Back to chapter

11.13:

الريبوزومات

JoVE Core
Molecular Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Core Molecular Biology
Ribozymes

Languages

Share

الريبوزايمات هي أنواع خاصة من آر إن أيه التي يمكن أن تعمل كإنزيمات. الركائز لمعظم الريبوزايمات التى تحدث بشكل طبيعي هي روابط فوسفوديستر آر إن أيه. الاستثناء الوحيد المعروف هو 23 إس ريبوسومال آر إن أيه 00:00:18.200 00:00:22.130 في الرايبوزايم البكتيري،الذي يحفز تكوين رابطة البيبتايد.الريبوزايمات توجد في جميع أنواع الكائنات الحية و تكون مشابهة للإنزيمات التى أساسها بروتن حيث كلاهما يزيد من معدل التفاعلات. العديد من الريبوزايمات تحتاج أيونات معدنية،مثل المغنيسيوم،كعوامل مساعدة لتحفيز التفاعلات. بعض فئات الانترون يمكنها أن تعمل كريبوزايمات.يتم تصنيف الإنترون إلى خمس فئات متميزة-إنترونات آر إن إيه الرسول النووى،آر إن إيه الناقل النووى العتائق،المجموعة الأولى والمجموعة الثانية إنترونات. إنترونات المجموعة الأولى والثانية تكون ريبوزايمات كبيرة التى طولها العديد من مئات النيوكليوتيدات وتوجد في ميتوكوندريا الفطر و النبات،البلاستيدات الخضراء،العاثيات،والفيروسات حقيقية النواة. هم قادرون على وصل أنفسهم بدون مساعدة أي بروتينات.في حين أن الانترونات النووية يتم قطعها ووصلها بواسطة جسيم التضفير،آر إن أيه وبروتين يحتوي على مركب إنزيم. عادة يكون طول الريبوزايمات الصغيرة من 50 إلى 150 نيوكليتيدة و تكون ذاتية الفصل للزخارف التسلسلية النيوكليوتيدية. توجد هذه في العديد من الفيروسات النباتات آر إن أيه أيضا كما فى فيروس دلتا الالتهاب الكبدي،المسبب المرضى للإنسان.عملية النسخ في هذه الفيروسات ينتج عنها آر إن أيه طويل يحمل وحدات متعددة من الجينوم الفيروسي،حيث كل وحدة تحمل ريبوزايم صغير يشبه رأس المطرقة. هذه الإنزيمات المتباعدة بصفة منتظمة تخضع للشطر الذاتي،ينتج عنه كسر آر إن أيه الطويل إلى أجزاء جينومية فردية. معظم الريبوزايمات تشطر تسلسل النيوكليوتيد الخاص بها ومع ذلك،فإن يمكنه شطر جزيئات آر إن أيه أخرى.ريبنيوكلياز بى يوجد فى بعض البكتيريا ويقوم بمعالجة سلائف آر إن أيه الناقل لإنشاء نهاية 5 ناضجة. الريبوزايمات المتوفرة بصورة طبيعية معروفة بتحفيزها نطاق ضيق من التفاعلات،مثل إنقل الفوسفوريل في الأحماض النووية وتكوين روابط بيبتدية في البروتينات. العلماء خلّقوا ريبوزايمات إصطناعية في المعمل حيث يمكنها أداء مجالات واسعة من التفاعلات،مثل تكوين روابط بين الكربون-الكربون وتفاعلات الأكسدة الاختزال.

11.13:

الريبوزومات

يستخدم مصطلح الريبوزيم للـ RNA الذي يمكن أن يكون بمثابة إنزيم. توجد الريبوزيمات بشكل أساسي في فيروسات مختارة، وبكتيريا، وعضيات نباتية، وحقيقيات النوى السفلية. تم اكتشاف الريبوزيمات لأول مرة في عام 1982 عندما لاحظ مختبر توم تشيك’ المجموعة الأولى إنترونات تعمل كإنزيمات. تبع ذلك بعد فترة وجيزة اكتشاف ريبوزيم آخر، ريبونوكلياز P، بواسطة مختبر سيد ألتمان. حصل كل من تشيك و ألتمان على جائزة نوبل في الكيمياء عام 1989 لعملهما على الريبوزيمات.

يمكن تصنيف الريبوزيمات إلى مجموعتين حسب حجمها &#8211؛ الكبيرة والصغيرة. يمكن أن تختلف الريبوزيمات الكبيرة في الحجم من بضع مئات إلى عدة آلاف من النيوكليوتيدات. النوعان الأول والثاني من الإنترونات والريبونوكلياز P الجرثومي هما ريبوزيمات كبيرة. يبلغ طول الريبوزيمات الصغيرة 30 إلى 150 نيوكليوتيد. توجد في العديد من فيروسات النباتات المسببة للأمراض وفيروس دلتا التهاب الكبد (HDV)، أحد مسببات الأمراض البشرية. تعتبر هامرهيد و هيربن و HDV و فاركود من الأنواع الشائعة من الريبوزيمات الصغيرة. تحتاج معظم الريبوزيمات الكبيرة إلى أيونات معدنية ، خاصة Mg2+ /sup>، لنشاطها، لكن أيونات المعادن ليست ضرورية لمعظم الريبوزيمات الصغيرة. الريبوزيم glmS، في glmSmRNA، عبارة عن ريبوزيم فريد من نوعه حيث يعمل أيضاً كمحول ريبوزيم عندما يكون الجلوكوزامين 6-فوسفات موجوداً بتركيزات عالية.

تحفز معظم الريبوزيمات التي تحدث بشكل طبيعي على تحطيم روابط الفوسفودايستر الموجودة في الحمض النووي الريبي الخاص بها. على عكس إنزيم البروتين النموذجي ، تؤدي معظم الريبوزيمات تفاعلًا أحادي الدوران لأنها، بعد الانقسام الذاتي، لم تعد نشطة. ومع ذلك، فإن اثنين من الريبوزيمات – ريبونوكلياز P و 23S RNA في الوحدة الفرعية الريبوزومية 50S تؤدي تفاعلات مختلفة. ريبونوكلياز P هو مركب بروتين RNA له نشاط نوكلياز داخلي ويتطلب Mg 2+ أيونات. يعمل مكون الحمض النووي الريبي الخاص به على 5&#39؛ نهاية الحمض الريبي النووي النقال السابق لأوانه لإنتاج النضج 5&#39؛ نهاية. يختلف الحمض النووي الريبي 23S الموجود في الريبوسوم عن جميع الريبوزيمات الطبيعية المعروفة ، حيث إنه بدلاً من تفاعلات نقل الفوسفوريل، فإنه ينفذ تفاعلات تكوين رابطة الببتيد أثناء الترجمة.

نظرًا لأن RNA يمكن أن يعمل كناقل للمعلومات الجينية وكذلك الإنزيمات، فمن المفترض أن &#8220؛RNA عالمي & # 221؛ ربما كان موجوداً في الماضي حيث لعب الحمض النووي الريبي دوراً مهماً في تطوير أشكال الحياة المبكرة. &#160؛ ومع ذلك، مع تطور أشكال الحياة المعقدة، ربما بدأت البروتينات التي تحتوي على عشرين من الأحماض الأمينية في العمل كإنزيمات واستحوذت على العديد من التفاعلات التي تقوم بها الريبوزيمات. تحصل هذه النظرية على دعم من الريبوزيمات الاصطناعية التي تم تطويرها في المختبر والتي يمكنها تنفيذ عدد لا يحصى من التفاعلات مثل تكوين رابطة الأميد، وتكوين الرابطة الجليكوسيدية، وتكوين الرابطة بين الكربون والكربون، وتفاعلات الأكسدة والاختزال.

Suggested Reading

  1. Doherty, Elizabeth A., and Jennifer A. Doudna. "Ribozyme structures and mechanisms." Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure 30, no. 1 (2001): 457-475.
  2. Weinberg, Christina E., Zasha Weinberg, and Christian Hammann. "Novel ribozymes: discovery, catalytic mechanisms, and the quest to understand biological function." Nucleic Acids Research 47, no. 18 (2019): 9480-9494.  
  3. Ferré-D'Amaré, Adrian R., and William G. Scott. "Small self-cleaving ribozymes." Cold Spring Harbor Perspectives in Biology 2, no. 10 (2010): a003574.
  4. Tanner, N. Kyle. "Ribozymes: the characteristics and properties of catalytic RNAs." FEMS Microbiology Reviews 23, no. 3 (1999): 257-275.