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Una tubería completa para aislar y secuenciar microRNAs, y analizarlos mediante herramientas de c...
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Genetics
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JoVE Journal Genetics
A Complete Pipeline for Isolating and Sequencing MicroRNAs, and Analyzing Them Using Open Source Tools

Una tubería completa para aislar y secuenciar microRNAs, y analizarlos mediante herramientas de código abierto

Full Text
7,930 Views
09:29 min
August 21, 2019

DOI: 10.3791/59901-v

Meredith M. Course1, Kathryn Gudsnuk1, Paul N. Valdmanis1

1Division of Medical Genetics,University of Washington School of Medicine

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Please note that some of the translations on this page are AI generated. Click here for the English version.

Aquí, describimos una estrategia paso a paso para aislar pequeños ARN, enriquecer para microARN y preparar muestras para la secuenciación de alto rendimiento. A continuación, describimos cómo procesar lecturas de secuencia y alinearlas con microRNAs, utilizando herramientas de código abierto.

Hemos desarrollado un protocolo definido, reproducible y de larga data para la secuenciación de ARN pequeño y para analizar lecturas normalizadas utilizando herramientas bioinformáticas de código abierto. Las principales ventajas de nuestra estrategia son que recoge con precisión los microRNAs a través de la purificación de gel y que el análisis bioinformático se puede aplicar independientemente de cómo se recojan los microRNAs. La secuenciación de alto rendimiento de los microRNAs puede revelar información sobre los mecanismos de la enfermedad, el procesamiento de microRNA y la cuantificación precisa de los enfoques de terapia génica que proporcionan ARN pequeños.

Asegúrese de trabajar en un entorno libre de RNase y de mantener todos los productos de ARN en hielo durante todo el procedimiento. La visualización de los pasos de corte de gel ayudará a los espectadores a identificar el tamaño correcto de los productos necesarios para aplicaciones posteriores. Para tres ranurados de adaptadores primos, combine 11 microlitros de ARN con 1,5 microlitros de tampón de reacción ligasa 10X T4RNA libre de ATP, un microlitros de polietilenglicol y 0,5 microlitros de tres enlacedores primos.

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