Name: Saccharomyces cerevisiaede yeni başlayan ve olgun transkriptlerin karşılaştırmalı RNA yapısı analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-02-27T13:20:00.000+00:00
Duration: 9 min 12 s
Description: Keşfedin CoSTseq yöntemiyle Saccharomyces cerevisiae'de yeni başlayan ve olgun RNA yapılarını karşılaştırarak transkripsiyon sırasında RNA katlanmasını inceleyin. Bu yöntem gen ifadesi düzenlemelerini anlamanıza yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Zhang, J., Fei, Y., Sun, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+and+opportunities+in+RNA+structure+experimental+determination+and+computational+modeling%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">Advances and opportunities in RNA structure experimental determination and computational modeling.</a> Nature Methods. 19 (10), 1193-1207 (2022).</li>
<li>Bonilla, S. L., Jones, A. N., Incarnato, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+biophysical+dissection+of+RNA+conformational+ensembles%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Opinion+in+Structural+Biology%22%5BJournal%5D)">Structural and biophysical dissection of RNA conformational ensembles.</a> Current Opinion in Structural Biology. 88, (2024).</li>
<li>Bose, R., Saleem, I., Mustoe, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Causes%2C+functions%2C+and+therapeutic+possibilities+of+RNA+secondary+structure+ensembles+and+alternative+states%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Chemical+Biology%22%5BJournal%5D)">Causes, functions, and therapeutic possibilities of RNA secondary structure ensembles and alternative states.</a> Cell Chemical Biology. 31 (1), 17-35 (2024).</li>
<li>Rapakko, J., Scaravilli, M., Änkö, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interplay+between+RNA-protein+interactions+and+RNA+structures+in+gene+regulation%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Open+Bio%22%5BJournal%5D)">Interplay between RNA-protein interactions and RNA structures in gene regulation.</a> FEBS Open Bio. , (2025).</li>
<li>Rodgers, M., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+roadmap+for+rRNA+folding+and+assembly+during+transcription%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+biochemical+sciences%22%5BJournal%5D)">A roadmap for rRNA folding and assembly during transcription.</a> Trends in biochemical sciences. 46 (11), 889-901 (2021).</li>
<li>Tomezsko, P., Swaminathan, H., Rouskin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+Genome-Wide+or+Targeted+RNA+Structure+Probing+In+Vitro%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for Genome-Wide or Targeted RNA Structure Probing In Vitro.</a> Methods in Molecular Biology. 2254, 219-238 (2021).</li>
<li>Xu, H., Douglas, C. W., Lambowitz, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+TGIRT-seq+methods+for+comprehensive+transcriptome+profiling+with+decreased+adapter+dimer+formation+and+bias+correction%5BTitle%5D)+AND+%22Scientific+Reports%22%5BJournal%5D)">Improved TGIRT-seq methods for comprehensive transcriptome profiling with decreased adapter dimer formation and bias correction.</a> Scientific Reports. 9 (1), (2019).</li>
<li>Lopes, R., Agami, R., Korkmaz, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GROseq%2C+A+Tool+for+Identification+of+Transcripts+Regulating+Gene+Expression%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+molecular+biology+%28Clifton%2C+N.J%29%22%5BJournal%5D)">GROseq, A Tool for Identification of Transcripts Regulating Gene Expression.</a> Methods in molecular biology (Clifton, N.J). 1543, 45-55 (2017).</li>
<li>Mahat, D. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Base-Pair+Resolution+Genome-Wide+Mapping+Of+Active+RNA+polymerases+using+Precision+Nuclear+Run-On+%28PROseq%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+protocols%22%5BJournal%5D)">Base-Pair Resolution Genome-Wide Mapping Of Active RNA polymerases using Precision Nuclear Run-On (PROseq).</a> Nature protocols. 11 (8), 1455-1476 (2016).</li>
<li>Schärfen, L., Vock, I. W., Simon, M. D., Neugebauer, K. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+folding+of+nascent+RNA+regulates+eukaryotic+RNA+biogenesis%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Rapid folding of nascent RNA regulates eukaryotic RNA biogenesis.</a> Molecular Cell. 85 (8), 1561-1574 (2025).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+steps+in+transcription+initiation+and+reinitiation+from+the+major+late+promoter+in+a+HeLa+nuclear+extract%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Functional steps in transcription initiation and reinitiation from the major late promoter in a HeLa nuclear extract.</a> Journal of Biological Chemistry. 262 (8), 3452-3461 (1987).</li>
<li>Hawley, D. K., Roeder, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Separation+and+partial+characterization+of+three+functional+steps+in+transcription+initiation+by+human+RNA+polymerase+II%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Biological+Chemistry%22%5BJournal%5D)">Separation and partial characterization of three functional steps in transcription initiation by human RNA polymerase II.</a> Journal of Biological Chemistry. 260 (13), 8163-8172 (1985).</li>
<li>Zubradt, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS-MaPseq+for+genome-wide+or+targeted+RNA+structure+probing+in+vivo%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Methods%22%5BJournal%5D)">DMS-MaPseq for genome-wide or targeted RNA structure probing in vivo.</a> Nature Methods. 14 (1), 75-82 (2017).</li>
<li>Tijerina, P., Mohr, S., Russell, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DMS+foot-printing+of+structured+RNAs+and+RNA-protein+complexes%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protocols%22%5BJournal%5D)">DMS foot-printing of structured RNAs and RNA-protein complexes.</a> Nature Protocols. 2 (10), 2608-2623 (2007).</li>
<li>Liebig, A., Waldsich, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probing+RNA+structure+within+living+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+enzymology%22%5BJournal%5D)">Probing RNA structure within living cells.</a> Methods in enzymology. 468, 219-238 (2009).</li>
<li>Pelechano, V., Chávez, S., Pérez-Ortín, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+Complete+Set+of+Nascent+Transcription+Rates+for+Yeast+Genes%5BTitle%5D)+AND+%22PLOS+ONE%22%5BJournal%5D)">A Complete Set of Nascent Transcription Rates for Yeast Genes.</a> PLOS ONE. 5 (11), (2010).</li>
<li>Wery, M., Descrimes, M., Thermes, C., Gautheret, D., Morillon, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zinc-mediated+RNA+fragmentation+allows+robust+transcript+reassembly+upon+whole+transcriptome+RNA-Seq%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq.</a> Methods. 63 (1), 25-31 (2013).</li>
<li>Wang, L. K., Lima, C. D., Shuman, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structure+and+mechanism+of+T4+polynucleotide+kinase%3A+an+RNA+repair+enzyme%5BTitle%5D)+AND+%22The+EMBO+Journal%22%5BJournal%5D)">Structure and mechanism of T4 polynucleotide kinase: an RNA repair enzyme.</a> The EMBO Journal. 21 (14), 3873-3880 (2002).</li>
<li>Köster, J., Rahmann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snakemake+a+scalable+bioinformatics+workflow+engine%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Snakemake a scalable bioinformatics workflow engine.</a> Bioinformatics. 28 (19), 2520-2522 (2012).</li>
<li>Chen, S., Zhou, Y., Chen, Y., Gu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((fastp%3A+an+ultrafast+all-in-one+FASTQ+preprocessor%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">fastp: an ultrafast all-in-one FASTQ preprocessor.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 34 (17), i884-i890 (2018).</li>
<li>Dobin, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((STAR%3A+ultrafast+universal+RNA-seq+aligner%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics+%28Oxford%2C+England%29%22%5BJournal%5D)">STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner.</a> Bioinformatics (Oxford, England). 29 (1), 15-21 (2013).</li>
<li>Liu, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Algorithms+for+efficiently+collapsing+reads+with+Unique+Molecular+Identifiers%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">Algorithms for efficiently collapsing reads with Unique Molecular Identifiers.</a> PeerJ. 7, (2019).</li>
<li>Spasic, A., Assmann, S. M., Bevilacqua, P. C., Mathews, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Modeling+RNA+secondary+structure+folding+ensembles+using+SHAPE+mapping+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Modeling RNA secondary structure folding ensembles using SHAPE mapping data.</a> Nucleic Acids Research. 46 (1), 314-323 (2018).</li>
<li>Saldi, T., Fong, N., Bentley, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcription+elongation+rate+affects+nascent+histone+pre-mRNA+folding+and+3%E2%80%B2+end+processing%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+%26+Development%22%5BJournal%5D)">Transcription elongation rate affects nascent histone pre-mRNA folding and 3′ end processing.</a> Genes & Development. 32 (3-4), 297-308 (2018).</li>
<li>Pan, T., Artsimovitch, I., Fang, X., Landick, R., Sosnick, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Folding+of+a+large+ribozyme+during+transcription+and+the+effect+of+the+elongation+factor+NusA%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences%22%5BJournal%5D)">Folding of a large ribozyme during transcription and the effect of the elongation factor NusA.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 96 (17), 9545-9550 (1999).</li>
<li>Heilman-Miller, S. L., Woodson, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+transcription+on+folding+of+the+Tetrahymena+ribozyme%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Effect of transcription on folding of the Tetrahymena ribozyme.</a> RNA. 9 (6), 722-733 (2003).</li>
<li>Yu, A. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computationally+reconstructing+co-transcriptional+RNA+folding+from+experimental+data+reveals+rearrangement+of+nonnative+folding+intermediates%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Cell%22%5BJournal%5D)">Computationally reconstructing co-transcriptional RNA folding from experimental data reveals rearrangement of nonnative folding intermediates.</a> Molecular Cell. 81 (4), 870-883 (2021).</li>
<li>Yu, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+probing+of+eukaryotic+nascent+RNA+structure+elucidates+cotranscriptional+folding+and+its+antimutagenic+effect%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+communications%22%5BJournal%5D)">Genome-wide probing of eukaryotic nascent RNA structure elucidates cotranscriptional folding and its antimutagenic effect.</a> Nature communications. 14 (1), (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>10mM ATP</td><td>Invitrogen</td><td>18330019</td><td></td></tr><tr><td>10mM Biotin-11-CTP</td><td>Jena biyobilimleri</td><td>NU-831-BIOX</td><td></td></tr><tr><td>10mM GTP</td><td>Invitrogen</td><td>18332015</td><td></td></tr><tr><td>10mM UTP</td><td>Invitrogen</td><td>18333013</td><td></td></tr><tr><td>10X NEBuffer 1</td><td>New England Biolabs</td><td>B7001S</td><td>7.2.1 adımında kullanıldı</td></tr><tr><td>10X Fosfat Tamponlu Tuzlu Çay (PBS)</td><td>Gibco</td><td>70011-044</td><td></td></tr><tr><td>%20 SDS</td><td>RPI&nbsp;</td><td>L23100-500</td><td></td></tr><tr><td>Asit fenol:kloroform&nbsp;</td><td>Ambion</td><td>AM9722</td><td></td></tr><tr><td>Boyut seçimi için AMPure XP boncukları</td><td>Beckman Coulter&nbsp;</td><td>A63880</td><td>7.5.1 adımında Boyut Seçimi için Kullanılıyor</td></tr><tr><td>Bacto Peptone</td><td>Gibco</td><td>211677</td><td></td></tr><tr><td>Bacto Maya Ekstraktı</td><td>Gibco</td><td>212750</td><td></td></tr><tr><td>Bicine</td><td>Sigma Aldrich</td><td>B3876-100G</td><td></td></tr><tr><td>Kloroform</td><td>Sigma Aldrich</td><td>319988</td><td></td></tr><tr><td>D-(+)-GLUKOZ</td><td>Sigma Aldrich</td><td>G5767-500G</td><td></td></tr><tr><td>DIFCO AGAR</td><td>BD DIFCO</td><td>214010</td><td></td></tr><tr><td>Dimetil Sülfat</td><td>Sigma Aldrich</td><td>D186309-5ML</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads&trade; MyOne Streptavidin C1 boncuklar&nbsp;</td><td>Invitrogen</td><td>65001</td><td>4.1. Bölümde Biotin Pulldown için Kullanılıyor</td></tr><tr><td>Dynabeads&trade; mRNA DIRECT&trade; Arındırma Kiti</td><td>Invitrogen</td><td>61011</td><td>Bölüm 5.1'de Poli A seçimi için kullanılmıştır</td></tr><tr><td>EDTA, pH 8, 0.5M</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>03690-100ML</td><td></td></tr><tr><td>Etanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>E7023-500ML</td><td></td></tr><tr><td>GlycoBlue</td><td>Invitrogen</td><td>AM9516</td><td>4.2.7 ve 5.2.4 adımlarında kullanılan eş çökeltici</td></tr><tr><td>Induro&reg; &nbsp; Ters Transkriptaz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0681S</td><td>6.3.1 adımında kullanılan RT enzimi</td></tr><tr><td>İzoamil alkol</td><td>Sigma Aldrich&nbsp;</td><td>W205710-1KG-K</td><td></td></tr><tr><td>İzopropanol</td><td>JT-BAKER</td><td>9084-05-01</td><td></td></tr><tr><td>KAPA HiFi HotStart PCR Kiti & nbsp; &nbsp;</td><td>Roche</td><td>07958889001</td><td>PCR reaksiyonları için 7.3.2 ve 7.4.1'de kullanılan yüksek isabetli DNA Pol</td></tr><tr><td>Magnezyum klorür</td><td>Sigma Aldrich</td><td>SLCM2154</td><td></td></tr><tr><td>MinElute PCR Temizleme Kiti</td><td>Qiagen</td><td>28004</td><td>6.3.3 ve 7.2.2 adımlarında DNA temizliği için kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Mth RNA Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M2611A</td><td></td></tr><tr><td>Oligo Clean & Konsantrasyon</td><td>Zymo Araştırması</td><td>D4060</td><td>DNA Oligo temizliği için 7.1.2. adımda önerildi</td></tr><tr><td>Potasyum Asetat&nbsp;</td><td>Sigma Aldrich</td><td>236497-500G</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum klorür</td><td>JT Baker</td><td>3040-01</td><td></td></tr><tr><td>Potasyum Hidroksit</td><td>Avantor</td><td>6984-04-01</td><td></td></tr><tr><td>RNA Temizliği & Konsantretör-5</td><td>Zymo Araştırması</td><td>R1014</td><td>PNK tedavisinden sonra 5.3.2'de kullanılan RNA temizleme kiti</td></tr><tr><td>RNaseOUT&trade; Rekombinant Ribonükleaz İnhibitörü</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>10777019</td><td>PNK tedavisi sırasında 5.3.1 adımında kullanılan RNaz inhibitörü</td></tr><tr><td>Sarkosyl</td><td>IBI Scientific</td><td>IB07080</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Asetat</td><td>Kaliteli Biyolojik</td><td>351-035-721</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Klorür</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S5150-1L</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Hidroksit&nbsp;</td><td>Macron</td><td>7708-10</td><td></td></tr><tr><td>SUPERase&middot; In&trade; RNaz İnhibörü (20 U/&mu; L)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AM2696</td><td>6.3.1. adımda kullanılan RNaz inhibitörü</td></tr><tr><td>T4 Polinükleotid Kinaz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0201S</td><td></td></tr><tr><td>Termostabil 5' App DNA/RNA Ligase</td><td>New England Biolabs</td><td>M0319L</td><td></td></tr><tr><td>Tris-HCl, pH 7.4, 1M</td><td>Termo Bilimsel</td><td>J60202. K2</td><td></td></tr><tr><td>Triton X-100</td><td>TEKNOVA</td><td>T1105</td><td></td></tr><tr><td>TRIzol&trade; Reaktif</td><td>Invitrogen</td><td>15596-026</td><td>Bölüm 4.2'deki yeni RNA elülasyonu için; Bölüm 4'te "RNA reaktifi" olarak da adlandırılır</td></tr><tr><td>&beta;-merkaptoetanol</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M6250-1L</td><td></td></tr></tbody></table>

saccharomyces cerevisiae'de yeni başlayan ve olgun transkriptlerin karşılaştırmalı rna yapısı analizi

Comparative RNA Structure Analysis of Nascent and Mature Transcripts in Saccharomyces cerevisiae

Saccharomyces cerevisiae'de yeni başlayan ve olgun transkriptlerin karşılaştırmalı RNA yapısı analizi

During transcription, nascent RNA starts base pairing as it exits RNA polymerases (Pols). This base pairing permits the formation of RNA structures that ...

comparative-rna-structure-analysis-nascent-mature-transcripts

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biyokimya

Mikroarray Analizi için Saccharomyces cerevisiae</em

Bu protokol, Flüoresans gerçekleştirmek için deneysel bir işlem...

Floresan kullanarak mRNA Moleküllerin Görselleştirme ve Analiz<em&gt; Yerinde</emIn&gt; Hibridizasyon<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

Belirli mRNA'ların sabit durum seviyesi mRNA sentezi ve çürüme oranı ile tespit edilir. Genom mRNA azalma oranları ve özel mRNA bozunma oranları mRNA'nın yarı ömürleri saptanmasıyla ölçülebilir. Bu protokol Saccharomyces cerevisiae mRNA bozunma oranlarının ölçümü üzerinde duruluyor.

MRNA Çürüme Oranlarının Ölçümü<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</emKullanma&gt;<em&gt; Rpb1-1</em&gt; Suşlar

Burada, RNA-seq S. cerevisiae hücre hipoksik yanıt sırasında zamanla mRNA düzeyleri izlemek için bir iletişim kuralı'nı mevcut. Bu yöntem gen ekspresyonu herhangi bir hücresel yanıt sırasında analiz etmek için adapte edilebilir.

Maya S. cerevisiae hipoksik yanıt sırasında zamanla mRNA düzeyleri ölçme

Burada açıklanan protokolü yeni sentezlenmiş mRNA 4-thiouracil ile etiketli Maya hücrelerinden saf genom çapında miktar temel alır. Bu yöntem mRNA decay edilişi mRNA sentezi ölçmek için sağlar ve böylece, RNA polimeraz II transkripsiyon doğru bir ölçüm sağlar.

Saccharomyces cerevisiae Metabolik 4-thiouracil ve bir miktar ile etiketleme yeni mRNA RNA polimeraz II etkinlik için bir Proxy olarak sentezlenmiş

Burada RNA DNAzyme bağımlı dekolte için bir protokol salıyoruz. Bu, RNA 2'-O-metilasyonun hızlı ve yere bağlı analizini sağlar. Bu yaklaşım, snoRNA aktivitesinin ön veya önemli değerlendirilmesi için kullanılabilir.

RRNA 2'-O-Metilasyonun DNAzyme bağımlı analizi

cDNA'nın kinetik çapraz bağlanması ve analizi, canlı hücrelerdeki protein-RNA etkileşimlerinin dinamiklerinin yüksek zamansal çözünürlükte araştırılmasını sağlayan bir yöntemdir. Burada protokol, maya hücrelerinin büyümesi, UV çapraz bağlama, hasat, protein saflaştırma ve yeni nesil dizileme kütüphanesi hazırlama adımları dahil olmak üzere ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.

χCRAC Kullanarak Yüksek Zamansal Çözünürlükte Protein-RNA Etkileşim Dinamiğinin İn Vivo İzlenmesi

Bu protokol, otomatik gradyan üreticileri veya gradyan fraksiyonasyon sistemleri kullanmadan bir çoklu profilin nasıl oluşturulacağını açıklar.

Degrade Yapıcılar veya Fraksiyonasyon Sistemleri Olmadan Polizom Profilleme

Protokol, mutasyonel profilleme deneyleri için RNA'nın dimetil sülfat ile modifiye edilmesi için talimat sağlar. İki alternatif kütüphane hazırlama yöntemi ile in vitro ve in vivo problama içerir.

RNA Yapısının Dimetil Sülfat Mutasyonel Profillemesi ile İn Vitro ve İn Hücre Dizilimi ile İncelenmesi

Bu protokol, fare embriyonik kök hücrelerinde intergenik ve intragenik güçlendirici RNA'ların kararlılığını ve yarı ömrünü Aktinomisin D tedavisi, RT-qPCR ve doğrusal olmayan regresyon analiziyle nicel olarak ölçer. Konuma özgü normalleştirme stratejileri, eRNA bozunma dinamiklerini bağlama bağlı olarak doğru şekilde modellemek için dahil edilir.

Fare embriyonik kök hücrelerinde Enhancer RNA Stabilitesinin Optimize Edilebilir Nicel Değerlendirmesi

5-etinil-uridin (5-EU) kullanılarak Xenopus erken embriyolarında transkriptom analizi için yeni başlayan transkriptleri metabolik olarak etiketlemek ve saflaştırmak için ayrıntılı yöntemler sunuyoruz.

Xenopus erken embriyogenezinde yeni başlayan transkriptomun metabolik etiketlenmesi

Keşfedin CoSTseq yöntemiyle Saccharomyces cerevisiae'de yeni başlayan ve olgun RNA yapılarını karşılaştırarak transkripsiyon sırasında RNA katlanmasını inceleyin. Bu yöntem gen ifadesi düzenlemelerini anlamanıza yardımcı olur.

Saccharomyces cerevisiae'de yeni başlayan ve olgun transkriptlerin karşılaştırmalı RNA yapısı analizi

Daha fazla video keşfet