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5.9:

Organizzazione della cromatina

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Molecular Biology
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JoVE Core Molecular Biology
Chromatin Packaging

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Ogni cellula diploide umana contiene circa due metri di DNA, compresso all’interno di un piccolo nucleo di pochi micron di diametro. La disposizione e l’avvolgimento del DNA all’interno del nucleo è, quindi, altamente organizzato e strettamente regolato. In primo luogo, il DNA cromosomico è associato a proteine istoniche per formare una struttura chiamata cromatina.L’unità strutturale e funzionale di base della cromatina è chiamata nucleosoma. L’associazione del DNA nei nucleosomi accorcia di circa sette volte la lunghezza del DNA;successivamente, una proteina dell’istone non-core, chiamata H1, si lega ad ogni nucleosoma. L’istone H1 cambia la sequenza del DNA mentre esce dal nucleosoma, aiutando a compattare ulteriormente il complesso.I nucleosomi vengono quindi impilati uno sopra l’altro, generando una fibra più corta e più spessa con un diametro di 30 nanometri, nota come fibra a 30 nanometri. La disposizione dei nucleosomi nella fibra a 30 nanometri è spiegata da un modello solenoide ampiamente accettato. Il modello propone che i nucleosomi siano disposti in una conformazione a elica sinistrorsa, con sei o più nucleosomi per svolta;la lunghezza del Dna, si riduce così ulteriormente di 50 volte.Qualsiasi regione cromatinica che non è attivamente trascritta o replicata esiste nella forma di fibra a 30 nanometri. D’altra parte, le regioni cromatiniche che sono attivamente accessibili esistono in una forma estesa a collana di perle. Le fibre a 30 nanometri sono avvolte ulteriormente per formare anelli di circa 300 nanometri di lunghezza;queste fibre vengono quindi compresse in anlli larghi 250 nanometri.In un secondo tempo, durante la metafase del ciclo cellulare, le fibre cromatiniche formeranno strutture altamente condensate, chiamate cromosomi. Il rapporto complessivo di compattazione del DNA nel cromosoma è di circa 1 a 10, 000. Una volta che la cellula si divide, il cromosoma si apre nuovamente.

5.9:

Organizzazione della cromatina

Each human somatic cell contains 6 billion base-pairs of DNA. Each base-pair is 0.34 nm long, which means that each diploid cell contains a staggering 2 meters of DNA. How is such a long DNA strand packed inside a nucleus measuring only 10 – 20 microns in diameter? 

The chromatin

In combination with specialized DNA binding protein called Histones, the DNA double helix forms a compact DNA: protein complex called chromatin. The chromatin itself is further compacted into higher-order structures. The highest level of compaction is achieved during the cell cycle's metaphase, where the chromatin condenses to form the chromatids of a chromosome.

Nucleosomes

Nucleosomes are the basic functional and repeating unit of chromatin. A nucleosome consists of 8 histone proteins wound around by 147 base pairs of DNA. Under electron microscopy, the chromatin appears as a structure resembling beads on a string due to nucleosomes' presence along its length. This packaging shortens the fiber length by seven-fold.

Solenoid model

The nucleosomes are further coiled into 30 nm fibers, so-called because of their diameter of approximately 30 nm. Such a compaction is explained by a widely accepted hypothesis – the solenoid model. A solenoid refers to the structure of a wire coiled on a central axis. This model proposes that nucleosomes are arranged in a left-handed helical conformation with six or more nucleosomes per turn. One of the non-core histone proteins, H1, plays an essential role in nucleosome compaction; in its absence the chromatin fiber turns into irregular clumps of nucleosomes.

Chromatin packaging is an active area of research. The new emerging data has allowed scientists to view chromatin and nucleosomes not as highly defined structures, but rather as a continuum of various inter-convertible conformations at all chromatin packaging stages.

Suggested Reading

  1. Luger, Karolin, Mekonnen L. Dechassa, and David J. Tremethick. "New insights into nucleosome and chromatin structure: an ordered state or a disordered affair?." Nature reviews Molecular cell biology 13, no. 7 (2012): 436-447.
  2. Molecular Cell Biology, Lodish, 8th edition, Pages 328-329
  3. Annunziato, A. "DNA packaging: nucleosomes and chromatin." Nature Education 1, no. 1 (2008): 26.