Bei der RNA-Interferenz oder RNAi binden kleine RNAs an die Messenger-RNA, die mRNA, um die Translation eines Proteins zu verhindern. Zunächst wird doppelsträngige RNA mit der zum Zielgen komplementären Sequenz synthetisiert. Es kann sich um eine kurz interferierende RNA, siRNA, von etwa 22 Nukleotiden Länge handeln. Oder ein siRNA-Vorläufer, wie beispielsweise eine kleine Haarnadel-RNA, shRNA. Wenn shRNA verwendet wird, spalten Enzyme in der Zelle, wie etwa Dicer, sie in siRNA ab, die dann an eine Gruppe von Proteinen bindet, die als RNA-induzierter Silencing-Komplex, RISC, bezeichnet werden, und die Stränge trennen. Der Leitstrang, der an RISC gebunden bleibt, bindet dann an seine komplementäre Sequenz in der mRNA. Argonaute, ein Enzym, das Teil von RISC ist, spaltet und baut die mRNA ab, wodurch das Ziel-Gen zum Schweigen gebracht wird.