Uso del ensayo de escisión bajo objetivos y etiquetado (CUT&Tag) en la investigación de mioblastos de ratón
March 1st, 2024
Los investigadores nuevos en el campo de la epigenética encontrarán en CUT&Tag una alternativa significativamente más fácil que los ensayos ChIP. CUT&Tag ha beneficiado enormemente a los estudios epigenéticos en poblaciones de células raras y primarias, generando datos de alta calidad a partir de muy pocas células. Este protocolo describe la realización de ensayos H3K4me1 CUT&Tag en mioblastos de ratón aislados de músculos de las extremidades posteriores de ratón.
La investigación de nuestro grupo se centra en cómo se regula y mantiene la estructura del genoma y la transcripción en las células madre adultas del músculo esquelético, particularmente durante los cambios de sulfato, como el compromiso, la diferenciación y la tinasis de las células madre. Las células madre del músculo esquelético adulto, que comprenden solo el 1% de las células mononucleadas en el tejido muscular, presentan un desafío para los estudios de características de la cromatina que utilizan High-C, ChIPs y ATAC seq, debido a su escasez en suspensiones unicelulares obtenidas de la digestión muscular. La inmunoprecipitación de cromatina, ChIP, ha sido una herramienta clave para perfilar las características del genoma.
Una técnica de corte y etiquetado más simple y eficiente, desarrollada por el Dr. Steven Henikoff, a menudo supera a ChIP, especialmente en el estudio de la epigenética en poblaciones de células raras. Su facilidad de uso amplía la accesibilidad para los investigadores, incluidos los no expertos en epigenética.
Visión general
Este artículo discute las ventajas de la técnica CUT&Tag sobre los ensayos ChIP tradicionales para estudiar la epigenética en poblaciones de células raras, específicamente en células madre de músculo esquelético adulto. El protocolo se centra en realizar ensayos CUT&Tag de H3K4me1 en mioblásticos de ratón aislados de los músculos de las patas traseras.
Componentes clave del estudio
Área de la ciencia
- Epigenética
- Biología celular
- Investigación de células madre musculares
Antecedentes
- Las células madre de músculo esquelético adulto son escasas, constituyendo solo el 1% de las células mononucleadas en el tejido muscular.
- Los métodos tradicionales como ChIP y ATAC-seq enfrentan desafíos debido a la baja disponibilidad de estas células.
- CUT&Tag es una técnica más simple y eficiente para perfilar características de la cromatina.
- Este método mejora la accesibilidad para investigadores, incluyendo aquellos que no están especializados en epigenética.
Propósito del estudio
- Demostrar la efectividad de CUT&Tag en el estudio de modificaciones epigenéticas en poblaciones de células raras.
- Proporcionar un protocolo detallado para realizar ensayos CUT&Tag de H3K4me1.
- Facilitar la investigación en el campo de la epigenética para un rango más amplio de científicos.
Métodos utilizados
- Aislamiento de mioblásticos de ratón de los músculos de las patas traseras.
- Preparación de cuentas de Concanavalina A para el ensayo CUT&Tag.
- Aplicación del protocolo CUT&Tag para analizar modificaciones H3K4me1.
- Recolección de datos y análisis de características epigenéticas.
Resultados principales
- CUT&Tag proporciona datos de alta calidad con muy pocas células.
- La técnica perfila exitosamente modificaciones epigenéticas en células madre musculares.
- Los resultados demuestran las ventajas de CUT&Tag sobre los métodos tradicionales.
- Los hallazgos contribuyen a una mejor comprensión de la regulación del genoma en células madre musculares.
Conclusiones
- CUT&Tag es una herramienta valiosa para los investigadores que estudian la epigenética en poblaciones de células raras.
- El protocolo mejora la capacidad de generar datos significativos a partir de muestras limitadas.
- Este estudio apoya la aplicación más amplia de CUT&Tag en varios campos de investigación biológica.
Preguntas frecuentes
Chapters in this video
0:00
Introduction
1:15
Sequestration of Mouse Myoblasts onto Activated Concanavalin‐A Beads
3:08
Incubation of Mouse Myoblast‐Sequestered Concanavalin‐A Beads with Antibodies for CUT&Tag Assay
4:59
Genomic Purification and Library Preparation of Tagmented Mouse Myoblast DNA for Epigenetic Profiling
