진핵세포는 여러개의 내부 구획을 가지고 있습니다.세포막은,미소 서식 환경 안에서벌어지는 아주 특정한 하도록 되어있는데세포질 내부와외부 환경 모두에게서 보호받습니다.예를들어, 세포핵은 내부에 들어있는유전자의 아주 정확한 규칙에 의해 제어되는 조건을필요로 합니다.그러므로, 세포핵은 두 겹의 막에 둘러싸여 있죠.이것은 핵외피입니다.구멍이 뚫려있어서 어떤 분자가 들어오고,또 나갈지를 제어하는 역할을 합니다. MRNA처럼 말이죠.뿐만 아니라, 어떤 단백질은 산화환경을 필요로 하고또한 반드시 세포질의 액상 부분과 격리되어야 하는데그건 이 부분이 환원제이기 때문입니다.그래서, 리보솜은 이러한 단백질소포체 내에서 만들어내는데여기서 이러한 단백질은 중대한 변형을 겪을 수 있습니다.이어지는 움직임은 심지어단백질들이 최종 목적지로 향하는 도중에 있는소낭이라고 불리는 화학적 소우주 안에서도 일어납니다.페록시솜과 같은 다른 세포기관은독성이 있는 과산화물과 같이 세포에해로운 부산물을 해가 없는 분자,가령 물분자의 형태로 바꾸는 효소를 통해세포를 보호합니다.비슷하게, 리소좀은 효소를 분리하는데,이 경우에는 조금 이유가 다릅니다.이는 세포질이 위치한 곳보다 훨씬 더 낮은 pH 농도를필요로 하는 소화 과정을 보호하기 위함입니다.미토콘드리아 역시 산성 내부물질을 가지고양쪽의 막 사이에서에너지 생성을 돕습니다.정리하자면, 진핵생물의 구획화는어쩌면 어떤 형태의 격리없이동시에 일어났다면 공존할 수 없었던 여러 상호작용을돕는 역할을 한다고 할 수 있습니다.