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5.7:

Particule de cœur du nucléosome

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Molecular Biology
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JoVE Core Molecular Biology
The Nucleosome Core Particle

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La particule de cœur du nucléosome se compose d’un octamère contenant quatre types d’histones, encerclés par une bobine d’ADN à gauche. Les particules de cœur du nucléosome jouent un rôle important dans la fonction de l’ADN en contrôlant le compactage de l’ADN et la structure de la chromatine. Ce rôle est si essentiel que les histones sont parmi les protéines les plus fortement conservées chez les eucaryotes, des pois aux vaches, et d’autres organismes.Par exemple, il n’y a que deux acides aminés différents sur 102 entre les histones H4 d’une plante de pois et d’une vache. Les quatre types d’histones qui composent la particule de cœur du nucléosome, H2A, H2B, H3 et H4 partagent certaines caractéristiques. Tout d’abord, ils sont tous petits, contenant seulement jusqu’à 135 acides aminés.Deuxièmement, ils partagent un motif structurel commun, le motif histone fold. L’histone fold se compose de trois hélices alpha reliées par deux boucles. Lorsque les particules de cœur du nucléosome sont assemblées, les histones fold se lient d’abord les uns aux autres dans une interaction décrite comme une poignée de main, formant deux dimères H2A, H2B et deux dimères H3, H4.Après cela, les dimères H3, H4 s’arrangent en tétramère, qui forme ensuite l’octamère de la particule de cœur du nucléosome avec les dimères H2A et H2B.La structure de cet octamère d’histone engendre des interactions étendues entre les histones et l’ADN s’enroule autour d’eux. Il y a plus de 100 liaisons hydrogène entre les histones et l’ADN du cœur du nucléosome. Et beaucoup d’entre eux se trouvent entre les squelettes d’acides aminés des histones et le squelette de phosphate de sucre de l’ADN.Enfin, de nombreux acides aminés dans chaque histone de cœur sont la lysine ou l’arginine, qui ont des charges positives qui neutralisent efficacement le squelette de l’ADN chargé négativement.

5.7:

Particule de cœur du nucléosome

Les nucléosomes sont le complexe ADN-histone, où le brin d’ADN est enroulé autour d’un cœur d’histone. Le cœur d’histone est un octamère contenant deux copies des protéines d’histone H2A, H2B, H3 et H4.

Le paradoxe

Les nucléosomes, paradoxalement, remplissent deux fonctions opposées simultanément. D’une part, leur principale responsabilité est de protéger les brins d’ADN délicats des dommages physiques et d’aider à obtenir un taux de compactage plus élevé. D’un autre côté, ils doivent permettre aux enzymes polymérases d’accéder à l’ADN lié aux histones pour la réplication et la transcription. Le mécanisme par lequel les nucléosomes résolvent ces deux problèmes passe par le dépliement partiel de l’ADN à partir des nucléosomes ou par des modifications des protéines histones.

Structure de base

Les protéines du noyau des histones partagent un motif structurellement conservé commun appelé « pliage des histones » ; et ont une région de queue étendue mobile. Le pli des histones est composé d’hélices alpha et de boucles. Au cours de la dimérisation des histones, les boucles de deux protéines histones s’alignent, formant un dimère d’histones.

Chaque histone se lie aux trois petits sillons consécutifs de l’ADN. L’hélice alpha et la queue N-terminale de chaque protéine histone jouent un rôle crucial dans la liaison à l’ADN. Par conséquent, toute modification chimique de la queue d’histone peut modifier l’assemblage et la fonction de la chromatine. Certaines des modifications les plus courantes des histones comprennent l’acétylation, la méthylation et la phosphorylation.

Variantes d’Histone

Les protéines histones ont diverses isoformes ou variantes comme H2A.1, H2A.2, H2A.X, H3.3 ou CENP-A. Ces variants diffèrent par leurs séquences d’acides aminés et remplissent des fonctions distinctes. Les nucléosomes avec des variantes d’histones sont significativement plus mobiles que les nucléosomes ordinaires. Par exemple, il est démontré que l’incorporation de H2A.Z dans le nucléosome active la transcription.

Suggested Reading

  1. Ramaswamy, Amutha, Ivet Bahar, and Ilya Ioshikhes. "Structural dynamics of nucleosome core particles: comparison with nucleosomes containing histone variants." PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 58, no. 3 (2005): 683-696.
  2. David Goodsell. "Nucleosome," PDB-101, Published July 2000, Accessed September 18, 2020. 0.2210/rcsb_pdb/mom_2000_7.
  3. Bowman, Gregory D. "Mechanisms of ATP-dependent nucleosome sliding." Current opinion in structural biology 20, no. 1 (2010): 73-81.