ביוכימיה

דיאליזה היא טכניקה נפוצה המשמשת בביוכימיה להפרדת מולקולות המבוססות על דיפוזיה. בהליך זה, קרום חצי-אמין מאפשר תנועה של מולקולות מסוימות בהתבסס על גודל. שיטה זו יכולה להיות מיושמת על הסרת חוצץ, המכונה התפלה, או החלפת מולקולות חיץ או יונים מפתרון חלבון. וידאו זה מכסה את עקרונות הדיאליזה יחד עם הליך כללי.  מספר יישומים של דיאליזה נבדקים, כולל הסרת ריאגנטים הדרגתיים בעקבות ultracentrifugation, הסרת דטרגנט לאחר מיצוי חלבון ממברנה, ואת שחזור של חלבונים על ידי שינוי סביבת הפתרון. דגימות ביוכימיות בדרך...

קינטיקה אנזימים מתארת את ההשפעות קטליטיות של אנזימים, שהם ביומולקולים המאפשרים תגובות כימיות הדרושות לאורגניזמים חיים. אנזימים פועלים על מולקולות, המכונות מצעים, כדי ליצור מוצרים. פרמטרים קינטיים אנזים נקבעים באמצעות התקפות כי במישרין או בעקיפין למדוד שינויים מצע או ריכוז המוצר לאורך זמן. וידאו זה יכסה את העקרונות הבסיסיים של קינטיקה אנזימים (כולל משוואות קצב) ומודלים קינטיים. המושגים השולטים על עשיית אנזימים נדונים גם הם, ואחריו תימונת צבע אופיינית. סעיף היישומים דן בבדיקת אנזימים באמצעות...

יינון פירוק לייזר בסיוע מטריצה (MALDI) הוא מקור יונים ספקטרומטרי מסה אידיאלי לניתוח של biomolecules. במקום לייצב תרכובות במצב הגזי, דגימות מוטבעות במטריצה, אשר נפגע על ידי לייזר. המטריצה סופגת את רוב האנרגיה; חלק מאנרגיה זו מועברת לאחר מכן לדגימה, אשר מייננות כתוצאה מכך. לאחר מכן ניתן לזהות יונים לדוגמה באמצעות מנתח זמן טיסה (TOF). וידאו זה מכסה עקרונות של MALDI-TOF, כולל בחירת מטריצה וכיצד נעשה שימוש ב- TOF כדי לתפר את יחסי המסה לטעינה. הליך זה מראה את הכנת צלחת MALDI, טעינת דגימות על הצלחת,...

בספקטרומטריית מסה דו-מושבית, ביומולקול של עניין מבודד מדגם ביולוגי, ולאחר מכן מתפצל למספר תת-קבצים על מנת לסייע לפרט את הרכבו ורצףו. זה מושג על ידי ספקטרומטרי מסה בסדרה. הספקטרומטר הראשון מיונן יון מדגם ומסנן של יחס מסה למטען מסוים. לאחר מכן יונים מסוננים מפוצלים ומועברים לספקטרומטר מסה שני שבו מנתחים את השברים. וידאו זה מציג את העקרונות של ספקטרומטריית מסה דו-מושבית, כולל בחירת מסה ליחס ושיטות דיסוציאציה. כמו כן מוצג הליך כללי לניתוח תרכובת ביוכימית באמצעות ספקטרומטר מסה דו-מושבית עם...

התגבשות חלבונים, קבלת סריג מוצק של ביומולקולים, מבהירה את מבנה החלבון ומאפשרת לחקור את תפקוד החלבון. התגבשות כרוכה בייבוש חלבון מטוהר תחת שילוב של גורמים רבים, כולל pH, טמפרטורה, חוזק יוני וריכוז חלבונים. לאחר קבלת הגבישים, מבנה החלבון יכול להיות מואר על ידי עקיפה של קרני רנטגן וחישוב של מודל צפיפות אלקטרונים. וידאו זה מציג התגבשות חלבון ומציג הליך כללי. ביטוי חלבון וטיהור, התגבשות, עקיפה של קרני רנטגן מכוסים בהליך. יישומים של התגבשות חלבון כוללים בעיצוב תרופה סיליקו, קביעת אתר מחייב, וניתוח...

בביוכימיה, שיטות טיהור מבוססות כרומטוגרפיה משמשות כדי לבודד תרכובות מתערובת מורכבת. שתי שיטות כאלה המשמשות בדרך כלל על ידי ביוכימאים הן כרומטוגרפיה גודל-הדרה וכרומטוגרפיה זיקה. בכרומטוגרפיה של אי-הכללת גודל, עמודה עמוסה חרוזים נקבוביים מפרידה בין רכיבים של תערובת בהתבסס על גודל. מצד שני, כרומטוגרפיה של זיקה מאפשרת הפרדה ספציפית יותר של ביומולקולים באמצעות עמודה המורכבת משלב נייח, המכיל ליגנדים ספציפיים למטרה. וידאו זה משמש מבוא לכרומטוגרפיה של אי-הכללת גודל וזיקה, כמו גם למושגים השולטים בהם.

אלקטרופורזה ג'ל דו מימדי (2DGE) היא טכניקה שיכולה לפתור אלפי ביומולקולים מתערובת. טכניקה זו כוללת שתי שיטות הפרדה נפרדות ששולבו יחד: מיקוד איזואלקטרי (IEF) ונתרן דודסיל סולפט אלקטרופורזה ג'ל פוליאקרילמיד (SDS-PAGE). זה מפריד פיזית תרכובות על פני שני צירים של ג'ל על ידי הנקודות האיזואלקטריות שלהם (מאפיין אלקטרוכימי) ואת המשקלים המולקולריים שלהם. ההליך בסרטון זה מכסה את המושגים העיקריים של 2DGE והליך כללי לאפיון הרכב של פתרון חלבון מורכב. שלוש דוגמאות לטכניקה זו מוצגות בסעיף היישומים, כולל זיהוי...

תיוג מטבולי משמש כדי לחקור את התמורות הביוכימיות ושינויים המתרחשים בתא. זה מושג באמצעות אנלוגים כימיים המחקים את המבנה של biomolecules טבעי. תאים משתמשים באנלוגים בתהליכים הביוכימיים האנדוגניים שלהם, ומייצרים תרכובות המסומנות. התווית מאפשרת שילוב של תגי זיהוי זיקה, אשר לאחר מכן ניתן להשתמש בהם כדי לפרט מסלולים מטבוליים באמצעות טכניקות אנליטיות ביוכימיות אחרות, כגון SDS-PAGE ו- NMR. וידאו זה מציג את המושגים של תיוג מטבולי ומציג שני הליכים כלליים.  הראשון משתמש תיוג איזוטופי, כדי לאפיין את הזרחן...

בדיקת משמרות ניידות אלקטרופורטית (EMSA) הוא הליך ביוכימי המשמש לביאור כריכה בין חלבונים וחומצות גרעין. בבדיקה זו תערובת של חומצת גרעין עם תווית רדיו וחלבון בדיקה. הכריכה נקבעת באמצעות אלקטרופורזה ג'ל המפרידה בין רכיבים המבוססים על מסה, מטען וקונפורמציה. וידאו זה מציג את המושגים של EMSA והליך כללי, כולל הכנת ג'ל וחלבון, כריכה, אלקטרופורזה וזיהוי. יישומים המכוסים בסרטון זה כוללים ניתוח של אנזימים לשיפוץ כרומטין, EMSA שונה המשלב ביונטינילציה, ומחקר של אתרים מחייבים של רגולטורים תגובה חיידקית.

מדידת הריכוז היא צעד בסיסי של מעש ביוכימי רבים. קביעת חלבונים פוטומטריים מנצלת את העובדה שכ ככל שדגימה מכילה יותר חומרים סופגי אור, כך האור ישדר דרכה פחות. מאז הקשר בין ריכוז וספיגה הוא ליניארי, תופעה זו יכולה לשמש כדי למדוד את הריכוז בדגימות שבו הוא לא ידוע. סרטון זה מתאר את היסודות של קביעת חלבונים פוטומטריים ומציג את ברדפורד אסאי ואת שיטת לאורי. ההליך בסרטון יכסה מראייה טיפוסית של ברדפורד. היישומים המכוסים כוללים מדידה ישירה של כמויות קטנות מאוד של חומצות גרעין כדי לאפיין ריכוז וטוהר, קביעת...

אולטרה-צנטריפוגה הדרגתית של צפיפות היא טכניקה נפוצה המשמשת לבודד ולטהר ביומולקולים ומבני תאים. טכניקה זו מנצלת את העובדה כי, בהשעיה, חלקיקים צפופים יותר מאשר הממס יהיה מ משקעים, בעוד אלה כי הם פחות צפופים יצוף. אולטרה-צנטריפוגה במהירות גבוהה משמשת להאצת תהליך זה על מנת להפריד ביומולקולים בתוך שיפוע צפיפות, אשר ניתן להקים על ידי שכבות נוזלים של ירידה בצפיפות בצינור צנטריפוגה. הסרטון יכסה את העקרונות של אולטרה-צנטריפוגה הדרגתית בצפיפות, כולל הליך המדגים הכנת מדגם, יצירת שיפוע סוכרוז,...

אימונופרציפיטציה משותפת (CoIP) ובוחות ישבן מושכות למטה הן שיטות קשורות קשר הדוק לזיהוי אינטראקציות יציבות בין חלבון חלבון. שיטות אלה קשורות אימונופרפיציטציה, שיטה להפרדת חלבון יעד הקשור לנוגדן מחלבונים לא מאוגדים. ב- CoIP, חלבון הקשור לנוגדנים קשור בעצמו לחלבון אחר שאינו נקשר לנוגדן, ואחריו תהליך הפרדה המשמר את קומפלקס חלבון החלבון. ההבדל בבחינת מטה הוא שחלבוני פיתיון מתויגים זיקה מחליפים נוגדנים, וכרומטוגרפיה של זיקה משמשת לבידוד תסביבי חלבון חלבון. וידאו זה מסביר CoIP, משיכה למטה assays, ואת...

שחזור הוא תהליך של החזרת ביומולקול מבודד לצורה או לתפקוד המקורי שלו. זה שימושי במיוחד לחקר חלבוני ממברנה, המאפשרים תפקודים תאיים חשובים ומשפיעים על התנהגותם של שומנים סמוכים. כדי לחקור את הפונקציה של חלבוני ממברנה מטוהרים במקום, הם חייבים להיות מחדש על ידי שילובם לתוך קרום שומנים מלאכותי. וידאו זה מציג מושגים ליקום חלבון ממברנה ונהלים נלווים, כגון בידוד חלבונים באמצעות חומר ניקוי, היווצרות שלשלות מלאכותיות באמצעות שומנים, שילוב של החלבון המבודד לתוך הזרם המלאכותי, והפרדת חומר הניקוי מהפתרון.

העברת אנרגיית תהודה Förster (FRET) היא תופעה המשמשת לחקר אינטראקציות ביוכימיות לטווח קרוב. ב- FRET, מולקולת פוטולומינסנט תורם יכולה להעביר אנרגיה באופן לא רדיקטיבי למולקולת קבלה אם ספקטרום הפליטה והספיגה שלהם חופפים. כמות האנרגיה המועברת – וכתוצאה מכך הפליטה הכוללת של המדגם – תלויה בקרבת זוג מולקולות פוטו-לומינסנט של מקבל-תורם. ניתוח FRET משולב עם טכניקות ביוכימיה אחרות כדי לקבל מידע מפורט של מבנים ביומולקולריים ואינטראקציות מ"סרגל ספקטרוסקופי "זה. וידאו זה מכסה את העקרונות והמושגים של ניתוח...

תהודה פלסמון פני השטח (SPR) היא התופעה האופטית הבסיסית מאחורי biosensors ללא תוויות כדי להעריך את הזיקה המולקולרית, הקינטיקה, הספציפיות, וריכוז של biomolecules. ב- SPR, אינטראקציות ביומולקולריות מתרחשות על biosensor עשוי שכבה דקה של מתכת על פריזמה. אינטראקציות בזמן אמת של biomolecules ניתן לפקח על ידי מדידת השינויים של אור משתקף את החלק התחתון של המתכת. וידאו זה מתאר את המושגים הבסיסיים של SPR וכיצד הוא משמש לניתוח והדמיה של אינטראקציות ביומולקולריות. לאחר מכן הכנה מדגם ופרוטוקול ניסיוני לחקירת...