Клетки эукариотов содержат многочисленные внутренние отделения, ограниченные мембраной органеллы, позволяющие очень специфическим функциям проявляться в микросредах, защищённых и от цитоплазматического интерьера, и от внеклеточного окружения. Например, ядро требует наличия контролируемых условий для точного регулирования генов внутри. Поэтому оно окружено двойной мембраной, ядерной оболочкой с порами, контролирующими, какие молекулы могут попасть и остаться, как мРНК.Кроме того, некоторые белки требуют окислительной среды и должны быть изолированы от цитозоли, которая восстанавливает их. Таким образом, рибосомы производят эти белки в эндоплазматическом ретикулуме, где они также могут пройти критические изменения. Последующие движения происходят даже внутри маленьких химических микрокосмов, называемых везикулами, на пути в их пункты назначения.Другие органеллы, такие как пероксисомы, обеспечивают защиту от их собственных вредных побочных продуктов, Таких как пероксид водорода, путём секвестирования ферментов, которые преобразуют токсичные соединения в безвредные молекулы, такие как вода. Аналогично, лизосомы сегрегируют ферменты, но по другой причине, для защиты реакций пищеварения, которые требуют уровня pH намного ниже предоставленного цитоплазмой. Митохондрии также кислые внутри между двумя их мембранами, что помогает производить энергию.В целом, эукариотическое разделение поддерживает действия, которые, в противном случае, были бы несовместимы если бы выполнялись одновременно, без какой-либо формы сдерживания.