光化学系II、多タンパク質複合体では、光子が吸収され,そのエネルギーは、クロロフィルa、b、カロチノイドなどの多くの結合色素分子によって 集光部分を通過します。この能動的吸収は、反応中心でP680という 一対のクロロフィル a分子に 伝達される エネルギーを生成します。2つのクロロフィルは,酸化を受けるように 特殊化されています。フォトアクトというプロセスで,励起電子を一次電子受容体分子に 放出します。失われた電子は、水を水素イオン2つと 1つの酸素原子に分割して 2つの電子を放出することによって 置き換えられ,1つずつ反応中心に供給されます。これで,電子が電子輸送鎖を通って 光化学系Iに移動する準備が整いました。酸素は水からの他の酸素と結合して ガスを形成して大気中に逃げ,チラコイド内部の水素イオンの蓄積は 濃度勾配を作り出し、それによって高濃度領域の水素イオンは ATPシンターゼとよばれる 特殊な半透性タンパク質チャンネルを通って,間質で低濃度の領域に流れます。このプロセスは、化学浸透圧として知られており、ATPシンターゼが第3のリン酸基をADPに結合させ,エネルギー生成物ATPを形成できるエネルギーを生成します。