Utilizzo di elenchi di geni umani differenzialmente espressi per eseguire l'analisi dell'arricchimento del percorso a valle e la definizione delle priorità dei bersagli

Il lavoro attuale descrive un protocollo per l'esecuzione dell'algoritmo Pathway2Targets, uno script R che prevede e dà priorità ai bersagli terapeutici in base al profilo delle vie di segnalazione intracellulari generate confrontando i campioni di caso rispetto a quelli di controllo di un esperimento di sequenziamento di RNA di massa.

Lo scopo della nostra ricerca è quello di caratterizzare la risposta trascrizionale intracellulare a varie condizioni e di prevedere marcatori terapeutici e meccanicistici o diagnostici per tali condizioni. La previsione computazionale fornisce candidati di farmaci. La convalida degli effetti dei farmaci richiede tempo e risorse.

Tuttavia, il metodo incidentale potrebbe solo migliorare con dati sperimentali di alta qualità. Il vantaggio di questo lavoro è la sua capacità di identificare potenziali bersagli farmacologici per il riposizionamento all'interno di una via di segnalazione piuttosto che abbinare semplicemente geni espressi in modo differenziale a bersagli noti. Per eseguire l'algoritmo SPIA Pathway Enrichment, scaricare prima il codice sul sistema informatico da GitHub.

Apri il SPIA_Code. R MD script in RStudio. Selezionare tutte le righe di codice, quindi fare clic sul pulsante Esegui o Esegui righe selezionate per eseguire lo script.

Attendi il completamento dell'esecuzione e verifica che nella directory di download venga visualizzato un file CSV con nome simile. Apri il file come foglio di calcolo per rivedere e interpretare manualmente i risultati. Per eseguire l'algoritmo di prioritizzazione degli obiettivi, aprire Pathway2Targets.

R script in RStudio selezionando il menu File e facendo clic su Apri file, quindi scegliere il nome dello script dalla directory. Nella finestra del codice RStudio, vai alla riga 22 e sostituisci il segnaposto con il nome effettivo del file dei risultati SPIA. Selezionare tutte le righe di codice e fare clic sul pulsante Esegui per eseguire l'algoritmo.

Osserva i messaggi di avanzamento in tempo reale che appaiono nel pannello in basso a sinistra dello schermo. Al termine, controllare la directory Download per un file tsv con nome simile, che contiene le destinazioni con priorità. Dopo aver generato il file con gli obiettivi prioritari e le relative metriche, aprilo in un'applicazione per fogli di calcolo per esaminarlo.

L'algoritmo SPIA ha identificato 10 vie di segnalazione statisticamente significative con un valore p non aggiustato inferiore a 0,05. L'algoritmo Pathway2Targets ha identificato più obiettivi previsti. Gli obiettivi terapeutici previsti erano coerenti sia tra i bersagli classificati che tra i risultati dei trattamenti classificati, inclusi i geni noti correlati al cancro del colon-retto, come EGFR, TP53 e AKT1.