Использование списков дифференциально экспрессируемых генов человека для выполнения анализа нисходящих путей обогащения и приоритизации целей

В текущей работе описывается протокол для запуска алгоритма Pathway2Targets, скрипта R, который прогнозирует и приоритизирует терапевтические мишени на основе профиля внутриклеточных сигнальных путей, полученных путем сравнения случайных и контрольных образцов из эксперимента по объемному секвенированию РНК.

Целью нашего исследования является характеристика внутриклеточного транскрипционного ответа на различные состояния и прогнозирование терапевтических средств и механистических или диагностических маркеров для этих состояний. Вычислительное прогнозирование дает кандидатов в наркотики. Валидация эффектов лекарств требует ресурсов и времени.

Однако случайный метод мог быть улучшен только при наличии высококачественных экспериментальных данных. Преимущество этой работы заключается в ее способности идентифицировать потенциальные мишени для лекарств для перепрофилирования в рамках сигнального пути, а не просто сопоставлять дифференциально экспрессируемые гены с известными мишенями. Чтобы запустить алгоритм SPIA Pathway Enrichment, сначала загрузите код в компьютерную систему с GitHub.

Откройте SPIA_Code. Скрипт R MD в RStudio. Выделите все строки кода, затем нажмите кнопку «Выполнить» или «Запустить выбранные строки», чтобы выполнить скрипт.

Дождитесь завершения выполнения и убедитесь, что файл csv с аналогичным именем отображается в каталоге Download. Откройте файл в виде электронной таблицы, чтобы вручную просмотреть и интерпретировать результаты. Чтобы запустить алгоритм приоритизации целей, откройте файл Pathway2Targets.

R в RStudio, выбрав меню «Файл» и нажав «Открыть файл», затем выберите имя скрипта из каталога. В окне кода RStudio перейдите к строке 22 и замените заполнитель фактическим именем файла результатов SPIA. Выделите все строки кода и нажмите кнопку «Выполнить», чтобы выполнить алгоритм.

Наблюдайте за сообщениями о ходе выполнения в режиме реального времени, появляющимися на нижней левой панели экрана. После завершения проверьте каталог загрузки на наличие файла tsv с аналогичным именем, который содержит приоритетные целевые объекты. После создания файла с приоритетными целями и их метриками откройте его в приложении для работы с электронными таблицами для просмотра.

Алгоритм SPIA идентифицировал 10 статистически значимых сигнальных путей с нескорректированным p-значением менее 0,05. Алгоритм Pathway2Targets определил несколько прогнозируемых целей. Прогнозируемые терапевтические мишени были согласованы как по ранжированным мишеням, так и по ранжированным результатам лечения, включая известные гены, связанные с колоректальным раком, такие как EGFR, TP53 и AKT1.