimento in condizioni di illuminazione subacquea.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Allinea le foto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Accuratezza</td>
			<td>Alto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Preselezione generica</td>
			<td>No</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Limite di punti chiave</td>
			<td>5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Limite del punto di pareggio</td>
			<td>0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corrispondenza guidata delle immagini</td>
			<td>No</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adattamento del modello di telecamera adattiva</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Costruisci una nuvola densa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qualità</td>
			<td>Alto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filtraggio di profondità</td>
			<td>Lieve</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcola i colori dei punti</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcola la confidenza del punto</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Esporta punti</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tipo di file</td>
			<td>FOGLIO DI Stanford</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sistema di coordinate</td>
			<td>Coordinate locali (m)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dati di origine</td>
			<td>Nuvola densa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salva i colori dei punti</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salva punto normale</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Risparmio di punti</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salvare le classi di punti</td>
			<td>No</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Converti i colori in RGB a 8 bit</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Codifica binaria</td>
			<td>Sì</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabella 2: Impostazioni di costruzione della nuvola di punti densa 3D. Un elenco delle impostazioni utilizzate in Agisoft Metashape per creare ed esportare una ricostruzione di nuvole di punti dense di alta qualità.
File supplementare 1: Roadmap. Esempio di immagine ortomosaico contrassegnata con le caratteristiche e le profondità del lotto per aiutare a trovare l'area del lotto per il nuovo rilievo. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%201%20Roadmap.pdf" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 2: Extract_meta.py. Script eseguito in Agisoft Metashape per esportare le informazioni sulla posa della telecamera e sulla directory dei file da utilizzare in Viscore per interrogare le immagini originali. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%202%20extract_meta.py" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 3: Guida a Viscore. Guida software per Viscore, che include flussi di lavoro per la visualizzazione del modello, la coregistrazione e le analisi ecologiche. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental_3_Guide_to_Viscore_Final.pdf" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 4: Rugosity_Functions.rmd. Script utilizzato in R contenente funzioni per elaborare i dati di rugosità estratti da Viscore. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%204%20Rugosity_Functions.Rmd" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 5: Rugosity_Analysis.rmd. Script utilizzato in R per calcolare le metriche di rugosità. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%205%20Rugosity_Analysis.Rmd" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 6: Quadrat_sampling.rpl.json. Script utilizzato in Viscore per il flusso di lavoro di analisi della densità quadrata. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%206%20Quadrat_sampling.repl.json" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 7: Density_taxo_lookup.json. File di ricerca dei pulsanti per l'esecuzione dello script di campionamento quadrat per aggregare i dati di campionamento quadrat per gruppo tassonomico. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%207%20Density_taxo_lookup.json" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 8: Density_Analysis.R Script utilizzato in R per aggregare i dati di campionamento quadratico che calcola la densità in base al gruppo tassonomico a livello di indagine. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%208%20Density_Analysis.R" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 9: README.txt Esempio di file di testo da includere con le immagini originali per l'archiviazione dei dati che descrive la metodologia di acquisizione delle immagini. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%209%20README.txt" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>
File supplementare 10: METADATA_KAH_2016-07_03.txt Esempio di file di testo da includere con le immagini originali per l'archiviazione dei dati che contiene campi di metadati per il rilevamento LAI. Ciò include i campi per la scala all'interno del sondaggio e i dati di profondità per il riferimento, nonché i metadati generali del sito per il contesto geografico. Abbreviazione: LAI = imaging di grandi dimensioni. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%2010%20METADATA_KAH_2016-07_03.txt" target="_blank">Clicca qui per scaricare questo file.</a>

Misurazione della struttura, della composizione e del cambiamento degli ambienti subacquei con l'imaging di grandi aree

Digital imaging and processing technology have evolved to facilitate the expansion of large-area imaging surveys, which increase our capacity to study the ...

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Questo protocollo fornisce le istruzioni su come utilizzare un apparecchio autonomo subacqueo velocimetria (SCUVA), che è progettato per la quantificazione in situ di animali generati flussi. Inoltre, questo protocollo affronta le sfide poste dalle condizioni del campo, e comprende il movimento dell'operatore, la posizione di previsione degli animali, e l'orientamento di SCUVA.

Misura quantitativamente In situ Flussi utilizzando un autorespiratore subacqueo Velocimetry (SCUVA)

Una suite integrata di tecniche di imaging è stata applicata per determinare polipo morfologia e struttura del tessuto in coralli dei Caraibi Montastraea annularis e M. faveolata. Fluorescenza, blocco faccia seriale, e due fotoni laser microscopio confocale a scansione hanno identificato struttura lobate, pareti polipo, e chromatophore stimato e densità di zooxantelle e distribuzioni.

Multimodali ottici Metodi Microscopia Reveal Polyp Tissue morfologia e struttura in Caribbean Reef costruzione Coralli

Descriviamo un nuovo metodo per contare i pesci e la stima relativa abbondanza (MaxN) e densità di pesce utilizzando sistemi stereo-videocamera di rotazione. Inoltre dimostriamo come utilizzare distanza dalla fotocamera (Z distanza) per stimare la rilevabilità specie-specifici.

Sviluppo di nuovi metodi per quantificare la densità di pesce utilizzando strumenti di Stereo-video subacquei

Rilievo di immagine in base è un metodo sempre più pratico, non-invasivo per assaggiare l'ambiente marino. Vi presentiamo il protocollo di un sondaggio di fotocamera di discesa che consente di stimare l'abbondanza e la distribuzione della cappasanta atlantica (Placopecten magellanicus). Discutiamo di come questo protocollo può essere generalizzato per applicazione ad altri macroinvertebrati bentonici.

Metodi per sondaggi basati su immagine di macroinvertebrati bentonici e loro Habitat esemplificato dall'indagine fotocamera goccia per la cappasanta atlantica

Forniamo un protocollo dettagliato per condurre rilievi fotogrammetrici subacquei struttura-da-movimento per generare modelli 3D e ortomosaici.

Un primer sul campo per il monitoraggio degli ecosistemi bentonici utilizzando la fotogrammetria struttura-da-movimento

Qui viene presentato un protocollo per la raccolta e l'elaborazione dei dati di fotogrammetria subacquea, tra cui una pipeline di elaborazione delle immagini significativamente semplificata e completamente automatizzata che consente di ottenere output georeferenziati e allineati alle serie temporali pronti per l'estrazione, l'analisi e l'applicazione dei dati ecologici.

Reefshape: un sistema per la raccolta efficiente e l'elaborazione automatizzata di dati di fotogrammetria subacquea di serie temporali per il monitoraggio dell'habitat bentonico

Procedimento per la determinazione del contenuto di acidi grassi e la composizione in microalghe basato su rottura meccanica delle cellule, estrazione dei lipidi solvente, transesterificazione, e quantificazione e identificazione di acidi grassi mediante gascromatografia è descritto. Uno standard interno tripentadecanoin viene utilizzato per compensare le eventuali perdite durante l'estrazione e transesterificazione incompleta.

Analisi di acido grasso contenuto e la composizione in microalghe

Più della metà delle proteine ​​sono piccole proteine ​​(massa molecolare &lt;200 kDa) che stanno sfidando per entrambi microscopio elettronico di immagini e ricostruzioni tridimensionali. Ottimizzato colorazione negativa è un protocollo robusto e high-throughput per ottenere un elevato contrasto e immagini di piccole proteine ​​o complessi asimmetrici in diverse condizioni fisiologiche relativamente alta risoluzione (~ 1 nm).

Ottimizzato colorazione negativa: un protocollo ad alta velocità per l&#39;esame di piccole e asimmetrica Protein Structure da microscopia elettronica

In pianta, la misurazione dei flussi di nutrienti e sostanze tossiche è essenziale per lo studio della nutrizione e della tossicità delle piante. Qui, trattiamo i protocolli radiotraccianti per la determinazione dell'afflusso e dell'efflusso nelle radici delle piante intatte, utilizzando come esempi i flussi di potassio (K+) e ammoniaca/ammonio (NH3/NH4+). Vengono discussi i vantaggi e i limiti di tali tecniche.

Flussi di minerali nutrienti e sostanze tossiche in misura Piante con traccianti radioattivi

Aquafaba è un succo viscoso da ceci in scatola che, quando viene agitata vigorosamente, produce una spuma bianca relativamente stabile o schiuma. L'obiettivo primario della ricerca è quello di identificare i componenti del aquafaba che contribuiscono viscosifying/ispessimento proprietà mediante risonanza magnetica nucleare (NMR), ultrafiltrazione, elettroforesi e peptide mass fingerprinting.

Composizione e proprietà dei Aquafaba: acqua recuperata da ceci commercialmente in scatola

Scopri un protocollo di imaging su larga scala per analizzare la complessità strutturale, la composizione e i cambiamenti demografici degli ecosistemi marini bentonici. Questo metodo migliora la capacità di tracciare le variazioni ecologiche nel tempo.

Misurazione della struttura, della composizione e del cambiamento degli ambienti subacquei con l'imaging di grandi aree

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