Name: Le laboratoire flottant : Procédure opérationnelle normalisée pour la collecte et le filtrage d’échantillons d’eau de mer provenant de traversiers en exploitation pour l’analyse de l’ADN environnemental (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-01T12:30:00.000+00:00
Duration: 6 min 22 s
Description: Apprenez un protocole reproductible de collecte d'ADN environnemental marin à bord de traversiers commerciaux. Cette méthode permet de surveiller les communautés biologiques en haute mer, notamment les cétacés, et d'améliorer la résolution spatiale des études de biodiversité océanique.

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<ol><li>Andruszkiewicz, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biomonitoring+of+marine+vertebrates+in+Monterey+Bay+using+eDNA+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Biomonitoring of marine vertebrates in Monterey Bay using eDNA metabarcoding.</a> PLoS One. 12 (4), e0176343(2017).</li>
<li>Djurhuus, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+reveals+seasonal+shifts+and+potential+interactions+in+a+marine+community%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.</a> Nat Commun. 11 (1), 254(2020).</li>
<li>DiBattista, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Environmental+DNA+can+act+as+a+biodiversity+barometer+of+anthropogenic+pressures+in+coastal+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Environmental DNA can act as a biodiversity barometer of anthropogenic pressures in coastal ecosystems.</a> Sci Rep. 10 (1), 8365(2018).</li>
<li>Beng, K. C., Corlett, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+environmental+DNA+%28eDNA%29+in+ecology+and+conservation%3A+Opportunities%2C+challenges%2C+and+prospects%5BTitle%5D)+AND+%22Biodivers+Conserv%22%5BJournal%5D)">Applications of environmental DNA (eDNA) in ecology and conservation: Opportunities, challenges, and prospects.</a> Biodivers Conserv. 29 (7), 2089-2121 (2020).</li>
<li>He, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((eDNA+metabarcoding+enriches+traditional+trawl+survey+data+for+monitoring+biodiversity+in+the+marine+environment%5BTitle%5D)+AND+%22ICES+J+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">eDNA metabarcoding enriches traditional trawl survey data for monitoring biodiversity in the marine environment.</a> ICES J Mar Sci. 80 (5), 1529-1538 (2023).</li>
<li>Pawlowski, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+future+of+biotic+indices+in+the+ecogenomic+era%3A+Integrating+%28e%29DNA+metabarcoding+in+biological+assessment+of+aquatic+ecosystems%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Total+Environ%22%5BJournal%5D)">The future of biotic indices in the ecogenomic era: Integrating (e)DNA metabarcoding in biological assessment of aquatic ecosystems.</a> Sci Total Environ. 637 - 638, 1295-1310 (2018).</li>
<li>Arcangeli, A., Marini, L., Crosti, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Changes+in+cetacean+presence%2C+relative+abundance+and+distribution+over+20+years+along+a+trans-regional+fixed+line+transect+in+the+central+Tyrrhenian+sea%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Ecol%22%5BJournal%5D)">Changes in cetacean presence, relative abundance and distribution over 20 years along a trans-regional fixed line transect in the central Tyrrhenian sea.</a> Mar Ecol. 34 (1), 112-121 (2013).</li>
<li>Matear, L., Robbins, J. R., Hale, M., Potts, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cetacean+Biodiversity+in+the+Bay+of+Biscay%3A+Suggestions+for+environmental+protection+derived+from+citizen+science+data%5BTitle%5D)+AND+%22Mar+Policy%22%5BJournal%5D)">Cetacean Biodiversity in the Bay of Biscay: Suggestions for environmental protection derived from citizen science data.</a> Mar Policy. 103672, 109(2019).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ferries+and+environmental+DNA%3A+Underway+sampling+from+commercial+vessels+provides+new+opportunities+for+systematic+genetic+surveys+of+marine+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Ferries and environmental DNA: Underway sampling from commercial vessels provides new opportunities for systematic genetic surveys of marine biodiversity.</a> Front Mar Sci. 8, 704786(2021).</li>
<li>Boyse, E., Beger, M., Valsecchi, E., Goodman, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sampling+from+commercial+vessel+routes+can+capture+marine+biodiversity+distributions+effectively%5BTitle%5D)+AND+%22Ecol+Evol%22%5BJournal%5D)">Sampling from commercial vessel routes can capture marine biodiversity distributions effectively.</a> Ecol Evol. 13 (2), e9810(2023).</li>
<li>Arcangeli, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Testing+indicators+for+trend+assessment+of+range+and+habitat+of+low-density+cetacean+species+in+the+Mediterranean+Sea%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mar+Sci%22%5BJournal%5D)">Testing indicators for trend assessment of range and habitat of low-density cetacean species in the Mediterranean Sea.</a> Front Mar Sci. 10, 1116829(2023).</li>
<li>Valsecchi, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Novel+universal+primers+for+metabarcoding+environmental+DNA+surveys+of+marine+mammals+and+other+marine+vertebrates%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Novel universal primers for metabarcoding environmental DNA surveys of marine mammals and other marine vertebrates.</a> Environ DNA. 2 (4), 460-476 (2020).</li>
<li>Hunter, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improving+eDNA+yield+and+inhibitor+reduction+through+increased+water+volumes+and+multi-filter+isolation+techniques%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">Improving eDNA yield and inhibitor reduction through increased water volumes and multi-filter isolation techniques.</a> Sci Rep. 9 (1), 5259(2019).</li>
<li>Capo, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effects+of+filtration+methods+and+water+volume+on+the+quantification+of+brown+trout+%28Salmo+trutta%29+and+Arctic+char+%28Salvelinus+alpinus%29+eDNA+concentrations+via+droplet+digital+PCR%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+DNA%22%5BJournal%5D)">Effects of filtration methods and water volume on the quantification of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus) eDNA concentrations via droplet digital PCR.</a> Environ DNA. 2 (2), 152-160 (2020).</li>
<li>Li, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+filtration+method+on+the+efficiency+of+environmental+DNA+capture+and+quantification+via+metabarcoding%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Ecol+Resour%22%5BJournal%5D)">The effect of filtration method on the efficiency of environmental DNA capture and quantification via metabarcoding.</a> Mol Ecol Resour. 18 (5), 1102-1114 (2018).</li>
<li>Collins, R. A., Wangensteen, O. S., O'Gorman, E. J., Mariani, S., Sims, D. W., Genner, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Persistence+of+environmental+DNA+in+marine+systems%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Persistence of environmental DNA in marine systems.</a> Commun Biol. 1, 185(2018).</li>
<li>Kelly, R. P., Gallego, R., Jacobs-Palmer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+effect+of+tides+on+nearshore+environmental+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22PeerJ%22%5BJournal%5D)">The effect of tides on nearshore environmental DNA.</a> PeerJ. 6, e4521(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Membranes filtrantes de 4,7 cm de diamètre</td><td>Biosigma S.p.A.</td><td>https://www.biosigma.com/</td> <td>Membranes filtrantes de 0,45 &mu ; m porosité, emballé individuellement&nbsp ;</td></tr><tr><td>Flacons isothermes 4/5 L</td><td>Duran</td><td>https://www.duran-bottle-system.com/</td> <td>Flacon en verre de 5 L avec bouchon</td></tr><tr><td>Tampons en papier absorbant</td><td>Advantec MFS, Inc.</td><td>https://www.advantecmfs.com/category/absorbent-pads-1</td><td>Tampons absorbants en papier filtre, taille 47 mm.</td></tr><tr><td>Bag-in-Box (BiB)</td><td>G.M.V. Agricenter S.r.l.</td><td>https://www.gmvagricenter.it/</td> <td>Sacs en boîte de 10 litres avec robinet</td></tr><tr><td>Cylindres filtrants&nbsp ;</td><td>Sartorius AG</td><td>https://shop.sartorius.com/in/industrial-microbiology-filtration-devices/biosart-100-monitors/p/M_Biosart_100_Monitors#</td><td>Biostart 100 Cylindres de moniteur, avec 0,45 &mu ; membrane M incluse&nbsp ;</td></tr><tr><td>Film d’étanchéité</td><td>Merck</td><td>https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/sigma/hs234526a?utm_source=bing&utm_medium= cpc& utm_campaign=all+product_ dsa_WW_ %28bing+ebizpfs %29& utm_id=626946489& utm_content= 1166583023365595& msclkid= d2b55b82440b1aef56fc3ca803c 6486f& utm_term= %2Fproduct %2F</td><td>Rouleau de 4 pouces x 125 pieds de film d’étanchéité de laboratoire</td></tr><tr><td>Pompe à vide</td><td>KNF Group</td><td>https://knf.com/en/us</td><td>Laboport Pompe à vide portable N. 96&nbsp ;</td></tr></tbody></table>

le laboratoire flottant : procédure opérationnelle normalisée pour la collecte et le filtrage d’échantillons d’eau de mer provenant de traversiers en exploitation pour l’analyse de l’adn environnemental

The Floating Lab: Standard Operational Procedure for Collecting and Filtering Seawater Samples from Operating Ferries for Environmental DNA Analysis

En exécutant le protocole comme décrit, un nombre de filtres égal au nombre de FSS multiplié pour 3 répliques sera collecté par l’opérateur. Chaque filtre conserve des traces biologiques (ADN environnemental) sur l’une des deux faces. Les étapes analytiques qui suivent l’extraction de l’ADNe dépendent fortement de la question de recherche, de la cible et de l’objectif. Par exemple, dans l’étude pilote de Valsecchi et al.9, le protocole de collecte d’ADNe décrit a permis de concevoir une étude repr...

Le laboratoire flottant : Procédure opérationnelle normalisée pour la collecte et le filtrage d’échantillons d’eau de mer provenant de traversiers en exploitation pour l’analyse de l’ADN environnemental

Genetic tools to retrieve information from environmental DNA traces are well-established for both targeted and taxonomically broad biodiversity ...

the-floating-lab-standard-operational-procedure-for-collecting

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Environment

Environnement

Cette vidéo documente les méthodes de collecte des échantillons d'eau côtiers marins et à leur traitement pour diverses applications en aval y compris la concentration de la biomasse, la purification d'acides nucléiques, l'abondance des cellules, des nutriments et des analyses de gaz de trace.

L&#39;échantillonnage d&#39;eau de mer et de Collection

Ce volume de gros documents vidéo (≥ 20 L) de filtration de la biomasse microbienne, variant entre 0.22μm et 2.7μm de diamètre, à partir de la colonne d'eau.

Grand volume (20L +) filtration d&#39;échantillons d&#39;eau de mer côtière

Ce volume de documents vidéo de petite taille (~ 1 L) de la filtration de la biomasse microbienne de la colonne d'eau.

Petit volume (1-3L) filtration d&#39;échantillons d&#39;eau de mer côtière

Ici, nous présentons un protocole complet pour évaluer la disponibilité des nutriments organiques et inorganiques ainsi que l’abondance et la structure des communautés microbiennes et virales dans les environnements marins éloignés.

Démêler les joueurs invisibles dans l&#39;océan - un guide de terrain à la chimie de l&#39;eau et de microbiologie marine

Une attention particulière est nécessaire pour collecter et traiter correctement les échantillons d’eau pour les études de métaux traces dans les environnements aquatiques. Un protocole pour l’échantillonnage, le traitement et les procédures analytiques dans le but d’obtenir des données et des résultats de surveillance environnementale fiables et très sensibles pour des études détaillées des métaux traces est présenté.

Clean Échantillonnage et analyse de la Rivière et estuariens Waters pour Trace études métalliques

Nous présentons le VacuSIP, une méthode simple, non intrusive et fiable pour un échantillonnage ponctuel propre et précis de l’eau. Le système a été mis au point et évalué pour la collecte simultanée de l’eau inhalée et expirée par les suspensions benthiques in situ, afin de mesurer proprement l’élimination et l’excrétion des composés particulaires et dissous.

VACUSIP, une méthode Inex améliorée pour<em&gt; In Situ</em&gt; Mesure des particules et composés dissous transformés par suspensivores actifs

Nous décrivons un protocole pour la filtration d’échantillons d’eau avec une cartouche filtrante et l’extraction de l’ADN environnemental (ADNe) sans avoir à ouvrir le boîtier pour retirer le filtre. Ce protocole est développé pour le métacodage à barres de l’ADNe des poissons, mais s’applique également à l’ADNe d’autres organismes.

Utilisation d&#39;une cartouche filtrante pour la filtration de l&#39;eau et des échantillons d&#39;extraction de l&#39;ADN de l&#39;environnement

Plancton et les particules en suspension jouent un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques dans l’océan. Ici, nous fournissons une méthode ultra propre, faible contrainte pour la collecte de différentes tailles de particules et de planctons en mer avec la capacité de traiter des volumes importants d’eau de mer.

Un appareil ultra propre multicouche pour la collecte de plancton marin taille fractionné et particules en suspension

Nous décrivons ici des méthodes d’échantillonnage dans les zones euphotiques des écosystèmes marins et d’eau douce pour isoler les cyanophages (et leurs hôtes) et des processus de post-échantillonnage qui enrichissent les génotypes uniques et caractérisent la dynamique d’interaction virus-hôte.

Échantillonnage environnemental des microbes photosynthétiques et de leurs virus : du champ au laboratoire

Ce protocole décrit un flux de travail standardisé pour la collecte d’échantillons d’ADN environnemental de cétacés (eADN) à partir de navires d’observation des baleines. La faisabilité pour les chercheurs et les citoyens scientifiques formés est prioritaire, tandis que les conditions environnementales, le temps de filtration, la turbidité et la logistique à bord définissent les limites pratiques de son application.

Prélèvement d’ADN environnemental sur des navires d’observation des baleines pour la surveillance des cétacés

Apprenez un protocole reproductible de collecte d'ADN environnemental marin à bord de traversiers commerciaux. Cette méthode permet de surveiller les communautés biologiques en haute mer, notamment les cétacés, et d'améliorer la résolution spatiale des études de biodiversité océanique.

Le laboratoire flottant : Procédure opérationnelle normalisée pour la collecte et le filtrage d’échantillons d’eau de mer provenant de traversiers en exploitation pour l’analyse de l’ADN environnemental (Vidéo) | JoVE Journal

Le laboratoire flottant : Procédure opérationnelle normalisée pour la collecte et le filtrage d’échantillons d’eau de mer provenant de traversiers en exploitation pour l’analyse de l’ADN environnemental

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