Vi beskriver her en analyse ved kobling DNA adenin metyltransferase identifikasjon (DamID) til høy throughput sekvensering (DamID-seq). Denne fremgangsmåte gir en høyere oppløsning og et større dynamisk område, og gjør det mulig å analysere DamID-seq data i forbindelse med andre høy gjennomstrømning sekvenseringsdata, for eksempel chip-seq, RNA-seq, etc.