ושאריות או זיהוי של Interpositional תלות המציין מבני / צמודות תפקודית: אופטימיזציה של חלבונים סינטטיים

המטרה הכוללת של הליך זה היא לזהות שאריות מתפתחות במשותף ביישורי חלבון המרמזים על תלות אינטרפוזיציונית או IPDs. זה מושג על ידי טעינת היישור תחילה לעולם המקל, שהוא כלי ניתוח חזותי היוצר ייצוג תלת מימדי אינטראקטיבי של יישור חלבון ומציג בבירור שאריות משתנות בעולם המקל. כל מיקום ביישור מיוצג כעמודה המורכבת מערימה של כדורים, כדור אחד לכל אחת מ-20 חומצות האמינו האפשריות במיקום זה בתוך היישור שגודלן תלוי תדירות, העמודות המייצגות כל מיקום עטופות סביב גליל כדי לייצג IPD.

קווים נמתחים בין שאריות, שמתפתחות יחד גבוה או נמוך יותר ממה שהיה צפוי אם השאריות הקיימות במיקומים היו תלויות בתוכנית. השאריות מכוונות עד שיש מספר קצוות שניתן לשלוט ואז מזהים את הקצוות המעניינים. בסופו של דבר, עולם המקל משמש לזיהוי שאריות המתפתחות זו עם זו.

שאריות חיפוי נדרשות פונקציונליות כאלה זוהו בקינאז מאוורר. אחת הסיבות שאנשים נאבקים בתהליך זה היא בגלל החידוש. זו צורת אמנות כמעט כמו שהיא מדע.

הדגמת עולם המקל באופן ויזואלי חשובה מכיוון שזהו כלי ניתוח חזותי ודורש אינטראקציה עם המשתמש. השתמש במחשב שיש לו מעבד Intel I חמש ומעלה עם לפחות ארבעה ג'יגה-בייט של בראם מריץ Mac OS 10 או Linux OS, ומצויד בספריות Python המפורטות בפרוטוקול הטקסט. הורד את Stick World כארכיון zip המכיל את כל סקריפטי Python הרלוונטיים.

כמו כן, הורד את סקריפט שני המקלות של FASTA להמרת יישור רצף חלבון DNA סטנדרטי של FASTA לפורמט עולם המקל. חלץ את הארכיון והניח את תיקיית עולם המקל שהתקבלה ואת סקריפט שני המקל של FASTA על שולחן העבודה. לאחר מכן צור יישור של רצפי החלבון באמצעות כל תוכנת יישור סטנדרטית.

שמור את היישור בשולחן העבודה. להדביק פורמט. פתח את יישום הטרמינל במחשב לינוקס המאקרו ונווט לשולחן העבודה על ידי הקלדת CD tilda slash desktop ולחיצה על return בטרמינל.

הקלד את הפקודה כדי להפוך את סקריפט FASTA שני מקלות להפעלה ולאחר מכן הקלד את הפקודה לביצוע הסקריפט. בצע את ההוראות שעל המסך שסופקו על-ידי קובץ ה- Script כדי לציין את שם קובץ הקלט ואת שם הפלט הרצוי. שמור את קובץ הפלט בחלק העליון של שולחן העבודה.

נווט לתיקיית ההפעלה של עולם המקל באמצעות יישום הטרמינל של עולם מקל ההפעלה של מחשב Mac או Linux על ידי הקלדת Python dash 32 stick demo world PI בטרמינל. ודא שלוח טוען הנתונים של עולם המוט גלוי על המסך. לאחר מכן טען את יישור רצף החלבון שהומר על ידי לחיצה על כפתור טעינת החלבון.

בחר את הקובץ שנוצר ולחץ על עולם המקל הפתוח יפתח מספר חלונות חדשים, כולל בקרת עולם המקל ועולם המקל פתוח gl. בחר את עולם המקל חלון GL פתוח. בחר איפוס תצוגה מתפריט GL הפתוח כדי להציג את התצוגה החזותית של ברירת המחדל של עולם המוט בתצוגה מלמעלה למטה דרך הגליל, המייצגת את הנתונים בחלונות GL הפתוחים הניתנים לשינוי גודל.

מספר אפשרויות תצוגה קיימות בעולם המקלות. בחר את התיבות עבור תוויות עמודות ותוויות כדור בחלונית בקרת עולם המוט כדי להציג ערכים עבור עמודות וכדורים. בטל את הבחירה בתיבה לקצוות עמודות בחלונית בקרת עולם המוט כדי להסתיר את קווי קצות העמודה.

הגדר את עובי העמודה ל- 0.1 בחלונית בקרת עולם המוט כדי לצייר קו דק בין העמודות. כדי להקל על הניווט בתצוגה התלת-ממדית, הקישו Return כדי לקבל את השינוי. אפס את התצוגה בעולם המוט פתח חלון GL.

לאחר מכן לחץ על כפתור המסך המלא כדי למקסם את view לניווט בתוך התוכנית. סובב את תצוגת העולם של המוט התלת-ממדי על-ידי לחיצה ממושכת על לחצן העכבר השמאלי תוך כדי הזזת העכבר לכל כיוון. הגדל את התצוגה העולמית של המוט התלת-ממדי על-ידי לחיצה ממושכת על לחצן העכבר הימני תוך הזזת העכבר למעלה או למטה.

עיין בתצוגה על ידי גלילה וזום שאריות מתפתחות במשותף החורגות מדרישות הסף של p ושאריות מחוברות באמצעות קווי קצה. אם יש יותר מדי או מעט מדי קצוות המחברים שאריות, שנה את הסף השיורי כך שיציג פחות או יותר קצוות הגדל את הסף השיורי על כאב בקרת עולם המקל עד שלא מוצגים קווי קצה IPD והגביר לאט לאט עד להופעת קשרים. המשך להגדיל את השיוריות עד שיהיה מספר מספיק של קשרים לבדיקה.

זהה קשרי גומלין הכוללים שאריות של עניין ידוע או שאריות מרוחקות זו לזו בתוך היישור באמצעות פקודה בתוספת לחיצה שמאלית, בחר קצוות מעניינים. חלונית הבקרה העולמית של המקל תציין את העמודות ותחבר שאריות ספציפיות. קווים מלאים מייצגים אסוציאציות חיוביות.

בעוד שקווים מקווקווים מייצגים אסוציאציות שליליות. לחץ על כפתור קצוות הפלט בחלונית בקרת עולם המקל כדי לשמור קובץ בפורמט טקסט רגיל של כל הקצוות הגלויים בספרייה המתאימה, כולל שאריות המפרקים והערכים השיוריים שלהם בפועל. תלות באינטרפוזיציה של אשכול גדול או IPDs, כולל קשר של שלושה צמתים בין גליצין במיקום 1 32, מיקום טירוזין 1 35 ופרולין במיקום 1 41 נראה בחזית.

כאן, התצוגה הוטה כדי למקם את המשתמש מעט מעל הגליל, וחושפת IPD בין היסטמין במיקום 1 36 ומתיונין במיקום 29 מאה ושבע שאריות מרוחקות. לעומת זאת, מוטיב נגזר A-P-A-M-H-M-M מאותו תחום אינו מזהה אותם כשונות מוטיבים המתרחשת באופן ספציפי וגם מגדיר את הקבוצות הכוללות בסכימה שאינה נתמכת ביולוגית. בעת ביצוע הליך זה, חשוב לזכור לנסות אותו בשתי דרכים שונות.

התחילו עם שאריות גבוהות והתקדמו למטה, או התחילו עם שאריות נמוכות והתקדמו למעלה, וכך תוכלו לחקור את החלל בשתי דרכים שונות.