Il ITS2 Database

Il gene ribosomiale dello spaziatore due trascritto interno o I TS due è uno dei marcatori più importanti nella sistematica molecolare. La ricerca degli ultimi 20 anni si è concentrata principalmente sullo sfruttamento delle due sequenze I Ts per la ricostruzione filogenetica. Tuttavia, la struttura secondaria di I TS 2 viene sempre più utilizzata nel campo dell'inferenza filogenetica per diversi motivi.

L'analisi della struttura secondaria estende l'applicabilità tassonomica di questo marcatore, mentre la sequenza I TS two in rapida evoluzione e quindi molto variabile è principalmente adatta per l'analisi filogenetica a livello di specie o inferiore. L'aggiunta di informazioni strutturali consente l'analisi a un rango tassonomico più elevato contemporaneamente a causa della struttura secondaria fortemente conservata che consiste nelle sue quattro caratteristiche. Pertanto, i risultati dell'analisi della struttura secondaria possono migliorare la risoluzione filogenetica ottenuta dalla sequenza primaria.

Benvenuti, cari colleghi, mi chiamo Matthias Wolf. Sto lavorando nel settore delle due prove da circa otto anni. Lavoro qui al Dipartimento di Bioinformatica presso il bio center dell'Università di Würzburg in Germania.

Oggi vogliamo presentarvi un piccolo filmato su come utilizzare il database I ts two. Ciao, sono y Chu. La ragione di quel film è che il database I Ts two non è in realtà solo un database per l'archiviazione, ma forniamo anche molti strumenti che ti permettono di migliorare la tua analisi filogenetica.

In questo filmato, vogliamo mostrarti come lavorare con questi strumenti e come collegare tutti questi strumenti insieme. Corretto. La delineazione della sequenza I Ts two può essere cruciale per la previsione della struttura. Pertanto, è stata implementata un'interfaccia basata sul Web per l'annotazione basata su modello di markoff nascosto.

Per ottenere un'annotazione corretta delle tue due sequenze, puoi incollarle nell'editor di sequenze nella parte superiore del sito web. Ciò viene dimostrato caricando le sequenze di esempio dei piani. L'editor di sequenze stesso verifica se le due sequenze I TS sono valide o meno e genera messaggi di errore.

Ad esempio, quando si utilizzano caratteri non PAC Dopo aver scelto l'HMM corretto, è possibile avviare il processo facendo clic su annota ogni 5,8 s e 28 SRNA che potrebbero essere identificati dal programma viene rimosso, lasciando le due sequenze correttamente annotate, che si trovavano nel mezzo. Di conseguenza, sono mostrate due sequenze delimitate I TS e l'ibrido previsto di 5,8 s e 28 S-R-R-N-A. A conferma dell'accuratezza delle annotazioni HMM dopo l'annotazione delle due sequenze appena conservate, le strutture secondarie possono essere determinate in due modi.

La prima previsione può essere realizzata mediante modellazione di omologia con l'insieme completo di sequenze e strutture del database che fungono da modelli. Per prevedere la struttura del tuo annotato, le sue due sequenze fanno clic su prevedi struttura. Se la tua sequenza di due a destra può ripiegare direttamente nella tipica struttura secondaria delle sue due, il risultato viene rappresentato immediatamente.

Ora è possibile scegliere tra diverse opzioni per elaborare ulteriormente la struttura della sequenza, inclusa l'aggiunta al pool di dati. Se proprio qui, due sequenze non possono foldare direttamente, viene eseguita una ricerca blast nel database. La pagina risultante mostra i migliori colpi di esplosione, inclusa la modellazione dell'omologia per ogni plastica come modello.

Con un clic sul segno più vengono visualizzati i dettagli, è possibile selezionare le coppie di strutture di sequenza di propria scelta e aggiungerle al pool di dati, sia tramite track and drop che utilizzando il menu contestuale con il tasto destro. Un secondo approccio consiste nell'immettere manualmente una o più sequenze, incluse le relative strutture secondarie come modelli per trasferire le strutture secondarie più adatte alle sequenze di query. Ciò viene dimostrato caricando il file di esempio per più modelli.

Facendo clic su Prevedi modelli migliori, si esegue la modellazione dell'omologia con le impostazioni predefinite. Il programma di modellazione Homology calcolerà tutto rispetto a tutte le strutture e visualizzerà le migliori combinazioni di modelli di query. Nella tabella risultante è possibile vedere quali modelli potrebbero utilizzare correttamente la struttura secondaria per modellare una o più sequenze di query.

Anche in questo caso, i dettagli dei risultati possono essere aperti con un clic sul segno più poiché l'approccio completo della modellazione dell'omologia è indipendente dai due I. Può essere utilizzato per prevedere la struttura secondaria di qualsiasi RNA data una molecola omologa con una struttura nota. Inoltre, le coppie di strutture di sequenza risultanti possono essere aggiunte al pool di dati trascinando e tr o tramite il menu contestuale, che si apre con il tasto destro del mouse.

Oltre alla struttura complessiva, per la I TS two sono stati descritti motivi conservati come la sequenza A-U-G-G-U che precede l'apice della terza elica e una piramide perina in discrepanza nella seconda elica. Questa discrepanza UU è circondata da due motivi, uno a sinistra dell'elica due e uno a destra tra l'elica due e tre con un nucleotide tripla A aggiuntivo. Dopo aver trasformato questi motivi di sequenza in hms, ora forniamo l'identificazione di questi motivi in sequenze di interesse.

Per cercare questi motivi, inserisci la sequenza di query nel campo di ricerca e scegli il modello corretto. Anche in questo caso, ciò viene dimostrato caricando il file di esempio per i piani. Per avviare i calcoli, fare clic su ricerca movente.

I due motivi trovati sono annotati ed evidenziati nelle sequenze di query. Una possibilità per recuperare due coppie di strutture di sequenza dal database I Ts two è la funzione di ricerca. Consente all'utente di cercare strutture di sequenza in base al nome del taxon o all'identificatore della banca di generazione.

Per cercare una struttura di sequenza in base all'identificatore GenBank, digitare l'IG nel campo di ricerca e fare clic su cerca. Un elenco di risultati viene visualizzato in una nuova scheda. È possibile visualizzare i dettagli di una struttura di sequenza facendo clic su mostra dettagli.

Inoltre, è possibile visualizzare la sequenza diretta da S di tutti i risultati all'interno della scheda facendo clic su mostra struttura sequenza tramite trascinamento della selezione o tramite il menu contestuale con un clic destro, le strutture di sequenza scelte possono essere aggiunte al pool di dati. Oltre alla ricerca di coppie di strutture di sequenza per gi, è possibile digitare il nome di un taxon nel campo di ricerca, supportato da una casella di ricerca in tempo reale visualizzata. Dopo che viene visualizzata la nuova scheda che elenca tutti i risultati, è possibile accedere alle stesse funzioni di prima.

Ad esempio, l'aggiunta di una selezione al pool di dati tramite trascinamento della selezione. La seconda possibilità di recuperare coppie di strutture di sequenza dal database è la funzione di navigazione. Qui, i testi sono assortiti.

Secondo il database della tassonomia NCBI, i dati sono accessibili attraverso la struttura ad albero. A sinistra del sito web. Con il clic sul segno più, è possibile mostrare il testo un livello sotto.

Con un clic sul nome di un taxon, si apre una nuova scheda contenente ogni struttura di sequenza, coppia del taxon. Oltre alla ricerca di sequenze e strutture con identificatori di banche CEM o informazioni sulle specie, il database I Ts two fornisce anche una ricerca basata sulle esplosioni. Tuttavia, le procedure di esplosione di spicco spesso non sono in grado di identificare i lontanamente correlati.

A causa dell'elevata divergenza di sequenze. Per superare questo ostacolo, abbiamo implementato una ricerca blastica basata su sequenze e strutture che include informazioni sulla struttura altamente conservata per la ricerca di omologia. Questo viene fatto traducendo la struttura della sequenza in una sequenza di pseudo proteine di 12 lettere.

Quindi il campionamento delle specie che inizia con qualsiasi sequenza di interesse e copre. Ampi intervalli tassonomici sono diventati semplici come una ricerca esplosiva. Per eseguire una ricerca blast, è possibile digitare le sequenze di query nell'editor di sequenze.

Se la sequenza di query è una semplice sequenza nucleotidica senza struttura, viene utilizzato un algoritmo blast n comune per le sequenze che includono le loro strutture secondarie. L'interfaccia web utilizza l'algoritmo I Ts two blast. Avvia il processo facendo clic su blast.

Dopo alcuni istanti, i tuoi colpi esplosivi vengono elencati in un nuovo tocco. Qui viene visualizzato un tocco per ogni sequenza di query. Con il clic su Mostra allineamenti, è possibile scorrere gli allineamenti in gesso Come prima, è possibile selezionare le coppie di strutture di sequenza di propria scelta e inserirle nel pool di dati.

Durante il lavoro sul database ITS two, il pool di dati potrebbe essersi riempito con diverse strutture di sequenza. Puoi accedere al tuo pool di dati in qualsiasi momento e mostrarne il contenuto. Il passo successivo dell'analisi è l'allineamento della struttura a più sequenze.

Fare clic su analizza set di dati, quindi su sequenza e struttura per eseguire l'allineamento della struttura della sequenza. A questo punto, viene chiesto di selezionare la modalità grafica dell'allineamento. Per un ampio set di sequenze, si consiglia di selezionare la versione slim.

Poiché il nostro pool di dati contiene solo poche strutture di sequenza, scegliamo la modalità grafica completa. Al termine del calcolo, l'allineamento viene aggiunto al pool di dati. Evidenziando un lato di una coppia di basi, si evidenzia automaticamente la sua controparte.

Infine, l'allineamento può essere sicuro con un clic sull'allineamento sicuro. Una volta che si è soddisfatti della qualità dell'allineamento della struttura della sequenza, è possibile calcolare un albero di unione filogenetico vicino facendo clic su analizza set di dati, quindi su Neighbor. L'unione dell'albero risultante viene visualizzata in una nuova scheda.

È possibile ridimensionare liberamente l'albero utilizzando la barra di scorrimento, reindirizzare l'albero facendo clic su un nodo arbitrario o su una foglia dell'albero e quindi reindirizzare a questo nodo. Se si desidera rimuovere un taxon dal pool di dati, fare clic sulla foglia e scegliere. Rimuovere questo nodo dal pool.

Ora puoi ricalcolare il tuo allineamento e albero con un campionamento ridotto del taxon con un clic su albero sicuro. Puoi salvare il tuo albero filogenetico nel formato NU. Fare clic su questo sito Web e quindi su Strumenti per trovare ulteriori informazioni sugli strumenti autonomi in vendita e sui professionisti.

Oltre alla funzione di allineamento al collegamento dei vicini, fornita anche dall'interfaccia web del database I Ts two, è ora possibile accedere a diverse nuove funzioni, ad esempio la limitazione delle specie basata su modifiche basate sulla compensazione. Negli ultimi minuti, volevamo mostrarti alcuni trucchi su come migliorare la tua analisi filogenetica. Ti abbiamo mostrato come raccogliere i tuoi dati dal database I Ts two, allinearli con quattro celle e infine calcolare i tuoi alberi con Pro S.In tutti questi passaggi, non abbiamo considerato solo la sequenza, ma la sequenza e la struttura. Certo.

Ci auguriamo che il nostro piccolo film e la costruzione di alberi pesanti ti siano piaciuti. Buona notte.