في النظام الضوئي الثاني،وهو مركب متعدد البروتينات،يتم امتصاص الفوتونات ويتم تمرير طاقتها من خلال الجزء الحاصد للضوء من قبل العديد من جزيئات الصِباغ الرابطة مثل الكلوروفيل a و b والكاروتينات. هذا الامتصاص النشط يولد الطاقة التي يتم نقلها لزوج من جزيئات الكلوروفيل المعروفة باسم P680 في مركز التفاعل. هنا جزئي الكلوروفيل يتخصصون في الخضوع للأكسدة حيث يتخلون عن إلكترون نشط إلى الجزيء الأساسي المُستقبِل للإلكترون في عملية تسمى photoact.ثم يتم استبدال الإلكترون المفقود عن طريق تقسيم الماء إلى اثنين من أيونات الهيدروجين وذرة أكسجين واحدة،مُطلقة إلكترونين والتي يتم إرسالها واحدًا تلو الآخر إلى مركز التفاعل. الآن الإلكترونات جاهزة للانتقال من خلال سلسلة نقل الإلكترونات إلى النظام الضوئي الأول. ويمكن أن يتحد الأكسجين مع أكسجين آخر من الماء لتشكيل غاز يصعد إلى الهواء الجوي وتراكم أيونات الهيدروجين داخل الثايلاكويد يخلق تدرج تركيزي حيث تلك الموجودة في منطقة تركيز عالية،تتدفق من خلال قناة بروتين شبه دائمة تدعى سينثاز ATP،إلى منطقة ذات تركيز منخفض في السَدَى.تُعرف هذه العملية باسم التَناضُحٌالكِيمْيائِيّوتنتج طاقة،مما يسمح للسينثاز ATP لإرفاق مجموعة فوسفات ثالثة إلى ADP لتشكيل منتج الطاقة ATP.