El Enfoque ChroP Combina chip y la espectrometría de masas para diseccionar Locus específicos proteómicos Paisajes de la cromatina

El objetivo general de este procedimiento es caracterizar la composición proteómica de dominios de cromatina funcionalmente distintos con el fin de comprender cómo los diferentes elementos se sinergizan para determinar el estado transcripcional. Ocho. Esto se logra preparando primero los núcleos de las células cultivadas y digiriendo la cromatina en fragmentos de longitud óptima por medios enzimáticos o mecánicos. El segundo paso es purificar un dominio funcional distinto de la cromatina a granel mediante inmunoprecipitación utilizando anticuerpos cebo contra una modificación postraduccional de la histona o una proteína que se sabe que marca específicamente la región de interés.

A continuación, las proteínas de cromatina inmunopurificadas se separan mediante una página SDS y se digieren antes de la espectrometría de masas. El siguiente paso es el análisis de espectrometría de masas por cromatografía líquida en un instrumento de alta resolución. En última instancia, los datos brutos de espectrometría de masas se analizan mediante software ad hoc, seguido de una inspección manual de los espectros para identificar y cuantificar las modificaciones de las histonas y las proteínas enriquecidas en coen basadas, respectivamente, en el cálculo de la abundancia relativa en el material inmunoprecipitado en relación con la entrada o en la relación SLAC y los experimentos de competencia utilizando péptido soluble como competidor del cebo Podemos obtener información sobre las interacciones entre el patrón de modificación de HISTO y la varianza y llegar a las regiones específicas de la cromatina y la interacción nuclear reclutada por ella, que actúan de manera concertada.