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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Presentiamo un protocollo per acquisire immagini chimiche con microscopia a diffusione Raman stimolata a banda larga (SRS). Basato su un microscopio SRS che opera con rilevamento differenziale multicanale-lock-in, il protocollo descrive la preparazione del campione, la regolazione dell'apparato SRS e la chemiometria per districare diversi costituenti di campioni chimicamente eterogenei.
La microscopia A scattering Raman stimolato (SRS) è una tecnica ottica non lineare per l'imaging chimico privo di etichette. Questo strumento analitico fornisce mappe chimiche ad alta velocità e ad alta risoluzione spaziale di campioni sottili interrogando direttamente le loro vibrazioni molecolari. Nella sua implementazione standard, la microscopia SRS è a banda stretta e forma immagini con una sola frequenza vibrazionale alla volta. Tuttavia, questo approccio non solo ostacola la specificità chimica di SRS, ma trascura anche la ricchezza di informazioni codificate all'interno degli spettri vibrazionali.
Queste limitazioni possono essere superate dalla banda larga SRS, un'implementazione in grado di estrarre uno spettro vibrazionale per pixel dell'immagine in parallelo. Ciò fornisce dati iperspettrali che, se abbinati all'analisi chemiometrica, massimizzano la quantità di informazioni recuperate dal campione. Pertanto, l'SRS a banda larga migliora la specificità chimica del sistema, consentendo la determinazione quantitativa della concentrazione dei diversi costituenti di un campione. Qui, riportiamo un protocollo per l'imaging chimico con microscopia SRS a banda larga, basato su un microscopio SRS costruito in casa che opera con un rilevamento dell'amplificatore differenziale multicanale personalizzato. Discute la preparazione del campione, l'allineamento dell'apparato SRS e l'analisi chemiometrica. Acquisendo spettri Raman vibrazionali, il protocollo illustra come identificare diverse specie chimiche all'interno di una miscela, determinandone le concentrazioni relative.
La microscopia Raman è una potente tecnica di imaging che fornisce ricche mappe chimiche misurando lo scattering Raman1, un processo radiativo anelastico che ha origine da molecole che vibrano in risposta alla luce incidente 2,3. Ogni pixel di una mappa Raman contiene uno spettro che trasporta informazioni dirette sulla composizione chimica e sulla struttura del campione, risultando in immagini con contrasto vibrazionale intrinseco. Ad oggi, la microscopia Raman è il punto di riferimento per gli studi di microspettroscopia delle vibrazioni molecolari in quanto nessun'altra tecnica di imaging può produrre immagini con elevata specificità chimica e alta risoluzione spaziale4. Nonostante la sua eccezionale specificità chimica, l'efficienza di generazione dello scattering Raman è bassa, richiedendo tempi di permanenza dei pixel prolungati o eccitazione ad alta potenza, portando, rispettivamente, a bassi tassi di acquisizione e incompatibilità con campioni sensibili.
Questa singola carenza di microscopia Raman ha portato i ricercatori ad applicare lo scattering Raman coerente 5,6,7,8,9 come fonte di contrasto per la microscopia. Si tratta di un processo ottico non lineare che migliora la risposta vibrazionale di diversi (fino a sette) ordini di grandezza, consentendo così l'imaging chimico ad alta velocità 10,11,12,13. In particolare, le due tecniche di scattering Raman coerenti più impiegate sono lo scattering Raman anti-Stokes (CARS)14 e lo scattering Raman stimolato (SRS)15. A differenza di CARS, SRS mostra una dipendenza lineare dalla concentrazione di molecole risonanti. È immune allo sfondo non consonante, un effetto non lineare estraneo a qualsiasi transizione vibrazionale ma distorsivo alle forme lorentziane caratteristiche degli spettri Raman delle vibrazioni molecolari16,17. Pertanto, la microscopia SRS produce informazioni Raman autentiche che consentono l'analisi quantitativa diretta delle immagini.
SRS è un processo ottico non lineare di terzo ordine che fornisce informazioni dirette sui legami chimici di un campione. Ha origine dalla sovrapposizione spaziotemporale di due campi ottici generalmente nella regione spettrale del vicino infrarosso, vale a dire la pompa e lo Stokes a frequenza ωpu e ωS, rispettivamente 10,11,18. Questa sovrapposizione genera un battito alla Ω di detuning della frequenza di Stokes della pompa = ωpu-ω S. Quando Ω corrisponde a una vibrazione molecolare ΩR, la molecola risuona, causando un trasferimento di energia coerente tra i campi luminosi e la molecola. Di conseguenza, la molecola raggiunge uno stato vibrazionalmente eccitato. Questo processo può essere monitorato misurando l'annichilazione dei fotoni della pompa (un segnale noto come perdita di Raman stimolata [SRL]) o l'amplificazione concomitante dei fotoni di Stokes (un processo noto come guadagno Raman stimolato [SRG]). SRG e SRL sono piccoli segnali (ΔI) che si trovano sopra uno sfondo intenso e fluttuante (I). Poiché i valori tipici del segnale SRS (ΔI/I) sono nell'intervallo 10-6-10-4, il rumore laser può facilmente oscurarlo. Per mitigare gli effetti dannosi del rumore laser sul rapporto segnale-rumore (SNR) e di conseguenza sulla velocità di imaging, il rilevamento SRS si basa su tecniche di trasferimento della modulazione (ad esempio, amplificatori lock-in, circuiti risonanti o mediatori box-car) ad alte frequenze di modulazione (>1 MHz), dove il rumore laser raggiunge i suoi valori minimi 15,19,20.
La microscopia SRS convenzionale impiega una pompa a banda stretta (≈10 cm−1) e impulsi Stokes per produrre immagini chimiche a una singola frequenza vibrazionale, consentendo l'imaging a velocità video con tempi di permanenza dei pixel a partire da ≈100 ns21,22. Tuttavia, poiché la microscopia SRS a banda stretta forma mappe chimiche scansionando sequenzialmente il campione solo a poche frequenze vibrazionali, le sue informazioni sono limitatea 23. Le immagini SRS con uno o due contrasti vibrazionali potrebbero non essere sufficienti per differenziare le specie chimiche con bande Raman sovrapposte, specialmente all'interno di sistemi eterogenei. Pertanto, il microscopio paradigmatico SRS a banda stretta non sfrutta appieno il potenziale di SRS, perché indagare una manciata di frequenze vibrazionali ostacola la sua specificità chimica e trascura la ricchezza di informazioni codificate all'interno degli spettri vibrazionali. Inoltre, la scansione sequenziale del campione a frequenze diverse si traduce in tempi di permanenza dei pixel estesi che possono innescare il fotodanno e impedire una rigorosa coregistrazione spaziale tra immagini consecutive, portando a artefatti di movimento.
Contrariamente alla sua controparte a banda stretta, la microscopia SRS a banda larga recupera uno spettro vibrazionale per pixel ad ogni scansione del campione 10,12,24. Pertanto, l'SRS a banda larga fornisce immagini iperspettrali con una rigorosa coregistrazione spaziale di diversi contrasti vibrazionali, consentendo un'analisi rigorosa dei dati. Questo non solo rivela i costituenti chimici del campione attraverso gli spettri Raman, ma aiuta anche a determinare le loro concentrazioni relative. A seconda di come vengono acquisiti gli spettri, la microscopia SRS a banda larga è classificata come SRS iperspettrale o SRS multiplex. Nella SRS iperspettrale, lo spettro SRS per punto scansionato del campione viene acquisito in sequenza (cioè, viene recuperato spazzando la frequenza di detuning Ω), costruendo uno spettro SRS impilando insieme i segnali SRS a turni Raman consecutivi. Lo spettro Raman viene misurato simultaneamente in diverse modalità vibrazionali in multiplex SRS. Pertanto, l'approccio SRS multiplex combina un impulso a banda stretta modulato con un impulso a banda larga per pilotare il segnale SRS a frequenze diverse e utilizza un rilevatore multicanale con una sensibilità paragonabile a quella di SRS a banda stretta per rilevare gli spettri SRS.
Questo documento presenta un protocollo per produrre mappe chimiche di campioni eterogenei utilizzando la microscopia SRS multiplex. Uno schema del microscopio SRS impiegato in questo protocollo è raffigurato in Figura 1 e descritto in dettaglio altrove 25,26,27. In breve, un laser a fibra Yb bloccato in modalità commerciale, che produce impulsi 140 fs centrati a 1040 nm, con una potenza media di 10 W e una frequenza di ripetizione di 80 MHz, guida il microscopio SRS a banda larga. Uno splitter a fascio polarizzatore (PBS) separa il fascio fondamentale in due rami. Per produrre gli impulsi stokes a banda stretta, un ramo con 4 W del fascio fondamentale viene inviato a un etalon che genera un fascio a banda stretta (≈15 cm-1), che viene poi modulato a 1,6 MHz con un modulatore ottico acustico (AOM). La frazione rimanente con 6 W del fascio fondamentale è raddoppiata in frequenza con un cristallo di triborato di litio (LBO) di 2,8 mm di spessore, tagliato per la corrispondenza di fase di tipo I (θ = 90°, φ = 13,8°). La seconda generazione armonica risultante a 520 nm viaggia verso una cavità piegata a X per pompare un oscillatore ottico parametrico (OPO), un dispositivo che utilizza un cristallo LBO di 3,0 mm di spessore (corrispondenza di fase di tipo I, θ = 90 °, φ = 9,8 °) come mezzo attivo per fornire una radiazione ottica a banda larga sintonizzabile all'interno della regione spettrale 680-910 nm (Figura 2). Questi impulsi a banda larga fungono da pompa negli esperimenti SRS e si propagano a un compressore prismatico per precompensare gli effetti di dispersione indotti dall'obiettivo del microscopio.
Dopo la fase di compressione, una piastra d'onda λ/2, combinata con una piastra birifrangente YVO4 , produce due repliche polarizzate ortogonalmente la cui sottrazione elettronica sul piano di rilevamento annulla il rumore della pompa a banda larga. Uno specchio dicroico combina la pompa e i fasci di Stokes e li invia a un microscopio verticale. Un obiettivo ad immersione in acqua con un'apertura numerica (NA) di 1,27 focalizza la luce sul campione, mentre un obiettivo ad immersione in olio con un NA di 1,4 lo raccoglie. Prima della fase di rilevamento, un filtro a passaggio corto (SPF) rimuove lo Stokes modulato, mentre un reticolo di diffrazione operante in configurazione Littrow disperde la pompa a banda larga trasmessa. Un secondo PBS2 separa le repliche della pompa e un obiettivo le focalizza su due array di fotodiodi. I segnali provenienti da questi array di fotodiodi vengono sottratti elettronicamente e inviati a un amplificatore di blocco multicanale (M-LIA) costruito in casa. Il segnale demodulato viene quindi normalizzato dalle letture in corrente continua (DC) di uno degli array di fotodiodi, producendo così lo spettro SRL.
Come esperimento esemplare, immaginiamo miscele di diversi noti scatterer Raman, ognuno con uno spettro Raman unico. Pertanto, il protocollo inizia descrivendo come preparare i campioni di riferimento. Mentre rileviamo SRL, continuiamo a spiegare come ottenere impulsi Stokes a banda stretta e impostare la sorgente ottica che eroga gli impulsi della pompa a banda larga (≈250 cm-1), vale a dire, l'OPO costruito in casa. Il protocollo mostra l'allineamento e l'ottimizzazione dei fasci ottici, descrivendo parametri critici come la potenza e gli spettri dello Stokes a banda stretta e della pompa a banda larga. Il protocollo descrive in dettaglio il percorso ottico della pompa a banda larga perché richiede particolari elementi ottici. Spiega anche come trovare la sovrapposizione spaziotemporale tra gli impulsi pompa-Stokes e mostra un modo pratico per determinare il rumore di intensità relativa (RIN), che a sua volta aiuta a definire la migliore frequenza di modulazione per gli esperimenti SRS. Quindi, spieghiamo il principio di funzionamento e la calibrazione della catena di rilevamento. Infine, il protocollo mostra il processo di acquisizione dei dati, la chemiometria e la pipeline di elaborazione delle immagini.
1. Preparazione del campione
NOTA: Questo protocollo descrive il recupero delle mappe di concentrazione e degli spettri SRS caratteristici di miscele chimicamente eterogenee.
2. Ottimizzazione della pompa e delle travi Stokes
(1)
media che incide sull'area attiva del rivelatore.
lock-in a diverse frequenze di demodulazione e usa la responsività del fotodiodo per convertire da V a W.3. Impostazione del rilevamento spettrale per l'imaging SRS
(2)4. Chemiometria dei dati SRS iperspettrali
La Figura 3 mostra risultati esemplari ottenuti utilizzando questo protocollo con PS, PMMA e olio d'oliva. Questa rotazione di LBO1 cambierà l'indice di rifrazione sperimentato dal campo SHG, modificandone direttamente la velocità di fase. Quando la velocità di fase del campo SHG corrisponde a quella della polarizzazione non lineare indotta in LBO1, il campo generato non linearmente e la polarizzazione non lineare saranno in fase, portando a un'intensa radiazione SHG. In altre parole, la modifica dell'angolo di φ di LBO1 consentirà all'utente di raggiungere la condizione di corrispondenza di fase ideale per SHG. Poiché qui viene utilizzato un cristallo di corrispondenza di fase di tipo I, la polarizzazione del fascio SHG sarà ortogonale a quella del fascio fondamentale (Figura 5B).
La Figura 8 mostra il RIN delle sorgenti ottiche utilizzate in questo protocollo e il limite shot-noise, che è una conseguenza della natura quantistica di elettroni e fotoni che pone un limite fondamentale al rumore laser. Il RIN limitato shot-noise viene calcolato con
come mostrato da Eq (3).
(3)
Dove h è la costante di Planck e ν è la frequenza ottica. Pertanto, il rumore di tiro fornisce linee guida utili per la progettazione elettronica.
La Figura 11A e la Figura 11C mostrano dati esemplari di spettri bilanciati e sbilanciati. Naturalmente, gli effetti del rilevamento bilanciato influiscono sui risultati finali degli esperimenti, vale a dire le mappe chimiche. La Figura 11B e la Figura 11D mostrano immagini composite rispettivamente nelle condizioni sbilanciate e bilanciate. Implementare con successo il protocollo descritto aiuterà a identificare e localizzare i diversi costituenti chimici di un campione eterogeneo ed estrarre i loro spettri SRS caratteristici. Sottoponendo i dati iperspettrali della Figura 12 all'analisi chemiometrica si ottiene la Figura 13. La Figura 13A mostra un composito delle mappe di concentrazione dei diversi costituenti chimici del campione, mentre la Figura 13B mostra i loro spettri SRS caratteristici. Si noti che i dati mostrati nella Figura 13A non solo consentono all'utente di identificare facilmente i diversi componenti del campione, ma anche di eseguire analisi più quantitative. Ad esempio, utilizzando le mappe di concentrazione, potremmo calcolare la media della concentrazione frazionaria di ciascuna specie chimica: 38% DMSO, 25% PMMA, 14% PS e 22% olio d'oliva.

Figura 1: Schema del microscopio SRS a banda larga utilizzato in questo protocollo. Abbreviazioni: PBSx = beamsplitter polarizzante; SHG = modulo di seconda generazione armonica; OPO = oscillatore parametrico ottico; AOM = modulatore ottico acousto; SPF = filtro a passaggio corto; M-LIA: Amplificatore lock-in multicanale; DM = specchio dicroico. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Spettri della pompa a banda larga sintonizzabile (blu) e delle travi Stokes a banda stretta (rossa). Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Immagine a campo luminoso del campione chimicamente eterogeneo. Si noti che la microscopia convenzionale non consente di distinguere i diversi costituenti. Barra della scala = 100 μm. Abbreviazioni: PS = polistirolo; PMMA = polimetilmetacrilato; DMSO = dimetilsolfossido. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Modulazione degli impulsi di Stokes a banda stretta. (A) La traccia blu trasparente mostra lo 0° fascio diffratto, mentre quello nero mostra il corrispondente 1° ordine. (B) Configurazione ottica per ottimizzare l'efficienza di modulazione del fascio diffratto di 1° ordine e messa a punto della dimensione dello spot del fascio di Stokes prima di arrivare all'obiettivo di eccitazione. Abbreviazioni: AOM = modulatore ottico acousto; fx = lunghezza focale dell'obiettivo X. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 5: Processi ottici non lineari necessari per guidare l'OPO. (A) Geometria dell'interazione SHG. Due fotoni fondamentali a ω1 portano il sistema materiale a un livello virtuale ad alta energia, da dove il sistema materiale salta verso il basso allo stato fondamentale, emettendo un fotone a ωSHG. (B) Schema dell'esperimento SHG. (C) Uno schema delle configurazioni SHG e OPO. (D) Geometria dell'interazione DFG. Unfotone SHG ω è diviso in fotoni di segnale (segnale ω) e folle (ωIdler). Un guadagno del fascio di segnale si ottiene alimentando i fotoni del segnale e facendoli risuonare nella cavità. (E) Schema dell'esperimento DFG. Abbreviazioni: SMx = specchio sferico (R = 75 mm); OPO = oscillatore parametrico ottico; SHG = modulo di seconda generazione armonica; DFG = generazione differenza-frequenza; LBO = triborato di litio; OC = condensatore d'olio; DM = specchio dicroico; fx = lunghezza focale dell'obiettivo X. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 6: Geometria del compressore prismatico. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 7: Generazione di frequenza somma per ottimizzare la sovrapposizione spazio-temporale. (A) SFG tra la pompa e Stokes e i rispettivi SHG che impattano su uno schermo. Qui, una lente ha focalizzato la pompa e i raggi Stokes sul cristallo, mentre un filtro passa-basso li ha rimossi. (B) Intensità dell'SFG tra pompa e Stokes in funzione del ritardo temporale. Impostate il tempo zero della configurazione SRS nella posizione che massimizza l'SFG. L'asimmetria della correlazione incrociata in B è dovuta al profilo temporale causato dall'etalon sul fascio di Stokes. Abbreviazioni: SFG = generazione somma-frequenza; SHG = modulo di seconda generazione armonica; SRS = spettroscopia di scattering Raman stimolata. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 8: Spettri RIN. La banda evidenziata in verde mostra la migliore regione spettrale per gli esperimenti SRS. La modulazione del fascio stokes a qualsiasi frequenza all'interno di questa banda garantisce che gli effetti del rumore laser sul segnale SRS saranno i più bassi possibili. Abbreviazioni: RIN = rumore di intensità relativa; SRS = spettroscopia di scattering Raman stimolata. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 9: Profili del fascio. (A) Pompa, (B) Stokes e (C) pompa e Stokes. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 10: Geometria presunta per un reticolo a dispersione e un rivelatore a matrice di fotodiodi. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 11. Gli effetti del rilevamento bilanciato. Effetti su spettri (A, C) e immagini chimiche (B, D). I compositi mostrati nei pannelli (B) e (D) sono i risultati finali degli esperimenti (cioè dopo l'analisi chemiometrica dei dati iperspettrali. Vedere la sezione 4 del protocollo per i dettagli). Barre della scala = 10 μm. Abbreviazione: SRS = spettroscopia di scattering Raman stimolata. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 12: Un ipercubo SRS rappresentativo acquisito con microscopia SRS a banda larga. Il piano x-y memorizza le coordinate delle posizioni scansionate, mentre ogni vettore lungo z registra uno spettro SRS. Abbreviazione: SRS = spettroscopia di scattering Raman stimolata. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 13: Analisi chemiometrica dei dati SRS iperspettrali. (A) Composito delle mappe di concentrazione dei diversi costituenti del campione. B) Spettri caratteristici delle specie chimiche. In entrambi i pannelli, giallo: olio d'oliva, blu: DMSO, ciano: PS e arancione: PMMA. Barra della scala = 20 μm (A). Abbreviazioni: SRS = spettroscopia di scattering Raman stimolata; PS = polistirolo; PMMA = polimetilmetacrilato. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
G. C. dichiara il coinvolgimento con la società Cambridge Raman Imaging, che mira a commercializzare la tecnologia di microscopia SRS a banda larga. Gli altri autori non dichiarano conflitti di interesse.
Presentiamo un protocollo per acquisire immagini chimiche con microscopia a diffusione Raman stimolata a banda larga (SRS). Basato su un microscopio SRS che opera con rilevamento differenziale multicanale-lock-in, il protocollo descrive la preparazione del campione, la regolazione dell'apparato SRS e la chemiometria per districare diversi costituenti di campioni chimicamente eterogenei.
D. P. riconosce il finanziamento del progetto dell'Unione Europea CRIMSON nell'ambito della Convenzione di Sovvenzione n. 101016923 e del progetto della Regione Lombardia NEWMED nell'ambito della Convenzione di Sovvenzione n. POR FESR 2014-2020. G. C. riconosce il finanziamento del progetto dell'Unione Europea GRAPHENE Core3 nell'ambito della convenzione di sovvenzione numero 881603. G. C. riconosce anche il finanziamento della King Abdullah University of Science and Technology, grant award number: OSR-2016-CRG5-3017-01.
| Obiettivo di raccolta | Nikon | CFI Apo Lambda S 60x Olio, NA=1,4, Nikon | Obiettivo ad immersione in olio |
| Vetrini coprioggetti | Thermo Fisher | 043211-KJ | Quarzo, vetrino coprioggetti per vetrino da microscopio, 25,4 x 25,4 x 0,15 mm |
| Linea di ritardo | Physik Instrumente (PI) | M-406.6PD | Stadio di microtraslazione di precisione, corsa 150 mm |
| DMSO Merck | D8418-500ML | Metilsulfinilmetano, grado di biologia molecolare DMSO, DMSO, metilsolfossido | |
| Etalon | SLS Optics Ltd | Rivestimento antiriflessosu misura | a 1.040 nm, montato in una cella in acciaio inossidabile di 38 mm di diametro x 35,5 mm di lunghezza con cappucci protettivi antipolvere e un diametro di 50 mm ' pinza-morsetto' anello di montaggio |
| Obiettivo di eccitazione | Nikon | CFI Plan Apo IR 60XC WI, NA=1.27, Nikon | Obiettivo ad immersione in acqua |
| Reticolo | LightSmyth | Serie T-1850-800s | Reticolo di trasmissione ad alta efficienza Serie T-1850-800s |
| Laser | coerente | Su misura | Fedeltà, HP |
| λ/2 | Thorlabs | SAHWP05M-1700 | Montato superacromatico piastra a semionda |
| PBS | Thorlabs | CM5-PBS203/M | 16 mm Cubo polarizzatore montato su gabbia, |
| perline | PMMA Merck | MFCD00198073 | Micro particelle a base di polimetacrilato |
| Prismi | Crisel | 320-8218 | PRISMI A DISPERSIONE LASER in perline SF11 |
| PS Merck | 72986-10ML-F | Micro particelle a base di polistirene | |
| Cristallo YVO4 | Dr. Sztatecsny GmbH | Su misura | spessore 8 mm, diametro 1,00 cm, 1 689,00 689,00 adatto per montatura da 1", rivestito per 850 - 1.100 nm |