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10.7:

A Região Promotora Eucariótica

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Molecular Biology
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The Eukaryotic Promoter Region

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O promotor é um importante regulador da expressão genómica que contém sítios de ligação para a RNA polimerase, a enzima responsável pela transcrição, 00:00:10.740 00:00:14.250 e fatores de transcrição que facilitam ou inibem a ligação da RNA polimerase. A região promotora está localizada na sua maioria a montante do gene que regula. Tem características estruturais distintas, tais como uma estrutura curvada com a habilidade de dobrar quando reguladores transcricionais se ligam e diminuem a estabilidade termodinâmica, devido à presença de regiões ricas em AT.Em eucariotas, esta região de controle transcricional é mais complexa do que em procariotas.Além do promotor do núcleo, os genes eucarióticos têm muitas sequências regulamentares cis adicionais que os fatores de transcrição podem se ligar. A polimerase de RNA procariótica requer um fator sigma para se ligar ao promotor, enquanto as polimerases de RNA eucarióticas requerem vários desses reguladores. Além disso, as três polimerases de RNA diferentes em eucariotas que se ligam a promotores distintos requerem reguladores transcricionais diferentes.O promotor eucariótico do núcleo contem vários motivos da assinatura que trabalham junto em várias combinações para permitir que RNA polimerase se ligue. A caixa de TATA é altamente conservada através dos organismos. Caixas de TATA estão geralmente presentes nos genes que mostram níveis elevados da expressão celular-específica, tais como as proteínas envolvidas na diferenciação da célula.Iniciador e elementos promotores downstream consistem em sequências degeneradas que seguem um padrão específico de nucleotídeos embora sua sequência exata varie. O elemento iniciador é o motivo de promotor mais comum. Pode ajudar a manter níveis basais da transcrição ou trabalhar junto com a caixa TATA para melhorar a ligação dos fatores da transcrição.O elemento do promotor downstream está localizado a jusante Do local do começo da transcrição e foi encontrado inicialmente em promotores que faltam uma caixa TATA. O DPE trabalha frequentemente em conjunto com o elemento iniciador para regular a transcrição. As ilhas CPG são compostas por seções de DNA onde uma citosina é seguida por uma guanina.As ilhas CPG normalmente regulam o arranjo dos genes, que são continuamente expressos em pequenas quantidades e não requerem elevados níveis de transcrição.

10.7:

A Região Promotora Eucariótica

A região promotora eucariótica é um segmento de DNA localizado a montante de um gene. Ela contém um local de ligação a RNA polimerase, um local de início da transcrição e várias sequências de regulação cis.  A região promotora proximal está localizada na perto do gene e possui sequências de regulação cis e o promotor principal. O promotor principal é o local de ligação para a RNA polimerase e está normalmente localizado entre -35 e +35 nucleótidos do local de início da transcrição. As regiões promotoras distais são sequências de regulação cis, milhares de pares de bases distantes de um gene. O comprimento de uma região promotora pode variar significativamente de gene para gene.

O promotor principal contém motivos característicos onde os factores gerais de transcrição se podem ligar e recrutar RNA polimerase.  A caixa TATA é um motivo localizado 25-30 pares de bases a montante do local de início da transcrição. É mais flexível e menos termodinamicamente estável do que outros motivos promotores devido ao seu elevado conteúdo A-T, permitindo a ligação eficiente da maquinaria de transcrição. Encontra-se em genes que requerem elevados níveis de expressão em condições específicas, tais como os genes envolvidos na diferenciação celular. A caixa TATA está frequentemente flanqueada por um conjunto de motivos curtos de nucleótidos, conhecidos como elementos de reconhecimento B.  O Factor de Transcrição II B,  um componente importante envolvido na montagem da maquinaria de transcrição na caixa TATA, liga-se a estes elementos B.

O elemento Iniciador, composto pela sequência degenerada YYANWYY*, contém o local de início da transcrição.  A jusante do elemento iniciador está outro motivo característico, conhecido como o elemento promotor a jusante (DPE), constituído pela sequência degenerada RGWYVT. A caixa TATA e o DPE regulam tipos semelhantes de genes, e um promotor eucariótico pode ter uma caixa TATA ou um DPE. O elemento iniciador pode funcionar sinergicamente com uma caixa TATA ou DPE para regular a transcrição.

As ilhas CpG são outro tipo de motivo do promotor principal que regula a expressão de outros tipos de genes,  como genes de manutenção, que requerem expressão constante em pequenas quantidades. São chamadas ilhas CpG porque contêm sequências altas em citosina seguida de guanina. O “p” representa a ligação fosfodiéster que une C a G. As ilhas CpG também são conhecidas por ocorrerem em regiões de promotores distais.

*R codifica para A ou G; W codifica para A ou T; Y codifica para C ou T; V codifica para A ou G ou C;  e N codifica para qualquer uma das quatro bases.

Suggested Reading

  1. Alberts, Bruce, et al. Molecular Biology of the Cell. 6th ed. Garland Science, 2017. pp: 384-385
  2. Lodish, Harvey, et al. Molecular Cell Biology. 8th ed. W.H. Freeman and Company, 2016. pp: 371-372.
  3. Kiran, K., Ansari, S. A., Srivastava, R., Lodhi, N., Chaturvedi, C. P., Sawant, S. V., & Tuli, R. (2006). The TATA-box sequence in the basal promoter contributes to determining light-dependent gene expression in plants. Plant physiology, 142(1), 364–376. https://doi.org/10.1104/pp.106.084319
  4. Kanhere, A., & Bansal, M. (2005). Structural properties of promoters: similarities and differences between prokaryotes and eukaryotes. Nucleic acids research, 33(10), 3165–3175. https://doi.org/10.1093/nar/gki627
  5. Kutach, A. K., & Kadonaga, J. T. (2000). The downstream promoter element DPE appears to be as widely used as the TATA box in Drosophila core promoters. Molecular and cellular biology, 20(13), 4754–4764. https://doi.org/10.1128/mcb.20.13.4754-4764.2000
  6. Yella, V. R., & Bansal, M. (2017). DNA structural features of eukaryotic TATA-containing and TATA-less promoters. FEBS open bio, 7(3), 324–334. https://doi.org/10.1002/2211-5463.12166