Le laboratoire flottant : Procédure opérationnelle normalisée pour la collecte et le filtrage d’échantillons d’eau de mer provenant de traversiers en exploitation pour l’analyse de l’ADN environnemental

Ici, nous présentons un nouveau protocole pour récupérer l’ADNe marin par la collecte et la filtration d’échantillons d’eau de mer provenant de ferries et d’autres navires commerciaux en activité.

L’objectif de notre recherche est l’étude des communautés biologiques en haute mer en utilisant des navires commerciaux comme plate-forme pour la collecte d’échantillons d’ADN environnemental. Dans notre cas spécifique, l’accent est mis sur les cetaecans. Tenter d’identifier les zones offshore, écologiquement stratégiques pour leur protection. Bien que l’acquisition d’un échantillon EDNA soit extrêmement facile, il suffit de collecter des échantillons d’eau de mer, et bien que la technologie analytique progresse constamment, le véritable défi est de savoir comment atteindre les environnements à surveiller, en particulier lorsque ceux-ci sont difficiles d’accès, comme dans le cas des eaux offshore des eaux profondes. Alors que l’EDNA devient fréquemment la technique facultative pour l’étude de l’environnement marin, il n’existe pas de protocoles permettant un traitement facile et reproductible d’échantillons de grands volumes sur le terrain. Comme l’EDNA se dégrade en quelques heures, il est essentiel de filtrer et de stocker les échantillons d’eau de mer après la collecte afin d’assurer une récupération et une efficacité maximales. Le protocole présenté repose entièrement sur l’exploitation de ferries pour la collecte de données. La surveillance par ferry offre plusieurs avantages, tels que la répétabilité, les routes sont constantes et circulent toute l’année, ce qui permet une surveillance saisonnière, un accès facile aux eaux offshore, la réalisation d’une collecte d’échantillons sans émissions, ce qui rend possible l’échantillonnage même pendant les heures nocturnes, et enfin la réduction drastique des coûts d’échantillonnage. À l’aide de ce protocole, nous avons collecté et filtré un grand nombre d’échantillons, atteignant des zones éloignées et offshore, ce qui a permis d’augmenter la résolution spatiale de nos recherches. Ceci est particulièrement pertinent lorsque nous ciblons les organismes marins qui vivent en pleine mer, à savoir les mammifères marins. L’information obtenue de leur EDNA pourrait-elle faire la lumière sur leur répartition, leur préférence en matière d’habitat et, en fin de compte, leur état de conservation ?

[Narrateur] Pour commencer, notez la vitesse de croisière actuelle ou moyenne du ferry sur l’itinéraire afin d’estimer l’extension du tronçon d’échantillonnage. Après avoir désinfecté la surface filtrante, ouvrez légèrement le robinet de prélèvement d’échantillons pour la durée de la croisière. Utilisez le débit continu d’eau de mer pour rincer le tuyau de collecte avec de l’eau locale en éliminant l’excès d’eau dans la cale. À l’aide d’un marqueur permanent, étiquetez le BIB avec les détails requis. Retirez le film de plafond de l’ouverture du dossard et remplissez-le d’environ 13 litres d’eau de mer. Lorsque le BIB est presque plein, retirez le film de plafond du couvercle, en laissant le film autour du robinet intact. Après avoir bien scellé le BIB, notez l’heure exacte à laquelle le prélèvement de l’échantillon est terminé et notez la durée totale du prélèvement de l’échantillon. Inscrivez le temps de réalisation sur le BIB à l’aide d’un marqueur permanent et transférez les informations sur le formulaire de prélèvement et de filtration des échantillons. Placez le BIB rempli dans la salle de stockage ou la zone de filtration. Pour préparer la station de filtration, connectez la pompe à vide à la buse d’aspiration de la bouteille à vide et placez le bouchon avec le support sur le col de la bouteille pour accueillir le cylindre de filtration. Préparez tout le matériel nécessaire et assemblez le système de filtrage dans l’espace désigné pour la filtration. Utilisez un nouveau cylindre pour chaque station et une nouvelle paire de pinces à épiler à usage unique ou de pinces à épiler stérilisées. Pour minimiser le risque de contamination, placez un manchon isolant tel qu’un sac plastique entre le robinet et le cylindre de filtration pour isoler l’écoulement de l’eau. Activez la pompe à vide et démarrez la minuterie pour enregistrer le temps de filtration. Faites passer jusqu’à quatre litres d’eau par filtre, en veillant à ce que le cylindre reste plein tout au long du processus pour éviter l’entrée d’air. Lorsque l’eau filtrée atteint la marque des quatre litres, éteignez la pompe à vide et arrêtez immédiatement la minuterie. Enregistrez le temps de filtration dans la feuille de données de données. Ensuite, à l’aide d’une pince à épiler, récupérez soigneusement le premier filtre ou le filtre a du cylindre, en évitant tout dommage. Pliez-le en deux avec le côté retenant le matériau biologique plié vers l’intérieur et enveloppez-le dans du papier d’aluminium. Étiquetez la feuille avec le numéro de l’échantillon et filtrez l’ID de la réplique avant de la conserver au congélateur. Montez un nouveau filtre à l’intérieur du cylindre de filtration pour le prochain tour de filtration et videz le flacon. Après filtration. Entreposez tous les filtres entre moins quatre degrés Celsius et moins 20 degrés Celsius jusqu’à ce qu’ils soient traités en laboratoire. Juste avant le débarquement, récupérez tous les échantillons et placez-les dans des glacières transportables à basse température pour le transport. La collecte et l’analyse de l’ADN de l’environnement marin à l’aide d’un revêtement de méta-barre ont permis d’identifier plusieurs espèces de vertébrés, dont des Tilefish, des Alas Brinks et des cétacés le long de la route échantillonnée, ce qui a permis de reconstituer la composition de la communauté de vertébrés et la structure trophique.