استخدام مكتبات رؤية الكمبيوتر لتبسيط القياس الكمي للنوى

لقد طورنا هذه الطريقة لتطبيع البيانات الأيضية من نماذج الخلايا للمساعدة في تحديد الآليات ، والتأكيد على تكيفات العضلات الهيكلية الناجمة عن العلاج الحراري ، وفي النهاية ، تحسين صحة التمثيل الغذائي بين الأشخاص المصابين بمقدمات السكري.

يجب أن نحسب النوى للتطبيع التجريبي. يمثل القياس الكمي اليدوي للنوى تحديات بما في ذلك تحيز المراقب والوقت والتباين في العثور على عينات أو ظروف مختلفة.

برنامجنا مفتوح المصدر يضمن سهولة الاستخدام من قبل العلماء بمستويات مختلفة من المهارات التكنولوجية المتعلقة بالترميز ، ويتم التحقق من صحته للمهمة المحددة المتمثلة في تحديد النوى بسرعة ودقة.

تسمح لنا هذه التقنية بالتحقق من صحة الآليات الكامنة وراء التأثير المحتمل للعلاج الحراري على الفوائد الصحية للعضلات والميتوكوندريا من دراستنا السريرية الأخيرة الممولة من NIA.

[الراوي] للبدء ، قم بتشغيل متصفح ويب على نظام كمبيوتر ، وانتقل إلى إصدارات عداد github.com والنوى. قم بتنزيل أحدث إصدار من الملف المسمى Count nuclei.zip. من مجلد التنزيلات ، انقر بزر الماوس الأيمن على الملف المضغوط وحدد استخراج الكل لاستخراج الملفات إلى الموقع المطلوب على الكمبيوتر المحلي. بعد ذلك ، ابحث عن CMD أو موجه الأوامر في شريط البحث لفتح موجه الأوامر. استخدم الأمر CD لتغيير الدليل إلى مسار الملف الخاص بالملف القابل للتنفيذ، وهو ملف التطبيق الذي تم استخراجه للتو من مجلد التنزيل. ثم اضغط على Enter لتأكيد تغيير الدليل. في سطر الأوامر التالي، استبدل مسار الصور بمسار الملف إلى المجلد الذي يحتوي على صور ليتم تحليلها. مسار الإخراج مع مسار الملف إلى المجلد حيث يجب حفظ ملف .csv results.csv باسم الملف المطلوب للإخراج. يتم عرض مثال على التعليمات البرمجية على الشاشة ويمكن إدراج مسارات الملفات إلى الصور والإخراج كما هو موضح في علامات الاقتباس. استخدم results.csv كاسم ملف النتائج أو حدد آخر. ثم اضغط على Enter. عند ظهور سطر الأوامر التالي، تأكد من اكتمال المعالجة. تحقق من توفر الخطوط وجدول بيانات النتائج في دليل الإخراج المحدد. افحص الخطوط بصريا ومقارنتها مع الأعداد للتحقق من جودة العد قبل تطبيع البيانات. افتح متصفحا وانتقل إلى عداد النوى على github.com. انقر فوق الزر الأخضر للرمز ، ثم حدد تنزيل ZIP لتنزيل مستودع التعليمات البرمجية. بالنسبة لنظام التشغيل Mac OS ، انقر فوق قائمة الملفات من مجلد التنزيلات وحدد فتح لاستخراج الملفات إلى الكمبيوتر المحلي. انتقل إلى المجلد المستخرج المسمى nuclei_counter رئيسي، والذي يحتوي على مستودع التعليمات البرمجية. احفظ المجلد في مكان يمكن الوصول إليه ولاحظ مسار الملف في مستند نصي. بعد ذلك ، اضغط على Command + مفتاح المسافة لفتح Spotlight. ثم اكتب terminal في Spotlight وحدد التطبيق الطرفي. استخدم الأمر CD لتغيير الدليل إلى مسار مستودع التعليمات البرمجية عن طريق نسخ مسار الملف ولصقه من المستند النصي واضغط على Enter. في سطر الأوامر التالي ، تأكد من وجود مسافة بعد علامة الدولار. ثم اكتب الأمر المحدد واضغط على Enter لتثبيت المكتبات المطلوبة وتمكين الوضع القابل للتحرير. قم بتضمين إصدار Python المناسب مباشرة بعد النقطة كما هو موضح بدون مسافة. اكتب الأمر الذي يظهر على الشاشة في سطر الأوامر التالي لتغيير الدليل إلى دليل التعليمات البرمجية المصدر الرئيسي ، وهو عداد نوى الأقراص المضغوطة كما هو موضح على الشاشة. ثم اكتب الأمر الذي يظهر على الشاشة لاستبدال مسارات الملفات حسب الاقتضاء، واضغط على Enter. عند ظهور سطر الأوامر التالي، تأكد من اكتمال المعالجة. تحقق من توفر الخطوط وجدول بيانات النتائج في دليل الإخراج المحدد. افحص الخطوط بصريا ومقارنتها مع الأعداد للتحقق من جودة العد قبل تطبيع البيانات. تم تحديد جميع النوى في الصور التي تم إنشاؤها بواسطة البرنامج الآلي من خلال ملامح خضراء صلبة تشير إلى أن النوى قد تم عدها بنجاح. كانت الموثوقية بين المقيمين بين العددين اليدويين ممتازة مع معامل ارتباط داخل الفئة أكبر من 0.999 وقيمة P أقل من 0.0001. أظهر البرنامج الآلي موثوقية ممتازة عند مقارنته بمتوسط العد اليدوي مع معامل ارتباط داخل الفئة يبلغ 0.993 وقيمة P أقل من 0.0001. لوحظت موثوقية ممتازة عبر جميع أرباع كثافة الخلايا مع معاملات ارتباط داخل الفئة تتراوح من 0.986 إلى 0.998 ، وكلها بقيم P أقل من 0.0001. لم يتم حساب المناطق ذات النوى المتعددة المتجمعة معا أو المناطق التي تحتوي على قطعة أثرية مثل الهالة بدقة بواسطة البرنامج الآلي. يتم سرد هذه المشكلات المحتملة جنبا إلى جنب مع الأسباب المحتملة وخطوات استكشاف الأخطاء وإصلاحها لتحسين جودة الصورة ودقة سير عمل القياس الكمي التلقائي للنوى في الجدول على الشاشة.