Back to chapter

7.12:

DNA Transpozonları

JoVE Core
Molecular Biology
This content is Free Access.
JoVE Core Molecular Biology
DNA-only Transposons

Languages

Share

Transpozonlar hem prokaryotlarda hem de ökaryotlarda bulunabilir, amip genomunun 5’ini, insan genomunun 44’ünü ve mısır genomunun 90’ını oluşturur. Birçok farklı tipte transpozon vardır, ancak bunlar genel olarak iki sınıfa ayrılabilir:1 ve 2. Sınıf 1 transpozonlar, aynı zamanda retrotranspozonlar olarak da bilinirler ve hedeflerine yerleştirilmeden önce DNA’ya bir RNA ara ürününün transkripsiyonunu gerektirir.Bununla birlikte, Sınıf 2 transpozonlar veya DNA’ya has transpozonlar, transpozisyon boyunca DNA formunda kalır. Ayrıca transposaz adı verilen çok işlevli bir enzimi kodlayan bir gen içerirler. Transposaz geni;tek zincirli, yaklaşık 9 ila 40 baz çifti uzunluğunda ve birbirinin ters tamamlayıcıları olan, terminal ters dönmüş tekrarlarla çevrelenmiştir.Kes-yapıştır transpozisyonu sırasında gen, terminal ters dönmüş tekrarlara bağlanan, transposaz enziminin iki monomerini eksprese eder. Monomerler dimerleştiğinde, iki ters çevrilmiş tekrarı bir araya getirir. Bu, sinaptik kompleks veya transposozom adı verilen kararlı bir DNA protein kompleksi oluşturur.Daha sonra, transposozom, transpozonun her iki ucunda DNA zincirlerini keserek, geride doğrudan tekrarlar adı verilen dizileri bırakır. Bu, transpozonun donör DNA’sından ayrılmasını sağlar;artık rastgele bir hedefe taşınmak için serbesttir. Ekleme için, transposaz, fosfodiester bağlarını ayırarak hedef DNA’da iki zikzaklı kesim yapar.Hedef DNA’nın kesilmiş zincirleri, bir boşluk oluşturmak için tek zincirli çıkıntılarla birbirinden ayrılır. Artık, transpozon DNA’sının 3’OH ucu, hedef DNA’nın 5’ucu ile reaksiyona girerek, transpozonun 5’ucu ile hedefin 3’ucu arasında boşluklar bırakır. DNA polimeraz, boşluğun 3’ucunu bir primer olarak kullanır ve hedef yer duplikasyonu adı verilen bir işlemle boşluğu doldurur.Yeni sentezlenen DNA ve transpozon, DNA ligaz ile birleştirilir. Böyle bir eklemenin olası önemli etkileri vardır. Bazı durumlarda, transpozon tarafından kodlanan yeni promotörler veya insulatörler sağlayarak hedef geni açabilir ve kapatabilir.Alternatif olarak, mRNA üretimi sırasında normal ekson birleştirmesini bozarak gen işlevini de değiştirebilir. Örneğin, yeni bir birleştirme yeri içeren bir transpozonun, mevcut bir gene atlaması ve transkripsiyon sinyallerini yeniden bağlayıp anormal bir mRNA’nın oluşmasına yol açmasıyla, bu gerçekleşebilir.

7.12:

DNA Transpozonları

<

Yalnızca DNA transpozonları, transpozisyon mekanizması için gerekli olan enzim transpozazı kodladıkları için otonom transpozonlar olarak adlandırılır. Transpozonların yerleştirilmesi, gen işlevlerini çeşitli şekillerde değiştirebilir. Geni mutasyona uğratabilir, yeni bir promoter veya izolatör sekansı ekleyerek gen ekspresyonunu değiştirebilir, yeni ekleme bölgeleri ekleyebilir ve üretilen mRNA transkriptlerini değiştirebilir veya kromatin yapısını yeniden modelleyebilirler.

Transpozonun eksize edildiği donör bölge bozulmuş veya onarılmıştır. Hatalı onarım yöntemleri, donörü orijinal sırasına geri döndürmez ve genellikle yanlışlıkla fenotipini değiştirir.

Transposable elementlerin kusurlu eksizyonu, genomik dizilerin parçalarının transpozon ile taşınmasına neden olur. Bu, ekson karıştırma adı verilen bir fenomenle sonuçlanır, burada iki bağlantısız ekson birbirine bitişik olarak konumlandırılır ve böylece yeni gen yapıları ortaya çıkar. Bu nedenle, transpozisyon sadece genleri hareket ettirmekle kalmaz, aynı zamanda mobil olmayan genetik unsurları da yeniden düzenleyebilir.

Hedef bölgeye sokulduktan sonra, transpozonlar konakçı genetik elementlerin aktivitesini değiştirebilir. Bu, DNA transpozonlarını genom düzenlemede güçlü araçlar haline getirir. Transgenezde, sentetik DNA transpozonları, konakçı organizmadaki yabancı DNA'nın etkilerini incelemek için gen araçları olarak kullanılır. Yaygın olarak kullanılan bir sentetik DNA transpozonu, yeni özellikler sunmak veya yeni genler keşfetmek için protozoadan balıklar, kurbağalar ve fareler gibi küçük omurgalılara kadar farklı türlerin genomlarına eklenen Uyuyan güzel transpozondur.

Suggested Reading

  1. Pray, Leslie A. "Transposons: The jumping genes." Nature education 1, no. 1 (2008): 204.
  2. Kazazian, Haig H. "Mobile elements: drivers of genome evolution." science 303, no. 5664 (2004): 1626-1632.
  3. Zeng, Lu, Stephen M. Pederson, R. Daniel Kortschak, and David L. Adelson. "Transposable elements and gene expression during the evolution of amniotes." Mobile DNA 9, no. 1 (2018): 17.
  4. Muñoz-López, Martín, and José L. García-Pérez. "DNA transposons: nature and applications in genomics." Current genomics 11, no. 2 (2010): 115-128.