Name: Fluxo de trabalho de imagem e análise de alto rendimento para avaliar fenótipos de células da pele e estados de proliferação em amostras de tecido (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T14:20:00.000+00:00
Duration: 11 min 24 s
Description: Aprenda a combinar IBEX com marcação Click-iT EdU para detectar tipos celulares em divisão em processos dinâmicos de reparo dérmico murino. Este pipeline de imagem de alto rendimento é open-source e acessível.

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<ol><li>Eming, S. A., Martin, P., Tomic-Canic, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%3A+Mechanisms%2C+signaling%2C+and+translation%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Transl+Med%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration: Mechanisms, signaling, and translation.</a> Sci Transl Med. 6 (265), 265sr6(2014).</li>
<li>Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+-+aiming+for+perfect+skin+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Wound healing - aiming for perfect skin regeneration.</a> Science. 276 (5309), 75-81 (1997).</li>
<li>Gurtner, G. C., Werner, S., Barrandon, Y., Longaker, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Wound repair and regeneration.</a> Nature. 453 (7193), 314-321 (2008).</li>
<li>Harsum, S., Clarke, J. D. W., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+reciprocal+relationship+between+cutaneous+nerves+and+repairing+skin+wounds+in+the+developing+chick+embryo%5BTitle%5D)+AND+%22Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">A reciprocal relationship between cutaneous nerves and repairing skin wounds in the developing chick embryo.</a> Dev Biol. 238 (1), 27-39 (2001).</li>
<li>Barker, A. R., Rosson, G. D., Dellon, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Wound+healing+in+denervated+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+Plast+Surg%22%5BJournal%5D)">Wound healing in denervated tissue.</a> Ann Plast Surg. 57 (3), 339-342 (2006).</li>
<li>Rinkevich, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clonal+analysis+reveals+nerve-dependent+and+independent+roles+on+mammalian+hind+limb+tissue+maintenance+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">Clonal analysis reveals nerve-dependent and independent roles on mammalian hind limb tissue maintenance and regeneration.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 111 (27), 9846-9851 (2014).</li>
<li>Donnerer, J., Schuligoi, R., Stein, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Increased+content+and+transport+of+substance+P+and+calcitonin+gene-related+peptide+in+sensory+nerves+innervating+inflamed+tissue%3A+Evidence+for+a+regulatory+function+of+nerve+growth+factor+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroscience%22%5BJournal%5D)">Increased content and transport of substance P and calcitonin gene-related peptide in sensory nerves innervating inflamed tissue: Evidence for a regulatory function of nerve growth factor in vivo.</a> Neuroscience. 49 (3), 693-698 (1992).</li>
<li>Ashrafi, M., Baguneid, M., Bayat, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+neuromediators+and+innervation+in+cutaneous+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Derm+Venereol%22%5BJournal%5D)">The role of neuromediators and innervation in cutaneous wound healing.</a> Acta Derm Venereol. 96 (5), 587-597 (2016).</li>
<li>Johnston, A. P. W., Naska, S., Jones, K., Jinno, H., Kaplan, D. R., Miller, F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sox2-mediated+regulation+of+adult+neural+crest+precursors+and+skin+repair%5BTitle%5D)+AND+%22Stem+Cell+Rep%22%5BJournal%5D)">Sox2-mediated regulation of adult neural crest precursors and skin repair.</a> Stem Cell Rep. 1 (1), 38-45 (2013).</li>
<li>Napoli, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+central+role+for+the+ERK-signaling+pathway+in+controlling+Schwann+cell+plasticity+and+peripheral+nerve+regeneration+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Neuron%22%5BJournal%5D)">A central role for the ERK-signaling pathway in controlling Schwann cell plasticity and peripheral nerve regeneration in vivo.</a> Neuron. 73 (4), 729-742 (2012).</li>
<li>Johnston, A. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dedifferentiated+Schwann+cell+precursors+secreting+paracrine+factors+are+required+for+regeneration+of+the+mammalian+digit+tip%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Stem+Cell%22%5BJournal%5D)">Dedifferentiated Schwann cell precursors secreting paracrine factors are required for regeneration of the mammalian digit tip.</a> Cell Stem Cell. 19 (4), 433-448 (2016).</li>
<li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+An+iterative+immunolabeling+and+chemical+bleaching+method+for+high-content+imaging+of+diverse+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">IBEX: An iterative immunolabeling and chemical bleaching method for high-content imaging of diverse tissues.</a> Nat Protoc. 17 (2), 378-401 (2022).</li>
<li>Uxa, S., Castillo-Binder, P., Kohler, R., Stangner, K., Müller, G. A., Engeland, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Death+Differ%22%5BJournal%5D)">Ki-67 gene expression.</a> Cell Death Differ. 28 (12), 3357-3370 (2021).</li>
<li>Sun, X., Kaufman, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ki-67%3A+More+than+a+proliferation+marker%5BTitle%5D)+AND+%22Chromosoma%22%5BJournal%5D)">Ki-67: More than a proliferation marker.</a> Chromosoma. 127 (2), 175-186 (2018).</li>
<li>Peng, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+BaSiC+tool+for+background+and+shading+correction+of+optical+microscopy+images%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">A BaSiC tool for background and shading correction of optical microscopy images.</a> Nat Commun. 8 (1), 14836(2017).</li>
<li>Chalfoun, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MIST%3A+Accurate+and+scalable+microscopy+image+stitching+tool+with+stage+modeling+and+error+minimization%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">MIST: Accurate and scalable microscopy image stitching tool with stage modeling and error minimization.</a> Sci Rep. 7 (1), 4358(2017).</li>
<li>Schindelin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fiji%3A+An+open-source+platform+for+biological-image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Fiji: An open-source platform for biological-image analysis.</a> Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7 (1), 16878(2017).</li>
<li>Parfejevs, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Injury-activated+glial+cells+promote+wound+healing+of+the+adult+skin+in+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Injury-activated glial cells promote wound healing of the adult skin in mice.</a> Nat Commun. 8 (1), 14396(2018).</li>
<li>Peña, O. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cellular+and+molecular+mechanisms+of+skin+wound+healing%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Cellular and molecular mechanisms of skin wound healing.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 25 (8), 599-616 (2024).</li>
<li>Eming, S. A., Wynn, T. A., Martin, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Inflammation+and+metabolism+in+tissue+repair+and+regeneration%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Inflammation and metabolism in tissue repair and regeneration.</a> Science. 356 (6342), 1026-1030 (2017).</li>
<li>Dowsett, M., Dunbier, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emerging+biomarkers+and+new+understanding+of+traditional+markers+in+personalized+therapy+for+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Clin+Cancer+Res%22%5BJournal%5D)">Emerging biomarkers and new understanding of traditional markers in personalized therapy for breast cancer.</a> Clin Cancer Res. 14 (24), 8019-8026 (2008).</li>
<li>Dowsett, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessment+of+Ki67+in+breast+cancer%3A+Recommendations+from+the+International+Ki67+in+Breast+Cancer+Working+Group%5BTitle%5D)+AND+%22J+Natl+Cancer+Inst%22%5BJournal%5D)">Assessment of Ki67 in breast cancer: Recommendations from the International Ki67 in Breast Cancer Working Group.</a> J Natl Cancer Inst. 103 (22), 1656-1664 (2011).</li>
<li>Gerdes, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Prognostic+relevance+of+tumour-cell+growth+fraction+in+malignant+non-Hodgkin%27s+lymphomas%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Prognostic relevance of tumour-cell growth fraction in malignant non-Hodgkin's lymphomas.</a> Lancet. 330 (8556), 448-449 (1987).</li>
<li>Hickey, J. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+protein+composition+and+tissue+organization%3A+A+primer+for+multiplexed+antibody-based+imaging%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of protein composition and tissue organization: A primer for multiplexed antibody-based imaging.</a> Nat Methods. 19 (3), 284-295 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Anticorpos e reagentes & nbsp;</td><td>FONTE</td><td>IDENTIFICADOR</td><td>Comentários</td></tr><tr><td><forte>Anticorpos</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD31 Alexa Fluor 647 (Ciclo 2)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Gato#102516</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2161029</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CD45 Alexa Fluor 488 (Ciclo 2)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Gato#103122</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_493531</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ki-67 FITC (Ciclo 1)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Gato#151212</td><td>1:50</td></tr><tr><td>AB_2814055</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Frango Ki-67 (CK)</td><td>LSBio</td><td>Gato#LS-C772946</td><td>1:800</td></tr><tr><td>Ki-67 rat (rt) e nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Gato#652402</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_11204254</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Neurofilamento H & M (NF-H/NF-M) Alexa Fluor 647 (Ciclo 3)&nbsp;</td><td>BioLegend&nbsp;</td><td>Cat#837710</td><td>1:300</td></tr><tr><td>AB_2734613</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>p75NTR (Ciclo 1)&nbsp;</td><td>Tecnologia de Sinalização Celular</td><td>Cat#8238&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; AB_10839265</td><td>1:1500</td></tr><tr><td>Vimentin Alexa Fluor 488 (Ciclo 3)&nbsp;</td><td>BioLegend</td><td>Gato#699305</td><td>1:100</td></tr><tr><td>AB_2888889</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Alexa Fluor 647 burro anti-coelho</td><td>Jackson ImmunoResearch</td><td>Cat#711-605-152</td><td></td></tr><tr><td><forte>Reagentes</forte>&nbsp;</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Placa Inferior de Vidro Cellvis de 24 poços</td><td>Cellvis&nbsp;</td><td>P24-1.5H-N</td><td></td></tr><tr><td>Gelatina de alúmen cromado</td><td>Oferta de Novos Chegados</td><td>Cat#1033A</td><td></td></tr><tr><td>Kit Click-iT EdU&nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>C10637</td><td></td></tr><tr><td>Hoechst 33342</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>Cat#14533; CAS# 23491-52-3</td><td></td></tr><tr><td>LiBH4, Borohidreto de Lítio, 95%</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Gato#10438443</td><td></td></tr><tr><td>Composto Tissue-Tek O.C.T Sakura</td><td>Biossistemas Suíça</td><td>Cat#7109-4583</td><td></td></tr><tr><td>PBS</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Cat#10010-015</td><td></td></tr><tr><td>Laminas de Microscópio de Adesão Superfrost Plus &nbsp;</td><td>Epredia</td><td>Gato#J1800AMNZ</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>Cat#T8787</td><td></td></tr><tr><td><forte>Equipamento</forte></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Escova de cabelo &nbsp;</td><td>Faust AG</td><td>Cat#9172051 e 9172050</td><td></td></tr><tr><td>Lâminas de microtomo &nbsp;</td><td>Biossistemas Suíça</td><td>Gato#207500011</td><td></td></tr><tr><td>Microscópio</td><td>Dispositivos Moleculares, ImageXpress Confocal HT.ai</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Forno & nbsp;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Gato#HBMCR4220</td><td></td></tr><tr><td>Balançador de balanço</td><td>Edmund B&uuml; hler GmbH</td><td>Gato#32310015</td><td></td></tr></tbody></table>

fluxo de trabalho de imagem e análise de alto rendimento para avaliar fenótipos de células da pele e estados de proliferação em amostras de tecido

High-throughput Imaging and Analysis Workflow for Evaluating Skin Cell Phenotypes and Proliferation States in Tissue Samples

Este método permite a detecção adequada de tipos de células em proliferação, combinando a química EdU Click-iT com IBEX em seções fixas de pele murina congelada. A detecção de tipos de células em proliferação foi comparada usando diferentes metodologias, em particular, marcação de tipos de células em proliferação com anticorpo Ki-67 e detecção de proliferação celular usando a abordagem química EdU Click-iT (Figura 1). Observamos que a marcação do anticorpo Ki...

Fluxo de trabalho de imagem e análise de alto rendimento para avaliar fenótipos de células da pele e estados de proliferação em amostras de tecido

Skin injuries initiate a complex regenerative cascade that engages various cell types. Amongst those, peripheral glial cells play a critical role in ...

high-throughput-imaging-analysis-workflow-for-evaluating-skin-cell

Research

JoVE Journal

Biology

Biologia

Carcinogênese é um processo que envolve as interações entre células cancerosas e microambiente do câncer. Para dissecar os eventos moleculares, é necessário para isolar populações de células diferentes em diferentes estágios durante o desenvolvimento do cancro. Usando um modelo de rato para o carcinoma basocelular, nós descrevemos um protocolo para análises celulares durante a carcinogênese.

Análises população de células da pele Durante Carcinogênese

Aqui nós descrevemos um fluxo de trabalho para rapidamente analisar e explorar coleções de imagens de microscopia de fluorescência usando PhenoRipper, uma plataforma de análise de imagem recentemente desenvolvido.

Análise rápida e Exploração de microscopia de fluorescência Images

Apresentado é um informática fluxo de trabalho flexível permitindo uma análise baseada em imagem multiplexado de células marcadas com fluorescência. O fluxo de trabalho quantifica marcadores nucleares e citoplasmáticos e calcula marcador translocação entre esses compartimentos. Os procedimentos são fornecidos por perturbação das células utilizando metodologia de siRNA e fiável para a detecção do marcador através de imunofluorescência indirecta em formatos de 96 poços.

Fluxo de trabalho para de alta conteúdo, Quantificação de células individuais de marcadores fluorescentes de Microscópio Universal Data, apoiada pela Open Source Software

Este estudo descreve uma plataforma experimental para caracterizar rapidamente células-tronco modificadas e seus comportamentos antes de sua aplicação em estudos de transplante in vivo de longo prazo para resgate e reparo do sistema nervoso.

High Throughput caracterização de células-tronco adultas modificadas para liberação de fatores terapêuticos como estratégia de neuroproteção

diferenciação celular é regulada por uma série de fatores do microambiente, incluindo ambas as propriedades da composição da matriz e material de substrato. Descrevemos aqui uma técnica utilizando microarrays de células em conjunto com microscopia de força de tracção para avaliar tanto a diferenciação de células e as interacções célula-substrato biomecânicas como uma função do contexto microambiental.

Um de alta capacidade: Plataforma celular Microarray para Análise correlativa da diferenciação celular e forças de tração

Desenvolvemos um novo protocolo para estudar a dinâmica da população heterocelular em resposta a perturbações. Este manuscrito descreve uma plataforma baseada em imagens que produz conjuntos de dados quantitativos para a caracterização simultânea de múltiplos fenótipos celulares de populações heterocelulares de maneira robusta.

Discriminação e Caracterização de Populações Heterocelulares Usando Técnicas de Imagem Quantitativa

A análise de imagens multiplexadas com código de barras tem melhorado recentemente a caracterização do microambiente tumoral, permitindo estudos abrangentes da composição celular, estado funcional e interações célula-célula. Neste artigo, descrevemos um protocolo de coloração e imagem usando o código de barras de anticorpos conjugados a oligonucleotídeos e imagens cíclicas, que permite o uso de uma técnica de análise de imagens de alta dimensão.

Análise de Imagem de Código de Barras Multiplexado para Caracterização de Imunoprofiling e Mapeamento Espacial na Análise Unicelular de Amostras de Parafina

Aqui, descrevemos a aplicação do método Iterative Bleaching Extends Multiplicity (IBEX) utilizando corantes de tecidos automatizados disponíveis comercialmente e considerações de otimização para o uso de reagentes baseados em amplificação de sinal de tiramida.

O branqueamento iterativo amplia a multiplicidade com o uso da automação de coloração para instalações principais

Aqui, fornecemos um método para análise de imagem de células vivas que pode ser usado para rastrear manualmente as linhagens de queratinócitos de passagem 0 e que permite a coleta de métricas de proliferação, incluindo o destino da divisão celular e a duração do ciclo celular.

Imagens de células vivas com fotografia de lapso de tempo para estudar a cinética de proliferação de queratinócitos epidérmicos

Aqui, apresentamos um protocolo semiautomatizado para identificar e quantificar células imunes e não imunes em seções de pele usando SCAnED, uma macro gratuita baseada em ImageJ para segmentação de pele.

SCAnED - Uma macro de segmentação de pele de código aberto para detecção semiautomatizada de células e núcleos em compartimentos epidérmicos e dérmicos da pele

Aprenda a combinar IBEX com marcação Click-iT EdU para detectar tipos celulares em divisão em processos dinâmicos de reparo dérmico murino. Este pipeline de imagem de alto rendimento é open-source e acessível.

Fluxo de trabalho de imagem e análise de alto rendimento para avaliar fenótipos de células da pele e estados de proliferação em amostras de tecido (Vídeo) | JoVE Journal

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