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5.19:

Il posizionamento della cromatina influenza l'espressione genica

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Molecular Biology
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Chromatin Position Affects Gene Expression

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L’espressione genica è regolata a più livelli, incominciando dall’inizio della trascrizione e muovendosi fino alla traduzione dell’mRNA funzionale maturo. Tuttavia, non tutti gli enzimi necessari per l’espressione genica e la regolazione, sono distribuiti equamente nel nucleo, ma sono limitati a foci definiti spazialmente;questo comporta territori non sovrapposti nel nucleo, con attività biochimica specifica. Per esempio, i geni codificanti per l’RNA ribosomiale, presenti sui cromosomi 13, 14, 15, 21 e 22, anche noti come regioni organizzatrici nucleolari, sono raggruppati nel nucleolo, il sito di formazione ribosomiale della cellula.Ciò significa che la cromatina può essere riposizionata in foci funzionalmente distinti al fine di ottenere l’espressione e la regolazione del gene. Tuttavia, la cromatina può inoltre estendersi anche al di fuori del suo territorio, formando un anello esteso che può alterare il modello di espressione genica. Ad esempio, il gene umano CFTR si trova alla periferia nucleare delle cellule dove resta silente.tuttavia, nelle cellule in cui il gene è espresso, la cromatina contenente questa regione viene riposizionata verso l’interno. La maggior parte delle cellule eucariotiche ha fibre di cromatina multiple, con lunghezza e rapporto di compattazione distinti. Il posizionamento della cromatina, dipende quindi, anche dai vincoli fisici causati suo packaging o confezionamento, all’interno del nucleo.In cellule con nuclei sferici, come i linfociti, la cromatina è posizionata radialmente, con geni attivamente espressi verso l’interno e geni repressi alla periferia. Nelle cellule con nuclei non sferici, come i fibroblasti, le fibre cromatiniche più corte tendono ad occupare la posizione interna, mentre le fibre cromatiniche più lunghe si trovano alla periferia del nucleo. Il riposizionamento della cromatina è associato anche a diversi tipi dove di tumore, in cui patterns di espressione genica alterata, dovuti al riposizionamento della cromatina possono portare alla formazione di tumori.Ad esempio, il riposizionamento del cromosoma 18 dalla periferia nucleare, all’interno del nucleo, è osservato nello sviluppo di carcinomi delle cervice e del colon.

5.19:

Il posizionamento della cromatina influenza l'espressione genica

Chromatin is the massive complex of DNA and proteins packaged inside the nucleus. The complexity of chromatin folding and how it is packaged inside the nucleus greatly influences  access to genetic information. Generally, the nucleus' periphery is considered transcriptionally repressive, while the cell's interior is considered a transcriptionally active area. 

Topologically Associated Domains (TADs)

The 3-dimensional positioning of chromatin in the nucleus influences the timing and level of gene expression in eukaryotes. For example, the gene promoters are organized physically separate from their regulatory DNA elements, such as enhancers. These promoter-enhancer elements need to be brought together to carry out gene expressions. Each chromatid comprises several such interacting units, termed as Topologically associated domains (TADs). In some instances, TADs from two chromatids may also interact with each other.

Chromosome Territories (CT)

Several TADs accumulate to form the chromosomal territories (CT). These spatial arrangements and distributions make nucleus a heterogeneous body with distinct biochemical activities. The positioning of genes inside the CT and the positioning of CTs itself affects gene expression. In humans, the actively transcribed genes tend to localize towards the periphery of their CT. Noncoding genes tend to localize towards their CTs interior. For example, in the human female amniotic fluid cell nuclei, the ANT2 gene is found on the inactive X chromosome. When the ANT2 gene is localized towards the periphery of CT, it results in its active transcription.

Chromatins are dynamically repositioned inside the nucleus. Even the terminally differentiated cells that can no longer divide exhibit chromatin or gene repositioning. This means that the repositioning is not a random event but a coordinated molecular mechanism.

Suggested Reading

  1. Molecular Cell Biology, Lodish, 8th edition, Pages 336.
  2. Nguyen, Huy Q., and Giovanni Bosco. "Gene positioning effects on expression in eukaryotes." Annual review of genetics 49 (2015): 627-646.