二级结构形成后, 一种蛋白质分裂成三角形的球状, 独特的3D个体, 来指导其功能。 更具体地说,折叠图案 由不同的化学相互作用来确定。 首先,紧密性取决于 氨基酸侧基的疏水性, 使得非极性链被推入内部 从而产生远离 含水环境的疏水核心。 弱的范德华力有助于 维持集群核心。 在外面大多数是带有 带电荷或极性侧链的氨基酸, 可以自由地与水相互作用。 具有相反电荷 的侧链可形成离子键, 而相似的带电则彼此排斥。 极性侧链可与水或其他 极性分子形成氢键。 最后,作为增强剂的是双硫键。 这些键发生在两个相邻的半胱氨酸单体之间, 其侧链 含有巯基或SH基团。 一个上硫与第二个上硫共价键合。 这些化学相互作用和键的存在 确保了蛋白质最有利的确认。