Protein kompleksleri;birden fazla, kovalent olmayan bağlı proteinlerden oluşur. Her bileşen, komplekse farklı bir işlev sağlar. İşlevsel olarak farklı, alternatif bir kompleks oluşturmak için, bu proteinlerden bir veya daha fazlası yakından ilişkili varyantlarıyla değiştirilebilir.Bir organizma evrimleşirken, yararlı bir proteinin geni genom içinde duplike edilebilir. Bu duplike kopya, orijinal proteinin işlevini etkilemeden mutasyona uğramakta serbesttir. Bu mutasyonlar, akraba proteinlerin ailelerini oluşturur.Bu, bir hücrenin birbiriyle değiştirilebilir parçalar içeren bir protein kompleksi oluşturma yollarından biridir. SCF ubikuitin ligaz, beş alt birimden oluşan multimerik bir proteindir. İşlevi, ubikuitin moleküllerini hedef proteinlere bağlayarak proteolitik enzimler tarafından yıkılmaları için işaretlemektir.Protein alt birimlerinden biri olan ve hedef proteine bağlanmaktan sorumlu olan F-Box’ın birbiriyle değiştirilebilir birçok varyantı vardır. Bu alt birimdeki bir değişiklik, kompleksin farklı proteinleri yıkım için işaretlemesine olanak sağlar. Sakkaromiçes serevisia, yaygın olarak Ekmek Mayası olarak bilinir;ligazın çeşitli hücre işlemlerinde yer alan proteinleri işaretlemesine olanak sağlayan 11 F-Box alt birimi varyantına sahiptir.Örneğin, CDC 4 F-Box proteini, hücre döngüsünü destekleyen enzimleri inhibe eden, Sic 1 ve Far 1 gibi hücre döngüsü düzenleyicileri hedef alır. Bunların yıkımları, hücre döngüsünün devam etmesini sağlar. Organizmalar arasında F-Box’taki varyasyon, benzer işlevlere ancak farklı hedeflere sahip yüzlerce farklı kompleks oluşturur.