Memelilerde, genellikle ATP kıtlığı sırasında tercihen kullanılan ikinci bir BER tipi olarak uzun yama BER gözlemlenir. Uzun yama BER, yalnızca hasarlı bazı çıkarmak yerine, birkaç nükleotid uzunluğundaki bir yamayı onarır. Bunu gerçekleştirmek için, farklı bir DNA polimeraz olan delta-epsilon, orijinal nükleotidlerin yerini alan birkaç nükleotid ekler.Bu, hasarlı bazı da içeren bir oligonükleotid çıkıntısına neden olur. Çoğalan hücre çekirdeği antijeni veya PCNA adı verilen bir replikasyon faktörünün varlığında, flap endonükleaz adı verilen özel bir endonükleaz, DNA bağlanması ile boşluk kapatılmadan önce bu flapı ortadan kaldırır. Uzun yama BER mekanizması, özellikle iyonlaştırıcı radyasyondan kaynaklanan hasarları onarmak için yararlıdır.