Name: Usando R, Seurat e CellChat para analisar um conjunto de dados transcriptômicos de célula única da cicatrização de feridas na pele de camundongos (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T13:30:00.000+00:00
Duration: 8 min 58 s
Description: Aprenda a analisar dados transcriptômicos de célula única da cicatrização de feridas em pele de camundongo usando R, Seurat e CellChat. Este protocolo abrangente guia pesquisadores desde o download até a identificação de tipos celulares e dinâmicas temporais.

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<ol><li>Eming, S. A., Martin, P., Tomic-Canic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%3A+mechanisms%2C+signaling%2C+and+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration: mechanisms, signaling, and translation.</a> Sci Transl Med. 6 (265), 265sr6(2014).</li>
<li>Wietecha, M. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase-specific+signatures+of+wound+fibroblasts+and+matrix+patterns+define+cancer-associated+fibroblast+subtypes%5BTitle%5D)+AND+%22Matrix+Biol%22%5BJournal%5D)">Phase-specific signatures of wound fibroblasts and matrix patterns define cancer-associated fibroblast subtypes.</a> Matrix Biol. 119, 19-56 (2023).</li>
<li>Rodrigues, M., Kosaric, N., Bonham, C. A., Gurtner, G. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing%3A+a+cellular+perspective%5BTitle%5D)+AND+%22Physiol+Rev%22%5BJournal%5D)">Wound healing: a cellular perspective.</a> Physiol Rev. 99 (1), 665-706 (2019).</li>
<li>Chen, L., Mirza, R., Kwon, Y., DiPietro, L. A., Koh, T. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+murine+excisional+wound+model%3A+contraction+revisited%5BTitle%5D)+AND+%22Wound+Repair+Regen%22%5BJournal%5D)">The murine excisional wound model: contraction revisited.</a> Wound Repair Regen. 23 (6), 874-877 (2015).</li>
<li>Rhea, L., Dunnwald, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Murine+excisional+wound+healing+model+and+histological+morphometric+wound+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Murine excisional wound healing model and histological morphometric wound analysis.</a> J Vis Exp. (162), e61616(2020).</li>
<li>Fischer, K. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+the+splinted%2C+human-like+excisional+wound+model+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Bio-Protocol%22%5BJournal%5D)">Protocol for the splinted, human-like excisional wound model in mice.</a> Bio-Protocol. 13 (3), e4606(2023).</li>
<li>Iglesias-Bartolome, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+signature+primes+human+oral+mucosa+for+rapid+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Transcriptional signature primes human oral mucosa for rapid wound healing.</a> Sci Transl Med. 10 (451), aap8798(2018).</li>
<li>Chen, L., Arbieva, Z. H., Guo, S., Marucha, P. T., Mustoe, T. A., DiPietro, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Positional+differences+in+the+wound+transcriptome+of+skin+and+oral+mucosa%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Positional differences in the wound transcriptome of skin and oral mucosa.</a> BMC Genomics. 11, 471(2010).</li>
<li>Leonardo, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+changes+in+human+palate+and+skin+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Wound+Repair%22%5BJournal%5D)">Transcriptional changes in human palate and skin healing.</a> Wound Repair. 31 (2), 156-170 (2023).</li>
<li>Rognoni, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fibroblast+state+switching+orchestrates+dermal+maturation+and+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Syst+Biol%22%5BJournal%5D)">Fibroblast state switching orchestrates dermal maturation and wound healing.</a> Mol Syst Biol. 14 (8), e8174(2018).</li>
<li>Bergmeier, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+a+myofibroblast-specific+expression+signature+in+skin+wounds%5BTitle%5D)+AND+%22Matrix+Biol%22%5BJournal%5D)">Identification of a myofibroblast-specific expression signature in skin wounds.</a> Matrix Biol. 65, 59-74 (2018).</li>
<li>Plikus, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regeneration+of+fat+cells+from+myofibroblasts+during+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Regeneration of fat cells from myofibroblasts during wound healing.</a> Science. 355 (6326), 748-752 (2017).</li>
<li>Shook, B. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Myofibroblast+proliferation+and+heterogeneity+are+supported+by+macrophages+during+skin+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Myofibroblast proliferation and heterogeneity are supported by macrophages during skin repair.</a> Science. 362 (6417), aar2971(2018).</li>
<li>Rinkevich, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Skin+fibrosis.+Identification+and+isolation+of+a+dermal+lineage+with+intrinsic+fibrogenic+potential%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Skin fibrosis. Identification and isolation of a dermal lineage with intrinsic fibrogenic potential.</a> Science. 348 (6232), aaa2151(2015).</li>
<li>Guerrero-Juarez, C. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+analysis+reveals+fibroblast+heterogeneity+and+myeloid-derived+adipocyte+progenitors+in+murine+skin+wounds%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Single-cell analysis reveals fibroblast heterogeneity and myeloid-derived adipocyte progenitors in murine skin wounds.</a> Nat Commun. 10 (1), 650(2019).</li>
<li>Gay, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phagocytosis+of+Wnt+inhibitor+SFRP4+by+late+wound+macrophages+drives+chronic+Wnt+activity+for+fibrotic+skin+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">Phagocytosis of Wnt inhibitor SFRP4 by late wound macrophages drives chronic Wnt activity for fibrotic skin healing.</a> Sci Adv. 6 (12), eaay3704(2020).</li>
<li>Haensel, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Defining+epidermal+basal+cell+states+during+skin+homeostasis+and+wound+healing+using+single-cell+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Defining epidermal basal cell states during skin homeostasis and wound healing using single-cell transcriptomics.</a> Cell Rep. 30 (11), 3932-3947.e6 (2020).</li>
<li>Phan, Q. M., Sinha, S., Biernaskie, J., Driskell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+transcriptomic+analysis+of+small+and+large+wounds+reveals+the+distinct+spatial+organization+of+regenerative+fibroblasts%5BTitle%5D)+AND+%22Exp+Dermatol%22%5BJournal%5D)">Single-cell transcriptomic analysis of small and large wounds reveals the distinct spatial organization of regenerative fibroblasts.</a> Exp Dermatol. 30 (1), 92-101 (2021).</li>
<li>Foster, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+spatial+multiomics+reveals+fibroblast+fate+during+tissue+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Integrated spatial multiomics reveals fibroblast fate during tissue repair.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 118 (41), e2110025118(2021).</li>
<li>Hu, K. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptional+space-time+mapping+identifies+concerted+immune+and+stromal+cell+patterns+and+gene+programs+in+wound+healing+and+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Transcriptional space-time mapping identifies concerted immune and stromal cell patterns and gene programs in wound healing and cancer.</a> Cell Stem Cell. 30 (6), 885-903.e10 (2023).</li>
<li>Hao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dictionary+learning+for+integrative%2C+multimodal+and+scalable+single-cell+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis.</a> Nat Biotechnol. 42 (2), 293-304 (2024).</li>
<li>Jin, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inference+and+analysis+of+cell-cell+communication+using+CellChat%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat.</a> Nat Commun. 12 (1), 1088(2021).</li>
<li>Germain, P. -L., Lun, A., Garcia Meixide, C., Macnair, W., Robinson, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Doublet+identification+in+single-cell+sequencing+data+using+scDblFinder%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Research%22%5BJournal%5D)">Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder.</a> F1000Research. 10, 979(2021).</li>
<li>Jin, S., Plikus, M. V., Nie, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellChat+for+systematic+analysis+of+cell-cell+communication+from+single-cell+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics.</a> Nat Protoc. 20 (1), 180-219 (2024).</li>
<li>Luecken, M. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+atlas-level+data+integration+in+single-cell+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Benchmarking atlas-level data integration in single-cell genomics.</a> Nat Methods. 19 (1), 41-50 (2022).</li>
<li>Hao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Integrated+analysis+of+multimodal+single-cell+data%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Integrated analysis of multimodal single-cell data.</a> Cell. 184 (13), 3573-3587.e29 (2021).</li>
<li>Lun, A. T. L., McCarthy, D. J., Marioni, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+step-by-step+workflow+for+low-level+analysis+of+single-cell+RNA-seq+data+with+Bioconductor%5BTitle%5D)+AND+%22F1000Research%22%5BJournal%5D)">A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor.</a> F1000Research. 5, 2122(2016).</li>
<li>McCarthy, D. J., Campbell, K. R., Lun, A. T. L., Wills, Q. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scater%3A+pre-processing%2C+quality+control%2C+normalization+and+visualization+of+single-cell+RNA-seq+data+in+R%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">Scater: pre-processing, quality control, normalization and visualization of single-cell RNA-seq data in R.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 33 (8), 1179-1186 (2017).</li>
<li>Wolf, F. A., Angerer, P., Theis, F. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((SCANPY%3A+large-scale+single-cell+gene+expression+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis.</a> Genome Biol. 19 (1), 15(2018).</li>
<li>Aran, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reference-based+analysis+of+lung+single-cell+sequencing+reveals+a+transitional+profibrotic+macrophage%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Immunol%22%5BJournal%5D)">Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage.</a> Nat Immunol. 20 (2), 163-172 (2019).</li>
<li>Andreatta, M., Berenstein, A. J., Carmona, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((scGate%3A+marker-based+purification+of+cell+types+from+heterogeneous+single-cell+RNA-seq+datasets%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">scGate: marker-based purification of cell types from heterogeneous single-cell RNA-seq datasets.</a> Bioinformatics. 38 (9), 2642-2644 (2022).</li>
<li>Efremova, M., Vento-Tormo, M., Teichmann, S. A., Vento-Tormo, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CellPhoneDB%3A+inferring+cell-cell+communication+from+combined+expression+of+multi-subunit+ligand-receptor+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">CellPhoneDB: inferring cell-cell communication from combined expression of multi-subunit ligand-receptor complexes.</a> Nat Protoc. 15 (4), 1484-1506 (2020).</li>
<li>Hu, Y., Peng, T., Gao, L., Tan, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CytoTalk%3A+de+novo+construction+of+signal+transduction+networks+using+single-cell+transcriptomic+data%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Adv%22%5BJournal%5D)">CytoTalk: de novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data.</a> Sci Adv. 7 (16), eabf1356(2021).</li>
<li>Dimitrov, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+methods+and+resources+for+cell-cell+communication+inference+from+single-cell+RNA-Seq+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data.</a> Nat Commun. 13 (1), 3224(2022).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Laptop ou computador de mesa</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Executando Windows ou MacOS&nbsp;</td></tr><tr><td>R</td><td>N/A</td><td>Versão 4.4.1</td><td>Grátis para baixar em https://cran.rstudio.com/</td></tr><tr><td>Estúdio</td><td>Posit Software, PBC</td><td>Versão 2024.09.0</td><td>Grátis para baixar do https://posit.co/download/rstudio-desktop/</td></tr><tr><td>Escritório Excel</td><td>Microsoft</td><td>Qualquer versão</td><td>Para análise de dados de tabela</td></tr><tr><td>Navegador de Internet</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>Para navegar em sites</td></tr><tr><td>< pacotes strong>R</td><td>Repositório</td><td>Versão</td><td></td></tr><tr><td>Ferramentas de desenvolvimento</td><td>CRAN</td><td>2.4.5</td><td></td></tr><tr><td>readxl</td><td>CRAN</td><td>1.4.3</td><td></td></tr><tr><td>openxlsx</td><td>CRAN</td><td>4.2.7.1</td><td></td></tr><tr><td>arrumado</td><td>CRAN</td><td>2.0.0</td><td></td></tr><tr><td>scPersonalizar</td><td>CRAN</td><td>2.1.2</td><td></td></tr><tr><td>BiocManager</td><td>Biocondutor</td><td>1.30.25</td><td></td></tr><tr><td>NMF</td><td>Biocondutor</td><td>0.28</td><td></td></tr><tr><td>Mapa de calor complexo</td><td>Biocondutor</td><td>2.20.0</td><td></td></tr><tr><td>BiocVizinhos</td><td>Biocondutor</td><td>1.22.0</td><td></td></tr><tr><td>Experimento de célula única</td><td>Biocondutor</td><td>1.26.0</td><td></td></tr><tr><td>circlise</td><td>Biocondutor</td><td>0.4.16</td><td></td></tr><tr><td>Edger</td><td>Biocondutor</td><td>4.2.1</td><td></td></tr><tr><td>scDblFinder</td><td>Biocondutor</td><td>1.18.0</td><td></td></tr><tr><td>Seurat</td><td>CRAN</td><td>5.1.0</td><td></td></tr><tr><td>Bate-papo celular</td><td>Github</td><td>2.1.2</td><td></td></tr></tbody></table>

usando r, seurat e cellchat para analisar um conjunto de dados transcriptômicos de célula única da cicatrização de feridas na pele de camundongos

Using R, Seurat, and CellChat to Analyze a Single-Cell Transcriptomics Dataset of Mouse Skin Wound Healing

Usando R, Seurat e CellChat para analisar um conjunto de dados transcriptômicos de célula única da cicatrização de feridas na pele de camundongos

The process of wound healing is regulated by complex interactions between different cell types across space and time. Through the profiling of individual ...

using-r-seurat-cellchat-to-analyze-single-cell-transcriptomics

Research

JoVE Journal

Genetics

Genética

Carcinogênese é um processo que envolve as interações entre células cancerosas e microambiente do câncer. Para dissecar os eventos moleculares, é necessário para isolar populações de células diferentes em diferentes estágios durante o desenvolvimento do cancro. Usando um modelo de rato para o carcinoma basocelular, nós descrevemos um protocolo para análises celulares durante a carcinogênese.

Análises população de células da pele Durante Carcinogênese

Este protocolo descreve os processos gerais e controle de qualidade verifica necessário para a preparação de células simples mamíferos adultas saudáveis para preparações de RNA-Seq de célula única baseada em gotículas, alta taxa de transferência. Parâmetros de sequenciamento, alinhamento de leitura e análise de bioinformatic a jusante de célula única também são fornecidos.

Transcriptomics de célula única baseada em código de barras da gota de tecidos de mamíferos adultos

Aqui, nós apresentamos um protocolo para um ensaio in vitro do risco usando fibroblastos preliminares e para um ensaio in vivo da cicatrização da ferida da pele nos ratos. Ambos os ensaios são métodos diretos para avaliar in vitro e in vivo a cicatrização de feridas.

Ensaio de migração de riscos e câmara de dobras cutâneas dorsal para análise in vitro e in vivo da cicatrização de feridas

Aqui descrevemos um protocolo de digestão celular em duas etapas para o preparo de uma suspensão unicelular de artérias carótidas de camundongos.

Preparação de uma Suspensão Unicelular de Artérias Carótidas de Camundongos para Sequenciamento Unicelular

Este estudo apresenta duas técnicas experimentais cruciais: a construção de um modelo de ferida murina para avaliar o fechamento da ferida e a preparação de suspensões unicelulares de pele murina para preservar a viabilidade celular.

Modelos de Ferida em Camundongos e Preparação de Suspensões de Células Únicas

A combinação de multiplexidade iterativa de branqueamento (IBEX) e um ensaio comercial de marcação de nucleotídeos (Click-iT EdU) permite a detecção e categorização de tipos de células em divisão em processos altamente dinâmicos em seções fixas de tecido murino congelado. Além disso, um novo pipeline de processamento de imagens de código aberto fornece aquisição e análise de imagens de alto rendimento.

Fluxo de trabalho de imagem e análise de alto rendimento para avaliar fenótipos de células da pele e estados de proliferação em amostras de tecido

Este protocolo combina citometria de fluxo e sequenciamento de RNA de célula única para isolar e caracterizar os estados das células microgliais no cerebelo de cérebros de camundongos pós-natais precoces. Ele usa dissociação enzimática, centrifugação de Percoll e imunocoloração para revelar a heterogeneidade da microglia e melhorar a compreensão de seus papéis no desenvolvimento e doença cerebelar.

Citometria de fluxo e análise de célula única para caracterizar a ativação da micróglia no desenvolvimento cerebral de camundongos pós-natais precoces

Este estudo apresenta um protocolo multioma espacial Trekker–CUT&amp;Tag que combina codificação de barras espacial direta de uma seção de tecido com análise multioma de célula única. Essa abordagem permite o perfilamento espacialmente resolvido de uma única célula da expressão gênica e a modificação da histona H3K27ac simultaneamente, oferecendo insights mecanicistas sobre a regulação gênica no contexto da microanatomia tecidual.

Perfilamento Multiômico Integrado de Célula Única Espacialmente Resolvido do Transcriptoma e Alvos Epigenômicos em Seções de Tecido Congelado

Aqui, apresentamos um protocolo para usar o RNA de interferência pequena específico da proteína de choque térmico 27 (HSP27) para avaliar a função da HSP27 durante a cicatrização de feridas epiteliais da córnea. A interferência de RNA é o melhor método para efetivamente derrubar a expressão gênica para investigar a função da proteína em vários tipos de células.

Investigação baseado no RNA de interferência da função da proteína de choque térmico 27 ​​durante a cicatrização de feridas da córnea epitelial

Este artigo descreve a aplicação de metabolômica irrelevantes, transcriptomics e análise estatística multivariada para transcrições baga da uva e metabolitos, a fim de ter uma visão sobre o conceito terroir, ou seja, o impacto do meio ambiente sobre características de qualidade de baga.

O Conceito Terroir Interpretado através da baga da uva Metabolomics e transcriptómica

Aprenda a analisar dados transcriptômicos de célula única da cicatrização de feridas em pele de camundongo usando R, Seurat e CellChat. Este protocolo abrangente guia pesquisadores desde o download até a identificação de tipos celulares e dinâmicas temporais.

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Usando R, Seurat e CellChat para analisar um conjunto de dados transcriptômicos de célula única da cicatrização de feridas na pele de camundongos

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