たんぱく質は鎖状のアミノ酸の集合体であり アミンとカルボキシル基を含みます。また、Rで表される、コアカーボンに連結された 側基も含まれます。アミノ酸は共有ペプチド結合による連結されています。核に沿って繰り返し並んだ原子は ポリペプチド骨格と呼ばれます。配列はC末端から 遊離アミノ基NH 3プラスで始まります。そして、C末端の 遊離カルボキシル基COOマイナスで終わります。各プロテインは アミノ酸や側鎖の数により 区別されます。例えば、甲状腺放出ホルモンは234個のアミノ酸を含みます。一方で、弾性筋タンパク質コネクチンは 3万4千個を超えるアミノ酸を含みます。さらに、4つの基のうちの一つに当てはまる 24の異なる側鎖が存在します。負極性アミノ酸は アスパラギン酸やグルタミン酸と同様に カルボキシル基との側鎖を含みます。このため、中性pHにおける酸と似た振る舞いをします。正極性アミノ酸は塩基のように振る舞い 側鎖にアミノ基を含みます。一部のアミノ酸は極性ですが、電荷を帯びていません。親水性であることが多く 水性の環境との接触が可能な 外核の折り畳みタンパク質を構成します。最後に、大多数のアミノ酸は 非極性の側鎖を含みます。グリシンのようにシンプルであるか あるいはプロリンやトリプトファンのように複雑です。非極性の側鎖は一般的に アミノ酸を疎水性にし 多くのたんぱく質の核を形成します。