Name: Il ITS2 Database (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: Esplora l'analisi filogenetica con il database ITS2, integrando dati di sequenza e struttura secondaria. Questo strumento bioinformatico semplifica l'inferenza filogenetica accurata e l'annotazione delle sequenze.

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Siamo lieti di ringraziare il gruppo ITS2, Biocenter, Università di Würzburg, per il feedback ricca e preziosa. Ringraziamo anche la Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG; sovvenzione Mu-2831/1-1) per il finanziamento.

1. Annotazione corretta di Sequence ITS2 <ol><li> Accedi al banco di lavoro ITS2 filogenesi Database qui: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li> Iniziate la vostra analisi facendo clic sull&#39;icona &quot;annotazione&quot; nella sezione &quot;Strumenti&quot;. Quindi, digitare o incollare la sequenza nell&#39;editor di sequenza nella parte superiore del sito. L&#39;editor di sequenza controlla automaticamente, se i vostri sequenze ITS2 sono validi. </li><li> Scegli un modello HMM adatto per le sequenze (ad esempio Viridiplantae per le piante). </li><li> Avviare il processo facendo clic su &quot;Annota&quot;. </li><li> Posizionando il mouse sopra l&#39;icona &quot;ibridazione&quot; è possibile visualizzare un&#39;immagine del 5.8S e 28S rRNA ibrida come una conferma di precisione l&#39;annotazione di HMM. </li><li> Fare clic sul segno più verde della risultante ITS2 sequenza per selezionare il modo di predizione della struttura secondaria: Per prevedere la struttura senza templat notae, cliccare su &quot;Indovina struttura&quot;. Se si desidera utilizzare un modello personalizzato per l&#39;omologia Modeling, fare clic su &quot;struttura modello&quot;. </li></ol> 2. Structure Prediction secondaria <ol><li> Predire <ol><li> La sequenza ITS2 annotato viene automaticamente incollato nell&#39;editor sequenza. </li><li> Per avviare la previsione della struttura secondaria con le impostazioni predefinite, fare clic sul pulsante &quot;Predict strutture&quot;. </li><li> Salvare la sequenza ITS2 risultante compresa la struttura modellata secondaria nel pool di dati facendo clic sul segno più di colore verde e poi &quot;Aggiungi alla piscina.&quot; In alternativa, è possibile aggiungerlo alla tua riserva di dati tramite drag and drop (Figura 1). </li><li> Se la sequenza non poteva piegare direttamente, i migliori risultati della modellazione omologia sono mostrati. Salvare il più adatto sequenza-struttura di via drag and drop per il pool di dati. In alternativa, salvare la sequenza-struttura in piscina dati con un click destro e poi un clic su &quot;Aggiungi al pool.&quot; </li></ol></li><li> Modeling personalizzato <ol><li> Digita o incolla uno o più modelli (con struttura nota) nell&#39;editor sequenza superiori. </li><li> Digita o incolla sequenze bersaglio uno o più (senza struttura) nell&#39;editor sequenza inferiore. </li><li> Clicca su &quot;Predict migliori template (s)&quot; per avviare la Modeling omologia con le impostazioni predefinite. </li><li> I migliori template bersaglio combinazioni sono mostrati nella lista risultante. </li><li> Salvare la sequenza di modellato-struttura (s) di vostra scelta sia via drag and drop per il pool di dati o da un tasto destro del mouse e un clic su &quot;Aggiungi al pool.&quot; </li></ol></li></ol> 3. Motif Search <ol><li> Digitare o incollare la sequenza query (s) nell&#39;editor sequenza nella parte superiore del sito. </li><li> Scegli il modello corretto HMM (ad esempio Viridiplantae per le piante). 3,3. Clicca su &quot;search Motif&quot; per avviare il processo. </li><li> ITS2 sequenze con motivi evidenziate sono le illustrazioniTed sul fondo del sito. </li><li> Fare clic sull&#39;icona accanto alla sequenza di intestazione per visualizzare i motivi evidenziati nella struttura secondaria. </li></ol> 4. Cerca e Consulta <ol><li> Cerca <ol><li> Digitare il nome di un taxon o di un identificatore GenBank (GI) nel campo di ricerca nella parte superiore del sito. </li><li> Una ricerca per nome taxon è supportato da uno che appare live-search box. </li><li> È possibile eseguire una ricerca multipla da una virgola di separazione vostre domande. </li><li> Fare clic sul pulsante &quot;Cerca&quot; per eseguire la ricerca. </li><li> I risultati appaiono elencati in una nuova scheda. </li><li> Fare clic su un nome della colonna per ordinare i risultati in base alla particolare colonna. È inoltre possibile aggiungere o rimuovere colonne di vostra scelta con il menu della colonna. Il menu della colonna è possibile inserire con un clic sulla freccia che appare all&#39;interno di un nome di colonna. </li><li> Clicca su &quot;Visualizza dettagli&quot; per visualizzare i dettagli di una sequenza-struttura. &lt;/ Li&gt; <li> Salvare la sequenza-struttura (s) di vostra scelta o tramite drag and drop per il pool di dati o da un tasto destro del mouse e un clic su &quot;Aggiungi al pool.&quot; </li><li> Per salvare i risultati in un file esterno, fare clic su &quot;Salva selezione&quot; o &quot;Salva tutto&quot;. </li></ol></li><li> Sfogliare <ol><li> Sfoglia il database ITS2 navigando attraverso la struttura ad albero a sinistra del sito. </li><li> Fare clic sul segno più per visualizzare i taxa di un livello inferiore. </li><li> Clicca sul nome taxon per aprire una nuova scheda contenente ogni sequenza-struttura del taxon. </li><li> Clicca su &quot;Visualizza dettagli&quot; per visualizzare i dettagli di una sequenza-struttura di coppia. </li><li> Salvare la sequenza-struttura (s) di vostra scelta o tramite drag and drop per il pool di dati o da un tasto destro del mouse e un clic su &quot;Aggiungi al pool.&quot; </li><li> Per salvare i risultati in un file esterno, fare clic su &quot;Salva selezione&quot; o &quot;Salva tutto&quot;. </li></ol></li></ol> 5. ITS2 Blast<ol><li> Digitare o incollare le sequenze di uno o più di query nell&#39;editor di sequenza. Le sequenze possono essere sia semplici sequenze nucleotidiche o sequenza-struttura coppie. È inoltre possibile digitare diverse strutture secondarie di seguito una sequenza. Selezionando la casella &quot;Serialize sequenze XXFASTA&quot; queste strutture sono utilizzate in seguito come singole query. </li><li> Per iniziare BLAST con le impostazioni predefinite, fare clic su &quot;Blast&quot;. A seconda della natura della query, o un BLASTN comune o la sequenza di ITS2 struttura BLAST viene eseguita. </li><li> Un sub-scheda è aperto per ogni sequenza query all&#39;interno del appaiono scheda &quot;Risultati BLAST&quot;, nonché una panoramica delle ricerche eseguite. </li><li> Clicca su &quot;Allineamenti Mostra&quot; per visualizzare gli allineamenti BLAST calcolati. </li><li> Salva i colpi BLAST di vostra scelta o tramite drag and drop per il pool di dati o da un tasto destro del mouse e un clic su &quot;Aggiungi al pool.&quot; </li><li> Per salvare i risultati in un file esterno, fare clic su &quot;Salva selezione&quot;O&quot; Salva tutto &quot;. </li></ol> 6. Sequenze multiple-struttura di allineamento <ol><li> Date un&#39;occhiata al vostro pool di dati facendo clic su &quot;Gestione dataset&quot; e poi il simbolo della lente d&#39;ingrandimento accanto al numero di sequenze in piscina. In alternativa, è possibile fare clic sul segno pool di dati in basso a sinistra del sito. </li><li> Fare clic su una sequenza di struttura coppia in pool di dati per visualizzarne i dettagli. </li><li> Per creare un multiplo di sequenza-struttura di allineamento di tutte le coppie sequenza-struttura nella piscina, fare clic su &quot;Analizza dataset&quot; e poi &quot;Sequenza e struttura&quot;. </li><li> Ora vi viene chiesto di selezionare la modalità grafica del proprio allineamento. Se il vostro allineamento contiene solo alcune sequenze, rifiutare il modo sottile facendo clic su &quot;No&quot; In caso contrario, scegliere la modalità grafica snella facendo clic su &quot;Sì&quot;. </li><li> In pochi istanti, l&#39;allineamento viene visualizzato in una nuova scheda (Figura 2). Inoltre, viene automaticamente salvato nella pool di dati. </li><li> Per salvare ill&#39;allineamento in un file esterno, fare clic su &quot;Salva l&#39;allineamento&quot;. </li></ol> 7. Albero filogenetico <ol><li> Per calcolare una sequenza-struttura approssimati basati Partecipare ad albero del vostro allineamento multiplo, clicca su &quot;Analizza Dataset&quot; e poi &quot;prossimo Joining&quot;. </li><li> La struttura risultante è illustrata in una nuova scheda (Figura 3). </li><li> Scalare il vostro albero liberamente con la barra di scorrimento &quot;albero Zoom&quot;. </li><li> Reroot il vostro albero facendo clic su un nodo o foglia dell&#39;albero e poi &quot;Reroot a questo nodo.&quot; </li><li> Se si desidera rimuovere un taxon dal pool di dati, fare clic sulla foglia e scegliere &quot;Rimuovi questo nodo dalla piscina&quot;. Ora è possibile ricalcolare l&#39;allineamento e l&#39;albero con il campionamento taxon ridotta. </li><li> Clicca su &quot;albero Save&quot; per salvare l&#39;albero filogenetico come risultato finale della sua analisi in un file esterno NEWICK. </li></ol> 8. Software aggiuntivo <ol><li> Clicca su &quot;Informazioni su questo sito&quot; - &quot;Strumenti&quot; per trovare ulteriori informarezione per la stand-alone 4SALE strumenti e ProfDistS. </li><li> Oltre l&#39;allineamento e la funzione prossimo Partecipare fornita dall&#39;interfaccia web ITS2 Database, è ora possibile accedere a diverse nuove funzioni, la delimitazione delle specie ad esempio, sulla base delle variazioni compensative di base (CBC). </li></ol> 9. Risultati rappresentativi Il flusso di lavoro come descritto sopra è stata applicata con successo in una serie di indagini ad accesso aperto 3,4. Gli esempi possono essere visti attraverso i seguenti link: <ul><li> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info%%% 3Adoi 2F10.1371 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> In questi studi su larga scala, siamo stati in grado di risolvere la filogenesi di Chlorophyta così come Hypnales (Bryophyta) wesimo alta risoluzione. In entrambi i casi, un campionamento taxon esaustivo è stato raccolto dal Database ITS2 9, automaticamente allineato con 4SALE 15,16 e infine trattati da ProfDistS 17 in un albero filogenetico. In tutti questi passaggi, la sequenza e le informazioni della struttura sono stati utilizzati contemporaneamente. Bootstrap sostegno per la spina dorsale filogenetica è stata ottenuta utilizzando prossimo Profilo di giunzione (PNJ) 19, che è disponibile in versione stand-alone di ProfDistS. Per un insieme ridotto di sequenza-struttura coppie, figure da 1 a 3 descritte le fasi principali di questo flusso di lavoro automatizzato 5 direttamente sul nuovo ITS2 workbench Database: campionamento taxon, il multiplo di sequenza-struttura di allineamento e, infine, il calcolo albero filogenetico. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="Figura 1" /> Figura 1. Taxon di campionamento per il drag and drop. In tutte le sequenze temporali o sequenza di strut-<html> coppie di e può essere aggiunto al pool di dati, ad esempio tramite drag and drop. Qui una sequenza-struttura viene aggiunto utilizzando il drag and drop dopo la predizione di struttura secondaria. L&#39;azzurro segna ellisse l&#39;area in cui è caduto la sequenza-struttura nel pool di dati. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">Clicca qui per vedere la versione full-size di questa immagine.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="Figura 2" /> Figura 2. Multipla sequenza-struttura di allineamento in modalità completamente grafica. Per le sequenze pochi nel pool di dati, la modalità di un elemento grafico è stato scelto. Le basi sono colorati; coppie di basi può essere evidenziato con cerchi rossi cliccando su una base o staffa di una coppia di basi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">Clicca qui per vedere la versione full-size di questa immagine.</a> 3.jpg &quot;alt =&quot; Figura 3 &quot;/&gt; Figura 3. Sequenza-struttura di Neighbor Joining albero. L&#39;albero liberamente scalabile calcolato di un taxa sette sequenze multiple-struttura di allineamento possono essere salvati nel formato NEWICK.

<ol><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+Direct%22%5BJournal%5D)">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li>
<li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., Müller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+throughout+the+Eukaryota%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li>
<li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internal+Transcribed+Spacer+2+%28nu+ITS2+rRNA%29+Sequence-Structure+Phylogenetics%3A+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li>
<li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+%28Bryophyta%29+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li>
<li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics%3A+a+how-to+manual+for+molecular+systematics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Phylogenetics+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li>
<li>Müller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinguishing+species%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li>
<li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li>
<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li>
<li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenBank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li>
<li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li>
<li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homology+modeling+revealed+more+than+20%2C000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li>
<li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+a+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li>
<li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProfDistS%3A%28profile-%29+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li>
<li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neighbor-joining+method%3A+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li>
<li>Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances%3A+a+study+of+the+Chlorophyceae+%28Chlorophyta%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li>
<li>Ludwig, W. olfgang <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ARB%3A+a+software+environment+for+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li>
<li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobyle%3A+a+new+full+web+bioinformatics+framework%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li>
<li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li>
<li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+trees+from+DNA+sequences%3A+a+maximum+likelihood+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li>
</ol>

Non ci sono conflitti di interesse dichiarati.

Il Database ITS2 è un banco di lavoro completo e pienamente funzionale per interni trascritti spacer 2 sequenza-struttura-base di filogenesi. Il sito web può essere utilizzato molto veloce e intuitivo. Mentre gli altri web-based banchi filogenesi come ARB Mobyle 20 o 21 sono solo in grado di lavorare su sequenza e / o struttura informativa consenso, il ITS2 Database 9 considera le singole sequenze e strutture secondarie per ogni taxon simultaneamente. Tuttavia, a causa delle limitazioni nella capacità di calcolo del server web, si raccomanda di utilizzare gli strumenti stand-alone per l&#39;allineamento multiplo e Neighbor Joining 18 calcolo, 4SALE ProfDistS 15,16 e 17, rispettivamente, per grandi dataset. Accanto alla base ITS2 sequenza-struttura del flusso di lavoro filogenesi 5, questi strumenti dispongono di numerose funzioni aggiuntive, come il calcolo bootstrap replica, Neighbor Joining Profile (PNJ) 19 o speciedelimitazione s sulla base delle variazioni compensative di base (CBC) 8. È possibile accedere attraverso la &quot;Informazioni su questo sito&quot; - sezione &quot;Tools&quot; per il download e informazioni dettagliate. Per utilizzare 4SALE e ProfDistS, è necessario portare sempre con file nel formato corretto. Un taxon campionamento per essere trattati da 4SALE deve avere il finale. Fasta o. Txt, mentre la sequenza-struttura di allineamento come input per ProfDistS deve terminare con. Xfasta. Si stanno applicando metodi alternativi per la ricostruzione albero filogenetico nel database ITS2 nonché nei relativi strumenti. Così, metodi come la sequenza-struttura-based massima parsimonia 22 e / o Maximum Likelihood 23 sarà accessibile in futuro.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Nome del reattivo </td><td> Azienda </td><td> Comments </td></tr><tr><td> Accesso ad Internet </td><td></td><td> Preferibilmente ad alta velocità </td></tr><tr><td> ITS2 Database 9 </td><td> Dipartimento di Bioinformatica, Università di Würzburg </td><td> Sito web: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> Software: 4SALE 15,16 </td><td> Dipartimento di Bioinformatica, Università di Würzburg </td><td> Download: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> Software: ProfDistS 17 </td><td> Dipartimento di Bioinformatica, Università di Würzburg </td><td> Download:ni-wuerzburg.de &quot;target =&quot; / _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

il its2 database

The ITS2 Database

Lo spaziatore interno trascritto 2 (ITS2) è stato utilizzato come marcatore filogenetica per più di due decenni. Come ITS2 ricerca principalmente focalizzata sulla sequenza ITS2 molto variabile, ha limitato questo indicatore a basso livello solo filogenesi. Tuttavia, la combinazione della sequenza ITS2 e la sua struttura altamente conservata secondaria migliora la risoluzione filogenetica 1 e permette inferenza filogenetica a ranghi tassonomici multipli, comprese le specie delimitazione 2-8. Il ITS2 Database 9 presenta un set di dati esaustiva di interni trascritti distanziali 2 sequenze da NCBI GenBank 11 precisione reannotated 10. A seguito di un&#39;annotazione profilo Models Hidden Markov (HMM), la struttura secondaria di ciascuna sequenza è previsto. In primo luogo, viene testato se un minimo di energia basata volte 12 (diretta volte) i risultati in una corretta, conformazione elica quattro. Se questo non è il caso, la struttura èprevisto dalla modellazione omologia 13. Nella modellazione omologia, una struttura già noto secondaria viene trasferita ad un&#39;altra sequenza ITS2, la cui struttura secondaria non era in grado di piegare correttamente in una piega diretta. Il database ITS2 non è solo un database per l&#39;archiviazione e il recupero di ITS2 sequenza-strutture. Inoltre fornisce diversi strumenti per elaborare le proprie ITS2 sequenze, tra cui l&#39;annotazione, la previsione strutturale, individuazione dei motivi e BLAST 14 ricerca sul combinato sequenza-struttura informativa. Inoltre, integra le versioni tagliate di 4SALE ProfDistS 15,16 e 17 per sequenze multiple-struttura calcolo di allineamento e Neighbor Joining 18 ricostruzione albero. Insieme formano un pipeline coerente analisi da una prima serie di sequenze di una filogenia basata sulla sequenza e struttura secondaria. In poche parole, questo banco di lavoro semplifica analisi filogenetiche primi solopochi clic del mouse, mentre fornisce inoltre strumenti e dati completi per analisi su vasta scala.

Il database ITS2 è un banco di lavoro per la sequenza di inferenza filogenetica simultaneamente e considerando la struttura secondaria del spaziatore interno trascritto 2. Ciò include la raccolta di dati con annotazioni accurate, predizione della struttura, di sequenze multiple-struttura di allineamento e di calcolo albero veloce. In poche parole, questo banco di lavoro semplifica analisi filogenetiche primi pochi click.

Il ITS2 Database

Lo spacer interno trascritto 2 (ITS2) è stato utilizzato come marcatore filogenetico per più di due decenni. Poiché la ricerca sull'ITS2 si è concentrata principalmente sulla molto...

Lo spaziatore trascritto interno due del gene ribosomiale, o ITS2, è uno dei marcatori più importanti nella sistematica molecolare. Le ricerche degli ultimi 20 anni si sono concentrate principalmente sull'utilizzo delle sequenze di ITS2 per la ricostruzione filogenetica. Tuttavia, la struttura secondaria di ITS2 sta trovando un uso sempre più diffuso nel campo dell'inferenza filogenetica per diversi motivi.L'analisi della struttura secondaria amplia l'applicabilità tassonomica di questo marcatore, mentre la sequenza ITS2, in rapida evoluzione e quindi altamente variabile, è principalmente adatta per analisi filogenetiche a livello di specie o inferiore. L'aggiunta di informazioni strutturali consente analisi simultanee a ranghi tassonomici superiori grazie alla struttura secondaria fortemente conservata di ITS2, costituita dalle sue quattro caratteristiche eliche. Pertanto, i risultati dell'analisi della struttura secondaria possono migliorare la risoluzione filogenetica ottenuta dalla sequenza primaria.Benvenuti, cari colleghi, il mio nome è Matthias Wolf. Lavoro presso il suo dipartimento da circa otto anni. Lavoro qui presso il Dipartimento di Bioinformatica del bio center dell'Università di Würzburg in Germania.Oggi vorremmo presentarvi un breve filmato su come utilizzare le due banche dati I ts. Ciao, sono y Chu. Il motivo di questo filmato è che la banca dati I Ts due non è soltanto un archivio per lo stoccaggio, ma mettiamo anche a disposizione numerosi strumenti che vi permettono di migliorare le vostre analisi filogenetiche.In questo video, vogliamo mostrarvi come utilizzare questi strumenti e come collegarli tra loro. Corretto. La delimitazione della sequenza degli I Ts può essere cruciale per la previsione della struttura. Pertanto, è stata implementata un'interfaccia basata sul web per l'annotazione basata sul modello markoviano nascosto.Per ottenere un'annotazione corretta delle tue sequenze di I TS due, puoi incollarle nell'editor di sequenze nella parte superiore del sito web. Questo viene illustrato caricando le sequenze di esempio di plans. L'editor di sequenze verifica autonomamente se le tue sequenze di I TS due sono valide o meno e genera messaggi di errore.Ad esempio, quando si utilizzano caratteri non PAC, dopo aver scelto l'HMM corretto, è possibile avviare il processo facendo clic su "annota ogni 5,8 s e 28 sRNA". Quello che potrebbe essere identificato dal programma viene rimosso, lasciando le sequenze I TS due correttamente annotate, che erano localizzate tra queste. Di conseguenza, vengono mostrate anche le sequenze I TS due delimitate, insieme all'ibrido previsto di 5,8 s e 28 S-R-R-N-A. Come conferma dell'accuratezza delle annotazioni HMM, dopo l'annotazione delle nuove sequenze I TS due mantenute, le strutture secondarie possono essere determinate in due modi.La prima previsione può essere effettuata mediante modellazione per omologia, utilizzando l'intero insieme di sequenze e strutture del database come modelli. Per prevedere la struttura della sequenza annotata, fare clic su "previsione della struttura" per le due sequenze. Se le due sequenze risultanti possono ripiegarsi direttamente nella tipica struttura secondaria its two, il risultato viene mostrato immediatamente.Ora puoi scegliere tra diverse opzioni per elaborare ulteriormente la struttura della tua sequenza, inclusa l'aggiunta al tuo pool di dati. Se le due sequenze non possono ripiegarsi direttamente, viene eseguita una ricerca blast contro il database. La pagina risultante mostra i migliori riscontri ottenuti con blast, inclusa la modellizzazione per omologia per ciascun plastico come modello.Cliccando sul segno più vengono mostrati i dettagli; è possibile selezionare le coppie sequenza-struttura di proprio interesse e aggiungerle al pool di dati, trascinando e rilasciando oppure utilizzando il menu contestuale con il tasto destro del mouse. Un secondo approccio consiste nell'inserire manualmente una o più sequenze, inclusa la loro struttura secondaria, come modelli per trasferire le strutture secondarie più adatte alle sequenze in analisi. Questo procedimento viene illustrato caricando il file di esempio per più modelli.Cliccando su Prevedi i migliori template, si esegue il modellamento per omologia con le impostazioni predefinite. Il programma di modellamento per omologia calcolerà tutte le strutture contro tutte e mostrerà le migliori combinazioni tra query e template. Nella tabella risultante, è possibile vedere quali template hanno utilizzato con successo la propria struttura secondaria per modellare una o più sequenze query.Anche in questo caso, i dettagli dei risultati possono essere visualizzati cliccando sul segno più, poiché l'intero approccio di modellazione per omologia è indipendente dall'I TS due. Può essere utilizzato per prevedere la struttura secondaria di qualsiasi RNA, data una molecola omologa con una struttura nota. Inoltre, le coppie risultanti di sequenza e struttura possono essere aggiunte al pool di dati tramite drag and drop o attraverso il menu contestuale, che si apre con un clic destro.Oltre alla struttura complessiva, sono stati descritti per l'ITS2 motivi conservati come la sequenza A-U-G-G-U che precede l'apice della terza elica e una piramide perina in corrispondenza di un disallineamento nella seconda elica. Questo disallineamento UU è circondato da due motivi, uno a sinistra dell'elica due e uno a destra tra l'elica due e l'elica tre, con un ulteriore triplo nucleotide A. Dopo aver trasformato questi motivi di sequenza in hms, forniamo ora l'identificazione di tali motivi in sequenze di interesse.Per cercare questi motivi, inserisci la sequenza di ricerca nel campo di ricerca e scegli il modello corretto. Ancora una volta, questo viene illustrato caricando il file di esempio per i piani. Per avviare i calcoli, fai clic su ricerca del motivo.I suoi due motivi sono annotati ed evidenziati nelle sequenze della query. Un modo per recuperare coppie di strutture di sequenza I ts due dal database I Ts two è la funzione di ricerca. Essa consente all'utente di cercare strutture di sequenza sia per nome tassonomico sia per identificatore GenBank.Per cercare una struttura di sequenza tramite identificatore GenBank, digitare il GI nel campo di ricerca e fare clic su cerca. Viene visualizzato un elenco di risultati in una nuova scheda. È possibile visualizzare i dettagli di una struttura di sequenza facendo clic su mostra dettagli.Inoltre, è possibile visualizzare le direzioni della sequenza S di tutti i risultati nella scheda cliccando su "mostra struttura della sequenza" tramite trascinamento, oppure attraverso il menu contestuale con un clic destro; in questo modo, le strutture della sequenza desiderate possono essere aggiunte al pool di dati. Oltre alla ricerca di coppie sequenza-struttura per gi, è possibile digitare un nome tassonomico nel campo di ricerca, assistito da un riquadro di ricerca in tempo reale. Una volta che la nuova scheda appare elencando tutti i risultati, si possono accedere alle stesse funzioni di prima.Ad esempio, aggiungere una selezione al pool di dati tramite trascinamento. La seconda possibilità per recuperare coppie di sequenza e struttura dal database è la funzione di navigazione. In questo caso, i testi sono classificati.Secondo il database tassonomico NCBI, i dati sono accessibili attraverso una struttura ad albero, situata a sinistra del sito web. Cliccando sul segno più, è possibile visualizzare il testo a un livello inferiore.Cliccando su un nome tassonomico, si apre una nuova scheda contenente ciascuna struttura di sequenza, coppia del taxon. Oltre alla ricerca di sequenze e strutture con identificatori del banco CEM o informazioni sulla specie, il database I Ts due fornisce anche una ricerca basata su blast. Tuttavia, le procedure blast in evidenza spesso non sono in grado di identificare relazioni lontane.Le sue due sequenze a causa dell'elevata divergenza di sequenza. Per superare questo ostacolo, abbiamo implementato una ricerca blast basata su sequenza e struttura che include informazioni sulla struttura altamente conservata per la ricerca di omologia. Questo viene effettuato traducendo la struttura della sequenza in una sequenza pseudoproteica di 12 lettere.Pertanto, il campionamento di specie che parte da una qualsiasi sequenza di interesse e copre ampi intervalli tassonomici è diventato semplice come effettuare una ricerca blast. Per eseguire una ricerca blast, è possibile digitare le sequenze di interrogazione nell'editor di sequenze.Se la sequenza della query è una semplice sequenza nucleotidica priva di struttura, viene utilizzato un comune algoritmo blast n per le sequenze che includono le loro strutture secondarie. L'interfaccia web utilizza l'algoritmo I Ts two blast. Avviare il processo facendo clic su blast.Dopo alcuni istanti, i risultati del blast vengono elencati in una nuova scheda. Qui si vede una scheda per ogni sequenza interrogata. Cliccando su "mostra allineamenti", è possibile scorrere gli allineamenti ottenuti. Come in precedenza, è possibile selezionare le coppie di sequenza e struttura di proprio interesse e aggiungerle al pool di dati.Durante il lavoro sul database ITS due, il tuo pool di dati potrebbe essersi riempito con diverse strutture di sequenze. Puoi accedere al tuo pool di dati in qualsiasi momento e visualizzarne il contenuto. Il passo successivo della tua analisi è l'allineamento multiplo delle strutture di sequenza.Fare clic su analizza dataset, quindi su sequenza e struttura per eseguire l'allineamento tra sequenza e struttura. A questo punto, viene richiesto di selezionare la modalità grafica dell'allineamento. Per un numero elevato di sequenze, si consiglia di selezionare la versione ridotta.Poiché il nostro pool di dati contiene solo alcune strutture di sequenza, scegliamo la modalità grafica completa. Al termine del calcolo, l'allineamento viene aggiunto al pool di dati. Evidenziando un lato di una coppia di basi, si evidenzia automaticamente il suo corrispettivo.Infine, l'allineamento può essere salvato cliccando su "salva allineamento". Una volta soddisfatti della qualità dell'allineamento tra sequenza e struttura, è possibile calcolare un albero filogenetico mediante il metodo neighbor-joining cliccando su "analizza set di dati" e successivamente su "vicino". L'albero risultante viene visualizzato in una nuova scheda.È possibile ridimensionare liberamente l'albero utilizzando la barra di scorrimento, ripercorrerlo cliccando su un nodo o una foglia qualsiasi dell'albero e quindi modificare il percorso a partire da questo nodo. Se si desidera rimuovere un taxon dal proprio pool di dati, cliccare sulla foglia e scegliere. Rimuovi questo nodo dal pool.Ora puoi ricalcolare il tuo allineamento e albero con un campionamento tassonomico ridotto, cliccando su salva albero. Puoi salvare il tuo albero filogenetico in formato NU. Clicca su informazioni su questo sito e poi su strumenti per trovare ulteriori informazioni sugli strumenti autonomi in vendita e sulle versioni pro.Oltre all'allineamento tramite la funzione Neighbor Joining disponibile anche nell'interfaccia web del database I Ts two, ora puoi accedere a diverse nuove funzioni, ad esempio la delimitazione delle specie basata su variazioni compensatorie. Negli ultimi minuti, volevamo mostrarvi alcuni trucchi per migliorare la vostra analisi filogenetica. Vi abbiamo mostrato come raccogliere i dati dal database I Ts two, allinearli con four cell e infine calcolare i vostri alberi con Pro S. In tutti questi passaggi, non abbiamo considerato soltanto la sequenza, ma sia la sequenza che la struttura. Certo.Speriamo che tu abbia apprezzato il nostro piccolo filmato e il laborioso assemblaggio dell'albero filogenetico. Buona notte.

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Un database di oncologia toracica è stato sviluppato per servire come un repository completo di dati clinici e di laboratorio ai fini della ricerca traslazionale. La banca dati servirà ricercatori traslazionale sul cancro nell'ambito del Programma di Ricerca Oncologia Toracica. Questo database è adattabile ad altri modelli di cancro, così come altre malattie umane.

Generazione di Comprehensive Database Oncologia Toracica - Strumento per la ricerca traslazionale

Linee guida per computer basato su caratterizzazione strutturale e funzionale di proteine ​​utilizzando l'I-Tasser pipeline è descritto. Partendo dalla sequenza della proteina query, i modelli 3D sono generate utilizzando più allineamenti threading e iterativo simulazioni di assemblaggio strutturale. Inferenze funzionali sono successivamente redatto in base alle corrispondenze di proteine ​​con struttura nota e funzioni.

Un protocollo per la Computer-Based Protein Structure Prediction e Funzione

Sistema completamente automatico di misura di proprietà fisiologicamente significativi dei meccanismi che mediano la localizzazione spaziale, localizzazione temporale, la durata, il tasso e la stima di probabilità, la valutazione del rischio, impulsività e l'accuratezza e la precisione della memoria, al fine di valutare gli effetti delle manipolazioni genetiche e farmacologiche su meccanismi fondamentali della cognizione nei topi.

Automatizzato, Quantitative cognitivo / comportamentale Proiezione di topi: per la genetica, farmacologia, Animal Cognition e istruzione laurea

Molti ricercatori generano dati "di medie dimensioni", a bassa velocità e multidimensionali, che possono essere gestiti in modo più efficiente con i database anziché con i fogli di calcolo. In questo argomento viene fornita una panoramica concettuale dei database, inclusa la visualizzazione di dati multidimensionali, il collegamento di tabelle in strutture di database relazionali, il mapping di pipeline di dati semiautomatizzate e l'utilizzo del database per chiarire il significato dei dati.

Database per gestire in modo efficiente dati di medie dimensioni, a bassa velocità e multidimensionali nell'ingegneria dei tessuti

TBase combina una cartella clinica elettronica con un database di ricerca innovativo per i riceventi di trapianto di rene. TBase è costruito su una piattaforma di database in memoria, collegata a diversi sistemi ospedalieri e utilizzata per cure ambulatoriali regolari. Integra automaticamente tutti i dati clinici rilevanti, compresi i dati specifici del trapianto, creando un database di ricerca unico.

TBase - una cartella clinica elettronica integrata e un database di ricerca per i riceventi di trapianto di rene

gP2S è un'applicazione web per il monitoraggio degli esperimenti crioEM. Vengono descritte le sue caratteristiche principali, così come i passaggi necessari per installare e configurare l'applicazione. Una volta configurata, l'applicazione consente di registrare con precisione i metadati associati a macchie negative ed esperimenti crioEM.

gP2S, un sistema di gestione delle informazioni per gli esperimenti CryoEM

Le biobanche sono risorse cruciali per la ricerca biomedica e l'unità Biobank for Translational and Digital Medicine presso l'Istituto europeo di oncologia è un modello in questo campo. Qui forniamo una descrizione dettagliata delle procedure operative standard delle biobanche per la gestione di diversi tipi di campioni biologici umani.

Biobanca per la medicina traslazionale: procedure operative standard per una gestione ottimale dei campioni

L'imaging a fascio ionico multiplexato (MIBI) viene spesso utilizzato per l'imaging di microarray di tessuti e aree di tessuto contigue e piastrellate, ma l'attuale software per l'impostazione di questi esperimenti è ingombrante. L'interfaccia tile/SED/array è uno strumento grafico intuitivo e interattivo sviluppato per semplificare e accelerare notevolmente l'impostazione dell'esecuzione MIBI.

Configurazione rapida dell'imaging di microarray tissutali e aree piastrellate sul microscopio multiplexed Ion Beam Imaging utilizzando l'interfaccia Tile/SED/Array 

Questo studio ha analizzato i trascrittomi a singolo nucleo di trentatré individui con malattia di Alzheimer (AD), rivelando DEG specifici per il sesso nelle cellule gliali. L'analisi dell'arricchimento funzionale ha evidenziato percorsi sinaptici, neurali e ormonali. Sono stati identificati i geni chiave, vale a dire NLGN4Y e i suoi regolatori, e sono stati proposti potenziali candidati terapeutici per l'AD genere-specifico.

Identificazione di biomarcatori per la specificità di genere della malattia di Alzheimer basata sui profili del trascrittoma gliale

Dimostriamo iniezione intraperitoneale in zebrafish adulti. Usiamo una microsiringa da 10 microlitri NanoFil controllato da un controller Micro4 e UltraMicroPump III. Questa dimostrazione include l'uso di acqua fredda come anestetico.

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Esplora l'analisi filogenetica con il database ITS2, integrando dati di sequenza e struttura secondaria. Questo strumento bioinformatico semplifica l'inferenza filogenetica accurata e l'annotazione delle sequenze.

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