Back to chapter

4.13:

Değiştirilebilir Parçalı Protein Kompleksleri

JoVE Core
Molecular Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Core Molecular Biology
Protein Complexes with Interchangeable Parts

Languages

Share

Protein kompleksleri;birden fazla, kovalent olmayan bağlı proteinlerden oluşur. Her bileşen, komplekse farklı bir işlev sağlar. İşlevsel olarak farklı, alternatif bir kompleks oluşturmak için, bu proteinlerden bir veya daha fazlası yakından ilişkili varyantlarıyla değiştirilebilir.Bir organizma evrimleşirken, yararlı bir proteinin geni genom içinde duplike edilebilir. Bu duplike kopya, orijinal proteinin işlevini etkilemeden mutasyona uğramakta serbesttir. Bu mutasyonlar, akraba proteinlerin ailelerini oluşturur.Bu, bir hücrenin birbiriyle değiştirilebilir parçalar içeren bir protein kompleksi oluşturma yollarından biridir. SCF ubikuitin ligaz, beş alt birimden oluşan multimerik bir proteindir. İşlevi, ubikuitin moleküllerini hedef proteinlere bağlayarak proteolitik enzimler tarafından yıkılmaları için işaretlemektir.Protein alt birimlerinden biri olan ve hedef proteine bağlanmaktan sorumlu olan F-Box’ın birbiriyle değiştirilebilir birçok varyantı vardır. Bu alt birimdeki bir değişiklik, kompleksin farklı proteinleri yıkım için işaretlemesine olanak sağlar. Sakkaromiçes serevisia, yaygın olarak Ekmek Mayası olarak bilinir;ligazın çeşitli hücre işlemlerinde yer alan proteinleri işaretlemesine olanak sağlayan 11 F-Box alt birimi varyantına sahiptir.Örneğin, CDC 4 F-Box proteini, hücre döngüsünü destekleyen enzimleri inhibe eden, Sic 1 ve Far 1 gibi hücre döngüsü düzenleyicileri hedef alır. Bunların yıkımları, hücre döngüsünün devam etmesini sağlar. Organizmalar arasında F-Box’taki varyasyon, benzer işlevlere ancak farklı hedeflere sahip yüzlerce farklı kompleks oluşturur.

4.13:

Değiştirilebilir Parçalı Protein Kompleksleri

Bir grup protein, bu kompleksteki her proteinin kompleksin işlevinin genel olarak yerine getirilmesinde farklı bir role sahip olduğu bir kompleks oluşturabilir. Çoğu zaman, kompleksteki proteinlerin bir kısmı, aynı bileşenlerin çoğunu içeren, ancak işlevsel olarak farklı olan bir kompleks elde etmek için yakından ilişkili bir varyantla değiştirilebilir.

SCF ubikitin ligaz, beş ayrı proteinden oluşan bir protein kompleksidir. Bu kompleks, ubikitini bozunma için işaretlemek için diğer hedef proteinlere bağlar. Bu işlevi yerine getirmek için, proteinlerden biri olan F-box, substrata bağlanmaktan sorumludur, böylece komplekste farklı bir proteinin, ubikitin-konjugasyon enziminin substrata erişmesine ve ubikitin eklemesine izin verir. F-box proteini, kompleksin farklı substratları tanıyabilmesi için çoklu değiştirilebilir varyantlara sahiptir. Ek olarak, farklı organizmalar farklı F-box protein varyantlarına sahip olabilir. İnsanlarda bilinen 38 çeşidi varken, Saccharomyces cerevisiae 11, Drosophila 22 ve C. elegans 326 varyanta sahiptir. Bu varyasyon, kompleksin bileşenlerinden sadece birini değiştirerek geniş bir protein spektrumunu hedeflemesini sağlar.

Bu değiştirilebilir varyantlar genellikle gen duplikasyonunun bir sonucudur. Moleküler evrim sırasında, yararlı bir proteinin geni bazen ektopik rekombinasyon, replikasyon kayması, anöploidi, poliploidi ve retrotranspozisyon gibi nedenlerden dolayı DNA replikasyonu sırasında çoğaltılabilir. Mutasyon orijinal genin işlevini etkilemediğinden, genin bu çoğaltılmış kopyası bir nesilden diğerine aktarılırken ek mutasyonlara maruz kalabilir. Bu mutasyonlar, fonksiyonel olarak benzer olan ancak farklı substrat özelliklerine sahip olan F-box gibi proteinlerden sorumlu olan bir genin varyantlarına neden olur.

Suggested Reading

  1. Alberts et al., 6th edition; pages 159-160
  2. Kipreos, E. T., & Pagano, M. (2000). The F-box protein family. Genome biology, 1(5), REVIEWS3002. doi:10.1186/gb-2000-1-5-reviews300