Configurazione rapida dell'imaging di microarray tissutali e aree piastrellate sul microscopio multiplexed Ion Beam Imaging utilizzando l'interfaccia Tile/SED/Array
September 15th, 2023
L'imaging a fascio ionico multiplexato (MIBI) viene spesso utilizzato per l'imaging di microarray di tessuti e aree di tessuto contigue e piastrellate, ma l'attuale software per l'impostazione di questi esperimenti è ingombrante. L'interfaccia tile/SED/array è uno strumento grafico intuitivo e interattivo sviluppato per semplificare e accelerare notevolmente l'impostazione dell'esecuzione MIBI.
L'imaging a fascio ionico multiplexato, o MIBI, è una tecnica per visualizzare l'espressione proteica nei tessuti istologici attraverso dozzine di proteine contemporaneamente. Utilizzando MIBI, i ricercatori possono identificare, localizzare e caratterizzare le cellule nei loro ambienti tissutali nativi. Un collo di bottiglia chiave nel funzionamento degli strumenti MIBI è l'impostazione dei campi visivi, o FOV, per l'imaging.
I FOV sono compresi tra 200 x 200 micron e 800 x 800 micron sul vetrino, che gli utenti posizionano per coprire le regioni tissutali di interesse. Il posizionamento di FOV per grandi aree contigue di tessuto e microarray di tessuti di grandi dimensioni è ingombrante utilizzando l'interfaccia del produttore. Abbiamo sviluppato l'interfaccia tile/SED/array per aiutare gli utenti a posizionare rapidamente un gran numero di FOV utilizzando un'interfaccia grafica intuitiva e interattiva.
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Panoramica
Questo studio affronta la sfida di impostare i campi di vista (FOV) in imaging a fascio di ioni multiplexed (MIBI) per microarrays di tessuti e aree di tessuto contigui. La ricerca introduce uno strumento grafico intuitivo chiamato interfaccia SED array a mosaico, che semplifica e accelera significativamente il processo di configurazione delle esecuzioni MIBI.
Componenti principali dello studio
Area di ricerca
- Imaging a fascio di ioni multiplexed (MIBI)
- Microarrays di tessuti
- Ottimizzazione della configurazione dell'imaging
Contesto
- Comprensione dell'espressione proteica nei tessuti istologici
- Necessità di un posizionamento efficace dei FOV per l'imaging
- Sfide con le interfacce esistenti per MIBI
Metodi utilizzati
- Sviluppo dell'interfaccia SED array a mosaico (TSAI)
- Interfaccia grafica utente per il posizionamento dei FOV
- Strumenti basati sul web per la coregistrazione e la manipolazione delle immagini
Risultati principali
- Migliore efficienza nella configurazione dei FOV per l'imaging dei tessuti
- Riduzione degli errori dell'utente durante l'acquisizione delle immagini
- Migliore visualizzazione del tessuto istologico
Conclusioni
- Lo studio dimostra un nuovo approccio per ottimizzare la configurazione delle esecuzioni MIBI
- Mette in evidenza l'importanza di strumenti intuitivi nel far progredire la ricerca sull'imaging biologico
