Sentetik Proteinlerin Optimizasyon: interpozisyonel bağımlılıklar belirlenmesi Yapısal belirten ve / veya Fonksiyonel Bağlantılı tortular

Bu prosedürün genel amacı, interpozisyonel bağımlılıkları veya IPD'leri ima eden protein hizalamalarında birlikte gelişen kalıntıları tanımlamaktır. Bu, ilk olarak, bir protein hizalamasının etkileşimli bir 3D temsilini oluşturan ve çubuk dünyasındaki birlikte değişen kalıntıları net bir şekilde gösteren görsel bir analiz aracı olan çubuk dünyasına hizalamanın yüklenmesiyle gerçekleştirilir. Hizalamadaki her konum, bir küre yığınından oluşan bir sütun olarak temsil edilir, hizalama içinde bu konumdaki olası 20 amino asidin her biri için bir küre, frekansa bağlı bir şekilde boyutlandırılır, her konumu temsil eden sütunlar, IPD'leri temsil etmek için bir silindirin etrafına sarılır.

Pozisyonlarda bulunan kalıntıların program içinde bağımlı olması durumunda beklenenden daha yüksek veya daha düşük bir şekilde birlikte gelişen kalıntılar arasında çizgiler çizilir. Kalıntı, yönetilebilir sayıda kenar olana kadar ayarlanır ve ardından ilgilenilen kenarlar tanımlanır. Sonuç olarak, çubuk dünyası, birbiriyle birlikte gelişen kalıntıları tanımlamak için kullanılır.

Bu tür fonksiyonel olarak gerekli kaplama kalıntıları bir ventilat kinaz içinde tanımlanmıştır. İnsanların bu süreçle mücadele etmesinin nedenlerinden biri de yeniliktir. Neredeyse bir bilim olduğu kadar bir sanat formudur.

Çubuk dünyasını görsel olarak göstermek önemlidir çünkü bu görsel bir analiz aracıdır ve kullanıcı etkileşimi gerektirir. En az dört gigabayt Bram ile Intel I beş veya daha iyi bir işlemciye sahip, Mac OS 10 veya Linux OS çalıştıran ve metin protokolünde listelenen Python kitaplıklarıyla donatılmış bir bilgisayar kullanın. Stick World'ü ilgili tüm Python komut dosyalarını içeren bir zip arşivi olarak indirin.

Ayrıca, standart fasta DNA protein dizisi hizalamalarını çubuk dünya formatına dönüştürmek için FASTA iki çubuklu komut dosyasını indirin. Arşivi çıkarın ve ortaya çıkan çubuk dünya klasörünü ve FASTA iki çubuklu komut dosyasını masaüstüne koyun. Ardından, herhangi bir standart hizalama yazılımı kullanarak protein dizilerinin bir hizalamasını oluşturun.

Hizalamayı masaüstüne kaydedin. Bir formatı istila edin. Makro Linux bilgisayarda terminal uygulamasını açın ve terminalde CD tilda slash desktop yazıp return tuşuna basarak masaüstüne gidiniz.

FASTA iki çubuklu komut dosyasını çalıştırılabilir hale getirmek için komutu yazın ve ardından komut dosyasını yürütmek için komutu yazın. Giriş dosyası adını ve istenen çıktı adını belirtmek için komut dosyası tarafından sağlanan ekran yönergelerini izleyin. Çıktı dosyasını masaüstünün üst kısmına kaydedin.

Terminale Python dash 32 stick world demo PI yazarak Mac veya Linux bilgisayar başlatma çubuğu dünyasının terminal uygulamasını kullanarak çubuk dünyası yürütülebilir klasörüne gidin. Çubuk dünya veri yükleyici panelinin ekranda görünür olduğunu doğrulayın. Ardından, protein yükle düğmesine basarak dönüştürülmüş protein dizisi hizalamasını yükleyin.

Oluşturulan dosyayı seçin ve açık çubuk dünyasına basın, çubuk dünyası kontrolü ve çubuk dünyası açık gl dahil olmak üzere birkaç yeni pencere açacaktır. Çubuk dünyasını aç GL penceresini seçin. Varsayılan çubuk dünyası görselleştirmesini, yeniden boyutlandırılabilir açık GL pencerelerindeki verileri temsil eden silindir aracılığıyla yukarıdan aşağıya bir görünümde görüntülemek için açık GL menüsünden görünümü sıfırla'yı seçin.

Çubuk dünyasında çeşitli görünüm seçenekleri mevcuttur. Sütunların ve topların değerlerini görüntülemek için çubuk dünyası kontrol bölmesinde sütun etiketleri ve top etiketleri için kutuları seçin. Sütun kenar çizgilerini gizlemek için çubuk dünya kontrol bölmesindeki sütun kenarları kutusunun seçimini kaldırın.

Sütunlar boyunca ince bir çizgi çizmek için çubuk dünya kontrol bölmesinde sütun kalınlığını 0,1 olarak ayarlayın. 3D görünümde gezinmeyi kolaylaştırır, değişikliği kabul etmek için return tuşuna basın. Çubuk dünyasında görünümü sıfırlayın, GL penceresini açın.

Ardından, program içinde gezinmek üzere görünümü en üst düzeye çıkarmak için tam ekran düğmesine basın. Fareyi herhangi bir yönde hareket ettirirken farenin sol düğmesini basılı tutarak 3D çubuk dünya ekranını döndürün. Fareyi yukarı veya aşağı hareket ettirirken farenin sağ düğmesini basılı tutarak 3D çubuk dünya ekranını yakınlaştırın.

Kaydırarak ve yakınlaştırarak görünüme göz atın: Hem p'nin eşik gereksinimlerini aşan birlikte gelişen kalıntılar hem de artık kenar çizgileri aracılığıyla bağlanır. Kalıntıları bağlayan çok fazla veya çok az kenar varsa, artık eşiği daha az veya daha fazla kenar gösterecek şekilde değiştirin Çubuk dünyasındaki artık eşiği artırın, hiçbir IPD kenar çizgisi gösterilmeyene kadar ağrıyı kontrol edin ve ilişkiler görünene kadar yavaşça aşağı doğru rampalayın. İncelenecek yeterli sayıda ilişki olana kadar kalanı artırmaya devam edin.

Komutu ve sol tıklamayı kullanarak hizalama içinde bilinen ilgi kalıntılarını veya birbirine uzak kalıntıları içeren ilişkileri tanımlayın, ilgilenilen herhangi bir kenarı seçin. Çubuk dünya kontrol paneli, sütunları gösterecek ve belirli kalıntıları bağlayacaktır. Düz çizgiler olumlu çağrışımları temsil eder.

Kesikli çizgiler ise negatif çağrışımları temsil eder. Bağlantı kalıntıları ve gerçek kalıntı değerleri de dahil olmak üzere tüm görünür kenarların düz metin formatlı bir dosyasını uygun dizine kaydetmek için çubuk dünya kontrol panelindeki çıkış kenarları düğmesine basın. Ön planda 1 32 pozisyonundaki glisin, 1 35 pozisyonundaki tirozin pozisyonu ve 1 41 pozisyonundaki bir prolin arasında üç düğümlü bir ilişki dahil olmak üzere büyük bir küme interpozisyonel bağımlılıkları veya IPD'ler görülebilir.

Burada, görünüm, kullanıcıyı silindirin biraz üzerine yerleştirmek için çarpıtılmış ve 1 36 konumundaki bir histamin ile yirmi dokuz yüz yedi kalıntı uzaktaki bir metiyonin arasında bir IPD ortaya çıkmıştır. Tersine, aynı alanın A-P-A-M-H-M-M'den türetilmiş motifi, bunları spesifik olarak birlikte ortaya çıkan motif varyansı olarak algılamaz ve ayrıca biyolojik olarak desteklenmeyen bir şemadaki genel gruplamaları tanımlar. Bu prosedürü gerçekleştirirken, iki farklı şekilde denemeyi unutmamak önemlidir.

Yüksek bir kalıntı ile başlayın ve aşağı doğru ilerleyin veya düşük bir kalıntı ile başlayın ve yukarı doğru ilerleyin ve bu şekilde alanı iki farklı şekilde keşfedebilirsiniz.