الكميات التعبير البروتين والتعاون التعريب عن طريق تعدد المناعية النسيجية تلطيخ والمتعددة الأطياف التصوير

الهدف العام من هذه الطريقة هو تحديد التعبير عن البروتين بشكل موضوعي والتوطين المشترك باستخدام التصوير متعدد الأطياف. يمكن أن تساعد هذه الطريقة في الإجابة على الأسئلة الرئيسية في مجال البحث الأساسي وعلم الأمراض التشخيصي ، مثل كيفية تغيير البروتينات للتعبير والتوطين بعد العلاج ، أو في تطور المرض. الميزة الرئيسية لهذه التقنية هي أنها تزيل ذاتية المشغل المتأصلة في طرق القياس الكمي التقليدية.

لبدء عملية القياس الكمي ، افتح برنامج التصوير متعدد الأطياف لإنشاء مكتبة طيفية من شرائح التحكم المعدة مسبقا والملطخة بالكروموجينات الفردية والشريحة الملونة بالهيماتوكسيلين. بعد ذلك ، افتح مكعب صورة تم الحصول عليه من شريحة تحكم ، وحدد أربع إلى خمس مناطق ملطخة بشكل إيجابي لتحديد الكروموجين بصريا. كرر الخطوات مع مكعبات الصور من شرائح التحكم الأخرى حتى يتم إنشاء مكتبة طيفية كاملة تمثل جميع الكروموجينات، ثم احفظ المكتبة الطيفية.

ابدأ مشروعا جديدا داخل برنامج التصوير متعدد الأطياف عن طريق تحديد Multispecttral أو im3 لخيار تنسيق الصورة، و Brightfield لتنسيق العينة. قم بتكوين المشروع عن طريق اختيار نسيج المقطع والبحث عن الميزات والتنميط الظاهري والنتيجة والتصدير. قم بتغيير دقة الصورة لتسريع وقت التحليل ، إذا رغبت في ذلك.

قم باستيراد المكتبة الطيفية التي تم إنشاؤها مسبقا وحدد جميع الكروموجينات المراد تضمينها في التحليل. افتح مكعبات الصور المراد تضمينها في مجموعة بيانات التدريب عن طريق تحديد خيار فتح مكعب الصورة. حدد ما لا يقل عن 18٪ من إجمالي عدد الصور المراد تحليلها لضمان دقة التدريب.

بعد ذلك ، اختر مجموعة التدريب من الصور. الصور التي تمثل جميع حالات المرض ، لزيادة دقة التجزئة. قم بتضمين صور تلطيخ سلبية وفيرة في مجموعة التدريب لتجنب التحيز خلال هذه الخطوة.

قم بموازنة اللون الأبيض للصور في مجموعة التدريب عن طريق تحديد أداة قطارة العين ، واختيار منطقة بيضاء في صورة واحدة. حدد زر التقدم لتحريك تجزئة الأنسجة. ثم استخدم لوحة فئات الأنسجة لاختيار أنواع الأنسجة المراد تحليلها للحصول على توطين أكثر دقة للأنسجة البروتينية يمكن استخدام فئات محددة من الأنسجة.

ابدأ في إنشاء الخوارزمية وتحديد فئات الأنسجة باستخدام أداة القلم والرسم حول مجموعات من الخلايا داخل صور التدريب. عند الانتهاء من فئة واحدة من الأنسجة ، كرر الخطوة لفئات الأنسجة الأخرى. تأكد من اختيار مجموعات من الخلايا داخل الصور التي تتميز بنوع فئة الأنسجة.

حدد المكونات المراد تضمينها في تدريب مقسم الأنسجة. اختر مقياس نمط مناسب لتدريب مقسم الأنسجة. ثم حدد زر تقطيع الأنسجة المدرب.

لاحظ مربعا منبثقا يعرض دقة نسبة وحدات البكسل داخل مناطق التدريب المصنفة بشكل صحيح. قم بتقسيم مجموعة التدريب الكاملة من الصور بالنقر فوق تقسيم الصور. عند الانتهاء ، راجع مجموعة التدريب للعثور على أي أنسجة مصنفة بشكل خاطئ باستخدام خوارزمية التدريب الحالية.

عندما تكون واثقا من نتائج خوارزمية تجزئة الأنسجة ، حدد الزر المتقدم. تأكد من تحديد النوى بالفعل لاختيار السيتوبلازم و / أو الغشاء. حدد علامة تبويب النوى واختر الإعدادات المناسبة للتجزئة النووية.

ثم اختر ما إذا كان سيتم تضمين فئات الأنسجة الفردية أو جميع فئات الأنسجة في التجزئة. حدد نهج العتبة المستند إلى كائن counterstain لطريقة مبسطة للحصول على نتائج جيدة. بعد ذلك ، حدد نهج العتبة القائم على الكائن على بقعة نووية موثوقة.

حدد معلمات على شكل سيتوبلازم عن طريق اختيار علامة التبويب السيتوبلازم. بعد ذلك ، حدد المسافة الخارجية إلى النواة. ثم حدد الحد الأدنى للحجم.

حدد مكون الخيار التالي مع أساسي وثانوي وحدد التعليم الثالث كخيارات ثانوية. انتقل إلى علامة تبويب الغشاء. اختر أولا لعلامة الغشاء الخاصة المستخدمة.

اضبط الكثافة البصرية ذات المقياس الكامل أو OD للعثور على حد أدنى أو عتبة إيجابية لكل علامة على أغشية الخلايا. استمرارا ضمن علامة التبويب الغشاء ، حدد الحد الأقصى لحجم الخلية. بعد تحديد جميع الخيارات، حدد تقسيم الكل.

قم بتطبيق الإعدادات على الصور وراقبها. اختر مقدما للانتقال إلى درجة IHC واختر فئة أنسجة لتسجيلها. اختر نوع النقاط المطلوب واختر قسم الخلية المراد استخدامه في تحليل تسجيل النقاط.

بعد ذلك ، حدد عرض بيانات المكونات وحرك المؤشر فوق صور التدريب للعثور على الحد الأدنى من الكثافة البصرية المناسبة للبقع للخلايا الموجبة للمكونات ذات الاهتمام. قم بتصدير البيانات الخاصة بمجموعة التدريب لاختبار الخوارزمية التي تم إنشاؤها من خلال تجزئة الأنسجة وتجزئة الخلايا وقيم تسجيل النقاط ، واتبع المطالبات لإنشاء مجلد جديد لدليل التصدير. حدد الصور والجداول التي سيتم إنشاؤها وإدراجها في التحليل.

بعد ذلك، قم بإجراء التحليل عن طريق تحديد تصدير للجميع. عند اكتمال التحليل، اعرض بيانات تجزئة الخلايا وتسجيل النقاط للصور ذات التلوين المرتفع والمنخفض لتقييم دقة الإعدادات. بمجرد الرضا عن الإعدادات ، انقر فوق علامة التبويب تحليل الدفعات لنسخ الخوارزمية إلى المشروع النشط.

ثم اختر دليل تصدير جديدا وحدد الصور والجداول لتضمينها في التحليل. ضمن خيار ملفات الإدخال ، اختر جميع الصور المراد تضمينها في تحليل الدفعات. حدد خيار التشغيل لإجراء التحليل.

عند الانتهاء، تقدم إلى علامة تبويب دمج المراجعة. حدد تضمين الكل وحدد دمج لإنشاء أوراق بيانات تحتوي على بيانات ملخصة للتحليل. تم إجراء التدريب على أنسجة البروستاتا لتقسيم الصور إلى أجزاء ظهارية ولحمة.

جنبا إلى جنب مع مقصورة غير الأنسجة. تم استيراد مجموعة من صور التدريب إلى برنامج تصوير متعدد الأطياف يمثل أنواع الأنسجة وحالات المرض لمجموعة الصور بأكملها. تم إنشاء فئات الأنسجة بما في ذلك السدى والظهارة وغير الأنسجية وتم تحديد الفئات عن طريق الرسم يدويا فوق صور التدريب.

تم إنشاء خوارزمية لتجزئة الأنسجة وتطبيقها على مجموعة التدريب من الصور. تقسيم الأنسجة بدقة. باستخدام تقنية الكيمياء المناعية متعددة الإرسال ، تم تحديد الخلايا الإيجابية للتعبير النووي ل ER-alpha ، التي ترى باللون الأحمر و AR ، والتي ترى على أنها بنية ، على الرغم من تداخل الألوان والإشارات المترية ، تم قياس التعبير الخاص بغشاء الخلية ل CD-147 باستخدام E-catherine ، الذي ينظر إليه على أنه أسود كبروتين علامة.

بعد مشاهدة هذا الفيديو ، يجب أن يكون لديك فهم جيد لكيفية تحديد تعبير البروتين والتوطين المشترك وإعلام وإصلاح أنسجة البارافين المضمنة.