3.2: Protein Organizasyonu
Genel bakış
Proteinler hücrede birçok farklı işlevleri yürütmek yaşamın temel yapı taşlarından biridir. Proteinler amino asitlerden biraraya getirilir. Amino asitlerin sırası bir proteinin birincil yapısı olarak bilinir. Bireysel amino asitlerin yerel etkileşimleri lineer zincirin ikincil yapılara katlanmasına neden olur. Uzak amino asitlerin etkileşimleri proteinin daha fazla katlanmasına yol açar- üçüncül yapı. Birden fazla katlanmış zincirlerin (alt birimlerin) biraraya toplanması kuaternary protein yapısı olarak bilinir.
Amino Asitlerin Sırası Birincil Yapıyı Belirler
Bir zincir halinde birbirine bağlanan amino asitlere polipeptid denir. Amino asitler peptid bağları oluşturan amino (–NH3)ve karboksil (–COOH) grupları ile bağlantılıdır. Bağlı karbon ve azot atomları zinciri proteinin belkemiğidir, amino asit yan zincirleri dik dışarı yapışmasını ile. Polipeptit zincirindeki amino asit kalıntılarının sırası birincil yapıdır.
Yakın Amino Asit Artıkları Arasındaki Hidrojen Bağları İkincil Yapıya Katkıda Bulunur
Protein omurgasının amino ve karboksil grupları hidrojen bağları oluşturabilir. Yakın mesafedeki birden fazla amino asit kalıntısı hidrojen bağları oluşturduğunda, alfa-helikler ve beta pilili levhalar gibi yerel yapılar oluşabilir. Bunlar, bir proteinin ikincil yapısı olarak adlandırılan yapıya yol açan yaygın lokalize yapılardır.
Uzak Yan Zincirlerin Etkileşimleri Üçüncül Yapıyı Belirler
Bir proteinin üçüncül yapısı bir proteinin 3 boyutlu düzenini açıklar. Üçüncül bir yapıyı stabilize etmek için, amino asit artıkları polipeptit zinciri içinde birbirinden uzak olabilir etkileşim. Etkileşimler zayıf ve kovalent olmayan (örneğin, iyonik bağlar, hidrofobik etkileşimler veya hidrojen bağları) veya güçlü ve kovalent (örneğin, disülfür köprüleri) olabilir. Tüm etkileşimler proteinin şekline ve işlevine katkıda bulunur.
Çoklu Polipeptit Zincirleri Tek Bir Protein Oluşturabilir
Şimdiye kadar, tek bir polipeptit zincirinden oluşan proteinleri dikkate aldık. Birçok protein, her biri bir polipeptit zincirinden oluşan alt birimlerden oluşur. Birden fazla protein alt biriminin bileşimi ve etkileşimi kuaternary yapı olarak bilinir.
