يمكن أن ينتج عن الانتقاء الطبيعي تكيفات مذهلة تبدو ملائمة تمامًا للكائنات الحية لبيئاتها،مثل التمويه الذي يحمي هذه العث من الطيور المفترسة. ومع ذلك،فإن الانتقاء الطبيعي لا يؤدي دائمًا إلى مثل هذه التكيفات المثلى. في الواقع،هناك عدة عوامل تفرض قيودًا خطيرة على الانتقاء الطبيعي،مما يعيق تطور التوافق التام بين الكائن الحي وبيئته.أولاًيمكن للإنتقاء الطبيعي أن يعمل فقط على التباين المظهري المتاح. على سبيل المثال،لا يمكن أن يتطور عدد من الطيور ليطير بسرعة أكبر إذا لم يكن الأليل الأسرع متاحًا في مجموعة الجينات أو لم يتم إدخاله عن طريق تدفق الجينات أو حدوث طفرة. ثانياًالانتقاء الطبيعي محدود بميزات التطوير التي أنشأها أسلاف بعيدون.على سبيل المثال،تطورت الطيور من الفقاريات غير الطائرة بأربعة أطراف،ورثت خطة تنموية من أسلافهم مما جعل من غير المحتمل أن تنشأ الأجنحة من نقطة الصفر. بدلاًمن ذلك،سمح التعديل المستمر لزوج من الأطراف الموجودة لتطور رحلة تعمل بالطاقة. ثالثًا،يعمل الاختيار على مستوى الكائن الحي وليس على الميزات الفردية.غالبًا ما يؤدي ذلك إلى إيجاد حلول وسط يكون فيها التكييف خاصية واحدة على حساب خاصية مختلفة. للنعامة،على سبيل المثال،أرجل طويلة وجسم كبير مفضل في بيئتها. الجسم الضخم،ومع ذلك،يكون كبير جدًا للطيران.