– In veel gevallen hebben enzymes extra moleculen nodig, cofactoren genaamd, om te functioneren. Deze helpermoleculen kunnen geclassificeerd worden als metaalionen of organische niet-proteïne moleculen. Bijvoorbeeld, tijdens de eerste stap van glycolyse bindt de cofactor magnesium aan ATP en spant de verbinding tussen twee van de fosfaatgroepen aan. Deze actie laat de laatste fosfaatgroep toe om makkelijker los te laten door het enzyme hexokinase, en zo glucose om te zetten in glucose 6-fosfaat. Dus magnesium als cofactor bindt zich aan en verhoogt de efficiëntie van het ATP. Het andere subset van cofactoren, co-enzymes, zijn organische verbindingen, meestal afgeleiden van vitamines. Bijvoorbeeld, vitamine C is een belangrijke co-enzyme bij de synthese van het proteïne collageen. Wanneer collageen bindt aan zijn enzyme hydroxylase, zal vitamine C zich aan het enzyme binden en een hydroxylgroep afstaan. Nu kan de gehydroliseerde hydroxylase helpen om de vorm van het collageen te veranderen naar zijn finale, triple helixstructuur, die essentieel is voor het instandhouden van belangrijke lichaamsweefsels.