Translasyonun Sonlandırılması

Büyük ribozomal alt birim, translasyon için gerekli olan birkaç önemli yapıya sahiptir. Bunlar, peptid bağının oluştuğu yer olan peptidil transferaz merkezini (PTC) ve yeni oluşan polipeptidin içinden geçtiği büyük, iç, su dolu bir tüpü içerir. Bu ikinci yapıya Peptid Çıkış Tüneli denir ve PTC'de başlar ve büyük ribozomal alt birimin gövdesini kapsar. Translasyon sırasında, yeni oluşan polipeptit zinciri sentezlenirken, peptit çıkış tünelinden geçer. Daha sonra çözücü tarafında ortaya çıkar ve burada peptit zinciri daha sonra bir proteine katlanır.

23S ribozomal RNA tarafından oluşturulan bu tünel, küçük hidrofobik yamalar içeren büyük bir hidrofilik yüzey oluşturur. Tünelin boyutları (yaklaşık 10 nm × 1.5 nm) büyüyen, yapılandırılmamış polipeptit zincirlerinin yanı sıra çözücü moleküllerini barındırabilir. Peptid çıkış tünelinin içi herhangi bir peptidi tamamlayıcı değildir. Bu nedenle polipeptit zinciri duvarlara “yapışmaz” ve kolayca kayabilir. Çıkış tünelinde yeterli boşluğun olduğu bir konuma ulaştığında, yeni oluşan peptid zinciri katlanmaya başlar ve bazı α-helisel bölgeleri başarıyla oluşturabilir. Bununla birlikte, protein katlanmasının çoğu, polipeptit ribozomdan çıktıktan sonra meydana gelir.